張居正首先整頓吏治，加強中央集權制。張居正創製了「考成法」，嚴格考察各級官吏貫徹朝廷詔旨情況，要求定期向內閣報告地方政事，提高內閣實權，罷免因循守舊、反對變革的頑固派官吏，選用並提拔支持變法的新生力量，為推行新法做了組織準備。並且整頓了郵傳和銓政，他的為政方針是：「尊主權，課吏職，行賞罰，一號令」和「強公室，杜私門。」
張居正上疏請行在內政方面提出著名的考成法，為政方針是「尊主權，課吏職，行賞罰，一號令」。裁撤政府機構中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。 最後明神宗批准了請求。
奏書中有以下兩條：
六部和都察院把所屬官員應辦的事情定立期限，並分別登記在三本賬簿上，一本由六部和都察院留作底冊，另一本送六科，最後一本呈內閣。
六部和都察院按賬簿登記，逐月進行檢查。對所屬官員承辦的事情，每完成一件須登出一件，反之必須如實申報，否則以違罪處罰;六科亦可根據賬簿登記，要求六部每半年上報一次執行情況，違者限事例進行議處;最後內閣同樣亦依賬簿登記，對六科的稽查工作進行查實。