樊遜，字孝謙，河東北猗氏人。祖琰，父衡，均是平民。不過，衡極講孝道，父死，負土成墳，種植柏樹幾十畝，還早晚各在墓前大哭一次。遜少學問，常被兄仲戲謔。因此他責備自己說：「名義上是人的弟弟，享受安逸舒適，難道沒有慚愧嗎？」想同兄一道勤奮學業。母親馮氏對他說：「你想謹慎小節嗎？」遜受母言的啟迪，於是專心儒家經典，並在牆壁上書寫「見賢思齊」四字，以自我勉勵。恰逢本州淪陷，寄居鄴城，為臨漳小史。縣令裴鑒為官清苦，致使白雀等瑞物出現，遜上《清德頌》十首。鑒極為賞識，擢升他做了主簿，並且向右僕射崔暹推薦，他很快就同遼東的李廣、渤海的封孝琰等成了崔暹的賓客。有人譏諷他靜默而且不識時務，遜則以東方朔之語告誡自己：隱居世俗，避世金馬，何必要跑到深山草廬之中？因此便借隱居公子為主人翁，撰《客難》，還製作《客誨》擴充其意。後來崔暹大會賓客，此時大司馬、襄城王元旭也在座，相互討論誰做幕僚合適。暹指著遜說：「此人學富才高，是位最合適的參軍。」旭看了一眼，說：「哪能讓他到我這裡來？」遜答：「家無蔭第，不敢為此職事。」武定七年(549)，世宗駕崩，暹被遷移到邊地，賓客也如鳥獸散。遜就來到陳留，定居了下來。
梁州刺史劉殺鬼讓遜兼錄事參軍，推舉他為秀才。尚書依照舊令，下等州三年舉薦一次秀才，五年時已貢開封人鄭祖獻，算到本年不合制度。兼別駕王聰提出異議，右丞陽斐無法駁倒。尚書令高隆之說：「遜雖然才學優異，等明年入仕，時間也不長遠。」遜於是回到了故鄉。八年，轉兼長史，隨軍南征。軍還，殺鬼移任穎川，又召引遜兼任穎州長史。天保元年(550)，本州再舉其為秀才。二年春，適逢朝廷對策結束，中書郎張子融上書請令其參加。到四年五月，因遜與定州秀才李子宜對策三年不調，被付外，上書請求罷免，皇帝沒有答覆。
梁州再次上表推薦遜為秀才。五年正月，帝制詔問升中紀號，遜回答：
臣聽說巡岳之禮儀，在《虞書》上有記載，省方之大義，著錄在《易象》中。前帝先王，不是一姓，封金刊玉，人數眾多。仲尼觀看梁甫，不能完全認識；夷吾回答齊恆，所存在的沒有多少。當然盛德之事，一定要等待太平時期，如果不是那個人，便會遭受神靈的譴責。秦皇帝無道，招致了風雨之災；漢武帝侈奢，出現了奉車之害。到文叔受命，太陽更亮，四海安定，天下和睦，賜劍騎士，駕馬鼓車，乃用張純之文，始從伯陽之說。至於魏、晉，雖各有君王，量德而居，不能定議。蔣濟上書，徒費筆墨；袁准發論，不能施行。時歷三朝，年將十歲，啟聖之期，此為盛會。不過自從水德不競，函谷鎖途，天馬息歌，苞茅不貢。我太祖皇帝得寶雞之瑞兆，握鳳凰之書，一心一德匡復朝綱，卑躬屈膝服侍當朝，掃蕩妖寇，勢如破竹。雖然姬昌接受了天命，姬發才行誅討，即使啟明星高懸天空，中國應該打仗，卻置之度外，希望能夠改惡從善。我認為陛下用神武的姿態，高明的謀略，馬匹比冀北多，將領與山西大異。涼風吹，白露下，北上太行，東臨碣石，正想吞併巴蜀橫掃崤函，以長洲為苑江漢做池。又擔心順風縱火，芝艾全被焚燒，按六軍不動，勿要聲討誅伐。周發牙璋，漢馳竹符，義在濟民，不是好戰。至於投鼠忌器的說法，大概是老生常談；文德招遠的話語，豈能是權宜之計？眼下三台官吏，六郡良民，蓄精養銳需要時日，備辦糧草等候詔令。不如駕龍御虎，先收納隴右的百姓，電轉雷驚，趁勢奪取荊南的土地。古時秦克長平，金星食昴；楚攻巨鹿，流星消逝，何況我們的威靈，豈能沒有協和贊助。只不過是讓他國的百姓親眼見見六軍的風采，好似看見周王，就像碰到司隸。然後廢除其苛令，與他們約法三章，領兵而歸，止戈為武，標金南海，勒石東山，記天地之奇功，揚名聲於千載。假如馬兒不死，子陽還在，就該依明堂之圖，擬射牛之禮，比德論功，使舊職慚愧。升中告禪，我有疑惑。
帝問求才審官之事，遜回答：
臣聞雕龍畫獸，徒有風雲之勢；玉馬金船，終無水陸之用。三駕禮賢，擬收實用，一毛不拔，哪能成功。所以堯做虞的賓客，終於成全了箕山的節操；周移商鼎，沒有聽從孤竹的建議。處士欺世盜名，時間很長；朝臣專權竊位，實在是多。漢拜丞相，就有鐘鼓的妖魔；魏用三公，卻招致孫權的嘲笑。所以山林對於朝廷，不准誹毀；隱居對於賓王，當有優劣。至於避世渡海，卻說恥作秦民；事異出關，反言羞從衛亂。雖又有星干帝座，但不能破壞高尚的心懷；月亮犯少微，始終存在耿介的志向。
從我太岳之後，能廣洪業，禹仿神宗，舜法文祖。陛下接受上天的旨意，光華日月，自總攬大權，便傚法文祖，仿照天地設立官職，依照星辰佈置爵位，漢家神鳳，慚用紀年；魏氏青龍，羞於改號。上與列宿相應，全為異人；下與山川相合，都是奇士。所以畫堂甲觀，修德日新；廟鼎歌鐘，王勳歲委。循名求實，選眾舉能，朝廷內無銅臭之公，社會上絕《錢神》之《論》。往昔百里相秦，名存《雀..》；蕭、張輔劉，姓載《河書》。今日公卿，亦為天授，與其同治，國豈不強？不一定請教天師，才可得到牧馬之法；膝行山上，始可學到治身之道。但要讓帝德美善旺盛，自強不息，當深夜讀書，白日理政。周昌有關桀紂的議論，欣然聽納；劉毅對於桓靈的比較，寬宏大量。王爵高懸，只給予有才德的人，這樣，就不會遺漏管庫、忘記漁鹽。勿使桓譚非議讖緯之學，終位郡丞；趙壹飽含才幹，官至計掾。那麼，天下歸心，幽明感動，一心仕漢，風伯朝周，真人去又回來，台星裂還聚攏，《詩》稱多士，《易》載群龍，以此而言，可以無愧。
帝又問佛道兩教之事，遜說：
我聽說天道性命，聖人是閉口不談的，大概因為理絕難求，不宜稱謂。伯陽的道德之論，莊周的逍遙之義，遺留的書中，還有跡可尋。至於玉簡金書，神秘的經錄，三尺九轉的奇妙，紅雪黑霜的怪異，淮南得道，犬吠天上，子喬成仙，劍入雲中，這都是浮虛之說，海棗之談，索求它吧，像捕風；學習它吧，如捉影。再說燕君、齊王、秦皇、漢武，信仰方士，希望能遇上仙人，結果是徐福去而不歸，欒大往而無獲，終於被埋進了茂陵的墳中。這才知曉劉向相信洪寶，沒有受到責備；王充非議黃帝，不能成為相國。又末世以來，佛教大興，寫經西土，畫像南宮。昆池土地黑色，認為是劫燒後的灰土；春秋夜晚明亮，說是神靈下降人間的日子。法王常在，變化無窮，把世界置放於微塵之中，將須彌收納在黍米之內。就是說理本虛無，為的是方便。可是妖妄之徒，尋求出家，藥王焚身，波論灑血，倘若不能，還當克命。那能改形易貌，有異世人，恣意放縱，還同禽獸。龍宮余論，鹿野前言，此能得容，道風已墜。
竊以為陛下接受天命，屈己濟民，山鬼效力，海神盡職。湘中的燕兒，沐浴春雨而群飛；台上的銅烏，吹拂和風而杓轉。周建都洛邑，治國在鎬京，漢居咸陽，魂回豐、沛，汾、晉的土地，留王足跡，回顧巡幸，辛勞經略。還降情文苑，斟酌百家，欲從瑤池獲玉，想在赤水求珠。私底下想：王母獻玉環，因要感謝周的道德；天上賜佩帶，實為報達禹的功勞。二班修史，兩馬制書，都沒見「三世」之言，未聽說「一乘」之辭。帝愛王禮，一定時期搞沿革；左道怪民，哪能懷疑沙中淘金。
帝又問刑罰寬猛。遜稱：
我聽說明王建國，以刑助禮，就好比寒暑協贊陰陽，山川溝通天地。自從末世，法令漸多，秦篆無法全部采錄，楚竹不能徹底記載。由於這一原因，有關部門打開二門，高下在心，寒熱隨意。《周官》三典，拋棄它就像吹毛；漢律九章，違背它好比覆手。於是便使長平的獄氣，得酒才能消除；東海的孝婦，因災才能伸冤。詔書掛在牆上，卻不遵照執行；奸吏跑入官府，有所求則允許。這都是朝廷丟失了道德，老百姓不能得到實惠的緣故，議論的人保守迷惑，不尋求根本解決的辦法。鍾繇、王朗怨恨張蒼，祖訥、梅陶歸咎文帝。因說使屍體站立，恢復肉刑；致治興邦，無關周禮。竊以為陛下黎明坐朝，留心政術，明罰以糾察諸侯，申恩以撫養百姓。黃旗紫蓋，已絕東南；白馬素車，將降軹道。如果恢復苛典嚴法，我實在是不太理解。為什麼？人像天地，稟受陰陽，安寧則希望生存，騷亂則圖謀死亡。所以王者治民，先在禮樂，如果有人不從，才使用刑法，寬猛相用，水火俱陳，沒有專用商、韓而能使國運長久的。往昔秦歸還士會，晉國的盜賊前往歸順，舜舉薦皋陶，不仁的人們從遠方跑來，如令釋之、定國復作理官，龔遂、文翁再為郡守，審查增刪律令，統一典章制度，高興地聽汲黯的講話，哭泣著判定昭平的罪惡。那麼就會天下自治，大道公行，猛獸閉嘴，蒼鷹垂翅。楚王的錢庫，不必封鎖，漢獄中的冤囚，自然會得到申理。荒服之徒，聞風而思變化；天下之民，蹈德而歌仁義。稱為成、康，有何困難？
帝又問禍福報應，遜云：
我聽說辨別五方，依仗指南；百世可知，還須吹律。何況天道秘遠，神跡難尋，不有通靈，哪能全部領悟。乘浮木抵達河漢，只看得見牽牛；假寐遊玩上玄，只能碰到翟犬。造化的道理，既寂寞而又無法傳播；報應的來到，本難得而胡亂評說。秦穆有道，勾芒賜給他長壽；虢公少德，蓐收降給他災禍。高明居住上位，一定自己清楚，不可以說天神冥迷難以相信。如仲尼厄於陳、蔡，孟軻困於齊、梁，不是時運不佳，哪能關注性命之理。伍子胥無君，司馬遷附下，結果是招辱受誅，哪能怨人。至於協律被人親近，划船遭受寵幸，依此而言，不足奇怪。周王漂杵，執行著上天的懲罰；白起殺降，實施了自己的想法。所以七百年的江山，仍然送給了姬氏；杜郵遭戮，大權歸還了武安。
昔漢問上計，不超過日蝕的日子；晉舉秀才，停止於寒火之前。前賢往士，都以為難。以古比今，我認為容易。但是鄉鄙民眾，過多地蒙受皇恩，三斷寒膠，再游金馬，文思敏捷，若有神助，應口對答，疏於深思，因此極其恐懼。
尚書省擢第，遜在這個時候是第一。
十二月，清河王岳任大行台率兵南伐，遜參預其事。明年，文宣帝接納貞陽侯做了梁主，岳拜遜為大行台郎中，出使南方，與蕭修、侯調達成和解。遜往返共用了五天時間，收到蕭修等人的回信，因此岳與修於江邊結盟。大軍還鄴，遜又被都官尚書崔昂舉薦。帝令交付尚書省，考評為「清平勤干」，旋即轉送吏部。
七年，詔令遜校定群書，供皇太子閱讀。遜與冀州秀才高乾和、瀛州秀才馬敬德、許散愁、韓同寶、洛陽秀才傅懷德、懷州秀才古道子、廣平郡孝廉李漢子、渤海郡孝廉鮑長暄、陽平郡孝廉景孫、前梁州府主簿王九元、前開府水曹參軍周子深等十一人一同被尚書省徵召，共執刊定之事。當時秘府書籍紕繆極多，遜因而發表議論說：「按漢中壘校尉劉向受詔校書，每校完一部，則上表，說：『臣向的藏書，長水校尉參的藏書，太史公、太常博士的書，中外書合計若干本相互比校，然後殺青。今天的讎校，供擬極重，出自蘭台，御於甲館。』劉向的故事，現收存在府閣，要想刊定，必須借助眾本。太常卿邢子才、太子少傅魏收、吏部尚書辛術、司農少卿穆子容、前黃門郎司馬子瑞、故國子祭酒李業興都是藏書豐富的人家，請向他們借本參校得失。」秘書監尉瑾移置於尚書省保管，共得別本三千多卷，五經諸史，差不多齊備了。
八年，帝詔令尚書開東西二省選辟，所司策問，遜名居第一。左僕射楊音辟舉遜為府佐，遜推辭說：「我的家門寒陋，出身不合要求，請補我為員外司馬督。」音說：「才學特別者則不依照常例。」音特意上表請用樊遜。九年，有詔超授員外將軍。後世祖鎮守鄴城，召遜入司徒府管掌書記。即位後，轉任主書，遷員外散騎侍郎。天統初，因病去世。