沈文阿字國衛，吳興武康人。父沈峻，以儒學聞名於梁代，授職為桂州刺史，未赴任。
文阿性情剛強，頗有體力，少時習學父業，精心研討章句之學。外祖父太史叔明，舅父王慧興均通曉經學，於是文阿頗受其傳導。又博采先儒之異同，自己為之作義疏。治《三禮》、《三傳》。經考察入選孝廉，任為梁臨川王國侍郎，歷任兼國子助教、五經博士。
梁簡文帝為太子時，徵引他為學士，深加禮遇，待到簡文帝撰寫《長春義記》時，曾使文阿大量抄撮異聞以擴充之。及至侯景作亂，簡文帝另遣文阿招募士卒，入援京師。京城陷，文阿與張嵊同守吳興，嵊敗，文阿逃竄於山野之中。侯景一向聞其名，搜求他甚急，文阿窮極不知所措，便上樹自縊，恰遇親近之人相救，從投繯中跌下，折斷了左臂。及至侯景亂平，高祖以文阿為州里同鄉，表授為原鄉縣令，監江陰郡。
紹泰元年(555)，入京任為國子博士，不久領步兵校尉，兼掌儀禮。自太清之亂以來，台閣故事，全無存遺，文阿之父沈峻，在梁武帝時曾掌朝儀，頗有一些遺稿，於是文阿加以斟酌裁減撰述，禮制都由他而出。及至高祖受禪，文阿便棄官回武康，高祖大怒，派使者前往殺他。時值文阿族人沈恪為郡守，請求使者寬緩其死刑，並當即將沈文阿反綁束頸送交高祖，高祖看了看，笑著說：「迂腐的讀書人啊，我看你還要做出什麼呢？」於是赦免了文阿。
高祖崩，文阿與尚書左丞徐陵、中書舍人劉師知等商討大行皇帝靈座俠御衣服之規格，語在《劉師知傳》。及世祖即皇帝位，擇定日期拜謁太廟，尚書右丞庾持奉詔派博士共議其禮。文阿上議說：
風俗之變化，有質魯與文雅兩種可能，聖賢借重機緣而設立教化，王侯公卿順應時代而建立統治秩序。千人之國無君，不散則亂；萬乘之國無主，不危則亡。當周朝隆盛之日，以周公旦叔父之親，呂公、召公大臣之重，成王正當服喪之時，而管、蔡、武庚為禍，幾乎傾覆了社稷。所以下葬之後便當有尊崇之禮儀，入殮之初便要受策命而服緇布冠，大抵是要顯示天下之有主，慮及社稷可能有艱難之時。待到周朝末年，禮制敗壞；便有合縱連橫之舉。有漢承其餘弊，即使是像文帝、景帝那樣置刑法而不用，也有七國連兵作亂之禍。新君們有的過了一個月便登尊位，有的在先君崩逝之日便稱孤道寡，這都是想要有作為而為之，並非對禮制毫不在乎。今當國喪之日盡避為了印璽之重要而節哀，仍是未順乎君臣之禮儀。按古禮，先君逝世退居宗廟以聽群臣之政，今皇帝拜廟回朝，應臨御太極殿，以正南而治國之尊，這正如周康王當朝，由一二重臣屏藩擁衛而登基。
至於貢獻土產之禮節，周禮以玉作禮物，公、侯用王圭，子、男執璧，這是瑞玉。尊貴之禮物既已陳畢，又呈上祭品，天子以璧，王后用琮。秦燒燬典籍，威儀三千均已失傳，叔孫通制定禮制，對舊則多有違背，進獻禮品不用王圭，獻祭品沒有帛，公與王通同用璧，由鴻臚來傳聲贊導。像這樣幾種作法，古所未聞，後世加以沿襲，至梁代仍行之。舉杯祝壽，國家之盛大慶典，奏四廂樂歌，歌奏鼓吹，極盡喜樂氣氛。今當群臣隱忍悲傷，萬民節哀之時，怎麼能同於王朝更新，新君初立之禮呢？況且周康王時於賓客稱奉王圭，沒有長壽之獻，這便是上古之準則，這點已勿庸置疑。進爵三次，奠爵三次，上宗說「饗」，這大抵是祭祀之儐從接受天地神明之降福，怎麼會指的是賀酒呢！我認為今天子當坐正殿，只行獻璧之儀，無賀酒之禮。謹撰《告廟還升正寢群臣陪薦儀注》一書另發。
詔准施行。不久遷通直散騎常侍，兼國子博士，領羽林監，又令於東宮講解《孝經》、《論語》。天嘉四年(563)去世，時年六十一歲。詔贈廷尉卿。
文阿所撰《儀禮》八十餘卷，《經典大義》十八卷，均行於世，許多儒者都傳其學說。