馬樞字要理，扶風..人。其祖父馬靈慶，為齊竟陵王錄事參軍。馬樞幾歲時父母俱喪，其姑收養了他。六歲時，他能背誦《孝經》、《論語》、《老子》。長大後，他博覽經文史籍，尤其善解佛經及《周易》、《老子》義。
梁邵陵王蕭綸任南徐州刺史，久聞其名，薦引為學士。蕭綸當時自己講授《大品經》，令馬樞講授《維摩》、《老子》、《周易》，同一日闡發題解，道俗聽者二千人。邵陵王想弄清講授的優劣，便對眾人說：「與馬學士論義，必使屈服，不能空立主客之席。」於是數家學者齊起發問，馬樞便一一剖析，先闡發其宗旨，然後條分縷析，論述千變萬化，與他論者都頂禮膜拜默默聆聽而已。蕭綸十分讚賞他，想把他向朝廷推薦。不久遭遇侯景之亂，蕭綸帶兵援助台城，便留下二萬卷書給馬樞。馬樞潛心閱覽，幾乎全部通讀，便喟然歎息說：「我聽說看重爵位的人把巢父、許由當作羈絆，喜好隱居者以伊尹、呂望為低賤，為名利所束縛者則把道家之言視為草芥不值。習玩於清淡者則把儒家學說當作糠米比，公正的考察，他們是各取所好。然而支父有辭讓帝位之品格，莊子有傲視帝王之美德，千載傳為美談，沿襲不廢。想一想那些孜孜以求的人們，我只有為他們歎息。難道是上天不願施惠給高尚之人，以至於隱居之人是這樣的少！」便隱居茅山，有終身之志。
天嘉元年(560)，文帝征闢為度支尚書，他辭不應命。那時馬樞的親人故友都住在京口，每年秋冬之際，按時去遊玩。鄱陽王任南徐州刺史，欽慕其品德高尚，擔心不能招致，於是卑辭厚意，讓使者去邀請他，前後數次，馬樞稱病推辭。有門客規勸說：「鄱陽王以師友相待，與爵位無關，身處鬧市，於靜心修養又有何妨。」馬樞不得已，才前往。鄱陽王另外築室讓他住，馬樞不喜歡住所高貴華麗，便在竹林間自造茅茨廬居住。每次王公的饋贈，他再三推辭，自己所要的只是十分之一。
馬樞少時逢亂世，他的居所，連盜賊都不進，依托在他家的人常有數百家。他目光敏銳富有洞察力，能看見暗中物品。常有一隻白燕，在他家庭院的樹上築巢，棲戲於簷廡之下，時而停集几案，春去陳書秋來，差不多三十多年。太建十三年(581)去世，時年六十歲。他撰寫的二十卷《道覺論》流行於世。