護國戰爭結束後，中國在表面上出現了南北統一的局面，但實際上社會矛盾非但沒有緩和，反而更加尖銳激烈，突出地表現為軍閥集團之間的紛爭加劇，以及民主革命勢力與軍閥勢力之間在維護與毀棄《臨時約法》方面存在著尖銳的鬥爭。
袁世凱死後，帝國主義列強失去了控制中國的總代表，便各自尋找自己的代理人，達到其繼續侵略中國的目的。於是，在帝國主義列強支持下的各派軍閥，乘機擴大權勢，割據稱雄。在北洋軍閥內部，逐漸分裂成兩大派系，即以段祺瑞為首的皖系和以馮國璋為首的直系。皖系軍閥得到日本帝國主義的支持，控制著北京政府和安徽、陝西、山東、浙江、福建等省，在各派軍閥中勢力最大；直系軍閥逐漸投靠美、英帝國主義，佔有江蘇、江西、湖北等富庶省分，實力僅次於皖系。除以上兩大軍閥集團外，還有在東北崛起的以張作霖為首的奉系軍閥集團，和在護國戰爭中發展起來的以唐繼堯、陸榮廷為首的滇、桂軍閥集團，它們都具有相當的實力。此外，尚有盤踞於某一省或某一地區的軍閥勢力，如山西的閻錫山、徐州的張勳和瓊州（今海南島）的龍濟光等。這些大小軍閥為了各自的私利，招兵買馬，爭權奪利，紛爭不已。
中央政權是軍閥爭奪的焦點。自1917年3月開始，總統黎元洪和國務總理段祺瑞圍繞著要不要對德宣戰問題而展開的「府院之爭」，標誌著這種權力鬥爭進入了白熱化。1917年2月，第一次世界大戰已進入後期。日本政府為了控制中國，積極慫恿段祺瑞政府對德宣戰。以段祺瑞為首的皖系軍閥，為了撈到帝國主義的「參戰借款」，以便購置軍械，擴充實力，便進一步投靠日本帝國主義，「決意」對德宣戰。4月25日，段祺瑞召集「督軍團」１成員到京舉行會議，擬定了對德「宣戰案」，脅迫黎元洪和國會同意參戰。當參戰提案遭到國會抵制後，段便以督軍團的名義要求大總統解散國會。黎元洪則在國會的支持下，於5月23日下令免去段祺瑞國務總理的職務。於是，段祺瑞憤然離京，當即唆使八省督軍宣佈「獨立」２，並於6月2日在天津設立獨立各省總參謀處，以武力威脅總統。黎元洪為了擺脫僵局，邀請徐州的張勳入京「調停」。
6月14日，張勳以調停「府院之爭」為名，率三千辮子兵開進北京。接著，便演出了一場蓄謀已久的復辟醜劇。7月1日，張勳帶領清朝的舊臣遺老數十人進入清宮，將十二歲的已廢皇帝溥儀重新擁上黃龍寶座，宣告清帝復辟。黎元洪發現受騙，逃離總統府，躲進日本使館，電請副總統馮國璋代行總統職權，重新任命段祺瑞為國務總理，並委託馮、段合力籌劃「救國大計」。復辟消息一經傳出，「全國民情，莫不反對」１。北京十幾家報紙一律停刊，以示抗議。上海、天津、武漢等地的人民也紛紛口誅筆伐，憤怒聲討。本來暗中支持復辟的段祺瑞，見驅逐黎元洪、解散國會的圖謀已經得逞，於是搖身一變，馬上打起反覆辟的旗號，於7月3日在天津馬廠誓師，宣佈出師討逆。12日，段親率「討逆軍」進攻北京。辮子兵一觸即潰，張勳逃往荷蘭使館，其餘復辟分子也作鳥獸散，溥儀再次宣佈退位。於是這一復辟醜劇僅演出十二天，就迅速破滅了。
以孫中山為首的資產階級革命派，一直站在反對復辟帝制，反對北洋軍閥，為維護《臨時約法》和國會而鬥爭的最前列。早在袁世凱死後第三天，孫中山即發表《規復〈臨時約法〉宣言》，表示：「袁氏既去，當與國民共荷監督之責，不使謀危民國者，復生於國內」１。1917年3月起，孫中山又接連發表聲明或通電，反對對德宣戰，維護國會職權。當段祺瑞和督軍團慫恿張勳進京「調停」時，孫又揭露張勳將脅迫黎元洪解散國會、推翻約法的陰謀，並籲請西南各省督軍「剋日誓師，救此危局，作民保障」１。西南軍閥懂得，對他們威脅最大的乃是北洋軍閥，因而在「府院之爭」中，表示擁護黎元洪，支持國會，維護《臨時約法》，反對北洋軍閥專權擅政，客觀上表現出一定的進步性。當同年4月段祺瑞逼迫國會通過「宣戰案」，北洋八省督軍企圖以武力倒黎時，雲南督軍唐繼堯即發出通電，反對武力干政，擁護總統和國會。6月11日，廣東督軍陳炳焜、廣西督軍譚浩明和駐粵滇軍總司令李烈鈞１聯名通電，宣佈聯合西南各省，興師討逆。6月20日，陳、譚兩督軍以國會被解散為由，宣佈桂、粵兩拾自主」２，不承認非法內閣。張勳復辟後，孫中山立即在上海召開會議，主張武力討賊，並制定興師北伐的軍事計劃。西南各省也同仇敵愾，紛紛組織軍隊，準備出師北向，戡定復辟逆流。7月6日，孫中山偕同廖仲愷、章太炎、朱執信等人自上海乘「海璞號軍艦啟程赴粵，準備以廣東為基地，組織護法討逆。但孫中山等尚未抵粵，張勳復辟醜劇即告結束。
經過張勳復辟這場風波之後，黎元洪被迫下台，馮國璋為代理大總統，段祺瑞重任國務總理，中央政府實權仍操在皖繫手中。段祺瑞一上台，就公開宣佈「一不要約法，二不要國會，三不要舊總統」１，頑固地堅持專制獨裁統治。同時，為了對付革命勢力，段祺瑞進一步投靠日本。他對日本首相寺內表示：「中國政府幾經變化後，我再度出任總理。將來一切施政，當按預定方針進行。中日兩國如欲加緊協作，確保亞洲的和平和安寧，捨此當無更好的時機。」寺內馬上「表示出會心的滿意」，決定以更多的借款和武器支持段祺瑞政府。２於是，段祺瑞更加有恃無恐，大肆擴充軍備，調兵遣將，企圖實現其「武力統一」的野心。
在這種情況下，以孫中山為首的資產階級革命黨人，便將鬥爭的矛頭直指以段祺瑞為代表的北洋軍閥，決心堅持在南方領導護法鬥爭，以「建造真共和國家」。7月17日，孫中山一行抵達廣州。當晚，孫在歡迎會上發表演說，闡述了護法宗
旨，提出「以海陸軍之力量，為國民爭回真正共和」１，並呼籲各界人士共同為維護約法，再造共和而鬥爭。19日，孫電邀國會議員赴粵集會，組織護法政府。22日，海軍總司令程璧光與海軍第一艦隊司令林葆懌率該艦隊由吳淞口駛赴廣州，參加護法運動。一個月之後，一百五十餘名國會議員到達廣州，響應護法；駐粵滇軍和廣東地方派軍人也多被吸引到護法的旗幟之下，或採取中立態度。8月18日，孫中山在黃埔公園宴請到粵議員，議定召集「非常國會」２，組織護法軍政府。軍政府設大元帥一人、元帥二人，在《臨時約法》未恢復效力以前，中華民國的行政權由大元帥行使。
8月25日至9月1日，非常國會在廣州開會，通過了軍政府組織大綱，選舉孫中山為軍政府海陸軍大元帥，陸榮廷和唐繼堯為元帥。孫中山認為「擁護約法，實唯西南是賴」３，把護法的希望寄托在西南軍閥唐繼堯、陸榮廷身上。
兩廣和雲貴軍閥所以能在某種程度上支持孫中山的護法主張，是由於他們清楚地看到，段祺瑞推行的武力統一政策，除對付革命派以外，也是為了吞併西南各剩因此，他們都想借助孫中山的威望，與段祺瑞相抗衡，並趁機擴大自己的地盤和實力。但是，他們又不想完全搞僵與北洋政府的關係，因而提出只反「非法內閣」，不反大總統，並注意與孫中山的政治主張保持一定的距離，以便把軍政府作為籌碼，隨時準備與北洋軍閥討價還價，進行「一番交換」。正是出於這種動機，故在軍政府成立的第二天，陸榮廷即發出通電，反對以元帥名義另設政府；9月8日，唐繼堯也通電表示不受元帥職。軍政府成立伊始，內部就出現裂痕，表明孫中山與西南軍閥的聯盟是非常脆弱的，護法運動的前途將不會是平坦的。
盡避如此，孫中山並未卻步。9月10日，他正式宣誓就任中華民國軍政府海陸軍大元帥，發佈就職宣言，表示「當竭股肱之力，攘除奸凶，恢復約法，以竟元年未盡之業，雪數歲無功之恥」１。並隨即以大元帥名義，下令討伐段祺瑞等民國叛逆。在這種情況下，北洋軍閥內部矛盾暫時有所緩和。9月29日，馮國璋下令對軍政府成員「一體緝拿交法庭依法迅辦」。10月1日，段祺瑞宣佈「出師剿滅」南方的軍隊。
不久，護法戰爭的戰幕正式拉開，並先後遍及湖南、湖北、四川、廣東、福建，而以湖南戰場打得最為激烈。