一、破壞臨時約法，實行專制統治
袁世凱就任臨時大總統以後，雖然把持了中華民國中央政府，控制了許多省份和大量軍隊，但還沒有控制整個中國；以孫中山為領袖的資產階級革命派，仍然據有江蘇、江西、安徽、廣東、福建等七八個省和幾十萬軍隊，在臨時參議院中還有相當的力量，在人民中間依然具有較大的影響。為此，袁世凱採取鎊種手段，處心積慮地分化、打擊革命力量，破壞民主政治，以便建立專制獨裁統治。
孫中山讓位於袁世凱前，曾頒布了《中華民國臨時約法》，明確規定實行資產階級共和國的國家體制，並對臨時大總統的權力作了種種限制。其中規定：臨時大總統任命國務員和外交官員，制定官制、官規以及宣戰、媾和、締約等，須經參議院同意；臨時大總統公佈法律及命令，須經國務員（包括國務總理和各部總長）副署才能生效。孫中山企圖用這些條文束縛袁世凱的手腳，維護民主共和制度。但袁世凱上台不久，就違背了「謹守憲法」的誓言，無視共和政體，肆意踐踏臨時約法，凡事置內閣於不顧，專橫跋扈。1912年6月，袁在王芝祥的任命問題上，公然破壞公佈命令須經國務員副署的規定１，獨斷專行，將內閣總理唐紹儀逼得棄職出走，農林總長宋教仁和教育總長蔡元培等也憤而辭職。唐紹儀辭職後，由陸征祥任國務總理。不久，又由袁世凱的心腹趙秉鈞取而代之，把內閣變成了他的御用機關。
1912年4月，臨時參議院由南京遷到北京，各黨派經過激烈的爭奪、分化和改組，逐漸形成了以黎元洪為首的共和黨、以章炳麟為首的統一黨和以梁啟超為首的民主黨。這三黨主要由一些立憲派、舊官僚政客、資產階級上層分子為骨幹組成１。它們反對同盟會，擁護袁世凱，力圖控制國會。同盟會則在宋教仁等主持下，聯合統一共和黨等幾個小黨派，於1912年8月建立國民黨，選舉孫中山為理事長，黃興、宋教仁等為理事。由於孫中山當時表示自己從事實業，故整個黨務由宋教仁代理。國民黨企圖在妥協中求發展，幻想在暫時維持袁世凱個人權位的前提下，通過「新舊合作」、「朝野合作」、政黨競爭、發展實業等措施，擴展資產階級的經濟、政治實力，進而組織責任內閣，把中國納入資產階級「政黨政治」的軌道。在1912年12月至1913年2月的第一次國會選舉中，國民黨獲得了壓倒多數的議席。宋教仁大受鼓舞，於是四出奔走遊說，宣傳「政黨政治」、「議會政治」，希望由國民黨組織內閣，以分袁之權。宋教仁的活動，觸怒了寸權不讓的袁世凱。他派人於1913年3月20日在上海車站將宋暗殺。「宋案」發生後，全國輿論大嘩，一些革命黨人開始看清了袁世凱的反動面目，重新走上討袁的道路。首先主張武力討袁的是孫中山。3月26日，孫中山從日本回到上海，當晚在黃興寓所召開緊急會議。孫中山認為「袁氏將撥專制之死灰，而負民國之付託」，主張立即發動「二次革命」，興師討袁。但黃興、陳其美等認為革命派「元氣未復」，兵力不足，對於「宋案」，主張「靜待法律解決」１。當時，不少國民黨要人與黃興持相同態度，孫中山孤掌難鳴，只好暫時作罷。革命黨人的猶豫不決，為袁世凱進行戰爭準備提供了充裕時間。
二、加緊戰爭準備，策劃鎮壓革命
（一）裁遣革命軍，擴充北洋軍
以武力消滅資產階級革命力量，實現專制獨裁統治，是袁世凱的既定方針。以欺騙手段削弱革命黨人的軍事力量，則是袁世凱進行戰爭準備的第一步。
從武昌起義到民國建立，全國陸軍總數約九十八萬六千四百餘人１。這些軍隊，分別以南京臨時政府統轄的南方革命軍和袁世凱的北洋軍為中心，形成革命與反革命兩大軍事陣營。南方革命軍共有陸軍八十個師團，約四十五萬人１。僅江蘇一省就集結了二十多個師，約十五萬人１。臨時政府遷至北京後，黃興以南京留守名義主持留守府，統轄南方各軍。革命軍控制的南方各省，地形複雜，土地肥沃，物產豐富，商業發達，有比較優越的地理和物質條件。袁世凱的嫡系部隊有北洋新軍第一至第六師和第二十師，禁衛軍一個師和一個混成旅，總數約十一萬四千人。北洋軍主要駐紮於冀、魯、豫三省，其勢力延伸到長江以北各個地區２。這些地區除山東外，多為貧瘠之地，農業產量較低，工商業不夠發達。因此，北洋軍缺少堅實的經濟基矗
靠反動軍事力量起家的袁世凱，深深懂得軍權的重要性。在他就職之初，首先頒布「訓勉軍人令」，提出「軍人對於本大總統，有服從之義務」１；接著，袁又借口「南方軍隊驟增，糜餉過巨」而「倡議裁兵」１，同時對駐寧十幾萬軍隊扣餉不撥，並散佈南京留守府「擁兵自衛」、「勢同樹敵」２的輿論，對革命黨人施加壓力，迫其撤守、裁軍。革命黨人看不清袁世凱的險惡用心，認識不到兵權對革命的利害關係，客觀上也遇到了軍餉匱竭的困難。黃興等為使「南北嫌疑盡泯」，達到「行政統一，民國基礎自趨鞏固」３，立即對革命軍進行裁撤。駐寧軍隊按照「客軍各回原省，留寧之軍汰弱留強」４的原則，先後解散了十餘萬人。南京留守府也於1912年6月14日主動撤銷。在江蘇的影響下，南方各省紛紛傚法。如湖南原有五個師兩個旅，縮編為五十三個守備營和一個混成旅；湖北原有八個師兩個混成旅，先後裁減五個師；江西也裁減八個團以上。到討袁戰爭爆發時，由革命黨人控制的軍隊僅剩十餘萬人。其中，江西有兩個師一個混成旅，江蘇有四個師兩個混成旅，安徽有一個師，湖南有一個混成旅，廣東有兩個師一個旅，福建、四川各有一個師。
此外，袁世凱還施展種種伎倆，拉攏收買南方革命軍的軍官，破壞南方革命軍的團結，並製造借口，槍殺革命軍將領，排斥革命黨人，使革命勢力受到削弱。
與此相反，袁世凱所控制的武裝，非但沒有減少一兵一卒，反而大大膨脹起來。在此期間，除繼續加強北洋陸軍七個師和中央禁衛軍一個師外，袁又命馮國璋將原直隸陸軍第一標擴編為混成旅，以劉詢為旅長；把為鎮壓武昌起義而招募的備補軍五路（每路五營）改為拱衛軍，另增募備補軍五路（1913年2月改編為護軍，直隸中央）；將原駐奉天的陸軍第二混成協改編為陸軍第二混成旅；令倪嗣沖在皖北編練新軍二十餘營；另增編騎兵第二旅和陸軍混成第一團，直屬陸軍部。這樣，到1913年初，僅北洋軍和直、豫、魯三省軍隊，就已達二十二萬一千四百餘人１，總數遠遠超過南方革命軍，改變了武昌起義後南多北少的兵力對比情況。
（二）大量購置軍火
袁世凱在加緊擴軍的同時，還大量購置軍火，提高軍隊戰鬥力。1913年4月29日，袁指令陸軍部派專員赴天津，通過奧國洋行向德國訂購大宗軍火，計有野炮十八門、機關炮四十門、機關鎗八挺、1888年式快槍五萬支、各種子彈四百萬發。另向奧國訂購1895年式曼利夏步槍一萬四千支。同時，密令上海製造局將槍彈五十萬發解送揚州，交徐寶珍師儲存；令福建、德州製造局和漢陽兵工廠趕製槍炮運送北京，裝備北洋各師。袁還通過大軍火商雍劍秋接收德國艾哈德兵工廠「無償送給」的步槍六千支，口徑為二百四十毫米的大炮十尊（戰爭打響後，德國公使又通過雍劍秋送給袁世凱步槍一萬支、口徑為七十五毫米的大炮二十尊和斯密特手槍等軍火一批）。另由海軍總長劉冠雄出面，向德、美、奧等國訂購新式魚雷艇，其中德國四艘、美國三艘已於1913年初駛達上海。這樣，北洋軍在裝備方面也遠遠超過了南方革命軍。此外，袁還秘密派人攜大宗款項，到武漢等地購買糧米，以備軍用。
（三）舉借外債，籌集戰爭經費
袁世凱大搞擴軍，使國家財政更顯拮据。根據北洋政府的預算，1913年度的財政收入為四億一千二百六十六萬餘元，而支出則為四億九千七百八十七萬餘元，赤字八千五百二十餘萬元２。而這一年全國軍費開支預算，僅陸軍就達二億元以上，後雖一再壓縮，仍達一億六千餘萬元。加上海軍用費九百八十七萬元和各項臨時開支，全部軍費約占總支出的五分之二。這樣龐大的軍費開支，仍遠不能滿足袁世凱發動反革命內戰的需要。為了籌集戰爭經費，袁不惜飲鴆止渴，以各種手段向帝國主義國家借款。據統計，從1912年1月到1913年4 月中旬，袁世凱向外國借款共二十八次，其中全部或大部用於購買軍火、充當軍政費用的借款有十七次。款項較大的有：1912年上半年從外國銀行取得的五次墊款（總計銀一千二百餘萬兩）；1912年至1913年瑞記洋行的三次軍火貸款（共三百五十萬英鎊）；1913年4月10日與奧國簽訂的購買軍艦借款（三百二十萬英鎊）３。這些借款都是以出賣國家主權或接受高額利息而獲得的。但是，袁世凱仍不滿足於以上借款，又於1913年4月26日背著國會，與俄、英、法、德、日組織的「五國銀行團」簽訂了二千五百萬英鎊的巨額借款合同，即所謂「善後大借款」。該借款合同規定四十七年還清，以鹽稅為擔保，並由銀行團指派外國顧問和會計監督中國財政開支。
袁世凱通過「善後大借款」，博得了帝國主義的歡心和支持，同時更加引起了中國人民的不滿。革命黨人尤表憤慨，紛紛通電指責，要求袁「立罷前議」。孫中山向五國銀行團寫信聲明：中國人民不承認非法借款。對於革命黨人要求嚴懲暗殺宋教仁的兇犯和反對借款的呼聲，袁世凱斥之為「有意破壞，煽動訛言，逞少數人權利之私圖」４。5月21日，他公開發表聲明，攻擊孫中山、黃興「左又是搗亂，右又是搗亂」，「除搗亂外無本領」；聲言「彼等若敢另行組織政府，我即敢舉兵征伐之！」５6月，他借口柏文蔚、李烈鈞、胡漢民三都督曾通電反對善後大借款是不服從中央，先後下令將三人褫職。與此同時，密令北洋軍沿京漢、津浦路向南開進，決心推行其蓄謀已久的「武力統一」計劃。