護法運動興起後，段祺瑞政府決定對西南各省用兵，企圖實現袁世凱未能實現的「武力統一」中國的計劃。
護國戰爭結束後，各派軍閥為了爭奪地盤，拚命擴編軍隊。到1917年6月止，全國正規陸軍已由護國戰爭時的五十萬人增加到六十餘萬人２。其中北洋政府陸軍部直轄的部隊，已由護國戰爭前的十二個師、二十個混成旅增加至二十一個師、二十三個混成旅１；加上張勳的定武軍七十營、倪嗣沖的安武軍四十餘營、姜桂題的毅軍二十營２，總兵力達三十四萬餘人。其中能調往前線作戰的部隊，約在十萬以上。這是段祺瑞賴以發動內戰的基本力量。
以孫中山為首的護法軍政府所統轄的軍隊及響應護法的軍隊，主要有由陸榮廷控制的駐廣東的兩師兩混成旅、駐廣西的兩師一旅，由唐繼堯指揮的分駐滇粵川的六個師，還有貴州的一師一旅和湖南的兩個師１，以及由海軍總司令程璧光率領的第一艦隊（包括巡洋艦三艘，炮艦六艘，其它輔助艦隻四艘）和陳炯明統帶的二十營海軍陸戰隊２，總兵力約十五萬人。與北洋軍相比，南軍總兵力雖居於劣勢，但由於在本地區作戰，可將大部兵力投入戰鬥，因而在戰場兵力對比上與北軍不相上下。
段祺瑞「武力統一」的主要戰略目標是廣東，因廣東不僅是護法軍政府所在地，也是滇、桂、粵軍的聯合基地和西南各省與海外交通的樞紐。關於北洋政府的戰略意圖，段祺瑞的心腹智囊徐樹錚後來透露說：「蓋欲定大局，非謀統一不可，欲謀統一，非川粵同受政府節制不可。以川較粵，川可稍緩，而粵宜急，粵定川或隨之而自定。我之爭湘者，為圖粵計耳；粵不定，湘即危，湘有事，鄂亦不安，大局則時有搖動之虞」１。簡言之，段祺瑞要想武力統一全中國，必須征服粵、川，並以征粵為先，而征粵又必先攻湘。因此，湖南就成了北洋軍閥進攻的首要目標。
湖南北通江漢，南接兩廣，西鄰川、黔，是北軍攻取西南諸省的必經之地。早在廣州軍政府成立之先，段祺瑞便利用北洋政府的「合法」地位，於8月6日下令免去湖南省長兼署督軍譚延闓的督軍職務，以皖系人物前陸軍部次長傅良佐代之，並調北洋軍第八、第二十師隨傅入湘，企圖不戰而控制湘剩與此同時，段還派部分軍隊入川，企圖控制川省；並令閩、浙、贛抽調軍隊攻粵，以策應湖南戰場作戰，使南軍首尾不能相顧。
譚延闓是個介於進步黨與國民黨右翼之間的「八面玲瓏」的政客，由於利害關係，和桂系頭子陸榮廷關係甚密。譚被免職後，忙向陸榮廷求救。陸榮廷等桂系軍閥清楚地看到，「湘省為兩粵門戶，又系滇黔咽喉，湘失則西南腹背受敵，不特進取之機全無，且（北軍）得湘實足以制西南之死命而有餘」２，故一面令桂軍向湘邊運動，做出援湘姿態，一面致電馮國璋，請馮設法收回撤換湘督的命令，維持湖南現狀，並提出劃湖南為南北軍事緩衝地帶，以保持南北和平。馮國璋把電報轉給段祺瑞，段嚴辭拒絕，說：「今日文人不能將兵，已成各國通例，為軍事計，為湘省計，為組菴３計，皆以專辦民事為宜」；並聲稱「明令早頒，勢難反汗」４。
譚延闓並不就此甘休，他電請西南各省迅速派兵援湘，以與段祺瑞兵戎相見。唐繼堯、陸榮廷對譚的主張表示贊同。8月16日，陸致電西南各省說：「湘督易人，北方疑忌西南之心業已揭露。唇亡齒寒，急應力籌對待。」１次日，滇督唐繼堯復電陸榮廷，表示：「湘危則全局破壞，亟宜協力援助」２。唐、陸雖表示援湘，但又各保實力，不願在作戰中打頭陣。桂軍陸裕光第一師進抵湘桂交界之黃沙河後，便頓兵不前，觀望形勢。
滇、桂不及時發兵增援，湘軍主要將領對抵抗北軍也表示冷淡，譚延闓出於無奈，於9月9日向傅良佐移交督軍印信，微服潛往上海。至此，北軍勢力得以首先伸入湖南。
廣州護法軍政府成立後，孫中山即接連召開軍事會議，討論出師北伐的戰略方針問題。10月9日，提出了基本戰略設想，即：1.派員與陸榮廷及兩廣督軍等磋商抵禦龍濟光１的計劃；2.以滇軍第三師援湘；3.以滇軍第四師及海軍即日誓師攻閩；4.飭陳炯明、朱執信兩軍長加緊招募訓練部隊，為滇軍、海軍後援；5.電陸榮廷、唐繼堯火速出大軍，會師武漢。
不久，護法軍政府確定了基本作戰方針：「以長江沿岸為主作戰地，先克武昌，次定南京，擊攘敵軍長江一帶之勢力，再圖直搗北京。」２據此，擬動員南軍約十個師，組成中央、左翼和右翼軍，分三路北伐。同時，擬定了分期作戰的計劃。第一期作戰計劃是：中央軍由兩廣進擊長沙，肅清入湘北軍，待左翼軍（滇黔軍）進據四川並東入湖北時，與之合攻武昌；左翼軍首先攻佔四川，爾後派一支隊扼守川北，牽制晉陝之敵軍，主力乘勢東下，與中央軍合攻武昌；右翼軍與海軍協同，合攻閩、浙，再取淞、滬，待中央軍、左翼軍攻克武昌後，與之會攻南京，並肅清長江上、下游之敵軍；海軍在隨右翼軍佔領淞滬後，即以吳淞為根據地，封鎖長江門戶，並消滅江內之敵艦，配合陸軍進攻南京。第一期作戰計劃預計在1917年11月下旬全部完成。爾後，各路南軍在長江以北過冬，補充給養，休養兵力。第二年春季開始實行第二期作戰計劃：中央軍由津浦路北進；左翼軍由京漢路北進，其川北支隊出秦晉，襲擊北軍側背，策應正面行動；右翼軍則由海路北上。三路軍分道並進，會攻北京。上述作戰計劃，雖然反映了孫中山的革命氣魄和軍事膽略，但以有限的兵力，分散於廣闊的戰線上，企圖一舉破敵，囊括全國，顯然是不切實際的。後來由於軍政府「有府無兵」，西南各省軍閥「有兵無府」，根本不聽孫中山的調度指揮，這一作戰計劃也就未能實行。