一、袁世凱被迫取消帝制
袁世凱敢於冒天下之大不韙，進行復辟帝制活動，在國內主要依靠北洋軍為後盾，在國外則主要依靠日、英等帝國主義國家的支持。
為了鎮壓雲南護國起義，袁世凱調動了北洋軍和地方部隊的五個精銳師和十幾個混成旅、團，分道進行「討伐」。他原以為雲南這支「兵僅萬餘，餉難月給」的軍隊，是不難一舉蕩平的。孰料經過三個月的較量，不但未能將雲南護國軍消滅，反使本身的軍事力量受到了削弱。接踵而至的則是貴州、廣西兩省相繼宣佈獨立，其它各省也在醞釀響應，人民群眾的反袁烈火愈燒愈旺。袁世凱的反動統治日益不穩，財政經濟情況更加惡化，日子越來越不好過。
在國際上，日、英等帝國主義在袁世凱開始醞釀復辟帝制之際，曾表示積極支持。但當袁積極推行帝制，中國各派政治力量都強烈反對時，帝國主義各國恐中國發生內亂，危及其在華利益，便一改初衷，由支持轉為反對。1915年10月28日，日、英、俄三國公使對袁政府發出第一次警告，聲稱若驟立帝制，將立起變亂，望暫緩改變國體。然而利令智昏的袁世凱沒有估計到局勢的嚴重性，仍於同年12月12日正式宣佈實行帝制。15日，日、英、俄、意、法五國公使聯合對袁發出警告，宣佈「以後對於中國決定執監視之態度」１。此時，袁世凱始感事態嚴重，決定派遣特使（農商總長周自齊）赴日，準備不惜出賣國家主權，換取日本的支持。日本政府不僅拒絕特使赴日，而且在通知中責備袁世凱「斷行帝制，無視友邦勸告」，「日政府當然不能承認」２。各國外交公使還一致指出，以後凡具有「洪憲」年號的外交文書，一概拒絕接受。外交上接二連三的挫折，以及西南諸省護國起義的爆發，迫使袁世凱改變原定於1916年元旦或春節登極的計劃。2月23日，不得不公開宣佈延緩登極。後隨著國內軍事、政治形勢的繼續惡化，更使袁世凱陷入內外交困的境地，迫使他不得不於3月22日宣佈撤銷帝制，並於次日宣佈廢除「洪憲」年號，恢復「中華民國」紀年。袁世凱自1915年12月12日宣佈承認帝位至3月22日取消帝制，前後僅一百零二天。其「皇帝夢」的破滅，充分表明了歷史潮流不可逆，人民意志不可侮。
二、停戰與備戰
袁世凱取消帝制後，鑒於對西南護國軍的作戰未能取得預期戰果，內政外交亦處於困境，為了求得喘息的時機，乃於3月25日借黎元洪、段祺瑞、徐世昌等人名義，致電護國軍，要求停戰，商議善後。護國軍方面，經過三個月的戰鬥，兵員、槍械、彈藥、餉糈都有很大消耗，急待補充休整，也需有一個休戰時期。因此，從3月底開始，四川、湘西前線先後實行停火。到4月初，護國戰爭實際上已經停止。
對袁政府的停戰建議，護國軍方面有較高的警惕。蔡鍔等認為：「袁逆之撤銷帝制，一因兵事挫衄，外交逼緊，財政困窮，人心鼎沸，乃迫而出此；一因獨立省份逐漸加多，護國軍勢力繼漲增高，無力抗禦。故借此下台，以和緩國人之心理，孤我軍之勢力，仍盤踞現位，以為捲土重來之地」１。因此，在同意停戰之後，護國軍的領導者仍加緊進行軍事準備，擴大軍隊編制，補充訓練新兵，籌集軍械給養，並向日本訂購軍械，以備再戰。到5月底，雲南護國軍即由原來的三個軍擴編為八個軍１，共約五萬餘人。
對於爾後的戰略方針，護國軍領導人進行了較充分的醞釀。唐繼堯的戰略設想是五路出兵，會師武漢。具體計劃是：以第四軍加強第一軍兵力出川，第六軍加強第二軍兵力出粵，第五軍由會理、寧遠出陝西，第七軍由桂林出長沙，唐繼堯則自率第三軍及警衛軍經黔出湘，各路護國軍會師武漢。這一設想，與起義之初的戰略大致相似，其問題主要是多路分兵，張口太大。蔡鍔則不同，他經過戰爭實踐，對多路分兵所帶來的不良後果已有所認識，故對下一步作戰，堅持其「滇師舉全力以出綦渝為當」的主張。他說：「凡大軍作戰，首在將其主力摧破，其餘自迎刃而解。次在奪據其咽喉重地，……現逆軍主力之七、八兩師，悉集瀘納，我若將此軍擊破，則成、渝唾手可得。其次則重慶為逆軍唯一之咽喉重地，我若得此，則在川逆軍接濟立斷，久將不戰自潰。故滇中增援之師，以全力趨瀘或出綦渝為當。就現在形勢論，兵出綦渝較易得手。」３
李烈鈞則堅持以該軍主力出湘，控制長江中游。他認為：「粵東方向，桂已獨任，我軍似可迅速出湘；果能衝斷江流，則影響大局，獲益猶巨。且川南得遙應之勢，逆軍將不戰自潰。」１
比較起來，蔡鍔的主張較之唐繼堯的計劃要實際可行一些。因為，袁世凱的主要征滇部隊集中在川南，而在這一方向與袁軍對峙的護國軍，經過戰爭的消耗，兵員不足，餉彈缺乏，戰鬥力明顯下降。在這種情勢下，如能按蔡鍔的主張，將增援的兵力集中於瀘州或綦江正面，則進可以消滅袁軍主力，控扼重慶，退可以阻截袁軍入滇之路，因而比較符合客觀實際。當然，李烈鈞的主張也有其可取之處。此時，廣西已經獨立，滇省無後顧之憂，若以桂軍攻粵，以李烈鈞的第二軍由廣西進軍湖南，如能攻下長沙、岳陽等要地，進而控扼長江，也足以威脅四川袁軍之後路，使其進退兩難。總之，蔡、李的主張較之唐繼堯的多路分兵計劃，都要高明一些。
此後，由於雙方沒有重新開戰，蔡、唐、李的上述計劃，均未受到實戰的檢驗。
三、護國戰爭的結局
在停戰期間，國內各種政治力量展開了緊張的縱橫捭闔，焦點是袁世凱的下台問題１。
在這場政治鬥爭中，大致可分為以下三種較大的力量：一是袁世凱及其少數追隨者。他們繼續策劃由川、湘向西南進攻，進行垂死掙扎，妄圖繼續保住最高統治地位。但是，歷史的發展與他們的願望完全相反。一是以孫中山為首的中華革命黨。雖然由孫提出「保持民國，不徒以去袁為畢事」１的正確主張，表示要與所有同袁世凱一樣的反動派鬥爭到底，但因無實力，且嚴重脫離群眾，因而影響不大。一是掌握著護國討袁的軍事實力，並左右戰局發展的進步黨和西南地方實力派。他們除了「倒袁」和擁立黎元洪為總統外，沒有提出任何別的政治主張，給護國戰爭的結局帶來極為消極的影響。後隨著形勢的發展，袁世凱的一些頑固追隨者也開始離袁而向護國軍方面靠攏。1916年4月6日，廣東將軍龍濟光在桂滇軍的軍事壓力和廣東革命黨人領導的民軍脅迫下，被迫宣佈獨立；4月12日，浙江也自下而上地轟走了將軍朱瑞，推舉嘉湖鎮守使呂公望為都督，宣佈獨立。4月16日，馮國璋致電袁世凱，勸其退位。此後，不少軍政頭目也紛紛勸袁下台。袁世凱雖已處於四面楚歌之中，卻仍死抱住大總統的寶座進行垂死掙扎。
南方已獨立各省為了加強與袁政府的對抗，於1916年5月8日在廣東肇慶宣佈成立軍務院，遙戴黎元洪為總統，推唐繼堯為撫軍長，岑春煊為副撫軍長，梁啟超為政務委員長，蔡鍔、李烈鈞和西南各獨立省分的督軍、總司令等為撫軍。軍務院的任務是指揮全國軍事，籌辦全國庶政，實際上是一個與袁政府相對峙的臨時政府，其主要目的在於逼迫袁世凱交出政權。軍務院將兩廣境內的軍隊統編為護國軍，共五個軍、一個師、一個旅和一個獨立團，準備分別向湖南、江西、福建開進，大舉北伐。同時，進行堅持要袁世凱下台的南北交涉。
軍務院成立不久，又有陝南鎮守使陳樹藩、四川將軍陳宧和湖南將軍湯薌銘相繼宣佈獨立。陳宧、湯薌銘本是袁世凱的忠實爪牙，他們的倒戈，使袁更加沮喪。1916年6月6日，袁世凱這個獨裁者和賣國賊在全國人民的聲討和唾罵聲中病死，結束了可恥的一生。
袁世凱死後，進步黨和西南地方實力派開始與北洋軍閥尋求妥協，加速了南北相持局面的結束。按照《中華民國臨時約法》，由原副總統黎元洪於6月7日繼任總統。29日，黎元洪召開國會，恢復國務院，任段祺瑞為國務總理。7月14日，護國軍方面宣佈撤銷軍務院。25日，中華革命黨發出通告，宣佈停止一切軍事行動，護國戰爭至此正式宣告結束。