清朝在東南沿海實行海禁政策，沿海居民遷徙，寸板不許下海。這是一把雙刃劍，雖然限制並打擊了鄭經集團，但是同樣不利於大陸沿海居民。解決的唯一辦法，是海峽兩岸統一。終於，一個解決台灣問題的時機到了。
善抓時機康熙二十年（1681年），在位20年的鄭經在台灣病故。延平郡王的王位，傳給長子鄭克。兩天後，鄭克竟然被受鄭經寵信的馮錫范所殺。馮錫范擁立自己的女婿、鄭經次子鄭克塽繼位。鄭克塽只有12歲，襲為延平郡王。因鄭克塽年幼，大權旁落，內政落在馮錫范、外事落在劉國軒等手中。
鄭經的死，對於延平郡王的命運，可能是悲劇；而對康熙帝來說，必定是喜劇！因為歷史給康熙帝提供了統一台灣的良機。
這是為什麼呢？內外原因有五：
其一，三藩戰爭結束，中原大地統一，可以集中力量處理台灣問題；
其二，台灣政局變動，鄭經死後，諸子相爭，官員內訌，文武解體；
其三，台灣內部，官兵離心——康熙初，投誠官員3985員、兵40962名、歸農官弁兵民64230名口（《清聖祖實錄》卷一二）；
其四，台灣水旱災害嚴重，「人民饑死甚多」（阮旻錫《海上見聞錄》卷二），民眾對台灣鄭氏政權不滿；
其五，荷蘭等殖民者勢力衰弱，無力干預，國際環境有利。
康熙帝抓住這個等待了20年的有利時機，當機立斷，決定興師，統一台灣。有廷臣諫言：「海洋險遠，風濤莫測，長驅致勝，計難萬全。」這表明朝臣中有人對武力統一台灣持反對意見。康熙帝不為所動，做出收服台灣的決策。
解決台灣問題，關鍵在於選帥。康熙帝善於用人，但選誰任主帥呢？
慎重選帥康熙帝決定啟用施琅為福建水師提督、總兵官。但是對於這一任命，朝廷有爭議，主要是對施琅政治上不信任，軍事上不放心。如果說康熙帝用了20年等待進兵台灣的時機，那麼，他為了選用施琅這員主帥也是準備了20年。施琅究竟是怎樣的一個人呢？
施琅（1621～1696年），字尊侯，號琢公，福建晉江人，原為明總兵鄭芝龍部下左衝鋒。施琅長期轉戰於東南沿海，熟悉海上作戰，積累了豐富的實戰經驗。而且，他喜讀經書，熟悉兵法，精曉陣法，尤善水師，是一名有勇有謀的帥才。鄭芝龍的兒子鄭成功海上抗清，招徠施琅，施琅便跟隨鄭成功抗清。後來鄭、施失和，鄭成功抓捕施琅及其眷屬。施琅用計逃脫，但其父、弟及子侄等都被鄭成功殺害。施琅於順治八年（1651年）背鄭降清。
康熙元年（1662年），康熙帝啟用已經「賦閒」十年的施琅任福建水師提督，負責征討台灣的水師軍務。他受命先後兩次出海，因遭颶風，無功而返。因此，朝廷上一些大臣說他與鄭氏舊恩未斷，疑其「貳心」。再加上總兵孔元章赴台談判傳回台方離間施琅的話，於是施琅被解除兵權，調回京師，任內大臣。
因為有前面發生的這一系列事件，康熙帝此次選任攻台主帥，非常慎重：
其一，廣聽眾議，找人推薦。他問李光地，誰能擔此任？李光地經過考察後，推薦施琅。
其二，親自找施琅談話，徵詢進取台灣的方略。
其三，力排眾議，啟用施琅。
其四，風信之爭——是南風進兵還是北風進兵，相信施琅。
其五，事權專一——為避免「一山二虎」，從施琅奏請，調總督姚啟聖管後勤，避免總督與總兵責任不清，互相掣肘。
其六，「斷自朕衷，特加擢用」，就是施琅任內大臣十二年，康熙帝信任他，決定任用他為福建水師提督。
福建東山縣九仙山下的施琅水師指揮台
康熙帝經過慎重的調查研究，啟用原鄭成功部將施琅為福建水師提督，造艦練兵，做實戰準備。剛要進兵，有人疏言：彗星見，緩進剿。康熙帝破除迷信，決心進兵——從施琅議，遇信風，即進取。
台灣方面，也在準備：其一，劉國軒負責戰事；其二，在台灣門戶——澎湖進行防守；其三，水軍主力集中到澎湖海域。
巧用兵略康熙二十二年（1683年）六月，福建水師提督施琅率清朝水師，向澎湖進發。澎湖海戰，一觸即發。
第一回合。康熙二十二年(1683年)六月十四日，施琅率水師2萬人，戰船230餘艘，出其不意，向澎湖進發；此舉出乎劉國軒之所料，他沒有想到懂得海上風候的施琅，會選擇大風大浪的季節進攻澎湖，因事發突然而措手不及。
十六日，兩軍對峙於海面，發生激烈海戰。在這裡我講一個藍理的故事：施琅發起進攻前，問諸將：誰敢為先鋒？諸將互視，無人回答。藍理挺身響應。施琅命藍理為先鋒，並命在其戰船帆篷上，書寫兩丈長的兩個大字——藍理。戰起，藍理率7艘戰船衝入敵陣。雙方展開激戰。鄭軍劉國軒初戰失利。但風向突轉，對清軍不利。鄭軍乘機進攻，包圍清軍指揮戰船，施放火器，施琅右臉被燒傷，眾官兵驚慌。這時，藍理督率戰船衝向鄭船，負傷10餘處；又被敵炮轟倒，肚破腸流，非常嚴重。有人喊：「藍理死矣！」藍理忍痛跳起來喊道：「藍理在！」他的部下把藍理破肚流出的腸子裝到腹中，四弟給他穿上衣服，五弟用布把他的腹部包裹起來。藍理重整衣甲，繼續指揮戰鬥。官兵深受感動，更加奮勇作戰。鄭軍敗退。後康熙帝譽稱他為「破肚將軍」（陳康祺《郎潛紀聞三筆》卷四）。
第二回合。二十二日，清軍與鄭軍在澎湖海域進行決戰。清軍船艦分作三隊：左翼以50艘進攻雞籠嶼，右翼以50艘進攻牛心灣；主力由施琅率領，分作前後兩隊——前隊56艘居中，後隊80艘分作兩股，既左右策應，又前後援應。鄭軍將領劉國軒率軍全力以赴。從早上七時到下午四時，雙方海戰，異常激烈。施琅指揮清軍，靠近敵船，用火罐、火筒、火炮、火銃等，射向、拋向鄭船。霎時間，鄭船焚燒，一片火海。鄭船20餘艘，沉入海中。劉國軒見勢不妙，乘小船逃往台灣。鄭軍見主帥逃走，大勢已去，5000餘名官兵向清軍投降。此戰，鄭軍死傷1萬多人，清軍總兵朱天貴等300餘人戰死，清軍取得了海戰的勝利。
清軍取得澎湖海戰大捷，打開了通向台灣的海上門戶。鄭氏失去屏障，官兵解體，風聲鶴唳，無力再戰。這時，台灣流傳施琅會乘勝進入台灣，燒殺搶掠，為父報仇。施琅鄭重宣佈：仇人只鄭成功一人，鄭成功已死，決不報復其他任何人。
鄭克塽召集官員議商對策，有人主張逃往呂宋（今菲律賓），有人主張投降。鄭克塽同意投降，並派人到施琅軍前。施琅表示：「夙昔結怨，盡與捐除！」過去恩怨，一筆勾銷。但是兵部不允。康熙帝高瞻遠矚，特旨允降。康熙帝已經事先作了部署，對鄭氏及其官員進行妥善安排。
康熙二十二年八月十一日（1683年10月1日），施琅率領清軍前往台灣受降。
鄭克塽率領官員列隊恭迎。雙方在天妃宮會見，施琅「握手開誠，矢不宿怨」。事後，施琅親自前往鄭成功廟進行祭奠，表現了一位傑出政治家、軍事家的博大胸懷。是年施琅63歲。康熙帝重用施琅，台灣一統。這正好應了鄭成功的一句話，當年他得知施琅逃走時後悔地說：「吾不幸結此禍胎，貽將來一大患！」
施琅的捷報傳到康熙帝御前，正好是八月仲秋之夜。康熙帝高興地作《中秋日聞海上捷音》七律一首：
萬里扶桑早掛弓，水犀軍指島門空。
來庭豈為修文德，柔遠初非黷武功。
牙帳受降秋色外，羽林奏捷月明中。
海隅久念蒼生困，耕鑿從今九壤同。（《康熙詩詞集注》）
他還揮筆寫下五言絕句：
明月中秋節，馳書海外來。
自今天漢上，萬里煙雲開。（《康熙詩詞集注》）