段祺瑞信佛吃素，為人嚴肅刻板，不苟言笑，生活樸素，清廉如水，無積蓄房產，不抽、不喝、不嫖、不賭、不貪、不佔，人稱「六不總理」；一生酷愛圍棋，資助過大批圍棋手（包括吳清源），被稱作「中國圍棋的大後台」，還好打牌；段祺瑞喜用私人，剛愎自用，在軍事上並無出色戰功和理論，有非凡的組織才能，善於利用政治手腕和軍事手腕維護自己的統治，因致電逼迫清帝退位、抵制袁世凱稱帝和討伐張勳復辟這三件事，有[1]「三造共和」的美譽。梁啟超先生評價段祺瑞：「其人短處固所不免，然不顧一身利害，為國家勇於負責，舉國中恐無人能比。」後人評論段祺瑞者甚多，有挺其者品質高尚，愛國有心。有罵其軍閥習氣，傾心權術，迷信武力。
民國十三年，馮玉祥發動北京政變，段祺瑞被推為中華民國臨時政府執政。民國十五年，縱任軍警屠殺愛國請願學生上，造成「三一八」慘案，旋被馮玉祥趕下台。「三一八」慘案發生後，他隨即趕到現場，向死者長跪不起，並決定終身食素，至死都沒有違背這一決定。