吳隱之字處默，濮陽郡鄄城人，曹魏侍中吳質六世孫。吳隱之儀容豐美，善於談論，博覽文史，因是博學的儒者而著名。剛成年時便與眾不同，具有崇尚廉潔的情操，即使每天進餐僅食豆羹，決不享用非分之糧，糧食沒有一點儲備，也不謀求不當的來路。十多歲時，遭遇了父喪的痛苦，常常號啕哭泣，行人也受感動流淚。奉養母親極為尊重，後主持母親喪事，因悲極傷身超出一般喪禮。家裡貧寒，沒人伴奏哀樂，每當哭喪的時候，總有一對鶴伴隨驚叫，在週年祭祀之際，又有一群大雁聚在一起，當時人們都認為是孝心所感才有的現象。曾經吃鹹酸菜，因菜的味道美，便捧起拋掉了。
居家與太常韓康伯為鄰，韓康伯的母親是殷浩的姐姐，是一位賢良明理的婦人，每聽到吳隱之的哭聲，停止吃飯放下筷子，為他悲哀落淚。既而告訴韓康伯說：「你如處在選拔官吏地位，應舉薦像這樣的人。」當韓康伯作了吏部尚書，吳隱之便沿著清除的台階，脫去民服任輔國功曹，轉任征虜將軍參軍。哥哥吳坦之是袁真的功曹，袁真失敗，將受牽連遭禍，吳隱之拜見桓溫，請求代兄領罪，桓溫憐憫釋放了吳坦之。於是被桓溫賞識，授任奉朝請、尚書郎，接著調升為晉陵郡太守。在州郡廉潔守貧，妻室自擔柴草。進入朝廷歷任中書侍郎、國子博士、太子右衛率，轉任散騎常侍，兼著作郎。孝武帝曾想用他作黃門郎，因吳隱之貌似簡文帝，便作罷。隨即任守廷尉、秘書監、御史中丞，兼著作郎如故，調任為左衛將軍。雖然處於清貧為人皆知，所得俸祿賞賜都分發給親族，冬月沒有被子，曾經換洗衣服，只得披著棉絮，勤勞清苦與貧窮庶民無別。
廣州環圍山海，出產珍品異物，一匣寶物，足夠幾代費用，但這裡瘴疫流行，一般人視為畏途。只有家境貧寒在內地無法登上官階的人，才求補此地長官，所以前後刺史皆多貪財。朝廷打算革除嶺南弊端，隆安年間(397～401)，任用吳隱之為龍驤將軍、廣州刺史、假節，兼任平越中郎將。距州二十里，地名石門，有水稱為貪泉，飲了它就貪得無厭。吳隱之既到了這裡，告訴他的親人說：「不見可貪的東西，使寸心不亂。越過五嶺喪失廉潔，我知道其中原因了。」即往泉水所在處，舀取泉水喝了，並賦詩道：「古人有言稱此水，舉杯一嘗思千金。試讓伯夷叔齊飲，始終不變廉潔心。」待到廣州以後，崇尚廉潔的品行有加無減，日常吃飯不過是蔬菜和干魚罷了，官備的幃帳器用服裝皆交給外庫，當時有人認為他是故意做作，然而他始終不改變自己的做法。帳下人給他送魚，總是剔去魚骨留下肉，吳隱之察覺了他們的用意，便加以責罰除名。元興初年(402)，皇帝下詔書說：「在家孝敬父母嚴謹不怠，在官清廉之操凜如風霜，這確實是一個人立身處世難於做到的，而這正是君子的美德。龍驤將軍、廣州刺史吳隱之孝友勝於他人，俸祿均給九族，衣食菲薄廉潔純貞，儉約限於食魚，置身於可滿足私慾之地，卻不更改他的情操，享有取財致富的權力，而舉家不換舊服，革除奢望追求節儉，南疆舊貌改觀，朕有嘉獎。可晉陞為前將軍，賞錢五十萬、谷一千斛。」
當盧循侵入南海時，吳隱之督率勉勵將士，堅守很久，長子吳曠之戰死，盧循攻擊達一百餘天，越城放火，焚燒了三千多家房屋，死一萬多人，城於是被攻陷。吳隱之攜帶家小逃出，打算奔還京都，被盧循截獲。盧循上表給朝廷，指出吳隱之結黨依附桓玄，應判決死刑，皇帝下詔不准。劉裕給盧循去信，命送吳隱之還都，過了許久才返回。歸途之中，船上裝載沒有多餘資財。到家後，數畝小宅地，籬笆牆垣傾斜敗壞，內外茅屋六間，容納不下妻室子女。劉裕賞賜車牛，又給建造住宅，堅辭不受。不久被授任度支尚書、太常，室內以葦席作屏風，座位無襯墊。後調任為中領軍，清苦節約未改常習，每月初領取俸祿，取部分留作自身吃糧用，其餘的全分散救濟親族，家裡搓麻紡紗供日用。有時困難到極點，兩日合吃一天的糧，自身常穿布衣且不完整，妻室子女不沾一點俸祿。
義熙八年(412)，奏請辭退朝事，皇帝從優下詔允許，授予光祿大夫，加給金印和紫色系印絲帶，賞賜錢十萬，米三百斛。義熙九年去世，追贈左光祿大夫，加散騎常侍。吳隱之的廉潔品德始終不變，多次被褒獎讚美，從辭退到身死，經常承蒙優厚賞賜顯貴贈封，廉潔之士均以為榮。
開始，吳隱之任奉朝請，謝石請求為衛將軍主簿。吳隱之將要出嫁女兒，謝石知道他家貧如洗，便使人轉送廚櫃幃帳，幫他經辦。使者到他家，正見下人牽著狗去賣，除此而外是冷冷清清毫無備辦。後來從番禺回來，他的妻子劉氏攜帶沉香一斤，吳隱之發現了，便投到湖亭所臨的水中。
兒子吳延之又繼其廉潔情操，任鄱陽郡太守。吳延之的弟弟及其兒子任郡縣官職者，經常以廉潔謹慎為家法，雖然才學不及吳隱之，但孝悌潔敬等美德仍未被廢棄。