魯定公九年（公元前501年），五十一歲的孔子出任魯國中都宰，一年之間，四方傚法。不久升司空，再升大司寇，職掌司法，之後又以大司寇行攝相事，代理執政。
執政的第七天，孔子就誅殺魯國大夫少正卯於東觀之下。東西兩觀在宮門兩邊，積土為台，台上有望樓，可以遠眺，故曰觀，約等於天安門。在這種政治意味濃重的地方殺人，說明殺少正卯是一個重要的政治事件。
少正卯，少正是官名，以官為氏，以卯為名。他與孔子同時在魯國創辦私學，兩人爭奪學生極為激烈，孔子門下，“三盈三虛”，三次坐滿而三次跑空，如此反覆，只有顏淵意志堅定，一直跟著孔子。
殺少正卯之後，學生們都不敢說話，只有子貢問孔子說：“少正卯是魯國的名人，老師你初當政就先殺了他，該沒有弄錯吧？”
孔子說：“人有五種罪惡，而盜、竊不在其中：
一是心達而險，知識通達而心懷險惡；二是行僻而堅，行為邪僻而不知悔改；三是言偽而辯，言語不合正道而善於狡辯煽動；四是記丑而博，博聞強識，宣揚邪惡的思想；五是順非而澤，讚賞錯誤的觀點，加以文飾。
這五宗罪，任何一條都該殺，而少正卯同時具有這五宗罪。他的居所足以聚集門徒成群，他的言論足以掩飾邪惡，蠱惑人心，他的剛強足以與正確的見解分庭抗禮，小人中的雄傑，不可以不殺。
因此商湯殺尹諧，周文王殺潘止，周公旦殺管叔，姜太公殺華仕，管仲殺付裡乙，子產殺鄧析、史付，這七個人，雖然時代不同，險惡的用心卻一樣，是不能不殺的。”
以思想、言論入罪，孔子絕不是第一個，商湯、周文王、周公旦，那都是上古的賢人，該殺的時候決不手軟。但殺人的理論，的確由此完備。
心達而險、行僻而堅、言偽而辯、記丑而博、順非而澤，從這些罪名來看，其實只有一條，就是思想反動，和官方意見不保持一致。南轅北轍，因為思想反動，所以知識廣博、善於辯論、堅韌剛強都只會助長反動思想的傳播，所以這樣的人越是知識廣博、越是善於辯論、越是堅韌剛強對社會破壞就越大，就越是該殺。
盜、奸之屬，為害一時，卻不會擾亂為政的根本，而且罪惡彰顯，人人明白，思想上的問題比較隱蔽，才是大問題，必須要首先解決，所以稱為“先誅”。太公望至齊而誅華士，是為先例。劉向強調：“自古明聖，未有無誅而治者也”，殺人，是保證太平的手段。司馬遷也是用後來的魯國大治為孔子背書，據他說：“孔子執政三月，商賈不欺童叟、男女分路而行，路不拾遺，四方之客，賓至如歸。齊國恐怕魯國稱霸，甚至考慮把土地送給魯國以求和好。”（《史記•孔子世家》）言下之意，只要天下太平，就證明殺得對，殺得有理。誅於東觀，就是要以儆傚尤，後來曹操殺孔融，司馬昭殺嵇康，頗得其中殺雞儆猴的帝王之術真諦。
有人誤會孔子妒賢嫉能，有點太小看至聖先師了。如果孔子只是一個這麼簡單的人物，也不足以創立儒學流傳二千年了。孔子借《詩經•邶風•柏舟》感歎“憂心悄悄，慍於群小。”憂愁之心多淒楚，被群小人所怨怒。
其實孔子殺少正卯殺得名正言順、理直氣壯，到了不可不殺的地步，這才是最可怕的事。這就意味著，只要思想、言論與我不一樣，就是異端邪說，就該殺而後快。
這個故事最早見於《荀子•宥坐》，荀子本來是儒法兼修，外儒內法第一人，對此大唱讚歌不稀奇。
從朱熹開始，一些學者對孔子誅少正卯的故事持懷疑態度，其論據包皮皮括史料證據、制度沿革、孔子治國理念等，至今兩派爭訟不休。
歷史是一種印象，真實早已掩埋於塵土之下，流傳下來的未必是歷史的真相。然而，流傳下來的歷史印象對後世造成的影響，可能比實實在在的歷史真相來得更大。
孔子誅沒誅少正卯不重要，這個故事得以正面形象流傳，說明黨同伐異在中國有很大的市場。因為這個故事很好用，所以後世儒生爭相傚法，五條罪名越用越熟練，無論是清譽名士，還是貪贓枉法之徒，都可能被加上了“少正卯”的罪名。
東漢末年，杜喬上書指斥梁冀兄弟“有正卯之惡，未被兩觀之誅”（公元147年）；李膺（公元166年）初任河南尹就以殘暴無道、殺死孕婦之罪殺死宦官張讓的弟弟張輿，面對漢桓帝的指責，意正嚴詞的說：“孔子七日而誅少正卯，我到任已有十天，我只擔心動作拖拉而受指責，哪想到因辦案迅速而獲罪。”
這兩個故事比較正面，可越往後越負面。魏晉之際（公元263年），鍾會勸司馬昭殺嵇康的時候就引用了這個故事，認為嵇康言論放蕩、詆毀經典、禍害時局、擾亂名教，帝王所不應該容忍，嵇康被誅於市。
到了北宋之際，政敵之間常常互相指責對方是“少正卯”：何郯彈劾夏竦（公元1048年），歐陽修、劉敞等彈劾劉昌期（公元1059年），李定彈劾蘇軾（公元1079年），蘇轍等彈劾呂惠卿（公元1086年），要不就是引用“學非而博”、“行偽而堅”、“言偽而辯”的罪名，要不就是直指對方是“異端害道”、“魯之少正卯”。
為此蘇軾發過一通調侃，大意說孔子七日而誅少正卯，正為自知相位不久，所以不得不乘還在位時速行其事，否則遲疑兩三日，只怕少正卯所圖。（《東坡志林•卷四》）借孔子的酒杯，澆自家的心事，一語道破自古黨爭之烈，孔子不殺少正卯，少正卯就要殺孔子，無論是路線鬥爭、階級鬥爭，還是民族鬥爭，都是你死我活的鬥爭，哪裡有寬容可以藏身？
後來又發生了兩起“少正卯”，更令人驚詫莫名。一起在南宋（公元1195年），儒學大師朱熹遭沈繼祖參奏六大罪，並說“嘉為大奸大憝，請加少正卯之誅，以為欺君罔世、污行盜名者戒。”另一起在明季（公元1627年），無恥文人陸萬齡竟稱“孔子作《春秋》，（魏）忠賢作《要典》。孔子誅少正卯，忠賢誅東林。宜建祠國學西，與先聖並尊”，比魏忠賢為孔子，比東林黨人為少正卯。
一個是將來配享孔廟的先賢，被誣為少正卯，一個是遺臭萬年的豎Yan，被比為誅殺少正卯的孔子，可見謬種一旦流傳，不由你考證它是真是偽，它自有它的生命力在。