成祖人金川門，建文宮中火起，永樂間修《實錄》，以為帝已焚死。明代無人信之，所傳建文行遁之書，不知凡幾。而清修《明史》時，史館中忽以建文焚死為定論，王鴻緒《史稿》創此說，而《史本紀》較作疑辭。蓋當時館中分兩派，主修建文後紀者為邵遠平，多數不謂然，乃以其稿私印行世，用錢謙益、李清之說。駁正《致身錄》之偽作乃朱彝尊，世以為主建文焚死者為彝尊，其實彝尊特糾《致身錄》之偽，其撰《建文本紀》獨加以疑辭，不與《史稿》同意。今姑置明代野史所言不論，就即《史》及《明實錄》等文證之。
《史·建文紀》：「都城陷，宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍於火中，越八日壬申，葬之。」
此《紀》據《曝書亭集》，彝尊自言為所撰之稿。當火起至火中出帝屍，乃一瞬間事，既出帝與後之屍矣，明明已知其所終，何以又雲不知所終，且反先言不知所終，而後言出屍於火乎？是明明謂帝已不知所終，而燕王必指火中有帝屍在也。其所以作此狡獪者，主者之意，必欲言帝王無野竄倖存之理，為絕天下系望崇禎太子之計，即太子復出，亦執定其為偽托，以處光棍之法處之也。此秉筆者之不得已也。
至進《史稿》之王鴻緒，則不作疑詞，且全書之首，冠以《史例議》一冊，專論建文必已焚死者居其半，非但證其焚死，且若深有憾於建文，論其遜國之名，亦為有忝，虐殺宗藩，自遭眾棄，勢窮力竭，而後一死了之，何足言遜？鴻緒之意，力尊燕王而已。不知遜國之說，燕王所樂稱，若不言遜國，則將謂帝本不遜而由燕王篡取之乎，抑竟能謂帝以罪伏誅乎？故鴻緒希時旨太過，轉成紕繆。乃錢氏大昕作《萬斯同傳》，竟采此論人萬先生傳，謂先生之論如是，而後建文不出亡之論乃定。此錢氏誤以《史稿》出萬氏手，而以《史例議》為萬氏所著也。其實《史稿》亦經鴻緒以意竄定，並非萬氏原文，鴻緒進《史稿》時，亦未言及萬氏，但直認為己之所作。至《史例議》中有云「康熙五十九年，歲在庚子，亡友朱竹垞仲孫稼翁攜《竹垞文稿》見貽」云云。此語豈萬氏所出，而可認《史例議》為萬氏之說耶？此錢氏之疏也。故謂《建文本紀》為斷定焚死，已非真相也。
《史·姚廣孝傳》：「十六年三月人覲，年八十有四矣，病甚不能朝，仍居慶壽寺，車駕臨視者再，語甚歡，賜以金唾壺，問所欲言，廣孝曰：『僧溥洽系久，願赦之。』溥洽者，建文帝主錄僧也。初，帝人南京，有言建文帝為僧遁去，溥洽知狀，或言匿溥洽所，帝乃以他事禁溥洽，而命給事中胡濴等遍物色建文帝，久之不可得。溥洽坐系十餘年，至是帝以廣孝言，即命出之。」如果成祖已得帝屍，何必系溥洽以求其蹤跡？若謂溥洽造為其說，則應以妖言罪伏誅，何必假他事以久系之，至十六年而不決？清史館中所倚仗言《致身錄》為偽書者乃錢謙益，而謙益則言帝出亡，為帝削髮者即溥洽。此當別有據。清修《明史》時已不免渾言之矣。茲錄錢氏謙益《有學集》文如下：
《有學集·建文年譜序》有云：「文皇帝之心事，與讓皇帝之至德，三百年臣子未有能揄揚萬一者，迄今不言，草亡木卒，祖宗功德，泯滅於余一人之手，魂魄私憾，寧有窮乎？何言乎文皇帝之心事也？壬午以還，天位大定，文皇帝苟有分毫利天下之心，國難方新，遺種未殄，必翦滅此，而後即安，張天網以籠之，頓八宏以掩之，閉口捕舌，遁將何所？以文皇帝之神聖，明知孺子之不焚也，明知亡人之在外也，明知其朝於黔而夕於楚也，胡濴之訪張邋遢，舍人而求諸仙，迂其詞以寬之也；鄭和之下西洋，捨近而求諸遠，廣其途以安之也；藥燈之詛祝，剃染之借手，彼髡之罪，百倍方、黃，以榮國榻前一語，改參彝而典僧錄，其釋然於溥洽，昭於中外者，所以慰藉少帝之心，而畀之以終老也。文皇帝之心，高帝知之，興帝知之，天地鬼神知之，三百年之臣子安處華夏，服事其聖子神孫，尚論其心事則懵如也。日月常鮮，琬琰如積，而文皇帝之心事，晦昧終古，此則可為痛哭者也。何言乎讓皇帝之至德也？金川之師，禍深喋血，讓皇帝苟有分毫不忘天下之心，憑仗祖德，依倚民懷，散亡可以收合，蠻夷可以煽動，衛世子之焚台，衛太子之詣闕，誰能惎之？讓皇帝明知大命之不可干也，明知大位之不可再也，明知本支百世之不可傾動也，以神州赤縣為孤竹之封，以休發壞衣為採藥之遁，耄遜遐荒，自此退耕於野；頭陀乞食，豈曰餬口四方？由是而內治外攘，逾沙軼漠，高皇帝之基業安，祖宗之統緒安，三百年之天地人鬼罔不大安，寧非讓皇帝之所詒乎？讓皇帝之至德，媲諸泰伯其難易尤相倍，而三百年之臣子不能言，言之不盡矣。」以下言世傳諸錄之作偽非實，而作《建文年譜》之趙士喆亦不過排比諸錄，欲傳二百年未死之人心，非爭竹帛之名等語。文繁不具錄。蓋建文之出亡為真，而諸錄則偽，謙益之分辨了然也。
《史·胡濴傳》：「永樂元年，遷戶科給事中。惠帝之崩於火，或言遁去，諸舊臣多從者，帝疑之。五年，遣濴頒御制諸書，並訪仙人張邋遢，遍行天下州郡鄉邑，隱察建文安在。濴以故在外最久，至十四年乃還。所至亦間以民隱聞。母喪乞歸，不許，擢禮部左侍郎。十七年，復出巡江、浙、湖、湘諸府。二十一年還朝，馳謁帝於宣府，帝已就寢，聞濴至，急起召人，濴悉以所聞對，漏下四鼓乃出。先濴未至，傳言建文帝蹈海去，帝分遣內臣鄭和數輩，浮海下西洋，至是疑始釋。」宦官《鄭和傳》亦載此事。夫果成祖已確認火中之有帝屍，何以海內海外分途遍訪，歷二十餘年，然後得一確息而釋疑乎？濴來見時，已寢而起，急不能待明日，四鼓乃出，奏對甚久，則必有建文確蹤，並其無意於復國之真意，有以大白於成祖，而後不復蹤跡。明年成祖亦崩。此皆史文之明在者，可以無疑也。
近日故宮發見乾隆四十二年重修《明史本紀》刻本，以前但於《乾隆朝東華錄》中見四十二年五月丁丑諭旨：「所有《明史本紀》，並著英廉、程景伊、梁國治、和珅、劉墉等將原本逐一考核添修。」並未見添修之本。豈料宮中竟有其書。《建文紀末》云：「棣遣中使出後屍於火，詭雲帝屍。越八日壬申，用學士王景言，備禮葬之。」是正史早已改定，特未明詔頒行。改正原刻之《殿本》，今始傳世耳。然又因以發見《四庫本》之《明本紀》早用添修本，緣《四庫》系寫本，當時刻本未成，遂未行世。《四庫本》人不易見，即有能讀中秘書者，亦留心於外間所無之書，無人料《明史》之有異同，遂疑誤至今，以為官修正史，於明建文竟定為焚死，其實《四庫》定本早已改定。蓋至乾隆時朱三太子案相隔已遠，無庸避忌，乾隆初告成之《明史》，尚是康熙間所修，故有此曲筆耳。此已論定疑案之一也。
明初名教，嫡長之分甚尊，懿文太子以長子得立，既死則應立嫡孫，故建文之嗣為一定之理。燕王既篡，無以表示應得國之道，乃自稱己為馬皇后所生，與太子及秦、晉二王為同母，時太子及秦、晉皆已故，則己為嫡長，倫序無以易之矣。此事當見於《太祖實錄》中，預將諸王之生，明著其母，故永樂中將建文所修《太祖實錄》改修兩次，即系闌人此等文字。後修《永樂實錄》則直云：「高皇后生五子：長懿文太子標，次秦愍王樉，次晉恭王，次上，次周定王
。」《明史稿例議》云：「《玉牒》諸書並同。當明時，諸家頗有異議，但為《實錄》、《玉牒》所壓，通人多不敢置信。」至修《明史》時亦仍之。《成祖本紀》云：「母孝慈高皇后。」與興宗孝康皇帝即懿文太子。同。然於《列傳》乃漏出兩證，證成祖之非嫡出。
《黃子澄傳》：「子澄曰：『周王，燕王之母弟，削周，是翦燕羽翼也。』」此可證明燕王自與周王同母，並不與懿文太子同母。周王只為燕王之羽翼，於建文帝較疏也。
又《太祖成穆孫貴妃傳》：「位眾妃上，洪武七年九月薨，年三十有二。帝以妃無子，命周王
行慈母服三年，東宮諸王皆期，敕儒臣作《孝慈錄》。庶子為生母服三年，眾子為庶母期，自妃始。」此事證明周王本是庶子，故可認他庶母為慈母，而為之服三年。周王既與燕王同母，即燕王亦庶出也。
潘檉章《國史考異》云：「《南京太常寺志》所載孝陵神位，左一位淑妃李氏，生懿文太子、秦愍王、晉恭王，右一位
妃，生成祖文皇帝。」潘氏引此志，尚未親見神主，故《史例議》又力辟其妄。清末乃有李清之《三垣筆記》刊版，蓋以前謂為禁書，只有李氏子孫所藏鈔本，後禁網漸弛，然仍刪節印行，至近年則更有足本出矣。《三垣筆記》中言北都破後，弘光復都南京，乃發舊太廟，
妃神主具在，均如《南太常志》所云。由此始悟明北京太廟，一帝止有一後，繼後及列帝生母皆不配享，殆即成祖遷都定此制，以便抹殺生母，不留痕跡。夫因欲冒應嗣之名，而至沒其所生之母，皆成祖之貪位而忍心害理者。以前為疑案，《明史》中紀傳自相矛盾。自《三垣筆記》出而證《明南太常志》之文。此已論定疑案之二也。