每個人都追求完美的人生，都渴望自己一輩子沒有污點，但是當某一瞬間你腦袋發熱，做錯了事情，總得付出代價,該來的總是會來的，功過相抵那是在舊社會。新的社會裡，一切都是以遵守法律為前提的。
一直以來，關於褚時健的犯罪動機和犯罪事實，總是存在著多種版本，有肆意誇大的，有輕描淡寫的，也有不懷好意的……到目前為止，相對客觀的一種說法就是，褚時健是對自己所受的待遇存在著不滿，後來將小金庫中的錢給幾個兄弟分了。
或許，正是出於這樣的「犯罪動機」，我們更能接受這是人們瞭解的那個褚時健的所為吧。
經過相關單位長達4年的調查，以及考慮到褚時健對雲南省的貢獻。最後，在1999年1月9日，雲南省高級人民法院下達了長達數千字的判決書(摘錄)：
本院審查認為：被告人褚時健因涉嫌其他犯罪被採取強制措施期間，在司法機關尚未完全掌握被告人褚時健、羅以軍、喬發科共同貪污3551061美元的事實前，交待了這一犯罪事實，應按自首論；在偵查期間，檢舉他人重大犯罪線索，經查證屬實，有重大立功表現。被告人羅以軍在偵查期間檢舉他人侵佔公共財產線索，但檢舉的事實未按刑事追究，立功不能成立；關於重大立功表現，指被告人羅以軍檢舉被告人褚時健貪污1156萬美元的重大犯罪事實，因對被告人褚時健的這一指控本院不予確認，故被告人羅以軍重大立功表現亦不能成立，但該行為使檢察機關及時追回流失在境外的巨額國有資產，可在量刑時作為酌定從輕情節。被告人喬發科在同案人已經向檢察機關供述了共同犯罪事實後，偵查人員向其詢問時作如實供述，不屬主動投案，自首不能成立，可作為認罪態度較好的情節，酌定從輕。
關於辯護人提出的被告人褚時健以及喬發科曾對玉溪捲煙廠做出重大貢獻，應從輕處罰的辯護意見，本院認為，被告人褚時健以及喬發科在擔任玉溪捲煙廠領導期間，為「玉煙」發展做出了貢獻，對此，黨和政府給予了政治上、物質上的榮譽和待遇，但無論功勞多大，都不因此而享有超越法律的特權。
在法律面前人人平等，任何公民犯罪都應依法受到刑事追究。我國刑法第六十一條規定，對於犯罪分子決定刑罰的時候，應當根據犯罪的事實、犯罪的性質、情節和對於社會的危害程度，依照本法的有關規定判處。被告人褚時健以及喬發科利用職務之便侵吞公款，數額特別巨大，屬情節特別嚴重，這是被告人承擔刑事責任的基礎，確定刑罰必須與所犯的罪行相適應。至於被告人的歷史表現反映出的主觀方面的情節，可在量刑時酌情考慮……」
綜上所述，法院最終判決如下：
一、被告人褚時健犯貪污罪，判處無期徒刑，剝奪政治權利終身，並處沒收財產人民幣20萬元；犯巨額財產來源不明罪，判處有期徒刑五年；數罪並罰，決定執行無期徒刑，剝奪政治權利終身，並處沒收財產人民幣20萬元。
二、被告人褚時健巨額財產中明顯超過合法收入的差額部分，價值人民幣403萬元，港幣62萬元的財產依法沒收。
三、被告人羅以軍犯貪污罪，判處有期徒刑十四年，並處沒收財產人民幣13萬元。
四、被告人喬發科犯貪污罪，判處有期徒刑五年，並處沒收財產人民幣5萬元。
如不服本判決，可在接到判決書的第二日起十日內，通過本院或者直接向中華人民共和國最高人民法院提出上訴。
一紙判書，褚時健入獄了，一代「煙王」在這裡落幕了。很多人為褚時健打抱不平，認為褚時健為雲南省做出了巨大的貢獻，不應該受到如此重罰，況且，他並沒有從實際意義上損害人民的利益。可是法律就是無情的，不論你是誰，不論你做出多大的貢獻，只要觸犯了法律，都逃不過制裁。
在判決書宣讀停止的時候，褚時健的臉上沒有任何表情，他淡然地接受了法律的制裁，坦然地面對法院的判決。褚時健清楚，自己做錯了事情，就應該承擔相應的後果。
後來，褚時健的律師馬軍在徵求褚時健是否選擇向中華人民共和國最高人民法院提出上訴的時候，褚時健拒絕了，他選擇沉默地接受。沒有抱怨自己功大於過，也沒有埋怨法律無情。
在褚時健接受審判的時候，外界對這個來自雲南的煙王給予了無限的關注，各大媒體都競相報道，坊間茶肆議論紛紛，畢竟褚時健的名聲太大了，他的光環也太閃耀了，一下子從「神位」上跌下來，讓很多人感到難以接受。當然更重要的是，當時人們對國有企業的負責人究竟應當享有怎樣的待遇是非常關心的。因此，媒體將褚時健一案視作「歷史的審判」。
事實上，褚時健的案子並非是拖了4年，而是在這4年中經受了很多考驗，尤其是在對他如何量刑的問題上，存在著很大的爭議，法院為此強調了一句話——「判決一定要經得住歷史的考驗」。言外之意：不能冤枉了褚時健，也不能對他太過寬容，讓後人揪住一個「話柄」。
人們總希望獲得客觀，人們也不斷嚮往著客觀，然而事實一次又一次地證明，想要站在置身事外的立場上去看待一個問題、一個人，的確是難上加難。特別是像褚時健這樣一個身份背景都十分複雜的人，如何給予他最公正的判決，成為了人們所期待的一個結果。
據說，法院公佈的那份8000多字的判決書，前後反覆修改了多達10次，也正因為此，它被法律界人士稱為「現代法律文書的典範」。
不過，如果按照當時中國對貪污犯罪的量刑案例來看，褚時健涉及的金額足以讓他判好幾次死刑。最近的一個例子就是，在褚時健被宣判兩個月之後，江西省最高人民法院對胡長清案進行了終審裁定：死刑。
那麼，身為江西省前副省長的胡長清，到底貪污了多少錢款呢？544.25萬元人民幣，另外還有無法查明的161.77萬元人民幣。如果將這兩筆錢加在一起的話，只是相當於褚時健一次貪污金額174萬美元中的50%左右。
當然，拿褚時健和胡長清相比，似乎也存在著諸多不可比性。畢竟，褚時健是一個對玉溪、對雲南乃至國家有著重要貢獻的人，沒有他的努力，就不可能有玉溪捲煙廠的騰飛，也就不會有他日後「貪污」的一分一厘錢，因為他是一個企業的掌門人，是他帶領著大家奔向了一條小康之路。相比之下，胡長清就不同了，他是政府機關的要員，沒有他出任副省長，也會有別的人來代替，絕非是少了一個胡長清，江西省的經濟就發展不上去了。
還有一點需要注意的是，褚時健和那種老百姓恨之入骨的貪官是不同的，人們感恩於他，至少雲南煙草業的產供銷鏈條上的很多人都會感謝他，這其中有每日辛勞工作的煙農，有兢兢業業的煙草售貨員，還有在煙田里做考察實驗的技術員……受益者實在太多了。
另外還有一點不同的是，司法機關對胡長清的評定是：認錯態度不積極，思想不明確。相比之下，褚時健做得確實要比胡長清機智許多，他無論是在法庭上，還是在聽到判決書之後，褚時健都表現得淡定自若，似乎這一切與他自己沒什麼關係，無非是換了一個睡覺的地方。然而，內心的痛苦，只有褚時健自己最清楚。他選擇接受，是他決定為自己失誤的行為買單，也是在法律面前不得不承擔責任。
態度決定一切，一個人的心態才是他自己真正的主人。
或許，正是因為褚時健的功勞所在，讓這個案子帶有了那麼一種特別。不過無論怎樣，褚時健都是觸犯了國家的法律，這是他不得不正視的現實，也是那些尊敬他的人、感念他的人要接受的事實。
有些人犯了錯，還有機會改正，有些人，可能錯了，這輩子也就結束了。褚時健與胡長清似乎就是最好的兩個例子。褚時健正是由於自己積極的認錯態度，勇於承擔的勇氣，才換來後來的東山再起。