在光緒皇帝和慈禧太后相繼離世後，光緒之弟載灃的兒子溥儀繼位，載灃則被推上了攝政王和監國的位置。曾有人說，光緒在臨終之前，載灃去見過他最後一面。在這次會見中，光緒囑托載灃一定要誅殺袁世凱，為自己報仇雪恨。還有人說，光緒被囚期間，每天在紙上畫大頭長身的各式鬼形，寫上「袁世凱」三字，然後撕成碎片；又常畫一烏龜，龜背寫有「袁世凱」三個字。
然後，又貼在牆上用小竹弓射擊，射爛之後還不解氣，還要再取下來剪碎，「令片片作蝴蝶飛」。更玄乎的是，還有人說光緒臨死一言不發，唯用手在空中寫了「斬袁」兩字。這些傳聞流傳頗廣，聽起來也頗像那麼回事。畢竟，袁世凱在戊戌變法中幹下了出賣友人以圖自保的勾當，光緒也因此被囚禁瀛台，「十年困辱，均由袁世凱致之」。
慈禧太后死後，就連「亂黨」康有為和梁啟超都致書載灃，說「兩宮禍變，袁世凱實為罪魁，乞誅賊臣。」看來，慈禧太后死後，袁世凱的日子是不好過了。不管有沒有這場「殺袁」的兄弟會，反正載灃上台之後，第一個要對付的就是袁世凱。在庚子年後，袁世凱在慈禧太后的庇護之下風光得很，也辦了不少實事。
但問題是，他的勢力擴展太厲害了，軍隊、官制改革、立憲，他樣樣都來，而且朝中有人，門生故舊遍天下，特別是北洋新軍裡的那些將領，哪個不是惟他袁世凱的馬首是瞻？皇族親貴的擔憂也不無道理。清朝本是馬上取天下，但兩百多年的養尊處優後，滿人竟已不能打仗，綠營也是遇戰即潰。
太平之亂後，曾國藩、李鴻章等漢人勢力興起，地方督撫也多為漢人掌握，清廷政權也開始軟化。庚子年中，南方的漢人督撫們拒不執行朝廷命令並宣佈「東南互保」，清廷隱然已經是失去了半壁江山。越是失去的，就越想奪回來。從官制改革到預備立憲，皇族親貴看著漢人的勢力在不但壯大，特別是袁世凱，黨羽甚眾又年富力強，他們怎能不憂心忡忡。
果不其然，載灃剛剛上台主政，肅親王善耆和鎮國公載澤便密告載灃：「內外軍政，都是袁世凱的黨羽。從前袁世凱所畏懼的是慈禧太后，如今太后一死，在袁心目中已經無人可以鉗制他」。他們建議載灃對袁世凱速作處置；不然袁世凱的勢力養成，屆時非但不能削除，反有禍在旦夕之虞。
載灃何嘗不擔心袁世凱。兩年前，儘管慈禧太后已做先手，將袁世凱所轄的北洋新軍六鎮中的四鎮收歸陸軍部，去年又將他與張之洞一起上調為軍機大臣。但是，冰凍三尺，非一日之寒，豈能輕易動搖袁世凱的勢力？更何況，處置一個位極人品的軍機重臣，必須要經過軍機大臣們的同意，其所頒上諭也須有軍機大臣的副署才能生效，滿族親貴要誅殺袁世凱，談何容易。
正因為如此，載灃才不敢貿然而行。在再三的思慮之後，載灃和隆裕太后把首席軍機大臣慶親王奕劻請來商議，不料奕劻聽後立刻伏在地上，一言不發。在隆裕太后的厲聲質問下，奕劻才囁囁嚅嚅的說，這事得和張之洞商量下。載灃沒辦法，只好又召見張之洞。張之洞聽後，不免長歎一聲。張之洞是漢人大臣，而且已是暮年，他在聽說要誅殺袁世凱後，未免有兔死狐悲之感。
在沉吟半響後，張之洞說：「國家新遭大喪，主上又年幼，當前為此穩定的大局最為重要，此時誅殺大臣，先例一開，恐怕後患無窮。」見載灃仍遲疑不定，張之洞又敦敦而說：「王道坦坦，王道平平，願攝政王熟思之，開缺回籍可也！」應該說，張之洞和袁世凱的關係並不算好，他的話也是寬仁厚道的長者之語。不管他是為了大局著想或是其它，卻在無意中保護了袁世凱。事實上，除了奕劻和張之洞反對誅殺袁世凱外，其它幾個軍機大臣也表示反對，比如那桐和世續，他們都是袁世凱的私黨，世續還暗地為袁通風報信。
而在地方督撫中，兩江總督端方是袁世凱的姻親，東三省總督徐世昌更是袁世凱多年的把兄弟。另外，英國駐華公使朱爾典也曾為袁世凱出面說情，這些人都構成了阻止殺袁的重要力量。
不過，話說回來，袁世凱是不好對付，但在皇權體制下，袁世凱何嘗不慌張？當他從慶王府聽到「將對袁不利」的消息後，也是惶惶然如喪家之犬，無計可施。1909年1月2日，在嚴辦袁世凱的流言聲中，袁世凱像往常一樣，迎著冰冷徹骨的寒風前往內廷（載灃主政後，每日都要召集軍機大臣商議朝政）。當袁世凱走到殿廷時，早被買通的當值太監將他攔住，偷偷的對他說：
「袁大軍機可不必入內，今日攝政王怒形於色！聽說嚴懲諭旨即下，恐怕對袁大軍機不利，宜早籌自全之策。諭旨如何嚴峻，則非我輩所能得知。」袁世凱聽後，猶如被打了一悶棍，在腦海一片空白的情況下，失魂落魄的走回了自己家中。待到稍微清醒，袁世凱急忙把自己的幕僚和親信召來商議對策。親信張懷芝說，情勢危急，不如立刻前往火車站乘三等車前往天津，畢竟直隸總督楊士驤是自己人。袁世凱聽後立刻收拾行裝，在張懷芝的保護下前往天津。為防不測，袁世凱不敢到天津本站下車，而是提前一站讓張懷芝給楊士驤打電話，讓他派人來接。
楊士驤倒還算鎮定，他讓袁世凱萬可來督署，萬不可讓人看見，他隨後就派人處理這事。袁世凱正在生悶氣之時，楊士驤的親信來了。他帶來了北京的消息，說袁世凱「罪只及開缺，無性命之虞」。袁世凱聽後長舒了一口氣，隨後立刻回京，預備明晨入朝謝恩，不然會引起更大的麻煩。
當時北京的袁府更是陷入了慌亂當中，袁世凱失蹤的消息在城中不脛而走，一時間謠言紛紛，有人說袁世凱被秘密處死的，也有人說袁世凱畏罪自盡的，一時紛紛擾擾、雞犬不寧。直到後來，主持軍機大政的張之洞聽說袁世凱已經回來的確切消息後，心裡的一塊石頭才算落了地。
事後，老張忍不住對左右調侃道：「人家都說我是有學無術，袁世凱是不學無術，我看哪，他不但有術，而且是多術，你看他這次倉皇出走，能找的地方都找遍了，誰能知道他躲在哪裡？我現在算是知道什麼叫『術』了。」