順治帝失去愛妃，悲痛過度，匆匆地離開了人間。他臨死前，皇宮裡最要緊的事情當然是商量繼位者的問題。當時，一位德國傳教士湯若望的話起了重要的作用，他認為應該挑選生過天花有免疫力的皇子繼位。順治認為湯若望的意見很對，於是決定立玄燁為皇太子繼承皇位。愛新覺羅·玄燁，清世祖順治帝的第三子。1661年，失去愛妃悲痛過度的順治帝又得了天花，確診不治後，馬上召學士麻勒吉、王熙至養心殿，撰寫遺詔，安排後事，其中最重要的一件事是選一個適當的繼承人。正月初七子夜，順治死，頒遺詔於天下。遺詔是這樣的：「太祖、太宗創垂基業，所關至重，元良儲嗣，不可久虛。朕子玄燁，佟氏妃所生，年八歲，歧嶷穎慧，克承宗祧，茲立為皇太子，即遵典制持服二十七日，釋服，即皇帝位。」在這個詔書中，還決定以內大臣索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜為輔政大臣，「保翊幼主，佐理政務」。初九日玄燁即位。那麼，遺詔中為什麼會定玄燁即位的？
康熙皇帝被立為皇帝，完全與天花有關。
順治帝共有八個兒子，其中有四個早已夭折，剩下的也都年歲幼小。最大的是次子福全，時年僅九歲，三子玄燁時年八歲。順治帝生前在指定繼承人選上並沒有一定的意向，臨終前想想皇子們都很小，難以控制局面，遂想到了一位從兄弟，但是孝莊皇太后和各位親王堅決反對，他們都認為應該從皇子中選擇一位繼承者。但皇子有四個，應該選誰呢？論長幼，當立皇二子福全;論嫡庶，四位皇子的出身差不多。但皇三子玄燁的母親佟佳氏的地位似比其他三妃高一些，因為那三位妃子的父親，史書均沒有記錄他們的名字和官職，而佟佳氏之父佟圖賴是遼沈舊人，多年從征後為開國功臣，並升任定南將軍，漢軍正藍旗都統。孝莊皇后最歡喜三皇子，而順治認為福全年長，理應立他為帝。滿洲親王大臣中有人認為玄燁母親佟佳氏是漢軍旗人，沒有滿族血統。在最後的爭論中，順治帝的母親孝莊太后選擇了玄燁而沒有選擇比玄燁稍長的福全。玄燁的被立，儘管與他自小表現出的品質和靈敏聰穎有關，但這並不是主要的，根本的原因是與天花有關。
當時備受順治帝信任，並被其稱為「瑪法」的欽天監監正、德國傳教士湯若望的觀點發生了重要作用。他認為：應立已出過天花的玄燁為繼承人，因他對天花已有終身免疫力，可免其再遭不幸，而福全沒有得過天花，沒有免疫力，得時時小心提防著這種可怕的病症，難免會像順治帝一樣出現悲劇。在當時，天花是一種非常可怕的傳染疫病，如果有人染上天花，必須實行嚴格的隔離，連皇子和公主們都不例外，許多皇子和公主就是得了天花後不治而死的。現在湯若望把這個問題提出來作為立嗣君的根據，為祖宗社稷著想，孝莊皇太后不能不認真考慮湯若望的意見。這一點，在順治帝臨死前得到了首肯，而孝莊太后也是十分贊同的，所以得過天花成了玄燁登上帝位的重要條件。
那麼，玄燁是在什麼時候得過天花的？
玄燁出生於順治十一年(1654)，當時北京城內天花氾濫成災，滿族王公親貴嚇得到處躲藏，連皇帝也不例外。為了避痘，出生不久的玄燁在內務府正白旗漢軍包衣曹璽之妻孫氏的攜帶下前往皇宮西華門稍北的一座府第居住。孫氏是玄燁的保姆，就是後來寫《紅樓夢》的曹雪芹的曾祖母，數十年後的康熙對這一段經歷仍記得十分清晰。康熙六十年(1721)曾頒諭說：「今王大臣等，為朕御極六十年，奏請慶賀得禮。欽惟世祖章皇帝，因朕幼年時未經出痘，令保姆護視於紫禁城外，父母膝下，未得一日承歡，此朕六十年來抱歉之處。」不過玄燁在這場天花流行中仍然未能倖免，但染天花後，多虧孫氏精心照料，不久即痊癒回宮。康熙自小就在祖母孝莊太后的照料下成長，所以他的祖母尤其喜歡他。
得過天花的康熙皇帝，臉上留下了不太顯眼的痘痕，見過他的法國傳教士白晉後來在給法王路易十四的報告中對康熙的長相有過詳細描寫，說他「威武雄壯，身材勻稱，而比普通人略高，五官端正」，「鼻尖稍圓，略帶鷹鉤狀，雖然臉上有天花留下的痕跡，但並不影響他英俊的外表」。《俄國使團使華筆記》中有荷蘭人伊茲勃蘭特·伊台斯對康熙容貌的描述，也說康熙臉上有麻點：「康熙與其同時代人路易十四一樣，臉上有麻子。選擇康熙作為他死於滅花的父親順治皇帝的繼承人，部分原因是康熙已生過天花，故可望張壽。」
決定讓玄燁繼位後，順治帝仍有些不放心，所以他改變了輔政王攝政制度，採取了削弱宗室輔政王的權限，由自己諭定的非宗室親信大臣輔政，所以他讓索尼等四人為輔政大臣，由他們協助母后輔助小皇帝。
用今天科學的眼光來看，當時選擇玄燁是完全正確的。