在江西、江蘇兩省軍隊與敵鏖戰的同時，上海及廣東、湖南、安徽、四川等省也相繼宣佈獨立。但因獨立日期參差不齊，各省內部矛盾重重，討袁軍步調不一等種種原因，都先後歸於失敗。
上海方面 1913年7月16日，吳淞炮台官兵首先宣告獨立。18日，革命黨人陳其美宣佈上海獨立。這時，前松江鎮守使鈕永建也帶領在松江獨立的部隊（水師陸師共五營）歸附上海。這樣，加上已經抵滬的劉福彪福字營和原駐軍第三十七、六十一團１，上海討袁軍約有七千五百人左右１。駐滬討袁軍總司令陳其美認為兵工廠是軍隊的命脈，希望通過「磋商」和平接收江南製造局，但遭到駐防該局的袁軍拒絕。隨後即決定集兵進攻江南製造局。23日凌晨，鈕永建等率六十一團、三十七團、松軍、鎮軍及福字營向製造局發動進攻。
駐守製造局的袁軍，有新從北方調來的海軍警衛隊三個營、北洋軍第四師兩個團１和原駐該局之水師一個營，共約一個師的兵力。袁世凱任命派駐上海的海軍警衛隊總執事鄭汝成和駐滬海軍總司令李鼎新為前敵指揮。鄭、李躲在停泊於黃浦江的軍艦上，指揮製造局守軍抵抗滬軍的進攻。由於袁軍築有堅固工事，火炮亦多，滬軍雖日夜猛攻，終不能克。30日，一部軍隊退往閘北，為英軍繳械；鈕永建、劉福彪等率另一部軍隊撤往吳淞及寶山一帶。
這時，鄭汝成率艦至吳淞，海軍總長劉冠雄也派四艘軍艦到滬。8月2日，各艦環列吳淞江面，輪番轟擊炮台。炮台守
軍奮勇還擊，重創旗艦「海圻」號。旋因劉福彪部企圖投敵，雖被鈕永建等查覺，將該部繳械，但滬軍實力大為減弱。13日，袁軍水陸夾擊吳淞炮台。鈕永建、居正率部放棄炮台，退往嘉定。不久，即解散軍隊，分赴海外。陳其美在作戰失利後逃往日本。
安徽方面 7月17日，安徽宣佈獨立，眾推柏文蔚為安徽討袁軍總司令。此時柏文蔚尚未回省，暫由安徽第一師師長胡萬泰代理都督。不久，首鼠兩端的胡萬泰托故辭職，由憲兵司令祁耿寰代其主持軍事。27日，柏文蔚返回安慶，就任都督，組織討袁作戰。
袁世凱聞訊，除命倪嗣沖率部進攻外，又電令河南都督張鎮芳和屯兵鄭州的護軍一部「分道進攻」安徽。袁認為，「乘皖省亂黨驟起，佈置未定之時，如以大兵力搗其空虛，必可致勝」２。
8月7日，胡萬泰宣佈取消獨立，率部圍攻都督府。柏文蔚不敵，率二百餘人撤至蕪湖。數日後，柏見安徽討袁形勢急劇惡化，遂將指揮權交給駐蕪湖的皖軍第二旅旅長龔振鵬，自己乘魚雷艇去南京。29日，蕪湖在湯薌銘、胡萬泰部水陸夾擊下失陷。與此同時，在正陽、鳳台等地與倪嗣沖、張鎮芳部作戰的皖軍亦迭遭失利，安徽討袁作戰遂告失敗。
廣東方面 7月18日晚，廣東都督陳炯明宣佈獨立，通電討袁。陳任都督兼廣東討袁軍總司令。當時，廣東有兩師一混成旅。陳炯明應歐陽武的請求，派駐韶關的一個旅往援江西，其餘部隊分為三個支隊：原廣東第一師師長鐘鼎基為第一支隊長，第二師師長蘇慎初為第二支隊長，第五旅旅長張我權為第三支隊長。擬從8月1日起出師北伐。但這些部隊的師旅長大都無意討袁，有些與袁世凱早有勾結。
廣東起事，北洋軍鞭長莫及，袁世凱乃密令廣西都督陸榮廷和廣東副護軍使龍濟光率軍攻粵，答應事成之後，以粵督相許。龍濟光、龍覲光兄弟樂為效命。於是，袁封他們為廣東正、副鎮撫使，令其率軍進攻廣東。
8月4日，廣東討袁軍中的炮兵團、輜重營等倒戈擁袁，炮轟都督府，陳炯明倉皇出走，鐘鼎基、蘇慎初、張我權等師旅長當即宣佈取消獨立，於是廣東討袁也遭失敗。龍濟光率桂軍進駐廣州後，建立了效忠於袁世凱的反動統治。
湖南方面 江西、江蘇興師討袁後，湖南都督譚延闓迫於形勢，也於7月25日宣佈獨立，響應討袁。並應歐陽武之請，派兵一團往援江西。但該團躊躇不前，直至江西討袁作戰失敗，才抵湘贛邊界。8月14日，譚延闓見鄰近各省討袁作戰先後失敗，遂宣佈取消獨立。但袁世凱並不因此而對他寬容，10月7日，湯薌銘督湘，將譚解送北京，褫職判罪。後經黎元洪說情，才被特赦。
四川方面 四川在討袁戰爭中行動最晚。8月4日，川軍第五師師長熊克武率該師於重慶宣佈獨立。熊旋將所部編成四個支隊，以龍光為第一支隊司令，率部經永川、榮昌進取瀘州；范榛為第二支隊司令，扼守合川，防禦北路；李樹勳為第三支隊司令，劉植藩為第四支隊司令，分率所部防禦南路。8日，四川都督胡景伊先派川東宜撫使王陵基率兵五營往攻熊部，繼今川軍第一、二、三、四師師長１各率所部圍攻重慶。袁世凱也電令鄂、陝、滇、黔四省都督，「酌撥勁旅，會合兜 剿」１。熊克武所部與敵接戰月餘，在瀘州、內江、南充等地戰鬥相當激烈。終因寡不敵眾，且又兵力分散，以致各路均告失利。9月10日，重慶北路要地合川又陷敵手。11日，熊克武見敗局已定，遂潛離重慶，後流亡日本。
這一時期宣佈討袁的，還有福建第十四師師長許崇智，鄂軍駐沙洋第三十二團團長劉鐵，廣西柳州巡防營統領劉古香等，但均在敵軍的進攻或脅迫下，先後歸於失敗。