朱棣謀反，最終見到的是建文帝的一具燒焦了的屍體，那麼廢墟中的那具焦屍到底是否就是建文帝，建文帝到底死沒死，沒死的話他又逃到了哪裡？朱棣非常懷疑，但也實在找不到建文帝。後世史學家和民間傳說非常之多，也很離奇。
一種說法認為，建文帝並沒有死，而是逃出南京，到了貴州的一個寺廟當了和尚。據說，在燕王朱棣圍城之後，建文帝叫天天不靈，叫地地不應，為防被俘受辱，建文帝決定自盡殉國。這時，突然有一個太監跑了過來，他告訴建文帝，太祖皇帝臨終前曾經交給他一個密匣，並叮囑他如果皇上遇到危難，可以打開匣子。建文帝聽後，急忙命這個老太監取來密匣，打開一看，裡面裝有三套袈裟，三張度牒，一把剃刀，三張度牒上分別寫著應賢、應能、應文三個名字。應文指的是建文帝朱炆，應賢、應能分別是指建文帝的心腹近臣楊應能、葉希賢。匣中還有一封信，上面寫道"應文從鬼門出，余從水關御溝而行，薄暮，會於神樂觀之西房"。建文帝一看，便明白這是太祖皇帝早就預料到自己會有今天，傳此密匣，告知自己剃髮為僧從密道出逃保命。按照密匣的指示建文剃髮做了和尚，從鬼門逃出宮去開始了浪跡天涯的遊行四方的僧人生活。
建文帝化妝出逃之後，皇后馬氏為了掩護他，命令太監放火燒城，然後自己跳入火海。自焚而死。第二天朱棣攻入皇宮之後，搜尋建文帝的下落，太監、宮女們迫於壓力，便慌稱建文帝以自焚而死，並指認皇后的屍體就是建文帝，此時火中找出的屍體已被燒的面目全非，難以辨清，就這樣朱棣信以為真，沒再追究。
有人甚至還找到了建文帝出家後的隱居之所，貴州安順平壩縣境內的高峰寺。據《平壩縣志》記載：高峰山寺內齋堂地下有一個藏身洞，洞底有一塊石碑上刻有"秀峰肇建文跡塵知空般若門。"的銘文，此外，寺中的另一塊石碑上刻有開山祖師秀峰收留建文帝的經過。以此，後人推測此處就是建文帝出家之後的歸宿之地。
建文帝歸隱貴州高峰寺為一種說法，還有人認為，建文帝出逃之後沒有去貴州，而是就近在在蘭溪市東山上的一座古寺歸隱，東山又名皇回山，是金華山脈的一支，寺院裡的和尚世代口傳建文帝在此削髮隱蹕的傳說，並說寺院中還保留有建文帝的隱居之處和古碑遺跡。在寺院的大殿內，塑的是身穿袈裟的建文帝像，左右兩旁分別為伴帝出家的楊應能、葉希賢兩人，殿內的後壁繪有建文帝遜國出逃的路線。此外寺院內還保留有建文帝出家後所作的幾首詩："百官不知何處去，惟有群鳥早晚朝"；"塵心消盡無孝子，不受人間物色侵"。詩中意蘊飽含倉皇出逃，歸於世外的無奈和憂傷，為建文帝歸隱於此，又添一證據。
另外，還有一種比較流行的說法，就是建文帝從南京城逃出之後，輾轉來到泉州，流落到海外，後來明成祖繼位之後，派鄭和下西洋，就是為了尋找流落海外的建文帝。傳說，建文從密道中逃出京城之後，見前往北方的道路大都被燕王的軍隊圍阻，因此不得不化妝南下，輾轉來到武昌羅漢寺。羅漢寺的住持達玄和尚，看過建文帝的度牒後，趕緊將建文引入寺中躲藏。過了一段時間後，建文帝等人見此處易於被燕王的爪牙發現，他們又在達玄和尚的指引之下做船前往泉州開元寺，然後輾轉逃到海外。據《泉州開元寺志》記載，當時泉州開元寺的住持念海和尚正是羅漢寺住持達玄和尚的弟子。建文帝來到泉州開元寺之後，便隱匿寺中，派人尋找出逃海外的機會。終於有一天，他們坐上了一個阿拉伯商人的貨船，隨行來到印度尼西亞的蘇門達臘島，開始在此隱居，據說，當地的華人，至今仍在每年農曆五月十六建文帝登基那天，舉行隆重的拜"皇爺"之禮。
關於建文帝的生死和下落自古至今一直眾說紛紜，爭論不休，對於此，每一種說法都只能說是一家之言，因為沒有哪一種說法說自己有十分確鑿的證據，說歷史事實就是這樣。也許建文帝的生死與下落真的如其它歷史之謎一樣，是一個永遠解不開的謎。