順治皇帝將此歸罪於多爾袞，肯定有他的道理。從多爾袞的角度看，將他們母子隔開，固然有皇家制度的因素在，不過，他和孝莊之間的私情可能是更重要的原因。
順治三年正月，已經牢牢控制住朝局和全國大部分地區的多爾袞，任命在小皇帝第二次登基時恢復了肅親王爵位的豪格為新的靖遠大將軍，前往四川對付張獻忠。當年十一月，在四川南充地區的鳳凰山金山鋪，張獻忠主力被豪格擊敗，張獻忠本人也被一箭射死。
從此，這兩支號稱具有幾十萬甚至上百萬大軍的農民軍，大體星散。李自成、張獻忠的一部分部下與明朝殘餘力量合流，試圖共同抵抗咄咄逼人的清軍。無奈，強弩之末，不能穿縞，他們再也沒有能夠形成足夠的力量。而多爾袞則十分順利地實現了各個擊破的總體戰略目標。中國，在他的手裡大局已定。
在此期間，清朝迅速完善各種規章制度，除軍事上以八旗制度為其根本之外，其餘幾乎全部沿襲了明朝的制度設計。多爾袞率大軍入關時，一再宣稱自己的天下是得自李自成，而不是奪明朝之天下。與此異曲同工的是，順治三年，以順治皇帝的名義作序，將朱元璋的《洪武寶訓》頒行天下，直截了當地自認為是明朝的繼承人，將與天下共同遵守大明祖訓。這是中國歷史上改朝換代時從未有過的景象，在很大程度上，起到了收拾人心的功效。
這種情形也直接影響到了小皇帝福臨的日常生活。譬如，按照大明祖制，皇家子女出生後，不能由親生母親撫養，要交由宮中女官、乳母、宮女、太監和師傅們養育輔導。到北京後，孝莊皇太后住進了慈寧宮，七歲的福臨大約是住在位育宮，他只能和母親分開來自己單獨住。
多年以後，早已把死後的多爾袞修理得體無完膚的順治皇帝，仍然充滿怨恨地談到，多爾袞攝政時，自己和皇太后要分別居住在不同的宮室裡，經常要幾個月才能見上一面，以至於皇太后時時牽掛，特別難受。
順治皇帝將此歸罪於多爾袞，肯定有他的道理。從多爾袞的角度看，將他們母子隔開，固然有皇家制度的因素在，不過，他和孝莊之間的私情可能是更重要的原因。
今天，我們已經很難知道多爾袞與孝莊皇太后之間的情愫，究竟是怎樣的情形。福臨長大後，性情偏執強烈，形成嚴重的分裂型人格，和自己母親孝莊皇太后的關係也惡化到幾乎無法彌補的程度。從一般心理學規律判斷，這種情形，必定和他童年與少年時期的成長經歷密切相關。而多爾袞和孝莊皇太后的關係，可能使他受到過極大的刺激。這應該是他切齒痛恨多爾袞的最重要原因。
隨著年齡越來越大，福臨可能日益感受到了多爾袞龐大權勢的威壓。
福臨在北京第二次登基後，便頒布詔書，認為多爾袞的功德與輔佐周成王的周公比較起來，有過之而無不及。因此，加封多爾袞為「叔父攝政王」，命令為他立碑以紀念這些功德。福臨還封另一位輔政王濟爾哈朗為信義輔政叔王，從此，濟爾哈朗不但在實際上，而且在名位上也正式退居到了多爾袞之下許多。
第二年初，陝西道監察御史趙開心上疏，認為「稱號必須正名」。叔父攝政王是皇帝的叔父，只有皇帝可以這樣稱呼，若大家都這樣叫，就沒有了上下尊卑之別。因此，應該在「叔父攝政王」前面加一個「皇」字，以便讓天下臣民知道，此「叔父」非彼「叔父」也。於是，帝國政府機器又緊急開動，規定從今而後，一切形諸文字時，都必須稱「皇叔父攝政王」，在一切儀注禮節上，皇叔父攝政王都只比皇帝略少一點點，而遠高於其他王公大臣。
順治三年五月，多爾袞將所有信符收到王府管理。這是調遣全國軍隊的唯一憑證，本來是唯有皇帝才有權力獨握的軍國至重之器。多爾袞的理由是，這玩意兒收藏在大內，一有調遣，太不方便。於是，將其拿到了自己手裡。
多爾袞死後，這件事被當成他心懷不軌的證據之一。其實，恰恰是這件事，方才表明多爾袞真的沒有謀奪皇位的心思。想想看，從拿到調動全國軍隊的兵符軍權，到多爾袞死去，其間間隔了四年半時間。在這麼長時間裡，多爾袞要想奪位，恐怕是沒有人能夠攔得住他的。有人認為，是因為代善健在，他的號召力及其兩紅旗導致了多爾袞不敢輕舉妄動。其實，這個理由大約同樣很難成立。代善是在順治五年十月死的。這一年，豪格已經死去，濟爾哈朗的輔政王之位也在前一年被多鐸取而代之。即便在這種政治、軍事勢力完全一邊倒的情勢下，在兩年多時間裡，仍然沒有任何堅強的證據，能夠證明多爾袞曾經有過謀取皇位的行動。
多爾袞死後，曾經深受他信任和重用的蘇克薩哈出面控告他心懷不軌，其實是一種為人所不齒的投機行為，投合了福臨對多爾袞的痛恨，從而，開始了對多爾袞的清算。
對此，倒是福臨的曾孫子乾隆皇帝看得更清楚。作為皇帝，他很明白，多爾袞要是想謀取皇位，早就在握有軍權時做這件事了，哪裡要等到死後去陰間來做？於是，我們就有機會看到一個特別熟悉的字眼，乾隆皇帝為多爾袞全面平反昭雪，並在他那個睿親王中間，還為他加上了一個「忠」字。實事求是地說，多爾袞還真是當得起這個字眼。九泉之下有知，多爾袞大約會把這個重侄孫子引以為知己。