嘉靖四十年（公元1561年），巡按崔棟把一件疑難案子移到淳安縣，點名由善斷疑案的知縣海瑞全權審理。
海瑞瞭解清這案子的來龍去脈，心裡沉甸甸的：「這案子拖了十多年，千頭萬緒啊！」
十多年前，桐廬縣的一條河中發現了一具屍體，身上壓著一塊大石頭。撈上後經人辨認，知是縣民徐繼的妹夫戴五孫。桐廬縣官根據徐繼提供的線索。動用大刑，逼吏員潘天麒和戴妻徐某承認是「因姦殺夫」，判徐氏凌遲處死、潘天麒斬首。經杭州府、大理寺（中央最高審判機關）複審，終於駁回。桐廬縣、建德縣、遂安縣三縣知縣會審，審出徐繼為「幫兇」。
於是，「幫兇」徐繼擬處絞刑，「淫婦」徐氏仍處凌遲，「姦夫」潘天麒仍處斬首。徐氏、潘天麒屢次告冤，上面屢次難定。整整拖了十多年，這案子終未定下。
半夜三更，海瑞仍藉著燭光在細閱卷宗，越往下看，心裡疑點越多：徐氏跟戴五孫結婚後，感情一直很好，生了二男一女，怎麼會謀殺親夫？潘天麒有妻室兒女，並非好色之徒，「姦情」從何說起？他又翻翻原判決書，一行字赫然入目：「徐氏串通了他哥哥徐繼，潘天麒串通家中僕人潘小毛，掩護他倆通姦。」海瑞更是生疑：「世上哪有這種大事聲張的通姦？」
海瑞脫去官服換成便裝，深入鄰里，細細查訪。他找到了一條重要線索：徐繼的母親湯氏曾經借給女婿戴五孫三兩銀子。後來，徐繼多次向戴索付，但都沒討到。
海瑞心中有了底，回衙後再次提審徐繼。徐繼眼珠骨碌碌轉，正欲狡辯，海瑞突然厲聲呵責：「大膽刁民，為了三兩銀子就殺人害命，還想抵賴嗎？」
徐繼見那形勢，是紙包裡藏不住火了，顫抖著交代害人經過——
戴五孫借了三兩銀子久久不還，徐繼懷恨在心。那天，潘天麒帶著僕人潘小毛因公外出，投宿在戴五孫家。戴五孫外出買酒菜招待，正好碰上徐繼。便樂呵呵請徐繼一塊兒去他家喝酒。
徐繼沉下了臉：「三兩銀子到底什麼時候還？」
戴五孫忙請求：「手頭較緊，寬限幾天吧！」
徐繼惡聲惡氣發怒：「我看你是千年不賴，萬年不還了！」
戴五孫氣不過，回嘴頂了幾句。徐繼惱羞成怒，操起身邊的石塊，砸死了戴五孫，再將屍體扔進河裡。
徐繼氣喘吁吁講完這些事，口吐白沫，暈死在大堂上。一件十載積案，終於水落石出。徐氏和潘天麒的生命和名譽得以保全。