馬仙鴘字靈馥，扶風..地人。父親馬伯鸞，做到宋朝冠軍司馬。
馬仙鴘小時因果敢而聞名，遇父親去世，絕食超過了禮節的規定，背土為父親造墳，親手種植松柏。馬仙鴘從郢州主簿官職做起，後來陞遷為武騎常侍，為小將，跟隨齊朝安陸王蕭緬。蕭緬死後，仙鴘事奉明帝。齊永元中，蕭遙光、崔慧景發動叛亂，馬仙鴘多次立下戰功，因功做到前將軍。後出任龍驤將軍、南汝陰、譙二郡太守。恰逢壽陽剛剛陷落，魏朝將領王肅侵犯邊境，馬仙鴘奮力作戰，以少勝多，魏人十分害怕他。又因功陞遷寧朔將軍、豫州刺史。
義師舉事，州郡有很多響應義師的，高祖派仙鴘的舊交姚仲賓勸說仙鴘，仙鴘在軍中斬姚仲賓首級以示眾。義師到達新林時，仙鴘還領兵在江西，每天奪取義師漕運的糧米。建康城陷落，馬仙鴘哭了整整一宿，隨後便解散部隊回去請罪。高祖慰勞他說：「射斷鉤桿割掉袖口，以前人們都不記恨。你不要因為殺過我的使者截過我的漕米，苟且自己嫌棄自己。」仙鴘答謝說：「我就像失掉了主人的一條狗，後來的主人餵養我，便又為他所用。」高祖笑著讚美他。不久馬仙鴘的母親去世，高祖知道馬仙鴘家中清貧，送給仙鴘辦喪事的禮錢很多。仙鴘大哭，對他的弟弟仲艾說：「承蒙皇上赦免之恩，未有報答。現在又承受皇上特殊的恩惠，應當與你全身心地報效皇上。」
天監四年(505)，梁朝的軍隊向北征討，仙鴘每逢作戰，在三軍之中表現最為英勇，凡他首當其衝的，沒有不被摧破的。與眾位將領議事，絕口不提自己的功勞。有人問起原因，仙鴘說：「大丈夫瞭解時世的話，應當前進不追求功名，後退不逃脫罪責，這是我一生的願望，有什麼功勞可談論的呢？」高祖授仙鴘輔國將軍，宋安、安蠻二郡太守，後又改任南義陽太守。仙鴘多次攻破山蠻，郡境清靜安寧。高祖根據馬仙鴘的功勞封仙鴘為含..縣伯，食邑四百戶，多次陞遷都督司州諸軍事、司州刺史，輔國將軍仍如從前。不久晉號貞威將軍。
魏豫州人白皂生殺掉刺史琅笽王司馬慶曾，自號平北將軍，推舉鄉人胡遜為刺史，獻懸瓠城來降梁朝。高祖派馬仙鴘領兵奔赴懸瓠，又派直..將軍武會超、馬廣率兵作為後援。仙鴘派馬廣、武會超等人駐守三關。十二月，元英攻破懸瓠，捉拿齊苟兒，進而攻打馬廣，又攻破馬廣，生擒馬廣送往洛陽。馬仙鴘不能救馬廣。武會超等人也相繼退散，魏軍便進據三關。仙鴘因罪被召回，封為雲騎將軍。出任仁威司馬。府主豫章王轉號仙鴘為雲麾，又任司馬，加封振遠將軍。
天監十年(511)，朐山百姓殺掉琅笽太守劉日折，將琅笽城拿去降魏，高祖下詔借給仙鴘符節，令仙鴘討伐琅笽。魏徐州刺史盧昶率大軍十多萬奔赴琅笽。仙鴘與盧昶作戰，多次攻破盧昶，盧昶逃走。仙鴘發兵乘勝追擊，魏軍兵得以倖免的十分之一、二，收得魏軍士兵、糧食、牛馬、軍器，不計其數。馬仙鴘整頓軍隊返回京師，陞遷為太子右衛率，晉爵為侯，增加食邑六百戶。天監十一年(512)，改封持節稱號，督豫、北豫、霍三州諸軍事、信威將軍、豫州刺史，兼任南汝陰太守。
起初，馬仙鴘小名馬仙婢，等到長大，因為「婢」名不雅，於是便用「王」代「女」，便成了「鴘」字。自從任將領到居住州郡，能與士兵同辛勞共安逸。身上穿的不過是粗布衣衫，居住的地方沒有蚊帳被子遮擋，行軍吃喝與最下層的一樣。馬仙鴘在邊境，常常隻身一人偷偷進入敵軍間，偵察得知軍營的圍牆、村落的險要所在，因而作戰多能取勝，士兵也心甘情願為他所用，高祖平素喜歡倚仗他。馬仙鴘任刺史四年，去世。詔贈左衛將軍，謚號剛。馬仙鴘的兒子馬嚴夫繼承。