台灣是中國的第一大島，南北延伸約三百八十公里，東西寬約二十至一百五十公里，面積三萬五千七百六十平方公里，山地約占總面積的三分之二。中法戰爭之後，清廷鑒於台灣戰略地位十分重要，改為行省，先後以劉銘傳、邵友濂為巡撫。中日甲午戰爭爆發後，清政府命廣東南澳鎮總兵劉永福率兵兩營、福建水師提督楊歧珍率兵十營渡台，加強台灣防禦。劉永福至台北後，又增募六營，共八營，仍號「黑旗軍」。劉永福奉命幫辦邵友濂軍務，但不久邵友濂署湖南巡撫，清廷以布政使唐景崧署理台灣巡撫。唐景崧派人回廣東招募散兵游勇，作為親軍，駐守台北，而令道員林朝棟率部守台中，令劉永福率部守台南。當時，台灣駐軍共有三萬三千人左右，其中駐台灣北部者約一萬三千人，中部約一萬二千人，南部約八千人。
《馬關條約》簽訂之前，日本大本營即已派遣由大佐比志島義輝率領的混成支隊（三個後備步兵大隊），在聯合艦隊的配合下，於1895年3月下旬侵佔了澎湖列島，為進犯台灣島作準備。
4月17日簽訂《馬關條約》的消息傳出後，全國各界群情激忿，紛紛譴責清政府的賣國罪行，主張繼續抗戰。台灣人民更是義憤填膺，紛紛舉行罷市，有的擁入巡撫衙署，有的上書清廷，抗議割讓台灣，堅決表示「願人人戰死而失台，決不願拱手而讓台」１。但清政府復電署台灣巡撫唐景崧，謂「台灣雖重，比之京師則台灣為輕。倘敵人乘勝直攻大沽，則京師危在旦夕。又台灣孤懸海外，終久不能據守」。２因此，根本不顧全國人民的抗議，竟於5月2日批准了《馬關條約》，後又無恥地向日本新任駐華公使林董保證：「中國和議既定，斷無嗾使台民自主之理。」３5月下旬，清廷委派李鴻章的兒子李經方為特派大臣，赴台與日本委任的「台灣總督」樺山資紀商辦割台事宜。他們畏懼台灣人民的反對，到達基隆佰後不敢上岸，於6月2日在一艘日本軍艦上匆匆辦理交接手續。為了保衛祖國神聖領土，台灣軍民在極其艱苦的條件下，開展了一場反對割讓台灣的抗日戰爭（參見附圖十九）。
一、台灣北部的作戰
日本政府在李經方尚未辦理交割台灣手續時，就迫不及待地要奪占台灣。早在1895年5月下旬，其近衛師團和常備艦隊就已殺氣騰騰地向台灣島撲來。
台灣以台北為政治、經濟中心，而基壟淡水又是台北的門戶。日軍經過偵察，發現基壟淡水都不易攻取，最後確定以基隆東面的三貂灣為登陸地點。由於福建水師提督楊歧珍已於5月26日撤兵內渡，基隆防兵甚單，其東路之三貂嶺及澳底諸處，更是無兵防守，僅有少數新募成伍的「土勇」。5月29日，日近衛師團於三貂灣澳底附近的鹽寮開始登陸，次日即佔領三貂嶺。6月2日，日軍進佔瑞芳，3日即分路進攻基隆，廣勇潰散，基隆和台北要衝獅球嶺均為日軍所佔。
唐景崧自5月下旬接到清廷「著即開缺，來京陛見，所有文武大小鎊員，著即陸續內渡」１的電諭後，便惶惶不可終日，根本無心抗戰。在基隆失守的次日，他即攜帶庫銀由台北逃往淡水，6日又乘德輪逃回廈門。日軍由於不知台北虛實，不敢輕進，6月7日才派出八十人的先遣隊，佔領了台北，接著大舉入城，並於9日攻佔淡水。駐守彰化的林朝棟等得知台北吃緊，連忙發兵增援，行至新竹，聽到台北已失，也步唐景崧後塵，逃回了大陸。
6月14日，以樺山資紀為頭目的「台灣總督府」進駐台北，開始了日寇在台灣的殖民統治。
二、台灣中部的作戰
在唐景崧等官紳畏敵內逃之前，台灣各地的愛國軍民就開始組織起來，準備迎擊日寇的進攻，因而在唐景崧等內逃之後，立即出現了以人民為主體的台灣軍民艱苦抗日的局面。
台南紳民推舉曾在援越抗法戰場上屢建奇勳的劉永福統率各路抗日義軍。劉永福在愛國軍民的擁戴下，立誓死守台灣。他佈告說：「本幫辦則以越南為鑒，迄今思之，無日不撫膺痛哭，追悔無窮。」「自問年將六十，萬死不辭。……願合眾志成城，制梃勝敵」。１他以黑旗軍為骨幹，團結各路義軍，肩負起抗擊日寇的使命。
鑒於台北陷落，台中空虛，台南孤立，劉永福作了如下部署：以知州劉成良（劉永福子）及提督陳羅、游擊李英、都司柯壬貴等分別率部防守旗後（今高雄市）大坪山炮台及四草湖、白沙墩、安平等台南海口；台南內地的防守，則以副將袁錫中率部防後山埤南各處，參將吳世添率部巡守台南府城；各部勇營和各路義軍也分別派員聯絡和統帶，佈防各地。
當時，台灣西北部的新竹一帶義軍雲集。新竹附近各村莊，組織「民團」，公推生員徐驤為民團長；新竹北埔人姜紹租招募壯丁，組織義軍，駐守大湖口（今湖口）；原淡水縣吏胡嘉猷率地方武裝駐新竹東北山海鎮一帶；苗栗縣官員吳湯興率數百人趕到新竹禦敵；原林朝棟部下傅德星也率兵二營防守新竹城。
日近衛師團攻佔台北後，兵力單薄，無法南侵，於是抽調侵佔澎湖的比志島義輝混成支隊約三千一百多人協同近衛師團作戰。6月中旬，日軍分東西兩路南侵：東路循山路經三角湧（今三峽西南）、大科嵌（今大溪）、龍潭坡，西路沿大道經桃仔園（今桃園）、中壢、大湖口，合擊新竹。東路敵軍進入山海鎮附近的竹林時，胡嘉猷率義軍死拒，由於眾寡懸殊，被日軍包圍。當時，大科嵌人民正舉義起兵，徐驤率領的民團也已趕到龍潭坡，軍勢甚銳，於是三角湧、三峽莊一帶人民群起響應，對敵軍進行反包圍。日軍大佐櫻井等六十餘人被殲。台北日軍為探聽東路敵軍被圍情況而派出的二十名騎兵，也被殲滅，僅一人逃脫。最後，東路日軍殘部逃向大湖口，與西路日軍會合。
西路日軍於6月13日進犯大湖口，遭到吳湯興、姜紹祖所部義軍的阻擊，退回中壢。19日，日軍再次進犯，又遭吳湯興義軍和徐驤民團的夾擊。但義軍餉械缺乏，不能久支，遂撤出大湖口。23日，日軍自大湖口攻新竹，義軍為避開敵人主力，事先已主動撤出新竹城。
7月9日晚，義軍分三路反攻新竹：傅德星率部攻東門，管帶陳澄波率所部攻西門，吳湯興率主力攻南門，姜紹祖、徐驤則各率所部從間道先進。但義軍的反攻計劃被漢奸偵知，以致日軍預先在新竹四郊設下伏兵。攻西門的陳澄波部遭敵伏擊敗退。吳湯興部攻南門不利，會合傅德星部，與據城東二三里之十八尖山的敵軍展開激烈的爭奪戰。義軍既無大炮，又缺子彈，因而十八尖山得而復失，終未能攻克。姜紹祖率部支援十八尖山戰鬥時，遭敵截擊，不幸被俘，後自殺。義軍反攻新竹失敗後，退往苗栗以北的尖筆山部署防禦。
8月初，日本大本營決定增調第二師團及白炮隊、工兵隊、要塞炮兵隊、憲兵隊等加強侵台日軍。其第二師團之混成第四旅團於8月9日在基隆上陸完畢。8月12日，日近衛師團長能久親王即率所部分路進攻尖筆山。義軍不支，撤出了尖筆山一線。這時，劉永福已派營務處吳彭年率黑旗軍一部（約七百人）北上助戰，未等趕到，苗栗已失。吳彭年會合徐驤等義軍退守大甲溪。
大甲溪是一道天然的屏障。8月22日，日軍南犯。吳彭年率黑旗軍埋伏於大甲溪南岸，乘敵剛過溪岸不備，發起猛攻，敵兵大敗潰退。正當敵回逃半渡時，徐驤民軍伏兵又大呼而出，堵截敵軍。日軍大亂，紛紛落水，死傷甚眾。日寇大敗後，不久又增調兵力來攻。當時，吳彭年已率部回守彰化，大甲溪一帶由黑旗軍管帶袁錦清部與徐驤所率民團共同防守。由於日寇收買漢奸從後面偷襲，義軍被敵包圍。袁錦清力戰陣亡。徐驤率民團與敵死戰，衝出重圍，退往彰化，大甲溪一線遂落入敵手。
大甲溪失守後，劉永福令各軍在彰化境內選擇大溪扼守，並據守八卦山，同時，派守備王德標統帶親兵七星營三百餘人前往增援。八卦山位於彰化城東二里處，是縣城的屏障，形勢險要。8月27日，日寇自大肚進犯，分多路圍攻八卦山。雙方激戰一天，日軍仍不得進。夜晚，敵收買漢奸作嚮導，從山谷僻徑爬上八卦山。義軍與敵人白刃相接，展開了日軍侵台以來最大的一次肉搏戰。吳湯興和吳彭年先後英勇犧牲，軍士傷亡殆盡，民團也死傷過半。最後，徐驤率民團餘部且戰且退，突圍南走。日軍佔領八卦山後，乘勢攻陷彰化縣城。同日（28日），日寇乘義軍敗退之機，搶佔了鹿港。此後，日近衛師團按照樺山資紀命令，除向台南方向進行搜索、警戒外，暫停向南進軍，以免孤軍冒進，招致更大損失。29日，日軍一部經員林街南下，相繼佔領雲林（斗六）、斗南、大莆林（今大林），直迫嘉義。
日軍所到之處，殘殺鄉民，焚燒房屋，奸婬婦女，無惡不作。廣大人民極為憤慨，紛紛組織起來，配合義軍殺敵。大莆林一帶地方武裝首領黃榮邦、林義成、簡成功及其子簡精華等，也都率部投奔義軍，表示願效死抗日。於是，抗日義軍的力量又得到了補充，並準備向敵人展開反攻，收復失地。但因彰化失守，嘉義吃緊，台南為之震動，加之餉械不濟，軍隊士氣有所低落。劉永福「激以忠義，並親赴嘉義前敵諸營，指授兵機，軍威復振。」１他令王德標率七星營守嘉義，令副將楊泗洪率軍五營赴前敵作戰。
8月30日夜，楊泗洪率領所部進攻大莆林，簡精華、林義成等率義民數千人助戰。日寇佔領該地後，散居民家，警戒疏忽。楊泗洪帶領百餘人摸到敵營附近，四處縱火。敵遭突然襲擊，倉皇逃竄。義軍乘勝追擊，楊泗洪中炮身亡。管帶朱乃昌率所部直趨大莆林，途中與敵遭遇，簡精華亦率隊趕來相助，激戰半日，日寇大潰。朱乃昌揮兵急進，與抄敵後路的黃榮邦、林義成等義軍前後夾擊，一舉收復大莆林。這次戰鬥，殺敵數百，但朱乃昌也中炮身亡。之後，劉永福令都司蕭三發統福字軍前敵各營，令簡成功總統義民軍，令黃榮邦率義民兩千五百人，林義成率義民三千人，隨簡精華大隊前進，收復失地。
9月1日，王德標率七星營與嘉義知縣孫育萬及簡精華等義軍進攻雲林縣城，日寇棄城狼狽潰逃。王德標等會合義軍追擊，簡精華率隊猛進，把日寇沖為兩段。一股日寇竄入山林，被林義成部切斷退路，予以全殲；另一股逃回彰化城。黑旗軍和義軍反攻獲勝，極大地鼓舞了台灣人民的抗戰熱情和殺敵決心。
9月4日，蕭三發督率各軍包圍彰化城。但由於彰化地勢險要，日寇兵力集中，炮火猛烈，義軍幾次攻擊均未能得手，只得就近擇地屯駐。彰化日軍也由於連遭打擊，士氣消沉，無力繼續南侵，唯有等待增援部隊的到來。
台灣人民抗戰局勢已有好轉，但台灣孤懸海外，大陸同胞雖有心支援，卻遭到清廷嚴令阻禁。清政府下令封鎖海口，斷絕大陸人民對台灣的一切支援。劉永福派文案吳質卿（吳桐林）回到內地向各省督撫請求接濟，均遭拒絕，致使抗日義軍在兵力、物力、財力特別是武器彈藥等方面，遇到極大困難。
彰化圍城義軍數千人餉械不濟，連日飢餓。蕭三發與簡精華等商議，認為「相持非久計，不如併力前進，奪回彰化，或可駐足」１，便於9月23日督率包圍彰化的義軍發起總攻。敵軍負隅頑抗，義軍不能克。24日，黃榮邦率部猛攻炮台，中炮身亡。25日，林義成也在率部進攻敵炮台時受重傷。其後，敵大隊反攻，蕭三發指揮部隊力戰，受創甚重。徐驤、簡精華率義民往援，敵軍始退。此時，前敵諸軍求餉更急，劉永福束手無策，萬分忿懣地說：「內地諸公誤我，我誤台民。」２
三、台灣南部的作戰
日本侵略軍自6月中旬開始南侵以來，受到抗日義軍的節節阻擊，付出了很大的代價，進展遲緩。9月中旬，日軍援兵大至，使侵台總兵力累計達到八九萬人。日軍隨即在台北組成「南進軍司令部」，由率領增援部隊來台的「台灣副總督」高島鞆之助中將任司令官，大島久直少將任參謀長，由近衛師團和第二師團共約四萬兵力分三路進攻台南：陸軍中將能久親王率領近衛師團（約一萬五千人），自彰化經嘉義順大路直指台南；陸軍少將貞愛親王率領第二師團之混成第四旅團（約一萬二千餘人），在嘉義西部布袋嘴登陸，向台南翼側推進；陸軍中將乃木希典率領第二師團之第三旅團（約一萬二千餘人），於台灣南部的枋寮港登陸，經鳳山（今高雄縣）北指台南。
台灣抗日義軍忍饑受餓，面對日寇的大舉進攻，仍進行了不屈不撓、英勇頑強的抵抗。
10月初，自彰化出發的敵軍大舉南侵，各路抗日義軍英勇阻擊。戰鬥中，蕭三發陣亡，黃榮邦等受傷；敵軍也付出了重大代價，其近衛第二旅團長山根少將受了重傷，不久喪命。
10月7日，敵軍開始進攻嘉義，被王德標部誘入城郊地雷區，半夜雷發，死傷數百人，能久親王也受重傷，不久死去。１次日，敵軍集中巨炮猛攻嘉義城，協同王德標防守該城的民軍領袖徐驤親上城樓持刀指揮作戰，大量殺傷敵軍。義軍也傷亡甚眾。午後，敵人衝進城內，經過激烈巷戰，嘉義縣城失守，王德標、徐驤等率隊退守曾文溪。不久，日軍進逼曾文溪，炮火齊發，馬步並進。義軍既無炮隊、馬隊，又乏糧餉，但士氣激昂。徐驤奮勇當前，王德標等率隊跟進，在炮火連天中驅殺敵人。徐驤、王德標等先後英勇犧牲，為保衛祖國神聖領土流盡了最後一滴血。
日南進軍司令官高島鞆之助於10月6日自基隆乘「東京丸」出發，8日到達澎湖，與已經到達該地的第二師團會合。10日，混成第四旅團在布袋嘴開始登陸。11日，第三旅團在枋寮開始登陸。敵人一踏上陸地，就遭到台南義軍和人民的拚死抵抗。侵略者供稱：當其混成第四旅團在布袋嘴登陸之後，「東西南北，到處無不戰鬥」。「良民奔竄四方，不與我親近，偵察敵情甚感不便」。１
10月15日，日艦「吉野」、「秋津洲」、「浪速」、「八重山」、「大和」等炮轟旗後炮台，守將劉成良親自登台拒守。「奸民夜引倭由僻徑登岸，突入大營陷之，進圍炮台。」２守台將士死傷枕藉，不得已乘間突圍，退守台南。
16日，由枋寮登陸北進的日第三旅團佔領鳳山，台南處於日寇南北夾攻的危險境地。
18日，南北敵軍兵臨城下，台南城中糧食斷絕，守軍開始潰散。早在8月23日，日寇「台灣總督」樺山資紀曾托英國領事持書勸劉永福投降，遭到劉永福的嚴詞拒絕和駁斥。但時至10月中旬，劉永福面對嘉義等地相繼失守，抗日義軍領袖陸續犧牲，軍糧彈藥已告斷絕的困難局面，抗戰決心開始動搖，於是，向日方提出了厚待百姓、准許官兵內渡的「建議」，遭到日方拒絕。10月19日晚，劉永福在形勢十分危急的情況下，違背其「萬死不辭」的誓言，拋棄正在與日寇殊死搏鬥的抗日軍民，與其僚屬十人從安平乘英國商輪逃回了廈門。
10月21日，敵軍進入台南城。11月，日軍在佔領台灣所有重要城鎮之後，宣告「全台平定」。但是，台灣人民並沒有屈服，他們在與日寇「不共戴天」的誓言下，堅持了長達七年之久的游擊戰。即使在1902年以後，台灣人民反抗日寇的鬥爭也從未停止過。
台灣愛國軍民抗擊日本侵略軍的戰爭，實際上是中日甲午戰爭的繼續，是中日甲牛戰爭的一個重要組成部分。雖然這次抗戰由於清朝政府的賣國政策，最後歸於失敗，但是，它在中國近代戰爭史上寫下了中國人民反抗外國侵略的光輝篇章，有其不可忽視的重要地位。
台灣抗戰證明，人民群眾在戰爭中的力量是不可低估的。在整個抗戰的過程中，台灣人民參加的踴躍，動員的廣泛，鬥爭的英勇，戰果的顯著，都是前所未有的。他們雖然武器簡陋，缺乏訓練，但有著寧死不屈的決心。「日軍被困於『有全台皆兵之勢』的猛烈的游擊活動和瘧疾之中，投入了五萬兵力、兩萬六千名雜役人員以及聯合艦隊的大部分，對居民進行了無區別的屠殺，結果反而加劇了居民的反抗。」在不到五個月的時間裡，「付出了近衛師團長北白川宮能久親王以下四千八百名死亡和兩萬七千名負傷的巨大代價」。１台灣軍民浴血奮戰，用鮮血和生命寫下了反抗外國侵略者的悲壯詩篇。被台灣軍民擊斃的日軍近衛師團長能久親王