康熙帝統一台灣之後，沒有像漢武帝打匈奴、唐太宗戰突厥那樣，戰勝即走，得而復失。康熙帝對鄭克塽等以往之罪，盡行赦免，並從優敘錄，加恩安插，封鄭克塽為公、馮錫范為伯、劉國軒為天津總兵官，俱隸上三旗。他採取若干重大措施，特別是加以制度化。
第一，設府置縣。台灣統一之後，如何進行管理，棄留兩議，廷爭未決。康熙帝也在徵求一些大臣的意見：
康熙帝問：「然則棄之乎？」
李光地答：「應棄！」
康熙帝問：「如何棄法？」
李光地答：「空其地，任夷人居之，而納款通貢，即為賀蘭（荷蘭）所有，亦聽之。」（李光地《榕村續語錄》卷一一）
李光地等人為「得其地不足以耕，得其人不足以臣」，而主張「遷其人，棄其地」，就是將島上兵民遷到內地，而將島上土地給荷蘭人。靖海將軍施琅認為不可棄地、不能遷民。他認為：「慮事計其久遠，防患在圖於未然。」（《清史列傳》卷九《施琅》）他上《恭陳台灣棄留疏》說：
台灣地方，北連吳會，南接粵嶠，延袤數千里，山川峻峭，港道紆回，乃江、浙、閩、粵四省之左護；隔離澎湖一大洋，水道三更余遙……棄留之際，利害攸關。臣思棄之必釀成大禍，留之誠永固邊圉。（施琅《靖海紀事》下卷）
經過在福建官員會議、朝廷會議討論，康熙帝從施琅議，命在台灣設一府三縣——台灣府，台灣（今台南）、鳳山（今高雄）、諸羅（今謝遂《職貢圖》之「諸羅縣內山阿里等社歸化生番」嘉義）縣。台灣府隸屬福建省。爾後，光緒十一年（1885年）九月，清朝「改福建巡撫為台灣巡撫」，正式建立台灣行省，劉銘傳為第一任台灣巡撫。
第二，駐紮軍隊。設總兵官1員、副將1員、參將2員，率兵八千，駐防台灣；設澎湖副將1員、兵兩千，鎮守其地。
第三，開放海禁。清初海上反清活動很多，曾下禁海令：寸板不許下海；又下遷界令：東南近海居民內遷50里，房屋棄毀。統一台灣後，康熙帝又從施琅建議，開海禁，通貿易。海禁一度開放。
第四，建設台灣。康熙時開始在台灣府建府學，在台灣、鳳山、諸羅三縣分建縣學，在番民中建社學，鑄康熙錢。康熙朝纂修《康熙台灣府志》、《康熙台灣縣志》、《康熙鳳山縣志》和《康熙諸羅縣志》。台灣人始參加福建鄉試。泉州人陳賴章與番民簽約，開始在台北墾荒種田。康熙四十四年（1705年）冬，台灣鬧饑荒，康熙帝命蠲免台灣、鳳山、諸羅3縣糧米。康熙帝還將宮苑內的西瓜籽賜到台灣種植。在康熙朝台灣重歸版圖的近40年間，台灣的經濟、貿易、社會、文化、教育，都得到很大的發展。
康熙大帝統一台灣，做得乾淨、利索、漂亮、成功。康熙帝統一台灣的歷史經驗：一是時機抓得好，二是主帥用得好，三是善後制度好。康熙帝統一台灣表明，他已經是一位成熟的政治家。
附錄一：關於鄭成功收復台灣的時間
《辭海》「鄭成功」條說：「康熙元年（1662年）二月一日，荷蘭總督揆一投降，台灣重回祖國懷抱。」這種說法有欠缺：其一，二月一日應是陽曆，而不是陰曆；其二，1662年2月1日，實際上是順治十八年十二月十三日。康熙元年正月初一日應是公元1662年2月18日。事情雖發生在公元1662年2月1日，卻是順治十八年十二月十三日，本月末為二十九日，這時距康熙元年元旦還有16天。因此，從帝王紀年方面，說鄭成功收復台灣在順治十八年（1661年）可以，說鄭成功收復台灣在康熙元年（1662年）不可以；從公元紀年方面，說鄭成功收復台灣在1662年可以，說鄭成功收復台灣在1661年不可以。
附錄二：關於「破肚將軍」的記載
康熙間，澎湖之戰，漳浦藍軍門實為前茅。賊艦蔽江，迎敵，炮中過腹，腸出矣，血淋漓。公族子法為掬而納諸腹中，四弟瑗傅以衣，五弟珠持匹練連腹背交裹之。公大呼殺賊，不暇顧也。有紅毛醫能治之，卒無恙。台灣平後，公入都，抵趙北口，遇聖駕出水圍，馬凝立不及避，乃捨騎，步入粱園中。駕至，遣侍衛問誰騎。公乃出曰：「臣藍理從福建來者。」上問：「是征澎湖時拖腸血戰之藍理邪？」公奏曰：「是。」召至前，問血戰狀，解衣視之，為撫摩傷處，嗟歎良久。嗣專閫吾浙，每遇南巡，迎謁聖駕，見公輒語諸王公以拖腸血戰狀。又引見皇太后曰：「此破肚將軍也！」（陳康祺《郎潛紀聞三筆》卷四）