康熙十二年(1873年)，康熙決定撤藩，這嚴重觸犯了平西王吳三桂等人的利益，引發叛亂，史稱三藩之亂。康熙為了平叛，共進行了八年殘酷的內戰，波及近半個中國。按傳統觀點，吳三桂屬於地方割據勢力，康熙消滅吳三桂的戰爭是正義的。但實際上並非如此。
首先，吳三桂並沒有為自己攫取權力，他的權力是清政府給的。
吳三桂控制下的雲貴地區是有些自治的味道，但這點自治權力是清政府給的。順治十六年(1660年)，清軍佔領了昆明，令吳三桂鎮守，並讓吳三桂全權管理雲南。吳三桂沒有辜負清政府的信任，很快就將雲南的反清力量全部消滅。康熙元年，清政府以雲南為例，讓他兼管尚未完全平定的貴州，吳三桂又在幾年中將貴州平定。
而清政府將管理兩省的權力授予吳三桂，也是符合其自身利益的，因為自佔領北京後，清政府兵力明顯不足，因此不得不將一些地區交給他們所信任的漢人去平定、去鎮守。
其次，清政府從來沒有失去過對雲、貴地區的控制。
康熙六年五月，吳三桂向清政府上疏，說自己眼睛有病，精力下降，請求解除他管理雲、貴兩省的責任，清政府立即批准。就這樣，清政府收回了雲、貴州兩省的行政管理權。
而且，清政府對雲、貴地區的兵力也是可以控制的。順治十七年，清政府財政困難，要求吳三桂裁軍，吳三桂直接將總兵力削減了一多半;康熙四年，雲南貴州基本平定，吳三桂主動向清政府提出裁軍，得到批准，又裁去五千餘名官兵。同時，因戰爭結束，吳三桂也將大將軍印上交。他的種種舉動均表明，他真心希望能和清政府保持和諧的關係，讓清政府感覺到他的忠心。
最後，吳三桂只是在清政府的羽翼下尋求利益，並無異志。
降清後，吳三桂被封為平西王，他對此感激涕零，一心為其賣命。可以說，清政府的天下有一半是由吳三桂及其他降將打下來的，其中吳三桂功勞最大。他在攻打李自成時，經常親冒箭林彈雨衝鋒陷陣，以至清攝政王多爾袞都特別囑咐他只發命令即可，不必衝鋒陷陣。
清軍佔領雲南後，永歷帝逃往緬甸，吳三桂請求進兵緬甸，清政府的回答是如果不是很有利，不必勉強。而吳三桂不但以大軍壓境，逼迫緬甸交出永歷帝，還處死了永歷帝。可見，他是死心塌地地將自己和清政府的利益捆綁在了一起。
雖然吳三桂後來稱帝了，但這並不能證明他是蓄意稱帝才起兵的。他起兵的前兩年，接連打勝仗，並沒有稱帝。起兵五年後，他已經開始打敗仗，原來響應自己的一些力量已經投到清政府一邊，自己又得了重病，這才登基當了皇帝。五個月後，他便死了。
總之，在康熙激變吳三桂之前，吳三桂根本就不是什麼割據勢力，也沒有危害國家統一。既然如此，康熙發起這樣的戰爭，並給老百姓增加這麼多苦難，當然是不義的了。