孔融是在建安元年之末離開北海去朝中任職的。來到許都，他先是做將作大匠，後遷九卿之一的少府。起初他與曹操的關係還算不錯，曾有詩贊操「從洛到許巍巍，曹公輔國無私」。但隨著時間的推移，孔融發現曹操已將獻帝架空，特別是建安五年那場宮廷血案之後，兩人的關係便急遽惡化。最令曹操不能容忍的，也許是關於「酒禁」的爭論。最終，「曹操殺太中大夫孔融，夷其族」。
三番五次嘲諷曹操孔融曹操關係惡化
孔融與曹操關係惡化的表現，比如孔融曾上過一篇《宜准古王畿(jī)之制》的表文，主張「千里寰內，不以封建諸侯」，意即京都周圍，千里以內的地方須歸朝廷直接管轄。其目的非常清楚，那便是尊崇獻帝，擴大漢室實權，限制曹操勢力之膨脹。須知曹操當時正封著「吳平侯」，而武平屬陳郡，距許都僅三百里左右。曹操讀過這份表文一定會想：孔融豈不是要我徙封搬家，到邊遠地方去享受食邑嗎？……
建安九年八月，曹操決漳河之水攻克鄴城。冀州秩序尚未安定，其大公子曹丕便急不可耐地闖進袁氏內宅，對袁熙的美妻甄氏動手動腳。曹操聽到消息不僅不予以阻止，反倒親派車仗為丕迎娶甄氏。此事傳揚開來，士大夫多所詬病，但都敢怒而不敢言。而唯獨孔融，按捺不住怒火，竟給曹操寫去一信。信中有句「武王伐紂，以妲己賜周公」，說得沒頭沒腦，曹操莫解其意。待數日後，操與融路上相遇，遂藉機請教：「武王以妲己賜周公之句，未知出何經典？」孔融便呵呵一笑：「以今度之，想當然耳！」曹操這才曉得孔融是用自造的「典故」嘲諷了自己。
還有一次，曹操親率大軍北征烏桓，凱旋途中「東臨碣石，以觀滄海」，寫出了千古不朽的詩篇。是時文武百僚遠出接駕，能賦善詩者更極盡阿諛奉承之能事。而唯獨孔融，此刻卻給曹丞相呈上一函。曹操原以為這也是歌功頌德的詩賦呢，豈料展開一看，卻寫著：「大將軍遠征，蕭條海外。昔肅慎不供楛(hu)矢，丁零盜蘇武牛羊，可並案也。」曹操當然明白信裡的意思，無非諷刺他窮兵黷武，勞民傷財，就像古代肅慎氏不向周武王貢獻楛木箭、蘇武在北海邊牧羊時丁零國民偷竊他的牛羊似的。(此等草芥小事，怎值得大動干戈！)
糧食短缺，曹操禁酒遭到孔融反對
據《後漢書·孔融傳》說：建安年間，因天災和戰爭造成糧食短缺，曹操「表制酒禁」，而孔融反對禁酒，「頻書爭之」。這裡說的「書爭」，就是用書信的方式展開辯論。且請看孔融傳世的《與曹丞相論酒禁書》：
「夫酒之為德久矣。故先哲王，類帝禋(yīn)宗，和神定人，以齊萬國，非酒莫以也。故天垂酒星之耀，地列酒泉之郡，人著旨酒之德。堯不千鐘，無以建太平;孔非百斛，無以堪上聖。樊噲解卮鴻門，非豚肩鍾酒，無以奮其怒;趙之廝養、東迎其王，非飲卮酒，無以激其氣。高祖非醉斬白蛇，無以暢其靈;景帝非醉幸唐姬，無以開中興;袁盎非醇醪之力，無以脫其命;定國不酣飲一斛，無以決其法。故酈生以高陽酒徒，著功於漢。屈原不酺(pu)糟(zāo)歠(chuo)醴(lǐ)，取困於楚。由是觀之，酒何負於政哉！」
這封「書」氣勢恢宏，言詞激烈。起題即提出「酒之為德」，隨之對準曹操所持有的「酒之為禍」的觀點，進行了有理有據的辯駁。他說：天上有「酒星」，地下有「酒泉」，人間有「旨酒」，可見酒於天、地、人，皆重要無比不可或缺。且讓我們看看歷史上那些偉大的人物吧：如果堯帝沒有飲過千鍾酒，那他就不可能建立太平社會;如果孔子不能飲百斛酒，那他就不可以被稱作聖人的。再說樊噲，如果沒有豚肩和酒，他就不會在鴻門宴上奮起舞劍;義士們私養「趙氏孤兒」，後來讓他坐上王位，全仗那一卮酒所激起的雄氣。而漢高祖若不醉酒，就沒法斬殺白蛇開創一代帝業;漢景帝若不醉「幸」唐姬，也就談不上什麼中興;再說袁盎(即爰盎)呢，若沒有醇酒的力量，他肯定不能逃脫性命;於定國若沒有一斛的酒量，大概也無法清醒正確地斷案執法。所以說，高陽酒徒酈食其著功漢朝，全都是他能飲酒的緣故;相反的，屈原不能飲酒，方使他在楚國遭遇窘困。由此看來，酒啊，它是不可以為政治上的錯誤擔負罪名的呢！……
曹操收到這封「論酒禁書」，當然要予以回答。今天我們已無緣一睹曹操的回信，但卻能有幸讀到孔融的「再答」。在「再答」中孔融說道：
「昨承訓答。陳二代之禍，及眾人之敗，以酒亡者，實如來誨。雖然，徐偃王行仁義而亡，今令不絕仁義;燕噲以讓失社稷，今令不禁謙退;魯因儒而損，今令不棄文學;夏商亦以婦人失天下，今令不斷婚姻。而將酒獨急者，疑但惜谷耳。非以亡王為戒也。」
如果說孔融的第一封書信，其文字還能讓曹操當「花槍」來欣賞的話，《再答》的文字卻如蘸了毒液的利劍，一下子就刺中了曹操的命門。且看：「而將酒獨急著，疑但惜谷耳。」說得沒錯，曹操之所以禁酒，就是為節約糧食，用於戰爭。但這話誰都不能講，因為嚴格說來，這似乎牽扯到了「軍事機密」。若干年後，楊修也正是因「雞肋」為口令而猜到了曹操的意圖，結果被曹操斬首示眾的。於是曹操先讓御史大夫郗慮向孔融發難，「以微法奏免融官」。
過了一年多，孔融復拜太中大夫。其雖處「閒職」，卻未收斂鋒芒，而是高調處世，讓「賓客日盈其門」;並且他還沾沾自喜曰：「座上客恆滿，樽中酒不空，吾無憂矣！」這分明就是向曹操的挑戰。更有甚者，興之所至，他總要想起被王允砍了腦殼的蔡邕(即蔡文姬之父)。鑒於斯人已去，無法再生，他竟別出機杼，找了一個與蔡邕面目酷肖的「虎賁士」(即衛士)，讓其穿上蔡邕生前常穿的衣服，然後入席參加酒會……如此怪譎之舉讓曹操愈加不快，從而下定了除掉他的決心。
於是在《後漢書·孝賢帝紀》裡，我們看到了這樣一句話：「建安十三年八月壬子，曹操殺太中大夫孔融，夷其族。」
關於孔融之死，《後漢書·孔融傳》還說：融有一子一女，「女年七歲，男年九歲，以其幼弱得全，寄他捨。二子方弈棋，融被收而不動。左右曰：『父執而不起，何也？』答曰：『安得巢毀而卵不破乎！』」但故事到此並未結束。《後漢書》接著說：在孔融的孩子們寄居的那戶人家，主人有吃剩的肉汁，男孩因又急又渴，很想飲一點肉汁，卻不料女孩，就是他的妹妹，竟呵斥道：「你知道我們還能活多久？難道你還想嘗嘗肉的滋味嗎？」於是那男孩不得已「號泣而止」。沒過多久，就有人將孔融子女的事情報告曹操。操頗感震驚。震驚之餘，他決定斬草除根，不留後患。遂將只殺孔融一人，改變為「滅其族」。
孔融「罪狀」被說成不忠不孝
說到這裡，孔融的故事應該徹底結束了吧？但很遺憾，仍沒有。因為孔融的「死因」是一個很大的謎團，這牽扯到犯人的「罪狀」問題。史書上閃閃爍爍，似藏又露，令人費解。有論者認為，孔融是因為反對禁酒而被滅族的，但有意思的是，「罪狀」裡卻壓根沒提一個「酒」字。在《後漢書·孔融傳》裡，倒是有著這樣的記載：曹操既積嫌忌，而郗慮復構成其罪，遂令丞相軍謀祭酒路粹枉狀奏融曰：「少府孔融，昔在北海，見王室不靜，而召合徒眾，預規不軌，云：『我大聖之後，而見滅於宋，有天下者，何必卯金刀？』及於孫權使語，謗訕朝廷。又融為九列，不遵朝儀，禿巾微行，唐突宮掖。又前與白衣禰衡跌蕩放言，云『父之於子，當有何親？論其本意，實為情慾發耳。子之於母，亦復奚為？譬如寄物缶中，出則立矣』。既而與衡更相讚揚，衡謂容曰『仲尼不死』，融答曰『顏回復生』。大逆不道，宜極重誅。」書奏，下獄棄市。時年五十六，妻、子皆被誅。
這就是說，由路粹(這也是大文人，但論「文名」不及孔融，亦不在「建安七子」之列)整理的罪狀，所列舉的孔融之罪共有四條，其中最重的是一、四兩條。其一：孔融在北海任職期間，曾經有「召合徒眾」謀反漢朝的言行。其所謂的「卯金刀」，指的就是「卯金刀」所組成的繁體漢字「劉」(劉)。該條「罪狀」的意思是，「孔融認為他乃孔聖之後，天意欲令孔氏取代劉家天下」云云。但這話一聽就叫人發哂，因為它絕對不像孔文舉所說的話，倒頗像「黃巾賊」的口吻。其四，單就「子之於母」、「父之於子」的關係，在哲學的意義上講孔融和禰衡都沒有錯。曹操自然也讀過幾本古書，他不會不曉得孔、禰之論僅只是「理論」上的探討而已。王充在《論衡》裡就曾說過類似的話：「夫婦合氣，非當時欲得生子，情慾動而合，合而生子矣。」然而曹操一定要將其列為罪狀，原因無它，正如魯迅先生所說，「魏、晉以孝治天下」，而孝，有時看得比忠都重要。孔融實際上就是魏國創建者曹操以「孝」殺人的第一例。於是荒謬而滑稽的事情發生了：一個罪犯，不是在其生前被告知他觸犯了哪條律法，而是在死後「接」到了如上那份「罪狀」。其實這「罪狀」壓根就不是為孔融寫的，說到家，它無非是安撫那些為孔融抱不平的人罷了。
這一次曹操做得相當老道。他首先授意路粹寫了一封檢舉信——就是上面的「書奏」。該「書奏」中所列之孔融四罪，不僅無一字與曹操或禁酒相關，而且樁樁件件都涉及到了「忠」、「孝」二字。須知古人特別是士大夫階層最為重視的便是忠孝，而國家法律以最重刑罰所捍衛的亦是忠孝。抓住了犯人的不忠不孝，那就是擊中了蛇的「七寸」。所以這份新版的檢舉信應該說相當精彩。
但「精彩」者不唯如此，還有後來的「宣判書」，即以國家名義向全國軍民所頒發的「文告」。且看《魏書.崔琰傳》注引的《魏氏春秋》：「融有高名清才，世多哀之。太祖(曹操)懼遠近之議也，乃令曰：『太中大夫孔融既伏其罪矣，然世人多采其虛名，少於核實……融違天反道，敗倫亂禮，雖肆市朝，猶恨其晚。更以此事列上，宣示諸軍將校椽屬，皆使聞見。」此「文告」值得注意的有兩點：一是孔融之罪乃「違反天道，敗倫亂禮」;二是所頒發的範圍重在軍隊(「諸軍將校椽屬」)，而非郡縣。看來曹操之「懼」，主要在乎軍人。
然而，縱使曹操苦心孤詣，在殺掉孔融後作了一系列補救性措施，而他也自認為這些措施天衣無縫，會將他的罪惡包藏得嚴嚴實實;但這毫無作用。事實上在他所建立的魏國滅亡不久，敢說話的史家就開始懷疑，孔融之死該是他得罪了曹操的緣故。而社會發展到宋代，有一位氣質秉性與孔融差不多的大文豪，就是蘇軾，對於孔融之悲劇痛心疾首，對曹操之卑劣則恨得咬牙切齒。他寫過一首《孔北海贊》：「文舉在天，雖亡不死。我宗若人，尚友千祀。視公如龍，視操如鬼。」(《東坡集》卷三十)
魯迅先生在《而已集》中對孔融事件亦有很長一段評論。先生在揭露了曹操殺孔融是因其「專喜和曹操搗亂」之後，再以他特有的幽默說道：「倘若曹操在世，我們可以問他，當初求才時就說不忠不孝也不要緊，為何又以不孝之名殺人呢？然而事實上縱使曹操再生，也沒人敢問他，我們倘若去問他，恐怕他把我們也殺了！」