申生顯靈
惠公繼位以後，按照相關的禮儀重新安葬了已故的太子申生。這年秋天，晉國的大臣狐突前往曲沃辦事，竟然在那裡遇見了申生的靈魂。申生讓狐突上車，然後告訴他說：「我們現在的國君夷吾如此傲慢無禮，背信棄義，因此我打算請求天帝，把晉國送給秦國，讓秦國來主持我的祭祀。」狐突回答說：「我聽說神不會享用自己宗族以外的祭祀。如果你執意這樣做，你的祭祀不等於斷絕了嗎？希望你認真考慮考慮這件事情，不要貿然行事啊。」申生聽後頓時有些醒悟地說道：「好吧，我再重新和天帝談談這件事情。十天以後，我將會借助一個巫師的肉身，在新城西側顯現我的靈魂，到時你一定要去見我。」狐突答應到時候再見面，說完，申生便不見了。
十天以後，狐突準時前往指定地點與申生見面，果真看見了一個巫師。申生借助巫師的口告訴他說：「天帝答應了我的新的請求，他要懲罰有罪的人，讓他在韓原戰敗。」此後，在晉國民間就開始廣泛地流傳著一首童謠，內容大致是這樣的：「太子申生改葬了，十四年以後，晉國也不會昌盛。晉國的昌盛會在國君的兄長在位的時候。」惠公知道後非常生氣，下令禁止人們再唱這首童謠。
韓原之戰
惠公六年的時候，秦穆公率領軍隊討伐晉國。晉惠公問他的大臣慶鄭說：「秦軍已經深入到了我國的國境，現在我們該怎麼辦呢？」慶鄭對惠公的所作所為一直心有不滿，便只好無奈地回答說：「當年，秦穆公曾經護送您回國繼位，而您繼位以後違背了當初許下的割地的諾言。前兩年，我國發生饑荒，秦國運來糧食救助我們，而秦國饑荒的時候我國卻乘人之危，發兵進攻人家。現在秦軍深入我國境內，不也是理所應當的嗎？」聽了慶鄭的話，惠公感到十分慚愧。為了保衛國土，他決定親自領兵去迎擊秦軍。出征之前他命人為選擇給自己駕車和護衛的人占卜，結果顯示慶鄭可勝任。但惠公認為慶鄭這個人為人不恭順，經常冒犯自己，於是便改用步陽趕車，家僕徒為護衛，沒有按照占卜的結果行事。
秦晉兩國軍隊在韓原展開激戰。由於晉惠公的馬車很笨重，所以陷在了泥裡。秦軍眼看就要追來了，形勢非常急迫，而旁邊沒有人，惠公情急之下，只好召呼慶鄭過來趕車。而慶鄭則說：「您不按照占卜的結果去做，失敗了不也是應該的嗎？」說完他迅速地離去了。惠公僥倖逃脫後，便更換了自己的車伕與護衛，繼續率軍迎擊秦穆公。秦軍的戰士們鬥志昂揚，冒死打敗了晉軍，晉軍全線敗退，惠公也被秦軍俘虜回國。
不久，秦人打算殺死晉惠公來祭祀上帝。晉惠公的姐姐是秦穆公的夫人，為了營救弟弟，她便穿上喪服，跑到穆公面前痛哭流涕。穆公平時非常寵幸夫人，見她這樣便只好慨歎道：「我軍俘虜了晉惠公，這本來是一件高興的事情，而你卻這樣的悲痛，看來我是不能殺他了。我聽說唐叔虞剛被封的時候，萁子就認為他的後代一定會昌盛。現在看來，晉國還不能滅亡啊！」於是，秦穆公與晉惠公在王城訂立了盟約，答應釋放他回國。晉惠公則派呂省等人先行回國，告訴國人說：「我雖然得以回國，但是已經沒有臉面再見社稷宗廟和大臣百姓，你們選定吉日讓太子圉繼位吧。」晉國人聽到惠公的話，全都感動地哭了。然後呂省又回到秦國，向惠公覆命。秦穆公問他說：「晉國能和睦嗎？」呂省回答說：「恐怕不能，有的百姓害怕失去國君而引起國家的內亂，殃及到自己的家人，他們對太子圉的繼位與否並不關心，都說：『我們一定要報仇，寧肯服侍戎狄也不能屈服於秦國。』另外一些人則愛護惠公，知道晉國有負於秦國，只希望秦國能大人大量，把惠公釋放回國。他們說：『如果秦國真能不計前嫌，我們一定會報答它的恩德的。』因為國內有這樣兩種不同的主張，所以不會和睦。」為了安定晉國，履行盟約，秦穆公把晉惠公安置到更高檔的住處，並且饋贈了國君規格的飲食。不久，晉惠公便重新回到了自己的國家。