嘉靖四十五年十二月庚子，世宗崩。壬子，二十六日。穆宗即位，改明年為隆慶元年。徐階時為首輔，於即位詔，免明年天下田賦之半，及嘉靖四十三年以前逋賦。所草世宗遺詔，則召用建言得罪諸臣，死者恤錄，方士付法司論罪，一切齋醮工作及政令不便者悉罷之。詔下，朝野號慟感激。時高拱、郭璞以階不與共謀，不樂，樸曰：「徐公謗先帝。」兩人遂與階有隙。
穆宗承世宗之後，享國亦僅六年，其政事倚成於內閣。閣臣用事者，亦不得謂無才，然多挾意見，無和衷之美，所形成一朝之政治，即諸閣臣意見之用事。當即位初，世宗遺詔，已因忌徐階而沮先朝悔過之美。其後閣臣進退，由恩怨之推排，為政令之反覆。《明史》徐階、高拱、張居正類為一傳，頗足為朝局樞紐。《明史稿》徐階與楊廷和、楊一清為一傳，意不同。階在世宗朝，以嚴嵩能逆探帝指而肆其惡，即用其術以移帝意，拔大憝而去之，世服其智而不病其譎，階固拔除亂賊而引君當道也。迨草遺詔，夜召門人學士張居正與謀，質明，裕王人臨世宗不立太子，但先遣景王就國，以示裕王之留，即為儲貳。景王又前卒，裕王自即太子。畢，以詔草上，令旨報可。朝野比之楊廷和所擬登極詔書，為世宗始終盛事。高拱、郭璞以階引門生謀，而同列反不與，遂忌嫉騰謗言。拱初侍穆宗裕邸，階引之輔政，然階獨柄國，拱心不平。世宗不豫時，給事中胡應嘉嘗劾拱，拱疑階嗾之。隆慶初救考察被黜者，樸言：「上甫即位，而應嘉敢越法無人臣禮，宜削籍。」階睨拱方怒，不得已從之。言者謂拱修舊鄭，脅階斥應嘉。階又請薄應嘉罰，言者又相繼劾拱。拱欲階擬杖，階從容譬解，拱益不悅，令御史齊康劾階，言其二子多干請，及家人橫裡中狀。階疏辨乞休，九卿以下交章劾拱譽階，拱遂引疾歸，康竟斥，樸亦以言者攻之，乞身去。給事御史多起廢籍，恃階而強，言輒過激，帝不能堪，諭階等處之。同列欲擬譴，階曰：「上欲譴，我曹當力爭，乃可導之譴乎？」請傳諭令省改，帝亦勿之罪。是年，詔翰林撰中秋宴致語，階言先帝未撤幾筵，不可宴樂。帝為罷宴。帝命中官分督團營，階力陳不可而止。南京振武營兵屢嘩，階欲汰之，慮其據孝陵，不可攻也，先令操江都御史唐繼祿督江防兵駐陵傍，而徐下兵部分散，事遂定。群小鐺毆御史於午門，都御史王廷將糾之，階曰：「不得主名，劾何益？且慮彼先誣我。」乃使人以好語誘大鐺，先錄其主名，廷疏上，乃分別逮治有差。階之持正應變多此類。然階所持諍多宮禁事，伸者十八九，中官多側目。會帝幸南海子，階諫不從，方乞休，而給事中張齊以私怨劾階，階因請歸，帝意亦漸移，許之。舉朝疏留，報聞而已。王廷復刺得張齊納賄事，劾戍之邊。階既行，李春芳為首輔，未幾而拱出。
拱與郭璞皆階所薦人閣。拱驟貴負氣，頗忤階。穆宗即位，進少保兼太子少保。階雖為首輔，而拱自以帝舊臣，數與之抗，樸復助之，階漸不能堪。而是時陳以勤、張居正皆人閣，居正亦侍裕邸講。階草遺詔，獨與居正計，拱心彌不平。會議登極賞軍，及請上裁去留大臣事，階悉不從拱議，嫌益深。拱欲逐胡應嘉，給事中歐陽一敬劾拱尤力，階於拱辨疏，擬旨慰留，而不甚譴言者。拱益怒，相與忿詆閣中。御史齊康為拱劾階，康坐黜，於是言路論拱者無虛日，南京科道至拾遺及之，拱不自安，乞歸，隆慶元年五月也。拱以舊學蒙眷注，性強直自遂，頗快恩怨，卒不安其位去。既而階亦乞歸，則在二年七月。三年冬，帝召拱，以大學士兼掌吏部事。拱乃盡反階所為，凡先朝得罪諸臣，以遺詔錄用贈恤者，一切報罷，且上疏極論之曰：「《明倫大典》頒示已久，今議事之臣假托詔旨，凡議禮得罪者，悉從褒顯，將使獻皇在廟之靈何以為享？先帝在天之靈何所為心？而陛下歲時人廟亦何以對越二聖？」帝深然之。法司坐王金等子弒父律，拱復上疏曰：「人君隕於非命，不得正終，其名至不美。先帝臨御四十五載，得歲六十有餘，末年抱病，經歲上賓，壽考令終，曾無暴遽。今謂先帝為王金所害，誣以不得正終，天下後世，視先帝為何如主？乞下法司改議。」帝復然拱言，命減戍。拱之再出，專與階修鄭，所論皆欲以中階重其罪，賴帝仁柔，弗之竟也。階子弟頗橫鄉里，拱以前知府蔡國熙為監司，簿錄其諸子，皆編戍，所以扼階者無不至；逮拱去位乃得解。拱練習政體，負經濟才，所建白皆可行。其在吏部，欲遍識人才，授諸司以籍，使署賢否，志爵裡姓氏，月要而歲會之，倉卒舉用，皆得其人。又以時方憂邊事，請增置兵部侍郎，以儲總督之選，由侍郎而總督，由總督而本兵，中外更番，邊材自裕。又以兵者專門之學，非素習不可應卒，儲養本兵，當自兵部司屬始，宜慎選司屬，多得智謀才力曉暢軍旅者，久而任之，勿遷他曹，他日邊方兵備督撫之選皆於是取之。更各取邊地之人，以備司屬，如銓曹分省故事，則題覆情形可無扞格。並重其賞罰以鼓勵之。凡邊地有司，其責頗重，不宜付雜流及遷謫者。皆報可，著為令。拱又奏請：「科貢與進士並用，勿循資格。其在部考察，多所參伍，不盡憑文書為黜陟，亦不拘人數多寡，黜者必告以故，使眾鹹服。」吉田瑤亂，用殷正茂總督兩廣，曰：「是雖貪，可以集事。」貴州撫臣奏土司安國亨將叛，命阮文中代為巡撫，臨行語之曰：「國亨必不叛，若往，無激變也。」既而如其言。以廣東有司多貪黷，特請旌廉能知府侯必登，以厲其餘。又言：「馬政鹽政之官，名為卿為使，而實以閒局視之，失人廢事，漸不可訓。惟教官驛遞諸司，職卑祿薄，遠道為難，宜銓注近地，以恤其私。」詔皆從之。拱所經畫，皆此類也。俺答孫把漢那吉來降，總督王崇古受之，請於朝，乞授以官。朝議多以為不可，拱與居正力主之，遂排眾議請於上，而封貢以成。由是西塞諸部歲來貢市，自宣大至甘肅，邊陲晏然，不用兵革者二十餘載。拱以邊境稍寧，恐將士惰玩，復請敕邊臣，及時閒暇，嚴為整頓，仍時遣大臣，帝皆從之。遼東奏捷，進柱國、中極殿大學士。此屬御建州女直事，故《明史》含糊其詞。蓋拱於隆慶五年，特拔副使張學顏為遼東巡撫，學顏與大將李成梁討敵有功，故雲遼東奏捷也。事略具《張學顏傳》。尋考察科道，拱請與都察院同事，時大學士趙貞吉掌都察院，持議稍同異。給事中韓楫劾貞吉有所私庇，貞吉疑拱嗾之，遂抗章劾拱，拱亦疏辨，帝令貞吉致仕去。拱嗣是專橫益著，言者皆謫外。拱初持清操，後其門生親串頗以賄聞致物議，帝終眷拱不衰。始拱為祭酒，居正為司業，相友善，拱亟稱居正才。及是李春芳、陳以勤皆去，拱得首輔，居正肩隨之。拱性直而傲，同官殷士儋輩不能堪，居正獨退然下之，拱不之察也。六年春，帝崩，拱卒為居正所傾，別詳萬曆初政局。
高拱亦政事才，不失為救時良相，惟以恩怨快意，至不惜屈抑忠正，寬庇佞邪，以修怨於故輔，並以先朝之過舉，劫持嗣君，以中傷元老。拱之才與居正相類，而氣質之偏各不同，亦各有大過當之處。隆慶朝之得失，即當時相業之優劣也。
穆宗中材之主，《史》稱「在位六載，端拱寡營，躬行儉約，尚食歲省巨萬。許俺答封貢，減賦息民，邊陲寧謐。繼體守文，可謂令主。第柄臣相軋，門戶漸開，未能振肅干綱，矯除積習，寬恕有餘，剛明不足」。以此論隆慶一朝，大略固如是。然謂柄臣相軋，議帝未肅乾綱，則其得失亦參半。俺答封貢，減賦息民，即柄臣用事之效。至躬行節儉，僅舉尚食歲省而言，則純為當時頌聖門面語，參考事實，當分別觀之。
《宦官傳》：「李芳，穆宗朝內官監太監也。帝初立，芳以能持正見信任。《明通鑒》：「芳侍上於藩邸，即位信任之。」是信任由於舊侍，非以其持正也，其後獲譴，乃正以其持正耳。初世宗時，匠役徐杲以營造躐官工部尚書，修盧溝橋，所盜萬計，其屬冒太僕、少卿、苑馬卿以下職銜者以百數。隆慶元年二月，芳劾之，時杲已削官，乃下獄遣戍，盡汰其所冒冗員。又奏革上林苑監增設皂隸，減光祿歲增米鹽及工部物料，以是大為同類所嫉。而是時司禮諸閹滕祥、孟沖、陳洪方有寵，爭飾奇技淫巧以悅帝意，作鰲山燈，導帝為長夜飲。芳切諫，帝不悅，祥等復媒櫱之，帝遂怒，勒芳閒住。二年十一月，復杖芳八十，下刑部監禁待決。尚書毛愷等言：『芳罪狀未明，臣等莫知所坐。』帝曰：『芳事朕無禮，其錮之。』芳錮，祥等益橫。前司禮太監黃錦已革蔭，祥輒復予之。工部尚書雷禮劾祥：『傳造採辦器物，及修補壇廟樂器，多自加征，糜費巨萬；工廠存留大木，斬截任意。臣禮力不能爭，乞早賜罷。』帝不罪祥，而令禮致仕。禮於《史》無傳，事跡僅見此，今但存其著述甚多耳。沖傳旨下海戶王印於鎮撫司，論戍，法司不預聞；納肅藩輔國將軍縉
賄，越制得嗣封肅王。洪尤貪肆，內閣大臣亦有因之以進者。三人所糜國努無算。帝享太廟，三人皆冠進賢冠，服祭服以從，爵賞辭謝，與六卿埒。廷臣論劾者，太常少卿周怡以外補去，給事中石星、李已、陳吾德，御史詹仰庇、尚寶丞鄭履淳，皆廷杖削籍。三人各蔭錦衣官至二十人。而芳獨久系獄。四年四月，刑科都給事中舒化以熱審屆期請宥芳，乃得釋充南京淨軍。」據此則穆宗之嗜好及惑溺已可概見，惟歷年少，亦舉動不烈，不大震驚耳目而已。
《食貨志·上供采造門》：「穆宗朝，光祿少卿李健奏十事，帝皆可之，頗有所減省，停止承天香米，外域珍禽奇獸，罷寶坻魚鮮，凡薦新之物，領於光祿寺，勿遣中官，著為令。又從太監李芳請，停征加增細粳米，白青鹽，命一依成、弘間例。御史王宗載請停免加派，部議悉准原額，果品百七萬八千餘斤，牲口銀五萬六千餘兩，免加派銀二萬餘。未行而神宗立，詔免之。世宗末年歲用止十七萬兩，穆宗裁原額二萬，止十五萬餘，蓋愈省約矣。」萬曆初，張居正為政，光祿寺經費益減至十三四萬，中年漸增，幾三十萬。此為躬行節儉事實之可征者。
又《倉庫門》：「隆慶中，數取太倉銀人內庫，內承運庫中官至以空札下戶部取之，廷臣疏諫皆不聽。又數取光祿太僕銀，工部尚書朱衡言：『每年礦金稅金皆收內庫，而其它羨餘、干折、抄沒、孝順之屬，其名甚眾，無不人內庫者。金花歲百萬，計三十年，當數千萬，況天產地生，匯而鬱於其中，內庫充初若是，尚言不足耶？』帝不聽。」然則帝以內庫與國庫爭，並無損上益下之意，所省光祿寺微末之數，其意何為，殆亦為內庫增聚斂邪？即於民間有所輕減，直以毫末之惠，市史冊之名耳。人主節儉，若視為美名，即不可恃。儉在寡慾，有寡慾之質，不期儉而自儉，若太祖以來是也。穆宗史以節儉稱，今再征之史實。
《王治傳》：隆慶元年，上疏陳四事，其二為：「謹燕居之禮，以澄化源。人主深居禁掖，左右便佞，窺伺百出，或以燕飲聲樂，或以遊戲騎射，近則損敝精神，疾病所由生；久則妨累政事，危亂所由起。比者人言籍籍，謂陛下燕間舉動，有非諒暗所宜者。臣竊為陛下憂之。」此知穆宗非厚重守禮之君，宜有務求玩好之事。
《綱目三編》：「二年正月，吏科給事中石星言：『天下之治，不日進則日退；人君之心，不日強則日偷。臣竊見陛下人春以來，為鰲山之樂，縱長夜之飲，極聲色之娛，朝講久廢，章奏遏抑，一二內臣，威福自恣，肆無忌憚，天下將不可救。用是條上六事：一曰養聖躬，二曰講聖學，三曰勤視朝，四曰速俞允，五曰廣聽納，六曰察讒諂。』疏人，上怒，以為惡言訕上，命廷杖六十，黜為民。時中官滕祥以造作奇巧得幸，會監杖，星大詬之，祥怒，予重杖，星絕而復甦，其妻鄭，誤聞星已死，遽觸柱死。聞者哀之。」史無《石星傳》，惟《本紀》：「隆慶二年正月己卯，給事中石星疏陳六事，杖闕下，斥為民。」《史稿》有傳，載此文略同。
《周弘祖傳》：「二年春，言：『近四方地震，土裂成渠，旗竿數火，天鼓再鳴，隕星旋風，天雨黑豆，此皆陰盛之征也。陛下嗣位二年，未嘗接見大臣，諮訪治道。邊患孔棘，備御無方。時俺答尚未封貢。事涉內廷，輒見撓沮。如閱馬核庫，詔出復停。皇莊則親收子粒，太和則榷取香錢。織造之使累遣，糾劾之疏留中。內臣爵賞謝辭，溫旨遠出六卿上，尤祖宗朝所無者。』疏人不報。」此可知主道之不隆，修政之無善狀，特不似世宗之猛厲耳。
《詹仰庇傳》：「隆慶初，穆宗詔戶部購寶珠，尚書馬森執奏，給事中魏時亮、御史賀一桂等繼爭，皆不聽。仰庇疏言：『頃言官諫購寶珠，反蒙詰讓。昔仲虺戒湯，不邇聲色，不殖貨利；召公戒武王，玩人喪德，玩物喪志。湯武能受二臣之戒，絕去玩好，故聖德光千載。若侈心一生，不可復遏，恣情縱慾，財耗民窮。陛下玩好之端漸啟，弼違之諫惡聞，群小乘隙，百方誘惑，害有不勝言者。況寶石珠璣，多藏中貴家，求之愈急，邀直愈多，奈何以有用財耗之無用之物？今兩廣需餉，疏請再三，猶靳不予，何輕重倒置乎？』不報。」穆宗一朝，以購珠寶拒諫罪言官者比比矣，其事沿世宗之奉道而來，奉道之用奢侈品，殆亦如佞佛之必資佈施莊嚴乎？夫以佈施莊嚴，破愚民之慳吝，未嘗非均貧富之一助；若有權力可剝奪於民者信之，此即歷史中信佛信道之君，皆所以促敗亡者也。顧世宗以奉道需珠寶，其惑溺之根猶有所為，欲祛其惑，當移其求長生之妄念而後可；穆宗則直以童心未化，為左右近習所玩弄而已，美之曰恭儉，豈有當哉？
仰庇後又以帝耽聲色，陳皇后微諫，怒出之別宮，後寢疾危篤，上疏言之，帝批答但云：「爾何知內庭事？顧妄言！」未予譴謫。感奮益思盡言，復以巡視十庫上疏言：「內官監歲人租稅甚多，而歲出不置籍。按京城內外園廛場地，隸本監者數十計，歲課皆屬官錢，而內臣假上供名，恣意漁獵，利填私家，過歸朝寧。乞備核宜留宜革並出人多寡數，以杜奸欺。再照人主奢儉，四方系安危。陛下前取戶部銀，用備緩急，今如本監所稱，則盡以創鰲山，修宮苑，制鞦韆，造龍鳳艦，治金櫃玉盆。群小因干沒，累聖德，虧國計。望陛下深省，有以玩好逢迎者，悉屏出罪之。」宦官益恨。故事：諸司文移往還及牧民官出教，用照字，言官上書無此禮。宦官因指「再照人主」語為大不敬。帝怒，下詔曰：「仰庇小臣，敢照及天子，且狂肆屢不俊。」遂廷杖百除名，並罷科道之巡視庫藏者。南京給事中駱問禮、御史余嘉詒等疏救，且言巡視官不當罷。不納。明代公文用照字較近代為多，其意則猶近代之查字。查本木名，其人公文作察字用亦相沿為之，非字之本義也。至言事疏中應否用照字乃另一事，其言可采與否又是一事，況言及宦官，而由宦官挑剔，坐以大不敬，此即昏庸之證。祖制以科道巡視各署，原以為國家計，防蠹弊之由來。今因此而罷之，不知祖宗立法之意，而為宦官抉綱紀以快其私，上承嘉靖，下啟萬曆，為亡國之醞釀而已。
《劉體乾傳》：「馬森去，森為戶部尚書，三年二月以終養去，亦緣力爭珠寶等事不見聽之故。召改北部，由南戶部尚書改北。詔取太倉銀三十萬兩。體乾言：『太倉銀所存者三百七十萬耳，而九邊年例二百七十六萬有奇，時俺答未封貢，邊未解嚴，但封貢以後，所云減費，亦有名無實。事見《實錄》。在京軍糧商價百有餘萬，薊州、大同諸鎮例外奏乞不與焉。若復取以上供，經費安辦？』帝不聽。體乾復奏：『今國計絀乏，大小臣工所共知。即存庫之數，乃近遣御史所搜括，明歲則無策矣。今盡以供無益費，萬一變起倉卒，如國計何？』於是給事中李已、楊一魁、龍光，御史劉思問、蘇士潤，賀一桂、傅孟春交章乞如體乾言，閣臣李春芳等皆上疏請，乃命止進十萬兩。又奏：『太和山香稅宜如泰山例，有司董之，毋屬內臣。』仵旨，奪俸半年。」又：「逾年，隆慶四年。詔趣進金花銀，且購貓睛、祖母綠諸異寶。已上書力諫，體乾請從已言。不納。內承運庫以白札索部努十萬。體乾執奏，給事中劉繼文亦言白札非體。帝報有旨，竟取之。《馬森傳》：「帝嘗命中官催發戶部銀六萬，市黃金。森持不可。且言：『故事，御札皆由內閣下，無司禮徑傳者。』事乃止。」是前年之白札，馬森尚以故事爭之而止，至是竟以有旨二字拒諫矣。體乾又乞承運庫減稅額二十萬，為中官所格，不得請。是時內供已多，數下部取太倉銀，又趣市珍珠黃綠玉諸物。體乾清勁有執，每疏爭，積忤帝意，竟奪官。給事中光懋、御史凌管等交章請留。不聽。」凡此皆有常識之君不待人言，自不欲以無益之物病國以自病者。穆宗終身溺其中，《史》猶據光祿減費一事稱其節儉，可知其不足信矣。
體乾於嘉靖間為給事中，帝以財用絀，詔廷臣集議，多請追宿逋，增賦額。體乾獨上奏曰：「蘇軾有言：『豐財之道，惟在去其害財者。』今之害最大者有二：冗吏、冗費是也。歷代官制，漢七千五百員，唐萬八千員，宋極冗，至三萬四千員。本朝自成化五年，武職已逾八萬，合文職蓋十萬餘。今邊功升授，勳貴傳請，曹局添設，大臣恩蔭，加以廠、衛、監、局、勇士、匠人之屬，歲增月益，不可悉舉，多一官則多一官之費。請嚴敕諸曹，清革冗濫，減俸將不貲。又聞：光祿庫金，自嘉靖改元至十五年積至八十萬。自二十一年以後，供億日增，余藏頓盡。進御果蔬，初無定額，止視內監片紙，如數供御，干沒狼藉，輒轉鬻市人，其它諸曹，侵盜尤多。宜著為令典，歲終令科道臣會計之，以清冗費。二冗既革，國計自裕。捨是而督逋增賦，是揚湯止沸也。」於是部議請汰各監局人匠。從之。此等奏議，皆不可改移之論。國之強，政之理，財之裕，皆始於官之不冗。國家至以官職為安插不事事之人之用，則能事事者亦相率而怠廢，官愈多，事愈廢，俸愈無限制，豈徙財力有所不給，乃至無復政事可言，此治亂之龜鑒也。
《陳吾德傳》：「帝從中官崔敏言，命市珍寶。戶部尚書劉體乾、戶科都給事中李已執奏，不從。此即《體乾傳》中事。吾德復偕已上疏，此在體乾罷後。曰：『伏睹登極詔書：「罷採辦，蠲加派。」且云：「各監局以缺乏為名，移文苛取，及所司阿附奉行者，言官即時論奏，治以重典。」海內聞之，歡若更生。比者左右近習干請紛紜，買玉市珠，傳帖數下，人情惶駭，鹹謂：「詔書不信，無所適從。」邇時府庫久虛，民生困瘁，司度支者日夕憂危，陛下奈何以玩好故費數十萬貲乎？政等獻諂營私，罪不可宥，乞亟譴斥，以全詔書大信。』帝震怒，杖已百，錮刑部獄，斥吾德為民。」
《劉奮庸傳》：隆慶六年三月，上疏言五事，其三言：「慎儉德。陛下嗣位以來，傳旨取銀不下數十萬，求珍異之寶，作鰲山之燈，服御器用悉鏤金雕玉。生財甚難，靡敝無紀。願察內努之空虛，思小民之艱苦，不作無益，不貴異物，則國用充羨而民樂其生矣。」因帝不久即崩，而所嗜好者不過如此。且一鰲山之燈，歷年見之諫疏，可見童心永不能革。疏人，帝但報聞，不怒也。而高拱以為風刺及己，由尚寶卿謫興國知州。奮庸與拱同為裕邸講官，拱以舊恩為首輔，奮庸久不調而持正論，遂遭拱忌。
隆慶六年閏二月丁卯，初十日。御皇極殿門，疾作，遽還宮。五月己酉二十五日大漸，召大學士高拱、張居正、高儀受顧命。庚戌，二十六日。崩於乾清宮。穆宗顧命之詞，《史》以高拱著有《病榻遺言》一書，自述其身受穆宗殊遇，而遭忌於居正，為所傾。居正之傾拱自實，當敘人萬曆初朝局。至其述顧命語及其時日，考之皆不甚可信。今《病榻遺言》自有行世之本，《明史稿》頗采之，《明史》即不用其語。