孔子的學說對後世的影響取決後來歷代帝王的統治需要，統治階級需要什麼，影響就是什麼？秦朝是以法家立國的，儒家的思想和學說影響只在民間，所以才會有「焚書坑儒」的事情。漢代開始的時候是以道家的無為立國的，所以晁錯才會被枉殺。直到董仲舒的「擺出百家，獨尊儒術」的政治觀點提出才使得漢代自武帝以後把孔子的學說提到了政治服務上來，正是因為這樣，我們現在理解的儒家思想都是被漢代的統治階級修改過的，更多的是從他們的角度來詮釋儒家的思想，到了漢末，很多儒家的學說解決不了當時的問題，於是法家的「治亂世用重典」的思想再次發揮作用，這個時期的諸葛亮，曹操，司馬懿等人都是法家的代表人物。
直到西晉的統一，由於政治的殘酷很多人紛紛避世，這是道家的無為思想又一次在士這個階層發揮作用，才會有「竹林七賢」「陶淵明」等人的出世之舉。東晉延續了這一傳統，很多人大多是放蕩不羈的。南北朝以時期由於北方的少數民族政權和當時佛教的傳入使得那一時期的思想大融合，最後到了隋的統一，才正式的完成多年的紛爭。這時候儒家的思想，已經不斷的和道家法家以及佛教，融合成為了一體，正是這樣我們今天看到和理解到的基本上都是那個時期以後的儒家思想。唐朝是多元化的政治體系，即不把某一學說當做唯一的路線，又不排斥其他的學說，所以唐朝時中國的各家思想得到了一個新的發展。但是歷史的車輪把當時的另一個以武將為主的時代碾壓過之後，最終還是再一次統一，宋代的「禮教」是在很大程度的禁錮了儒家思想與學說的，並從此正式的成為了統治中國的唯一思想，並且深遠 的影響了以後的明清。
說了這麼多不難看出，任何統治階級都需要一種被當時人們需要的理論來為自己的政權鋪路，所以歷史上的很多人都在熱衷的崇拜某一學說，這可能就是最大的負面影響了。由於崇拜，由於需要，而不顧一切的沿襲就是負面的影響，這個負面影響的結果是，我們歪曲了原來的本意，認為的附會上很多自己的需要！