在粵省四周軍事鬥爭激烈進行的同時，廣東護法軍政府內部的鬥爭也愈演愈烈。在桂系軍閥和非常國會中的政學系１的干擾破壞下，護法軍政府的處境日趨困難，終於到了難以為繼的地步。
經濟上，桂系軍閥對軍政府實行財政封鎖。廣東本為富裕省份，每年收入約在一千五百萬元以上，居當時全國之首。孫中山曾期望：「若能就其中籌款數十萬為國會經費，則國會之基礎定矣」１。但是，桂系軍閥控制著全省的財政收入，根本不讓軍政府插手，並分文不給。軍政府所負擔的國會議員的薪水、陳炯明所統粵軍的軍餉和各項行政開支，僅靠從海外華僑中募捐，以致「極為竭蹶」１。粵督莫榮新看到軍政府經濟拮据的窘狀，幸災樂禍地說：「孫某之政府，空頭之政府也，彼無兵無餉，吾輩但取不理之態度，彼至不能支持之時，自然解散而去」１。充分暴露了他的險惡用心。
軍事上，桂系軍閥對服從軍政府領導的軍隊進行分化打擊和排擠。在這次護法戰爭中，軍政府本身的軍事力量屈指可數。當時，北京政府密探馬鳳池曾向段祺瑞報告說：「查孫文在粵另立政府，所恃陸軍勢力，只有張開儒、方聲濤兩師及林虎一旅。林逆遠駐雷州，形勢隔禁；實僅張、方之兩師，可資召號；他則魏邦平之警察兵，可湊數耳」２。實際上，真正聽從軍政府號令的軍隊遠少於該密探的報告。當時，林虎已死心踏地地為陸榮廷效命，方聲濤也唯唐繼堯之令是從，真正屬於軍政府管轄的只有程璧光的部分海軍，張開儒所屬部分滇軍和陳炯明之粵軍。就是這一點軍隊，還不斷受到桂系軍閥的拉攏、分化與打擊。程璧光在1917年10月接受陸榮廷每月饋贈十萬元軍餉後，就投靠了桂系軍閥，進而對孫中山的革命活動加以掣肘。軍政府陸軍總長張開儒堅決擁護孫中山，遵從孫中山的領導，卻遭到莫榮新與政學系骨幹李根源的誣陷。後來莫竟背著孫中山擅將張開儒囚禁，把駐粵滇軍的領導權交給了李根源。軍政府剛剛組建的二十營粵軍，也不斷受到莫榮新的打擊和排擠，被調往攻閩戰常這樣，擁護軍政府的部隊，不是被桂系軍閥拉走，就是被擠走或竊奪了領導權，使孫中山成了無兵可統、無將相隨的空頭元帥。
政治上，桂系軍閥陰謀改組軍政府，擠走孫中山。桂系軍閥千方百計干擾破壞軍政府行動的目的，是要趕走孫中山。當他們發現孫中山意志堅決，拒不離粵時，遂採取拉攏國會議員中的政學系成員，陰謀改組軍政府的辦法，剝奪孫中山的領導權。1918年1月，桂系軍閥勾結滇、粵、湘等省軍閥，拉攏非常國會中的政學系議員及革命黨中持不同政見者，發起成立「西南各省護法聯合會」，作為西南護法各省的統一組織，陰謀奪取護法戰爭的領導權，架空廣州護法軍政府。由於「聯合會」不受軍政府領導，並議定由岑春煊擔任議和總代表，公然主張南北妥協，放棄武裝鬥爭，因而遭到孫中山和國會中部分議員的堅決反對。
政學系議員和舊國民黨中的不堅定分子如吳景濂、褚輔成之流，見以「聯合會」取代軍政府的陰謀難以得逞，又秉承桂系軍閥的旨意，提出了改組軍政府的主張，將大元帥制改為總裁合議制，藉以排斥孫中山對護法戰爭的領導權。孫中山堅決反對改組軍政府，指出軍政府的大元帥制是符合民國約法中「元首政治」這一規定的，改變此制，「與約法相違背」。陳炯明、孫洪伊等也相繼通電反對改組軍政府。但是，在政學系的活動下，非常國會於1918年5月4日通過了《修正軍政府組織法》，決定將大元帥制改為總裁合議制。孫中山當即向非常國會辭去大元帥職，並發表通電揭露西南軍閥破壞護法運動的種種罪行，指出：「顧吾國之大患，莫大於武人之爭雄。南與北如一丘之貉」１。5月20日，非常國會選舉唐紹儀、唐繼堯、孫中山、伍廷芳、林葆懌、陸榮廷和岑春煊七人為總裁，廢除大元帥制。21日，推舉岑春煊為主席總裁。同日，孫中山憤而離開廣州，前往上海，表示與西南軍閥決裂。自此以後，護法軍政府完全為軍閥官僚所控制，成了與北洋政府妥協的議和機構。
在南方護法軍政府內部矛盾激化的同時，北洋政府內部直、皖兩大派系之間的矛盾也在發展。1918年8月，吳佩孚等公開通電主張「和平」，反對段祺瑞的「武力統一」政策。護法軍政府也復電贊成和平。此後，各地區的戰爭基本上均已停止。
1918年9月，馮國璋總統任期屆滿２，安福系３操縱國會，選舉徐世昌為大總統。徐上台後，為了順應國內外要求和平的空氣，免去了段祺瑞國務總理職務。11月16日，對北軍前線部隊發佈停戰令，並倡議召開南北和平會議。1919年2月，南北政府代表開始在上海議和。雙方代表表面上是討論恢復約法和舊國會，實際上卻在如何劃分地盤等問題上進行新的角逐。