馮道根字巨基，廣平贊地人。馮道根幼時失去父親，家境貧寒，靠幫工、租賃養活母親。路上得到好吃的，不敢先吃，一定急忙回家把它進獻給母親。十三歲時，因為孝順在鄉里聞名。郡裡召馮道根為主簿，道根推辭不受。馮道根十六歲時，鄉人蔡道斑任湖陽戍主，蔡道斑攻打蠻、錫城，反而被蠻人圍困，道根去解救他。道根單槍匹馬左右迎戰，殺傷的敵人很多，蔡道斑因此倖免於難，馮道根由此而知名。
齊朝建武末年(498)，魏朝皇帝拓跋宏侵犯攻陷南陽等五郡，齊明帝派太尉陳顯達率眾軍再收復五地。部隊進入勻口，馮道根與鄉人用酒肉犒勞陳軍，進而勸說陳顯達：「勻水快急，進難退易。魏軍如果守在險要處，則首尾都危急。不如將船艦全部丟在贊城，並行而進，挨次建立營寨，擊鼓前進。如果是這樣的話，那麼馬上就可以攻破魏軍。」陳顯達不聽，馮道根還派自己的私交跟隨部隊。等到陳顯達為魏人所敗，士兵夜裡逃亡，多不識山路；道根每到險要之地，就停下馬來指路，眾人靠道根而得以保全。不久道根擔任戍守勻水的副帥。
齊永元中(500)，因為母親去世，馮道根回到家鄉。聽說高祖建立義師，道根便對親友說：「戰事奪去禮節，古人不避諱，揚名後世，這難道不是孝順嗎？時機不可喪失，我走了。」道根領著能夠打仗的鄉人子弟，全部歸附高祖。當時蔡道福跟隨高祖擔任將領，高祖派馮道根做副帥，都隸屬於王茂。王茂討伐沔地，攻打郢城，攻克加湖，道根常常衝鋒陷陣。恰逢蔡道福死於軍中，高祖令馮道根一併統率眾軍。大軍駐紮新林，馮道根跟隨王茂在朱雀航發動大戰，斬殺的敵人、獲得的器械特別多。高祖即位，委任道根為驍騎將軍。封增城縣男，食邑二百戶。兼任文德統率，後又遷任游擊將軍。這年，江州刺史陳伯之謀反，馮道根跟隨王茂討平了陳伯之的叛亂。
天監二年(503)，馮道根被封為寧朔將軍、南梁太守，兼任阜陵城戍。剛到阜陵時，修城池，遠派偵察兵，就像敵人將來一樣，眾人都取笑他。馮道根說：「小心地防守勇敢地作戰，這便是我那樣做的道理。」城池還未修好，遇到魏將黨法宗、傅豎眼率兵二萬，鋪天而來，道根修的壕溝堡壘尚不堅固，城中人又少，大家都大驚失色。道根令大開城門，慢慢整裝登上城門，選出精兵二百人出城與魏軍作戰，打敗魏軍。魏軍見梁人閒適，況且作戰又不利，於是退軍。這時，魏軍分散兵力在大、小硯、東桑等地，幾座城市連接起來與梁軍處於相峙狀態。魏國將領高祖珍將三千騎兵駐紮在其中，馮道根率一百騎兵從中間攻破高祖珍部，獲得高祖珍軍的鼓角軍器。既然糧道已經中斷，魏國各軍便自退去。高祖陞遷道根為輔國將軍。
豫州刺史韋睿圍攻合肥，攻下合肥，馮道根同各軍一道前進，每到一地立下戰功。天監六年(507)，魏軍攻打鍾離，高祖又詔令韋睿解救鍾離，馮道根率三千兵士充當韋睿的前軍。到達徐州，計劃佔據邵陽州，修築堡壘挖掘壕溝，以威脅魏城。馮道根能跑馬丈量土地，根據馬的腳步來分配事情，城溝馬上修好了。等到淮河水增加，馮道根乘戰艦，攻斷魏軍連接起來的數百丈橋樑，魏軍大敗。高祖增加馮道根食邑三百戶，晉封爵位為伯。回京陞遷為雲騎將軍，兼任直..將軍，改封地為豫寧縣，食邑如同從前。多次遷任中權中司南、右游擊將軍、武旅將軍、歷陽太守。天監八年(509)，馮道根遷任貞毅將軍，晉封假節稱號，都督豫州諸軍事、豫州刺史、兼任汝陽太守。馮道根為政清廉簡省，所轄之州安定。天監十一年(512)，馮道根被召為太子右衛率。天監十三年(514)，外任信武將軍、宣惠司馬、新興、永寧二郡太守。天監十四年(515)，高祖徵召馮道根為員外散騎常侍、右游擊將軍，兼任朱衣直..。天監十五年(516)，擔任右衛將軍。
馮道根性格謹慎敦厚，少言寡語，做將領能夠約束駕馭士卒，從村邊小道經過，將領士卒不敢擄掠。每征伐一地，始終不談及自己的功勞。眾將領喧鬧著向上邀功，馮道根只是沉默而已。他的部下有人埋怨責備他，道根解釋說：「明主自會明白功勞的多少，我們操什麼心呢？」高祖曾經將馮道根指給尚書令沈約看，說：「這個人不談論自己的功勞。」沈約說：「這便是陛下的大樹將軍。」在州郡，馮道根溫和地管理，清靜太平，為部下所思念。在朝廷，雖然地位顯達而性格不奢華，他居住的房屋牆壁不加粉飾，沒有兵器、服飾、侍衛，進入室內則空空的，像質樸的士兵中貧賤人的家一樣。當時人們佩服他的清廉忍讓，高祖也十分器重他。馮道根貧賤時沒有讀書，已經貴顯了，粗粗地讀了一點書，自己認為文墨不多，常常仰慕周勃的器重。
天監十六年(517)，再封馮道根假節稱號，都督豫州諸軍事、信武將軍、豫州刺史。準備起身，高祖領著眾臣在武德殿為他餞行，令畫工看著道根，將他的形象給畫下來。馮道根不安地謝道：「我可以報答國家的，只有一死；但天下太平，我恨沒有用得著我獻身的地方。」豫州重得馮道根，人人都很高興。高祖常常稱讚說：「馮道根在的地方，能使朝廷不再想起有一州。」
馮道根擔任豫州刺史時間不長，得病，上表請求回京，高祖召他回京任散騎常侍、左軍將軍。返回京都後病情更重，中使多次探視道根。普通元年(520)正月，去世，終年五十八歲。這天高祖祭拜二廟，已經出宮，有司將馮道根去世的消息告訴高祖。高祖問中書舍人朱異說：「吉凶在同一天，今天去嗎？」朱異回答說：「從前柳莊去世，衛獻公應去祭祀，向屍體詢問說：『有大臣柳莊，不是我的大臣，是社稷的大臣，聽說他去世，請讓我去拜祭他。』不脫祭服而往，就把祭服贈給柳莊。馮道根雖不為社稷之臣，也對王室有功，去拜祭他，也是一種禮節。」高祖便到了馮道根的家，哭得十分傷心。高祖下詔說：「豫寧縣開國伯、新授散騎常侍、兼任左軍將軍馮道根，侍奉皇上能夠一片忠誠，立下戰功從不自我誇耀，安撫百姓留下一片愛心，鎮守邊地敵人不敢侵犯，祭遵、馮異、郭..、李牧都比不上他。突然去世，十分悲痛。可贈信威將軍、左衛將軍，給鼓吹一部。送給辦喪事的禮錢十萬，布百匹。謚號威。」馮道根的兒子馮懷繼承。