裴邃，字淵明，河東聞喜人，三國時魏襄州刺史裴綽的後代。祖父裴壽孫，寄住壽陽，為宋代武帝前軍長史，父親裴仲穆，是驍騎將軍。
裴邃十歲就能寫文章，愛好《左氏春秋》。齊代建武初年(494)，刺史蕭遙昌召裴邃為府主簿。壽陽有一座八公山廟，蕭遙昌為廟立碑，讓裴邃做文，很被稱賞。考秀才，成績優等，召入朝中做官。
東昏侯即位，始安王蕭遙光任撫軍將軍、揚州刺史，召裴邃為參軍。後來蕭遙光失敗，裴邃還回壽陽，當時正值刺史裴叔業把壽陽歸降給魏，豫州的豪族都被追趕掠奪，裴邃就隨著逃難的人流向北邊，魏宣武帝很器重他，召他為司徒屬、中書郎、魏郡太守。魏派王蕭鎮守壽陽，裴邃堅決請求跟隨王蕭，秘密策劃南歸。天監初年(502)，自己迅速回朝，拜官授職為咨議參軍。裴邃請求到邊境效力，被授為輔國將軍、廬江太守。當時魏將呂頗率兵五萬突然來攻郡，裴邃率領將士抵禦，打敗呂頗，被加封為右軍將軍。
天監五年(506)，裴邃征伐邵陽州，魏人建長橋橫斷淮河以自濟，裴邃築堡寨逼近長橋，每戰輒克。在這時候還密造沒突艦，恰逢多雨，淮水暴漲，裴邃乘船徑直到橋側，魏兵驚潰，裴邃乘勝追擊，魏軍大敗。進而攻破羊石城，殺城主元康。又破霍丘城，殺城主寧永仁。平定小峴，進攻合肥。因功封夷陵縣子，食邑三百戶。遷任冠軍長史、廣陵太守。
裴邃和同鄉人一起進魏武廟，議論帝王功業。他妻子的外甥王篆之密奏梁武帝，說：「裴邃多說大話，有不服朝廷的嫌疑。」因此左降裴邃為始安太守。裴邃自願立功邊陲，不願悠閒地遠離邊陲，便寫信給呂僧珍說：「昔日阮鹹、顏延有『二始』的感歎，我的才能不及古人，今為三始，非我心願，該怎麼辦呢？」沒等他到安始郡，就碰上魏軍攻宿預的事，朝廷詔裴邃抵抗魏軍。裴邃率軍前進到直瀆停留，魏軍退。遷任右軍咨議參軍、朱衣直閣，直殿省。不久被派任假節、明威將軍、西戎校尉、北梁和秦二州刺史。又開始創屯田數千頃，糧倉豐滿，使邊境的混亂轉為有序，百姓、官吏得以安居。於是相約獻餉絹千餘匹，裴邃從容回答道：「你們不應該這樣，我又不能不接受你們的好意。」於是只收下他們的二匹絹而已。回朝為給事中、雲騎將軍、朱衣直閣將軍，遷任大匠卿。
普通二年(521)，義州刺史文僧明帶本州叛降入魏，魏軍來。以裴邃為假節、信武將軍，統率各路軍隊討伐魏國。裴邃統兵深入魏，選擇邊城道，出其不意，魏國所管轄的義州刺史封壽佔據著檀公峴，裴邃攻破了它，緊跟著把城包圍起來，封壽當著裴邃之面把自己捆綁起來請降，義州平定。裴邃被任命為持節、督北徐州諸軍事、信武將軍、北徐州刺史，沒有到任，又遷督豫州、北豫、霍三州軍事、豫州刺史，鎮守合肥。
普通四年(523)，裴邃晉陞為宣毅將軍。這一年，大軍將要北伐，由裴邃統率各路軍，率領騎兵三千，先攻襲壽陽，九月壬戌，夜晚趕到壽陽，攻其外城，破關而入，一日戰九個回合，後來因為後繼兵馬蔡秀成迷失道路而未趕到，裴邃則因為沒有援兵而撤回。於是裴邃又整兵，收集士卒。命令諸將以不同的服裝相互區別，裴邃自己穿著黃袍騎上戰馬，先攻狄丘、甓城、黎漿等城，皆破之。又戰安成、馬頭、沙陵等城堡，這年冬天，開始修建芍陂。第二年，再破魏新蔡郡，佔領敵方土地一直到鄭城和汝水、穎水之間，當地人都響應歸服。魏壽陽守將長孫稚、河間王元琛率眾五萬，出城挑戰，裴邃統率諸將分四支兩翼嚴陣以待，命令直閣將軍李祖憐佯裝敗逃引開長孫稚，長孫稚率全軍追去，這時，四支側翼兵馬競相衝殺，魏軍大敗，萬餘人被殺。長孫稚等奔逃，閉城門自守，不敢再出來。這年五月，裴邃死於軍中，追增侍中、左衛將軍，贈給一支樂隊以壯葬禮，晉爵位為侯，增加食邑七百戶。謚號烈。
裴邃不苟言笑，愛沉思，有謀略，為政寬明，能得士兵之心。為人方正有威望，將吏敬畏他，很少人敢犯法，他死後，淮水、肥水流域的人沒有不流涕的，他們以為，如果裴邃不死，洛陽不足攻下。