扯起故國旗號，擁立亡皇后裔，起兵對抗朝廷，是不少野心家在王朝鼎革之際所常用的一種手段。康熙年間發生的偽「朱三太子案」，就是一個極為突出的典型。電視劇《康熙王朝》中只記述了楊起隆假冒「朱三太子」謀反，而康熙年間歷史上真實的「朱三太子」案件卻有十起之多。
楊起隆起事，是康熙年間以「朱三太子」為號召影響較大的一次。楊起隆，雖為無業遊民，但為人果敢，有謀略。康熙十二年（1673）十二月，吳三桂在雲南發動叛亂，楊起隆藉機在京城率眾舉事，起義失敗後，楊起隆逃脫。之後，清廷多次搜捕、緝拿在逃的楊起隆，一無所獲。
康熙十六年（1677），福建永春縣人蔡寅，號「白頭賊」，自稱「朱三太子」，憑借巫術惑眾，帶兵數萬，與台灣的鄭經相互勾結，攻打漳州，後被海澄公黃芳世殲滅於天寶山；同年六月，河南柘城也有人自稱明「朱三太子」，率眾起事，也遭到了清廷的鎮壓。
康熙十八年（1678），陝西漢中、興安一帶有人自稱「朱三太子」起兵抗清，後被撫遠大將軍圖海擊敗逮捕。此人自稱楊起隆，經楊起隆家人及其同夥辨認，得知此人曾是楊起隆部下，知道事情原由，因此借「朱三太子」之名謀劃造反。康熙十九年(1690)，假楊起隆被押往北京處死。
楊起隆本人雖然銷聲匿跡，不知所終，但「朱三太子」的名號卻作為一種有力的號召，更為許多起事者所借用。康熙三十八年（1798），江南金和尚擁立一個七十多歲的老頭為「朱三太子」，聚眾太湖，密謀在康熙南巡時將其劫持，關鍵時刻由於發炮不鳴，最後雙雙被捕伏誅。
康熙四十六年（1707）十一月，江蘇太倉州與浙江四明山幾乎同時暴動，且首領都以「朱三太子」為號召，因此引起了康熙的特別重視。他一邊親自批閱奏折，部署追捕方案；一邊派人喬裝打扮，細訪賊人老巢；並特別強調一定要立即緝捕所有涉案人員，與現獲賊犯一併審結。
對康熙來說，「朱三太子」本人並不可怕，但「朱三太子」這面大旗的感召力卻不可輕視。所以，每次爆發以「朱三太子」為名號的起義，都會讓康熙感覺猶如芒刺在背；而每次只抓到偽「朱三太子」，卻讓康熙大失所望、寢食難安。那麼，真正的朱三太子究竟身在何方？
崇禎共生七子，其中二、六、七子早殤，只剩下長子朱慈烺、三子朱慈炯、四子朱慈炤、五子朱慈煥。明亡後，朱慈烺、朱慈炯、朱慈炤三人流落民間，不知所終，但據後來朱慈煥被捕後交代，三個皇兄均被清廷捕殺。朱慈煥因與四哥朱慈炤同歲，所以人們習慣把他稱作「朱三太子」。
李自成攻破北京後，朱慈煥被迫離開宮廷，到處顛簸流離，過著朝不保夕的生活。後來，朱慈煥改名王士元，入贅浙江余姚胡家，生有六兒三女，但是，他擔心被別人利用，害怕成為反清的一塊招牌，所以不敢在余姚常住，而是長期在四明山一帶輾轉，以教書餬口。
四明山「朱三太子」案，讓朱慈煥甚感恐慌。於是，他帶著老婆孩子躲到了寧波。慈溪縣的葉氏兄弟，便攜朱慈煥的四子朱壬「欲圖為匪」，後因事機暴露作罷。後來，朱慈煥又化名何誠躲避到鎮海縣。房東張月懷藉機以「朱三太子」的名義，秘密開展反清活動，朱慈煥因此惶恐不安。
康熙四十五年間，朱慈煥先後逃往湖州長興縣和山東汶上縣避難。康熙四十七年（1708）四月，朱慈煥在汶上縣被清廷抓獲，後經九卿科道會審，幾個已經投降清廷的明朝老太監辨認後也均稱「不認識」。於是，清廷判定朱慈煥為「假冒」，將其凌遲處死，幾個兒子全部被斬。
幾十年來，朱慈煥隱姓埋名、東躲西藏，並沒有真正從事過「反清復明」。但作為一種號召，「朱三太子」的名號對清政府確實構成了威脅，所以朱慈煥含冤背上了「莫須有」的謀反罪名。《明史》中說朱慈煥五歲病逝，不過是給朱慈煥硬加上了一個以「朱三太子」為名蠱惑人心的罪名。
朱慈煥死了，「朱三太子」案似乎應該塵埃落定了。但康熙六十年(1721)台灣朱一貴起義，仍然尊奉「朱三太子」的名號。可見，在清初很長一段時間內，「朱三太子」已經成為一面不倒的旗幟。從康熙十二年到康熙六十年，全國共發生了十起「朱三太子」案件。《康熙王朝》把「朱三太子」鎖定在楊起隆一人身上，與史實不符。