一、起義雲南，進軍四川
第一次鴉片戰爭以後，鴉片輸入量逐年增加，國內種植者亦為數不少。雲南是種植鴉片比較多的地方，煙土運往四川等地，「販者有什佰之利」１。滇川交界地區破產的農民、手工業者、被裁兵勇和遊民等，無以為生，便結為「煙幫」，為煙販護運走私鴉片。他們既受煙販的剝削，又受官吏的欺詐。煙幫外出時，通常由管帶、隊長等率領，並攜有刀槍等武器，以資自衛。1857年以後，清政府為了籌措軍餉，對鴉片實行「稍寬其禁，聽商貿易」，「徵收稅厘」的政策。1859年，四川省設立釐金局，沿川滇邊界設立關卡，對過在貨物課以釐金。貪官污吏乘機巧立名目，任意敲詐勒索，以飽私囊；詐取不遂，則誣良為盜，逮捕入獄，施以酷刑，甚至殺害。煙幫因受官吏苛索和迫害，與官府的矛盾日益加劇。當時，石達開部太平軍正進軍西南，杜文秀領導的滇西回民起義正在蓬勃發展，這就為滇川邊境地區的煙幫和其他人民群眾開展武裝鬥爭提供了有利條件。
1859年夏，雲南昭通府（治今昭通）煙幫中的胡登高、楊剮狗二人被四川宜賓知縣汪覲光、千總趙三元拘捕入獄，經煙幫多方營救無效，終被處決，於是，長期積壓於煙幫中的對貪官污吏的憤懣一齊迸發出來。不久前在大關牛皮寨聚眾起事的昭通煙幫首領李永和、藍朝鼎等乘間大舉，隊伍由數十人擴充至數百人，終於在同年7月揭開了以李永和、藍朝鼎為首的滇川農民起義戰爭的序幕。
10月初，李、藍率領起義軍六七百人，過老鴉灘（今雲南鹽津），進入四川，連克筠連（10月3日）、高縣（10月6日）、慶符（10月8日），斃慶符知縣武來雨。起義軍以「打富濟貧，除暴安良」為號召，受到四川廣大群眾的擁護，隊伍迅速擴大到數千人。10月11日，起義軍渡過金沙江，佔領安邊鎮，軍鋒直指川南重鎮敘州府城（今宜賓市）。 10月15日，起義軍經柏樹溪（今宜賓縣）急襲敘州府城，殲清軍千總趙三元等數百人。至16日，李永和部已佔據了城西真武山和翠屏山，藍朝鼎部已佔領岷江北岸的吊黃樓，控制了成都、犍為等地入敘之水路交通。起義軍佔領了有利位置，隨即圍攻府城。
敘州知府英匯和宜賓知縣汪覲光等得知起義軍來襲，驚恐萬狀，緊閉城門，並急忙向成都將軍兼署四川總督有鳳求援。有鳳調派三千名清軍、由提督萬福、按察使蔣征蒲率領往援。起義軍在石馬溪（宜賓市西北）一帶設伏。10月17日，參將高克謙、游擊明耀光率前鋒千名乘船至石馬溪時，見岸上義軍甚少，便捨舟上岸。起義軍伏兵突起，清軍傷亡甚眾，高克謙、明耀光僅率三百殘兵逃進敘州城。萬福和蔣征蒲不敢接近，分別在離府城數十里的牛喜■和高家場紮營。起義軍一面搭造木梯，暗挖地道，百計攻城，一面在城外伏擊敵人。11月18日，起義軍又在石馬溪設伏，將署副將馬天貴率領的五百餘清軍截為數段，全部殲滅。
起義軍在敘州城外雖打了幾次勝仗，但府城久攻不克。12月初，義軍先鋒管帶唐友耕降敵，將攻城計劃洩露給清軍，加之此時援敘之清軍兵勇已達萬餘人，形勢對起義軍越來越不利。為了擺脫被動局面，起義軍於12月8日夜主動撤圍。李永和率部進入宜賓縣青山地區。藍朝鼎率部沿岷江北上，直趨位於樂山、犍為交界的五通橋、牛華溪、馬踏井三角地帶的犍樂鹽常
嘉定府（治今樂山市）之犍為、樂山、榮縣和敘州府之富順，井灶林立，是四川最主要的產鹽區。川鹽收入為清王朝重要財源之一，也是當時四川拾協濟」湘軍軍餉的主要來源。如果起義軍佔領了犍樂鹽場和富順的自流井、榮縣的貢井等產鹽區，不僅影響清王朝的收入，而且將使湘軍軍餉因之告匱。因此，清王朝一面抽調準備用來鎮壓太平軍的蕭啟江部湘軍六千人由湘入川，一面諭令新任四川總督曾望顏對犍為、樂山、榮縣、富順等地幾十萬鹽工「妥為安置，嚴防勾結」。接著，由甘肅提督郭相忠和陝西副將連慶率領的陝、甘標兵，由四川提督皂升和按察使蔣征蒲率領的督府標兵和重慶鎮營兵，川北鎮總兵占泰、前湖北宜昌鎮總兵虎嵩林、湖北鄖陽鎮左營游擊張萬祿、陝西候補知府田良、建昌道鄂惠等人統率的兵勇和地方團練數萬人，先後趕到敘、嘉兩府和犍樂、白貢鹽場一帶，防堵李藍起義軍。
但起義軍行動迅速，一舉攻佔了犍樂鹽場，獲得大量資財，並吸收大批農民、鹽工參軍。之後，為了避開清軍的追剿，藍朝鼎率領起義軍從五通橋竹根灘西渡岷江，南下宜賓縣薌州一帶。1860年1月7日，藍朝鼎與李永和合軍，突襲犍為縣東南的箭板場，將清軍都司但玉龍、守備余振海等部二千五百人截為數段，全部殲滅。起義軍聲勢大振，四川提督皂升退守犍為。1月中旬，起義軍進攻犍為縣城失利，乃東渡岷江，經龍■場進至羅城場敖近的鐵山地區。
1860年1月23日，是咸豐十年正月初一日。這天雨雪交加，清軍躲在營房裡過年。趁此機會，起義軍二萬餘人由楊家場隱蔽地進至富順、榮縣，並於26日突然佔領了自流井、貢井。井地周圍數十里內的物資儲備，盡為起義軍所有。起義軍以貢井天池寺和謝家松林為大營，四處活動；同時，大量吸收鹽工、小販和貧苦農民參軍，隊伍很快發展到十餘萬人。
自貢不僅是財賦之區，而且北通省城，地理位置相當重要。為防止起義軍北攻成都，清軍特別加強了自貢北路的防守，由占泰和虎嵩林等率重兵駐守界牌、程家場一帶。
起義軍為擺脫清軍，決定撤離自貢鹽常1860年3月7日深夜，冒雨從天池寺出發，經柑子坳、秀才坡向川西轉移。新任四川提督占泰事先察知起義軍將要撤離，急令各路清軍堵截。3月8日黎明，游擊張萬祿部由橋頭鋪趕至秀才坡，「攔頭截剿」。張萬祿趕過豹子山，見打著明耀光旗幟的「清軍」被圍呼救，便催馬下山，前去救援。頓時起義軍伏兵四起，當張萬祿看清「被圍」部隊全是起義軍時，已陷入重圍。結果，張萬祿部「全軍俱覆，血積成渠，田水盡赤」１，張萬祿也當即喪命。其餘清軍不敢緊追，起義軍遂沿橋頭鋪、李子橋西進。
起義軍到達五通橋後，清軍又接踵而至。為調動和分散敵軍兵力，李永和、藍朝鼎商定：李永和率部堅守犍樂地區，在附近活動；藍朝鼎率部沿岷江北上，相機向成都進軍。藍朝鼎率軍先攻馬踏井占泰大營，敗該部清軍，然後經白馬埂進至青神城下，於3月28日一舉佔領該縣城。
四川總督曾望顏深恐起義軍進攻成都，早就下令附省州縣堅壁清野，無論大小村莊市鎮，都要把糧食、貨物隱藏起來，並將通往成都的各條小路「一概節節挖斷，重重塞關」，大路和各隘口，則「層迭築起高原土關，其門只可容一人一馬一轎出入」。２起義軍佔領青神後，曾望顏「以省垣為根本重地」，急令占泰「迅率所部全軍，由井研、仁壽星夜繞道兼程赴時３。
在各地人民群眾的支持和配合下，藍部義軍進展神速。3月31日，占泰尚未趕到成都，起義軍已攻克距成都僅百里的彭山。次日，占泰到省，新津渡口又為民團所扼，藍朝鼎隨即調轉軍鋒，分兵兩路，攻邛州（今邛崍），占蒲江，克名山。起義軍陳兵百丈嘗夾門關、平落壩、大塘鋪一帶，連營數十里，切斷了成都與雅州府（今雅安）的通道。
4月25日，藍朝鼎部撤離名山，奪占金雞關，接著進圍雅州府城。因該城防守嚴密，起義軍圍攻多日不克，便轉攻洪雅、夾江、峨眉。清軍將領以為藍朝鼎欲南下與李永和合軍，急忙派兵攔阻。起義軍出敵不意地回軍西上，於6月上旬連克榮經、天全二城，屯兵於天全、蘆山之間。8月，藍朝鼎駐軍於離成都僅七十餘里的崇慶元通場，分兵四出。後進入溫江、郫縣、崇慶、新津、彭縣、什邡、漢州（今廣漢）等地。11月，起義軍攻金堂不克，遂進入川東。
藍朝鼎率部轉戰於川西、川北各州縣，發展了隊伍，調動了大量清軍，減輕了對李永和部的壓力。這一時期藍朝鼎作戰的一個明顯特點，就是攻而不守，始終沒有建立一個可資立足的根據地，殲滅的敵人也不多。
同一時期，李永和駐軍五通橋，分兵在附近活動。1860年5月起圍攻井研，久攻不克，於9月初撤圍。部將張第才（又名張國福）率部進入富順、宜賓、南溪、隆昌。在隆昌擊斃知縣蕭慶，隨後游擊於川東南榮昌、大足、銅梁、永川間。李永和屯兵五里浩，分兵轉戰於川南富順、宜賓、威遠、榮縣、仁壽、資陽、南溪、隆昌、瀘州等地。11月，活動於各地的起義軍二三十萬人齊集富順、隆昌交界的牛佛渡，連營百餘座，活動於百里之外。這時起義軍人強馬壯，聲威正盛，屯兵牛佛渡數月之久，清軍「無一兵一勇過而問津者」１。
12月23日，張第才部義軍佔領永川，進入川東的藍朝鼎部也前往會師。不久，藍朝鼎部攻克榮昌，後經大足、銅梁等地北上圍攻遂寧，兩月未下，遂沿涪江北上，連克太和鎮（今射洪）、射洪（今射洪西北）二城，進圍潼川府城（今三台）。
二、綿州之戰
綿州（今綿陽）在成都東北二百七十里，為省城門戶。城東、北兩面依涪江，南臨安昌河。綿州知州唐炯，因任南溪知縣時鎮壓起義軍「有功」而為上司賞識。他剛一上任，就積極部署綿州的防守。1861年4月初，藍部起義軍圍攻潼川時，唐炯親率所部千餘黔勇駐紮潼錦交界之福源寺（葫蘆溪），並令各鄉團勇前往助守，又派州判顏佐才率兵一部扎豐谷井一帶，以為後應。
4月29日，藍朝鼎自潼川撤圍，率部直趨福源寺，清軍和團勇潰敗。起義軍沒有乘勝追擊，而集大軍於離綿州城三十五里的豐谷井，使敵人贏得了喘息的時間。唐炯逃回州城後，下令盡燒附郭民房，緊閉城門。5月4日，起義軍進至綿州城下，依山沿河修築營壘，圍困州城。在圍攻綿州的同時，分兵出擊，襲占安縣、彰明（今江油南）等地，獲取大量物資，運至綿州前線。5月24日，起義軍將在涪江巡守的清軍二十餘隻炮船盡數奪獲，完全控制了水陸交通。
圍攻綿州的藍朝鼎部有十餘萬人。綿州城內清軍甚少，團勇也為數不多。四川提督占泰率軍萬餘駐於羅江縣城，扼入省之路。因此，在兵力對比上，起義軍佔有絕對優勢。但綿州城垣堅固，易守難攻。城垣周七里有寄，高一丈九尺。城外除東面緊靠涪江外，北、西、南三面有壕，寬一丈五尺，深一丈。城壕近城一側築有壕牆，壕外置梅花樁。城內存糧極多。鑒於以上情況，唐炯採取了緊閉城門，憑險固守，靜以待援的方針。
藍部起義軍屯兵堅城之下，採取了持久作戰的錯誤方針。為阻水灌城，動用大量兵力在涪江、安昌河匯合處修築堤壩，因流急難以合攏，最後堤壩亦為大水沖毀。從5月初至9月初，起義軍在四個多月的時間裡，百計攻城，均未得手。在7月的一次伏擊戰中，起義軍曾大敗從羅江來援的占泰所部清軍，並擒殺占泰；但沒有乘勝擴大戰果，仍然傾全力攻城。
同年5月26日，前湖南巡撫駱秉章率湘軍五千餘人溯長江到達四川萬縣。50000061_0495_0１這時，李永和部將張第才、何國梁、何興順等率三萬餘入正圍攻順慶府城（今南充市）。駱部湘軍主將黃淳熙奉命率軍三千餘人由萬縣捨船上岸，經梁山、大竹直趨順慶。起義軍聞訊，由順慶沿嘉陵江而下，轉攻定遠（今武勝）。6月18日，湘軍趕至離定遠城十五里的姚家店，分三路發起突然襲擊。起義軍因缺乏準備，倉促應戰，傷亡慘重，何國梁犧牲。餘部退往二郎場一帶，與趕至該處的另部起義軍數千人會合。二郎場一帶四山壁立，道路盤旋曲折。起義軍利用有利地形設伏以待。21日，黃淳熙率部追至離二郎場二十里的萬古場，不見起義軍蹤跡。他求勝心切，乘夜繼續追趕。行十餘里，至燕子窩，與小鄙起義軍相遇。剛一交戰，起義軍即退走，黃淳熙下令奮力追趕。追過二郎場，義軍伏兵四起，清軍被逼處阡陌小塍之間，彼此不能相顧，以致一敗塗地，黃淳熙也被擊斃。起義軍隨即轉移至綿州，與藍部義軍會合。
駱秉章率後隊湘軍於6月30日行抵大竹，得悉前線失利，急忙趕往順慶。他一面令果毅營幫辦曾傳理代理營務，一面在湘軍「隨營勇侗（雜役）中選補士兵，並令在籍道員張由庚、武舉傅鴻勳招募川勇。因湘軍新敗，駱秉章只得暫留順慶，為進攻綿州做準備。
駱秉章長期與太平軍作戰，積累了不少鎮壓農民起義的經驗。入川以後，他沿途接見各府縣的官紳，搜集起義軍的情報。抵順慶府後，他鑒於藍朝鼎正率十餘萬人圍攻綿州，李永和正率十餘萬人圍攻眉州等地，並認為藍部「最為剽悍」，於是制定了一個由北而南，先藍後李，各個擊破的方針。在此以前，駱秉章還針對起義軍「散而不聚」、「剽而不留」等特點，和以往清軍「銳欲進攻而不能專向一處」，「此剿彼竄，莫收聚殲之功」，「備東缺西，終成流寇之患」的教訓，確定了「誘歸一處」、「合圍會剿」的作戰原則。１在作戰部署上，他決定以新任四川提督蔣玉龍所部，在川南眉州一帶牽制李永和部起義軍，不使北上，而以湘軍為進攻綿州的主力：總兵胡中和等率原蕭啟江部湘軍六千餘人由中江縣黃鹿鎮經楊家店進扎朱家橋，駱部湘軍由三台縣葫蘆溪進扎豐谷井，從南面進攻起義軍大營；副將唐友耕所部川軍與州判顏佐才新招「黔勇」從西面配合進攻，唐炯則從城裡配合湘軍行動。另外，在東、北兩面加強防守，以防義軍入陝。
經過兩個月的準備，駱秉章於1861年8月31日親率後隊湘軍由順慶進駐潼川府城。這時，正在圍攻綿州城的藍部起義軍十餘萬人，精銳集中於南門外。藍朝鼎率主力分駐於東嶽廟一帶，左軍都統吳維之等部駐塔山，前龍軍都統徐元柱等部駐榜山，右七營都統卯老伍等部駐十賢堂，「聯營六七里，前後相屬」。２此外，前營副帥訾洪發和左帥營都統戴老駐西門西山觀一帶，藍朝鼎從兄前軍副帥藍朝柱（藍大順）駐北門桑林壩、龜山一帶，水軍都統鄭十大耶率戰船控扼涪江水路。
9月5日，清軍一萬九千餘人全部出動，分數路向起義軍進攻（主戰場在城南）。湘軍護軍營一千六百餘人進攻塔山，湘軍果毅營三千餘人進攻榜山、十賢堂，湘軍湘果營（原蕭啟江部）六千餘人進攻東嶽廟。起義軍奮勇反擊。湘果營總兵胡中和部紛紛敗退，起義軍趁勢奮力追趕包抄。但由於塔山、榜山、十賢堂等處的起義軍戰敗，湘軍果毅營趕至東嶽廟助戰，胡部才免於被殲。經過激戰，起義軍最後雖然打退了敵人的進攻，但損失甚大。戰後，為了集中兵力，藍朝鼎率軍從東嶽廟轉移至西山觀一帶，藍朝柱從北門龜山、桑林壩一帶轉移至西門青衣壩，與訾洪發等共同據守。這時起義軍仍有八九萬人，在西山觀、青衣壩一帶修築營壘七十餘座，連營二十餘里。
9月18日，清軍經浮橋渡過安昌河，分三路向起義軍進攻：右路為湘軍護軍營和顏佐才所部黔勇，沿涪江支流直上，牽制青衣壩藍朝柱部義軍；中路為湘軍果毅營，從正面向西山觀進攻；左路為湘軍湘果營，繞攻西山觀側後。西山觀山勢險峻，不利仰攻。起義軍在藍朝鼎親自指揮下，奮勇殺敵，有時衝下山坡，與敵人短兵相接，有時退回山頂，以火力殺傷敵人。後因左路清軍湘果營由扁堆山經孫家咀、趙家坡繞至西山觀後，並攻上山梁，向起義軍營壘施放噴筒火箭，拋擲火蛋，陣地上煙焰蔽天，西山觀終為清軍佔領。藍朝鼎、藍朝柱率部退往綿竹、什邡、彭縣一帶。
綿州之戰，是李藍起義戰爭極關重要的一戰。在此之前，起義軍一直處於主動地位，清軍則處於守勢。當時，四川除成都駐有少數旗營外，主要是綠營兵，名義上有二萬八千餘人，其實多不足額，且分駐各地，兵力極為分散。但是，李藍起義軍沒有利用這一大好形勢，對迅速發展起來的部隊進行整頓訓練，以致部隊武器裝備和軍事素質都很差。以這樣一支缺乏攻堅能力的部隊，頓兵於堅城之下，圍城數月之久，這在作戰指揮上顯然是錯誤的。而駱秉章所指揮的清軍，兵力雖處於劣勢，但其主力是裝備精良、訓練有素的湘軍。駱秉章采勸合圍會剿」的方針，集中全部兵力，發動強攻，速戰速決，揚長避短，因而取得了勝利。藍朝鼎在強敵進攻面前，沒有及時果斷地率軍轉移，反而與敵人進行陣地決戰，正好中了敵人的圈套，一戰損失七八萬人，元氣大傷，使戰爭形勢發生了根本性的變化。從此，起義軍在戰略上由進攻轉入了防禦。
三、眉州之戰（參見附圖十二）
眉州城東臨岷江，西接丹稜，南通青神，北連彭山，為省城南面的門戶之一。
1861年4月，李永和、卯得興部起義軍先後攻佔仁壽、青神，將仁壽縣改名為長樂縣，青神縣改名為安樂縣。其後，李永和派周庭光以大督統名義留守青神縣城，並分軍游擊於資州（今資中）、資陽、富順、宜賓、彭山、名山、蒲江、丹稜、崇慶、大邑等州縣，自率大軍圍攻眉州城。起義軍雖然屢次擊敗圍剿的清軍，但眉州城卻一直沒有攻下。
綿州之戰失利後，藍朝鼎經安縣南下，所部僅剩萬餘人。原駐守羅江略坪場的藍部義軍「李長毛」、謝大德之妻「謝寡婦」１部二萬餘人孤立無援，9月23日又受到唐友耕部川軍的進攻，即退往綿竹，與藍朝鼎部會合，後進駐什邡李家碾、河壩子等地。不久，湘軍趕至，起義軍迅速轉移，經彭縣、灌縣、郫縣入崇慶州。10月13日，突遭湘軍襲擊，再次受損。藍朝鼎率部退向大邑、邛州。李永和派何祟政率萬餘人前往迎接。10月20日，藍朝鼎、何崇政部攻佔丹稜縣城，與眉州李永和部成犄角之勢。
李永和部十餘萬起義軍屯駐於眉州城西南的象耳寺、快活山以至黃中壩、張家坎一帶，與丹稜、青神聲勢相聯。主力集結於虎皮塘、松江口及其附近的鐵門坎、石灰窯等地，「或於山上築壘，或就民房立營，皆重塹深壕，至為堅固」１。李永和設大營於距松江口不遠的劉家祠堂。岷江東岸，由卯得興率部據守王家嘗洪廟一帶，並向北發展，控制了水陸交通，切斷了米糧出入之道。
駱秉章認為，李永和部圍攻眉州府城，威脅成都，而藍朝鼎部新敗，餘部與李永和部合併，「亟宜迅籌圍剿，逕搗老巢，以收聚殲之功」２。於是令四川提督蔣玉龍派川軍一部牽制丹稜藍朝鼎部，防其東援眉州，北走蒲、邛；以全部湘軍和部分川軍進攻眉州。其部署如下：湘軍湘果營六千餘人由崇慶州取道將軍廟、多悅鎮進扎眉州西北的順和場；湘軍果毅營三千餘人、護軍營二千餘人以及副將朱桂秋等三營由彭山進扎眉州以北悅興嘗金魚山一帶，與湘果營聯絡聲勢，向眉州西南一帶進攻。此外，唐友耕部川軍四千餘人和總兵黎德盛部二千餘人由太和場渡過岷江，進攻東岸起義軍，候補知縣陳紹惠統帶水師炮船沿江下駛，進攻起義軍水寨，水陸配合，阻止眉州起義軍渡河東走。
11月初，唐友耕部首先到達眉州，接著，湘軍各部亦陸續到達。李永和聞訊，即收縮陣地，將岷江東岸的起義軍調至河西，加強張家坎、黃中壩的防守，並放棄象耳寺陣地，以加強松江口一帶的防守。7日和8日，湘軍移營，由順和嘗悅興場進至眉州城西，準備會攻松江口。正在這時，藍朝鼎派出何崇政、謝大德之妻率二萬餘人由萬盛場一帶進至東瓜場，威脅清軍後路。駱秉章決定先打援軍。11日，湘軍護軍營和湘果營分數路進攻，用劈山大炮向東瓜場轟擊，迫使何崇政等部棄場退走。
13日，駱秉章令黎德盛、唐友耕會合陳紹惠之水師炮船，由河東王家場進攻張家坎；以湘軍果毅營由黃中壩渡河進攻松江口，護軍營和朱桂秋等三營與湘軍湘果營左右配合，向起義軍發起總攻。起義軍頑強抵禦，奮勇殺敵，擊退敵之多次進攻。清軍實行迂迴包抄，前後夾擊，終於佔領了松江口，衝入李永和大營，縱火燒燬劉家祠堂和硝藥局，數萬斤火藥爆炸。李永和率部退卻，沿路又遭清軍截殺，傷亡三萬餘人。當夜，徐家沖、五里山、張家坎、黑龍嘗蓮花嘗思濛場等處起義軍皆退據青神。
李永和雖撤眉州之圍，但起義軍仍西據丹稜、南占青神。清軍如南攻青神，藍朝鼎部可從丹稜進佔眉州、彭山，危及清軍後路。因此，駱秉章放棄原定計劃，以唐友耕一軍進駐青神城北洪化偃，牽制李永和部，防其渡河而東；令湘果、果毅、護軍諸營由眉州西進，與川軍聯合，圍攻丹稜。
藍朝鼎等率四五萬起義軍堅守丹稜。該城四面依山，樹林茂密，南門外有河溝數道，不便進兵；東、西、北三門外均有起義軍依山為營，連營四十餘座，長壕高壘，鹿角釘板環列，易守難攻。1861年12月初，清軍發起進攻，起義軍據壘堅守。清軍投放火箭噴筒，起義軍將壘中棚席等易燃物品盡行撤去。清軍多次強攻，起義軍「堅伏牆內，炮石紛投」，大量斃傷敵人。清軍連攻兩天，「計窮力盡，竟不能拔一壘」１。強攻失敗後，清軍改行圍困戰術，距起義軍營壘三四里處，分軍扼駐，並規定起義軍從何路突出，「即惟該路駐守將弁是問」。12月12日，清軍在各要道掘長壕，設木城，出遊騎，斷糧道，以為坐困之計。為粉碎敵之圍困，起義軍於當夜從西門衝破川軍封鎖，突圍北走：藍朝柱率部先行，訾洪發、李長毛、謝大德之妻率部繼進，藍朝鼎親率後隊掩護。清軍跟蹤追擊。13日晨，川軍追至麻柳溝，與起義軍後隊接戰。藍朝鼎且戰且退，搶登插旗山，扼險抵禦。正相持間，湘軍陸續趕到，四面圍攻，並從山後爬上山頭。藍朝鼎率眾突圍，在衝下山時不幸為清軍刺中額部，壯烈犧牲。起義軍餘部由藍朝柱等率領，經蒲江北上。駱秉章一面令湘軍繼續追擊，一面令蔣玉龍率全部川軍回扎思濛場和蓮花場，與唐友耕合攻青神。
李永和自眉州退至青神後，與原留守該處的周庭光共同據守，擁有兵力六七萬人。圍攻青神的清軍共約萬人左右。因此，在兵力對比上，起義軍仍佔有很大優勢。但李永和新敗，僅以保守青神為目的，當清軍進攻丹稜的藍朝鼎部時，竟未積極配合作戰。待藍部放棄丹稜和藍朝鼎犧牲以後，李永和部面臨清軍強大壓力，戰鬥意志頗受影響。駱秉章為防其乘虛突圍，令蔣玉龍部川軍駐城西、城南，與城北唐友耕部聯絡聲勢，令黎德盛等部嚴密防守岷江東岸，水師炮船則在附近江面晝夜巡哨。12月下旬，起義軍幾次從城南突圍未成。駱秉章急令湘軍捨藍朝柱、訾洪發餘部於不顧，回師青神，「以為合圍聚殲之計」。1862年1月17日，湘軍已由新津折回眉州，李永和趁其尚未進抵青神之機，組織起義軍突圍。當晚，先由數千人手持燈籠火把，從南門衝出北走，吸引圍城清軍；李永和、卯得興親率數萬人，由西南門潛出，以少量兵力攻劉家場清軍，大隊沿山邊小路，靜悄悄地行進，從宋家壩、觀音灘、象鼻灘等處搶渡岷江。李永和、卯得興突圍成功後，率部返回犍為東北的鐵山地區，周庭光則率萬餘起義軍繼續留守青神。
鐵山地區是李永和部起義軍重點據守的地區。這裡東連自貢鹽場，西接犍樂鹽場，不僅物產豐富，而且到處峻嶺險寨，易守難攻。1860年春，李永和、藍朝鼎曾率起義軍東渡岷江，第一次進入鐵山地區，以後又多次進入該地區活動。起義軍在這裡開倉濟貧，除暴安良，執行了一系列有利於群眾的政策和措施，深受群眾擁護。
李永和等率起義軍餘部再次進入鐵山地區後，湘軍接踵而至。駱秉章一面指令嘉定、敘州兩府所屬州縣派團練防守通向鐵山的道路和隘口，斷絕起義軍的糧食來源，一面令湘軍圍攻起義軍。起義軍深溝高壘，憑險固守；同時，分軍萬餘人（由李長毛等率領）駐毛家寺，與鐵山相犄角。湘軍多次進攻，均遭失敗。但由於糧道斷絕，起義軍無法繼續堅守，被迫轉移。1862年3月30日，駐守毛家寺的萬餘起義軍經竹根灘、牛華溪、河壩場前往青神，清軍派出部分兵力跟蹤追擊。次日夜間，李永和、卯得興趁機率部撤離鐵山。後為清軍所阻，被迫分軍：李永和率八九千人暫駐富順、隆昌間之天洋坪；卯得興率萬人扎宜賓屬之八角寨。八角寨距自貢鹽場僅一百餘里，對其威脅較大。因此，駱秉章以全部兵力圍攻八角寨，阻止卯得興與李永和會合；對天洋坪李永和部，則僅令瀘州、富順、隆昌、榮縣等州縣的團練進行圍攻。5月13日夜，李永和率三千餘人離天洋坪，沿途遭團練截殺，損失很大，最後僅率百親人入八角寨，與卯得興會合。
八角寨林深徑仄，山徑陡險，山下水田縱橫。李永和、卯得興恃險堅守，以致湘軍圍攻數月，毫無進展。8月，秋糧將熟，湘軍逼壘而居，切斷了起義軍下山收糧之路；同時，增兵一千五百人，並以新運至的大炮不斷向起義軍營壘轟擊。起義軍糧斷，決定突圍。9月6日夜，先以千餘人攻朱桂秋營做掩護，李永和、卯得興等率眾潛出，經花古嘗大塔嘗泥溪、岳坡等地，於9日到達鐵山地區龍■常
龍■場四面環山，南面為黑虎台，東、北、西三面為環龍山，環龍河流經其西。環龍山下有一山洞，名龍洞。只要在黑虎台附近修築堤壩，環龍河水即可由龍洞灌入龍■場，使之變為澤國。如此絕地，本為兵家所忌。但李永和鑒於該處存糧尚多，決定在龍■場據守。
李永和率軍到達龍■場後不久，清軍即嚴密地包圍了該常駱秉章派出奸細混入李軍，刺探軍情，繪製地形圖。接著，清軍沿場周圍挖掘長壕，壕外築牆；接連水田之處，則編木為柵，築起數道「木城」牆柵之外，又密佈梅花樁。起義軍被困重圍，「人人有必死之心，困而猶鬥，儼然勁敵」１。清軍圍攻月餘，未能攻破，駱秉章不得不派四川布政使劉蓉前往督戰，劉蓉派人持信前往龍■場誘降，李永和等予以拒絕，並率部奮力突圍。清軍無計可施，竟將環龍河閘斷，阻水灌場，給起義軍造成極大威脅。10月18日，起義軍首領李永和、卯得興等十餘人於豬市坡被俘。次日晚，訾洪發等四千七百餘人也慘遭殺害。李永和、卯得興被解往成都後，英勇就義。
四、起義軍餘部轉戰陝西
李藍起義軍由於綿州、眉州兩次作戰失利，損失極大，藍朝鼎和李永和又先後犧牲，四川的革命形勢轉入低潮。起義軍難以在四川立足，便相繼離開四川，進入陝西。
1861年底藍朝鼎犧牲後，藍朝柱、訾洪發等率餘部繼續北上。在彭縣濛陽場遭湘軍果毅營襲擊，藍朝柱與訾洪發分軍：訾洪發等經川東入川南富順、隆昌等地，與李永和部會合；藍朝柱則率部經漢州（治今廣漢）高坪鋪、德陽孝泉嘗安縣黃土場，進入江油（治今江油北）、石泉（治今北川西北）交界的太華山中。1862年1月，藍朝柱率部東走，欲與原在川東活動的起義軍會合。另部由鄧天王率領，後進入平武山中，因遭清軍圍剿東走，進入陝西寧羌州（今寧強）境內。
藍朝柱率百餘人經南部入達縣、東鄉（治今宣漢），與張第才、郭富貴等部起義軍會合。1862年2月8日，攻克新寧（今開江），3月5日放棄，南入墊江縣境，後與曹燦章部義軍合攻墊江縣城。因曾傳理部湘軍趕至，張第才、郭富貴、藍朝柱等退往涪州（今涪陵）北面的鶴游坪，繼經豐都、忠州（今忠縣）、萬縣進入雲陽縣雲安鹽常候選知縣易佩紳率湘軍由夔州（今奉節）來攻，藍朝柱率部折往開縣。5月24日，藍朝柱部攻佔太平廳（今萬源）。6月初，離大平經煙燈埡進入陝西境，一舉佔領定遠廳城（今鎮巴），獲得大批物資，部隊亦得到補充。6月9日起圍攻西鄉， 18日攻入城內，殺知縣巴彥善。藍朝柱乘勝向洋縣進軍，陝西布政使毛震壽領兵逃跑。7月5日，洋縣群眾打開城門，迎接起義軍入城。
郭富貴一部三千餘人在雲安鹽場與藍朝柱分兵後，東走大寧（今巫溪），因遭清軍襲擊，於8月初進入陝西平利縣之八仙街。後又轉入湖北，連克竹溪、竹山。不久，復折回陝西，攻平利不下，轉攻磚坪（今嵐皋），破城後繳獲一批火藥，隊伍亦發展到三萬餘人。郭富貴原準備沿漢江西上，與藍朝柱會師，因得知回民起義軍正圍攻西安，遂改變計劃，揮軍北上，經子午谷，越秦嶺，直趨西安，欲趁機奪取省城。9月17日，進至長安附近的子午峪，為清軍勝保部所阻，作戰失利，遂西走鄠縣（今戶縣）。這時部隊僅剩二三千人，經盩厔（今周至）黑水峪進入郿縣（今眉縣），在高店鎮再次戰敗，餘部千餘人向寶雞、鳳縣（治今鳳縣東北）山中撤退。後進入甘肅，攻陷兩當，又經徽縣走成縣，於11月下旬進至階州（治今武都）境。復轉入陝西，克略陽，準備東走洋縣，與藍朝柱會師。中途為清軍所阻，遂由寧羌州入川，向川東進軍。1863年1月3日，郭富貴於巴州（治今巴中）鼎山鋪被俘，全軍覆沒。
藍朝柱取得洋縣後，改洋縣為靖川，建立政權，自稱「大漢顯王」，封蔡昌齡（藍二順）１為怡王，並在四鄉設官，下令安民。起義軍紀律嚴明，深受群眾擁護。陝西布政使毛震壽所率川軍，屢為藍部起義軍所敗。1862年12月，起義軍包圍漢中府城。藍朝柱部在陝西異軍突起，成為一支重要的革命力量。
1863年初，太平天國扶王陳得才率二十餘萬太平軍再度入陝，連克平利、興安（今安康）、紫陽、石泉。佔據洋縣的藍朝柱派人前往歡迎。雙方協議，藍部義軍讓出漢中盆地，以洋縣西二十里之謝村為界，東歸藍朝柱部起義軍，西歸太平軍。接著，太平軍與藍部共同圍攻漢中府城。同年10月，連克漢中府城和城固縣城。之後，藍朝柱率軍退出漢中盆地，回扎洋縣。不久，藍朝柱分兵攻佔佛坪、留壩、華陽鎮等地，設官理事，以穩定後方；自率部分起義軍北上，於11月19日佔領盩厔城。
盩厔系關中重鎮，離西安僅一百餘里。起義軍佔領該城，嚴重地威脅著省城西安。這時，曾經予陝西當局以巨大打擊的陝西回民起義軍已遭受嚴重挫折，統治者非常害怕藍朝柱與回民起義軍結合，使關中地區的革命烈火重新燃燒起來。因此，西安將軍多隆阿急從正在鎮壓回民起義軍的清軍中抽調穆圖善、姜玉順等馬步十六營，由興平趕至盩厔。多隆阿本人也親至盩厔指揮清軍圍攻。藍朝柱一面向漢中太平軍請援，一面組織力量堅守。
多隆阿紮營於距盩厔東門一里的沙河岸上。清軍將盩厔城團團圍住，所挖地道被起義軍破壞，遂改為強攻。時值隆冬，起義軍在城牆上放置棉花包，澆水成冰。清軍不但難以攀登，而且炮彈落到結冰的棉花上，效力大減。1864年3月4日，清軍緣梯攻城，城上滾木擂石齊下，死傷甚眾。3月10日，清軍以地雷炸城，城牆僅塌數尺。清軍攻城數十次，傷亡三千餘，仍不得入。
盩厔被圍期間，駐留壩太平軍接到藍朝柱求援信後，曾答應派兵救援，但因與留駐洋縣一帶的藍部起義軍發生衝突，「互相攻擊，死傷萬計」１，終未往援。正在甘肅兩當、徽縣一帶活動的太平軍鄭永和部（由四川北上的石達開舊部）趕來援救，因在鳳縣黃牛堡為清軍所敗，未能到達。從寧陝北上的曹燦章部義軍因遭敵軍阻截，救援計劃亦未能實現。由於援絕，藍朝柱自3月中旬開始多次組織突圍，均未成功。
3月30日，清軍再次用地雷炸城，千餘人從缺口處搶登，被起義軍擊退。多隆阿見清軍敗退，親登炮台指揮。起義軍槍炮齊射，彈中其目。當晚，藍朝柱率起義軍從預先挖好的地道撤出盩厔。城內百姓繼續戰鬥，直至4月1日凌晨，清軍才得以進城。不久，多隆阿因傷重喪命。4月11日，藍朝柱於安康紫溪河遇伏身亡。
由於天京危急，陝南太平軍撤離陝西，加之新任陝西巡撫劉蓉率領湘軍由川入陝，並佔據漢中，陝西的革命形勢逐步惡化。藍朝柱部的失敗，更使力量對比向有利於清軍的方面轉化。藍朝柱犧牲後，曹燦章率部轉戰於鎮安，安康一帶，到處遭到清軍和團練的襲擊，損失甚大。5月22日，曹燦章在鄂縣玉皇廟被俘犧牲。長期轉戰於陝、鄂、豫三省交界地區的蔡昌齡，得知藍朝柱犧牲，自湖北鄖西入陝報仇，因遭清軍阻截，游擊於鎮安、鄖西交界之大小心川一帶。這時，原石達開部太平軍鄭永和部仍留在陝西、湖北邊境，太平軍啟王梁成富部亦折回鄖西。彼此取得聯繫後，梁成富和鄭永和均率部赴小心川與蔡部會師，總數達到四五萬人。因「附省一帶，新麥方登，防兵又少」１，遂由鎮安北趨孝義廳（今柞水），6月6日出大峪口，佔領西安以南的尹家衛（引駕回）。後因清軍極力防堵，遂轉戰而西，經鄠縣入盩厔縣境。陝西巡撫劉蓉調集清軍采勸東西夾擊，節節逼緊」，「布列長圍，絕其糧道」的戰術，企圖將起義軍「一鼓聚殲」。２與此同時，利用投降人員大搞招降活動。不久，天京陷落的消息傳來，起義軍士氣低落，一部分人滋長了妥協動搖情緒。7月底至8月上旬，蔡昌齡部都統王洪興、太平軍啟王梁成富部王克昌和彭學進、石達開舊部鄭永和、梁成富部羅啟發等先後率部投敵，使起義軍人數銳減。但蔡昌齡、梁成富不為所動，頂住逆流，堅持戰鬥，使劉蓉「不過五六日可期一鼓聚殲」的美夢遭到破產。8月13日夜，起義軍趁傾盆大雨，從盩厔焦家巷突圍，越秦嶺，經洋縣、城固、沔縣（今勉縣）、略陽，於9月初進入甘肅境內。
五、階州保衛戰和起義的最後失敗
蔡昌齡、梁成富所部接近陝甘川邊境時，僅有四千餘人，後有湘軍蕭慶高、何勝必兩部以及參將龔良臣等部二十餘營清軍追擊，劉蓉又飛咨四川總督駱秉章嚴防四川廣元、劍州（今劍閣）各處隘口，並通知甘肅鞏秦階道林之望派兵防守徽縣、成縣、禮縣等地。
1864年9月初，蔡昌齡、梁成富經白馬關入甘肅階州境。階州地處甘、陝、川邊界，三省統治者各有打算，無法全力對付起義軍。蕭慶高、何勝必等部被調回四川防守，龔良臣部被派往甘肅河州（今臨夏），其餘各部分防陝邊。由於清軍各部遷延觀望，起義軍得以擺脫追兵，並於9月18日一舉攻克階州城。
蔡昌齡、梁成富以階州為據點，積極發展力量，很快達到三萬餘人。起義軍在階州修製器械，廣儲糧食，增高城牆，並在周圍三四十里內修築數十座堡壘，派精兵扼守各隘口。蔡昌齡等還與鹽關回民起義軍取得聯繫，遙相呼應。
陸續前往圍攻階州的清軍約計二三萬人。由於缺乏統一指揮，有的遲至1865年1月上旬才到達。
戰鬥首先在階州外圍諸壘進行。雖然起義軍的絕大多數是新入伍者，武器很差，又只經過短期訓練就參加作戰，但表現卻極為英勇。當清軍小部隊單獨活動時，起義軍以迅疾的行動給敵以突然襲擊；如遇強敵進攻，則憑城據壘，深匿不出；清軍逼近城壘，則槍炮齊發，殺傷敵人。清軍的進攻屢屢失敗。不得不改變戰術，一面扼守糧道，誘使起義軍出戰，一面大搞誘降活動，對起義軍進行分化瓦解。1865年4月17日，舊城山守軍糧盡援絕，先鋒楊興華率百餘人投敵，22日，又有三官殿兩壘守軍六百餘名投降。清軍逐漸攻佔城外各壘，並由北山挖地道直通城邊。6月6日黎明，清軍用地雷炸塌城牆數丈，趁勢衝入城內，起義軍與敵展開巷戰。蔡昌齡、梁成富率領部分將士退入城南堡壘。清軍投擲火彈，堡壘起火，蔡昌齡和梁成富又率百餘人從火中衝出，與敵人搏鬥。終因寡不敵眾，蔡昌齡受傷倒地，為清軍殺害；守城起義軍也全部壯烈犧牲。梁成富受傷被俘，不久在成都英勇就義。
階州保衛戰的失敗，標誌著有數十萬群眾參加的持續六年之久、活動範圍遍及滇川鄂陝甘五省的李藍起義戰爭的最後結束。