一條鞭法
整頓賦役制度、扭轉財政危機，這是張居正改革的重點。他認為賦稅的不均和欠額是土地隱沒不實的結果，所以要解決財政困難的問題，首要前提就是勘核各類土地，遂於萬曆八年十一月，下令清查全國土地。在清查土地的基礎上，張居正在萬曆九年(1581)令在全國推行「一條鞭法」。這是自唐朝行「兩稅法」以來，我國賦稅史上的又一次大改革。，改善了國家的財政狀況，推動了明朝商品經濟的發展，有利於促進資本主義萌芽的產生。
「一條鞭法」，又稱「條編法」，其主要內容有：統一役法，並部分地「攤丁入地」。把原來的裡甲、均徭、雜泛等項徭役合併為一，不再區別銀差和力役，一律征銀。一般民人不再親自出力役，官府需要的力役，則拿錢僱人應差。向百姓徵收的役銀也不再像過去按照戶、丁來出，而是按照丁數和地畝來出，即把丁役部分地攤到土地裡徵收，這就是所謂「攤丁入地」;田賦及其他土頁方物一律征銀;以縣為單位計算賦役數目;賦役銀由地方官直接徵收，以減少各種弊病。
一條鞭法的實行，在中國賦役制度改革發展的歷史進程中具有劃時代的意義。
「一條鞭法」的推行，使明政府的歲入有了顯著的增加，財政經濟狀況也有不少改善。國庫儲備的糧食多達1300多萬石，可供五六年食用，比起嘉靖年間國庫存糧不夠一年用的情況，是一個很大的進步。
水利方面
萬曆六年(1578年)，張居正推薦、起用先前總理河道都御史潘季馴治理黃河、淮河，並兼治運河。潘季馴在治河中貫串了「築堤束沙，以水攻沙」的原則，很快取得了預期的效果。萬曆七年二月，河工告成，河、淮分流。計費不足50萬兩，為工部節省資金24萬兩。徐州、淮安之間800餘里的長堤平等蜿蜒，河水安流其間。因而，「田廬皆盡已出，數十年棄地，轉為耕桑」。黃河得到治理，漕船也可直達北京，「河上萬艘得捷於灌輸入大司農矣」。