王思遠，是琅笽臨沂人。尚書令王晏的堂弟。父親王羅雲，曾任平西長史。王思遠八歲時，父親去世，祖父王弘之及外祖父新安太守羊敬元都是退隱的高士，因此王思遠小的時候沒有出仕為官的想法。
宋朝時建平王劉景素任命王思遠為南徐州主簿，很被看重。景素被殺後，手下人東逃西散，王思遠親自負責他的殯葬事宜，又親手在他墓上種植松柏。並和廬江何昌..、沛郡劉..上表為其說明，感動了朝廷。景素的女兒被貶為平民，王思遠拿自己的衣食去資助養活她，她長大後，又親自為她舉行成年笄禮，尋找合適人家，盡其所有地為她陪嫁。
出任晉熙王撫軍行參軍，安成王車騎參軍。建元初年，任長沙王后軍主簿，尚書殿中郎，出京補任竟陵王征北記室參軍，竟陵王遷任司徒後，他繼續擔任錄事參軍。又調任太子中舍人，文惠太子和竟陵王蕭子良平素喜歡結交名士，王思遠很受他們賞識和接納。王思遠請求出仕邊遠郡縣，被任命為建安內史。長兄王思玄死，王思遠兄弟之情甚篤，上表懇請辭官，未被准許。到了祭日，又堅決請求，世祖這才准奏。後被任為中書郎，大司馬諮議。
世祖下詔推選人才，竟陵王蕭子良舉薦了王思遠及吳郡的顧詗之、陳郡殷睿。邵陵王蕭子貞為政吳郡，世祖任命王思遠為吳郡郡丞，以本官行郡事，輿論都認為他是最適當人選。後因病辭職，還京任司徒諮議參軍，兼任錄事，調任黃門郎。出任使持節，都督廣、交、越三州軍事、寧朔將軍、平越中郎將、廣州刺史。高宗(蕭鸞)輔政後，王思遠便不去上任，遷任御史中丞。臨海太守沈昭略貪贓徇私，思遠便據實彈劾，高宗和思遠堂兄王晏以及昭略叔父沈文季都請他別這樣做，思遠不從，該怎麼辦還是怎麼辦。
建武年間(494～497)，王思遠遷任吏部郎。他考慮到堂兄王晏現為尚書令，便不想和他都在中央任要職，上表堅決辭讓，他說：「我近來不斷上啟，實在是有隱衷。陛下對我的厚愛，古今難比。我若是不報恩效力，誰還該努力工作呢。我已經發誓以身許國，也就不計較世俗的猜疑了。只是因為我和王晏關係親密，的確不宜都居要職。一片赤心，至死不變。但我實在平庸粗淺，不足提拔。陛下提拔我的意思，大概是對我的某種優點的鼓勵。我如果不能合理地保持下去，便對不起陛下的英明。冒犯之罪，責任在我自己，而缺乏自我認識，就是對聖鑒的污染。權衡輕重之後，我決定堅持自己的想法。而且也是因為陛下以德統率臣下，所以臣下才敢以禮選擇進退。懇請陛下考慮給我照顧，不要讓我願望落空。我今天如果勉強接受此職，便是三公也未必是吉祥，我如果不接受，就是死了也未必是凶禍。而且臣下我苟求處罰，自棄榮華富貴，便是愚夫也不會這樣做的，因此我也許可以被免於處罰。我的這番心情願望，既可憐又可矜。如果說皇上的命令必須執行，而我自請獲罪在道理上也說不通，皇上正在降恩置我於康莊大道，而我卻堅決要求被擯棄壓抑，想起來不免自悲自悼令人涕流。我謹甘冒死罪，忠心請求。人在沒辦法時則要呼天，我只能仰盼皇上給予一點關照了。」皇上理解他的心思，於是改任南齊書王思遠為司徒左長史。
當初，高宗施行廢立君主的時候，王思遠和王晏閒聊，對王晏說：「哥哥蒙受世祖厚恩，今日一旦幫助別人做這種事情，他也許可以權且任用你，但不知你將來如何立身。如果現在當機立斷，還能夠挽回以後的名聲。」王晏沒有採納。王晏後來當上驃騎將軍時，集會本家子弟，對思遠之兄思微說：「隆昌末年，阿戎勸我自裁，我如果聽他的話，豈有今日。」思遠立即接道：「像我所預見的那種後果，還在後頭呢！」後來王晏事敗，思遠因此沒受連累。
王思遠為人清修，立身簡潔。衣服桌椅之類，極其素淨。有賓客來訪，他總要派人先暗作觀察，如果來人衣服有污垢，他盡可能不上前接近，如果來人儀表整潔新鮮，他才願意促膝相談。雖然如此，此人走後，他還要讓二個僕人用苕帚反覆清掃那人的坐處。皇上的從祖弟弟蕭季敞性情豪縱，皇上心裡不滿，就對他說：「你可以多去拜訪王思遠幾次。」
皇上誅殺了王晏之後，遷任王思遠為侍中，負責優策和起居注。永元二年(500)，遷任度支尚書。還沒上任，便去世了。當時四十九歲。追贈他為太常，謚號為「貞子」。
王思遠和顧詗之很友好。詗之死後家中貧困，王思遠把他的兒子接來，照顧得非常周到。
本史作者認為：德行上有建樹是最好的，藝業上有成就是其次。從這幾個人的身心修養看來，不只是憑清體雅業，獲得顯貴於當時；而且他們行禮履義，可以成為社會風氣的引導和榜樣。這就是所謂君子處世的美好所在。
贊語：謝瀹上壽時的言辭，真是有聲有色，有諷有刺。王思遠的引退文表裡，實在寄蘊著他中和的心性。