萬曆四十六年，清兵克撫順，明人記載謂之東事起。清太祖名努爾哈赤，自萬曆十一年其祖及父為李成梁焚戮之後，起而訴其以忠獲禍。蓋太祖父祖實為明嚮導，以破建州酋阿台而致駢死也。明稍假借之，遂以所得之救命，漸漸自立，以力吞併諸部，混一建州，旁及海西。李成梁始而狎之，繼而畏之，且欲倚以消弭邊釁。時猶稱建州，亦頗自暱於明，取其尊官厚賞以自肥殖，兼併行之塞外。中朝不能顧內事，遑問邊計？貢市頻繁，猶以順服視之。至撫順陷而顯然內犯，且有七大恨誓師之文。今於清與明之接觸，本講義中不求其詳，別詳《清史講義》焉。
遼東三面受敵，無歲不用兵，自高淮為稅使，朘削十餘年，軍民益困，而先後巡撫皆庸才，玩愒苟歲月，帝又置萬幾不理，邊臣呼籲，漠然不聞，邊事大壞。四十六年春，朝廷之上，方昏臥未覺禍至。二月，吏部尚書鄭繼之以累疏乞休不允，稽首闕下，出郊待命。帝聞，命馳傳歸。兵部尚書崔景榮又封印出城。御史王象恆言：「十三道御史在班行者止八人，六科給事中止五人，而冊封典試諸差，及巡方報滿，告病求代者踵至，當亟議變通之法。」方從哲亦言：「考選諸臣守候六載，艱苦備嘗，乞特允部推，令受命供職。」皆不報。至四月甲辰，十五日。建州兵陷撫順，《明史》作「大清兵克撫順」。至《明紀》等書竟作「我太祖高皇帝起兵克撫順」。在清代文義如此。若論史實，則其時建州未自名為清，並無滿洲之名。游擊李永芳叛降，千總王命印死之。巡撫李維翰趣總兵官張承蔭赴援，承蔭急帥副將頗廷相、參將蒲世芳、游擊梁汝貴等諸營並發。庚戌，二十一日。次撫順，甫交鋒，建州兵蹴之，大潰。承蔭、世芳皆戰死，廷相、汝貴已潰圍出，見失主將，亦陷陣死，將士死者萬人，生還者十無一二，撫安、三岔兒、白家沖三堡繼失。事聞，詔逮維翰，中外戒嚴，羽書日數十至，帝頗憂懼，章奏時下，不數月洩洩如故。
閏月庚申，初二日。楊鎬為兵部左侍郎兼右金都御史，經略遼東，周永春代李維翰，李如柏代張承蔭，劉廷、柴國柱、官秉忠並金書都督府事。杜鬆弛援遼陽，馬林以故官從征。遼東兵事興，驟增餉三百萬。李汝華累請發內努，不得，時內努充積，帝靳不肯發，汝華乃借支南京部努，括天下庫藏余積，征宿逋，裁工食，開事例。會周永春請益兵加賦，八月，汝華再請發各省稅銀。不報。汝華乃議：「天下田賦，自貴州外，畝增銀三厘五毫，可得餉二百萬有奇。」從之。九月辛亥，加天下田賦。是為萬曆間永加之第一次。是年兵事，七月丙午，二十五日。建州兵又克清河堡，副將鄒儲賢、參將張旆俱死，部將二十人，兵民萬餘殲焉。詔賜楊鎬尚方劍，得斬總兵以下官，鎬乃斬逃將陳大道、高炫，徇軍中，徵兵四方圖大舉。自九月以後，災異迭見，御史熊化劾方從哲乞用災異策免。從哲方獨相，至是求罷，堅臥四十餘日，閣中虛無人，慰留再三，仍視事。於是以師久餉絀，從哲及兵部尚書黃嘉善發紅旗日趣楊鎬進兵。四十七年正月，鎬定議分四路出兵，號四十七萬，以馬林由開原出三岔口合北關軍北關即海西女真之葉赫部。時海西已由各衛並成四部之後，而為清太祖滅其三，止余北關，即太祖高皇后之母家，太祖非兼併不可，故為明廷效用。為北路，杜松出撫順為西路，李如柏出鴉鶻關趨清河時清河已失。清河即本溪地，建州在撫順之東，本溪之東北。為南路，劉廷出寬甸合朝鮮軍為東南路，師期為三月二日。鎬無方略，中樞非但不知敵情，並不自知其所命之將，軍事期會分佈，先期盡洩。劉廷、杜松較勇銳，直人建州境，建州設伏以待，全軍盡沒；馬林亦敗，僅以身免；李如柏與建州有私交，自其父成梁以來，常扶助清太祖，又以李寧遠成梁封寧遠伯家世，為楊鎬所倚賴而暱之，故獨不出軍救應，而稱鎬以令箭撤回；北關軍亦未出；朝鮮軍亦為建州所擄，從此不敢盡忠於明；文武將吏前後死者三百一十餘人，軍士四萬五千八百餘人，亡失馬駝甲仗無算。敗書聞，京師大震。言官連疏劾李如柏，如柏自殺，而朝廷又用如柏弟如楨代鎮，楊鎬罪亦不問，馬林謫充為事官，仍守開原。林恃兀良哈酋宰賽暖圖等許助兵，不設備。六月丁卯，十六日。建州又破開原，林及城守諸將副參游以下盡死。癸酉，二十二日。用熊廷弼代楊鎬經略遼東，帝怠事婪財如故。甲戌，二十三日。廷臣伏文華門，請發章奏及增兵發餉，又候旨思善門。皆不報。
李如楨至遼，楊鎬使守鐵嶺。李氏故鐵嶺人，乃預令其族遷避，留一空城。又以鎬令還瀋陽，而令參將丁碧等防守。七月丙午，二十五日。建州兵臨鐵嶺城，如楨擁兵不救，游擊哈成名等俱陣沒，城又失，瀋陽及諸城堡軍民一時盡竄，遼陽洶洶。熊廷弼之起用，朝廷倚望甚厚。廷弼受命於開原已陷之日，上言：「遼左京師肩背，河東遼河東遼鎮腹心，開原又河東根本，欲保遼東，開原必不可棄。虜未破開原時，北關、朝鮮，猶足為虜腹背患，今已破開原，北關不敢不服；遣一介使朝鮮，不敢不從。虜既無腹背憂，必合東西之勢以交攻，然則遼、沈何可守也？乞速遣將士，備芻糧，修器械，毋窘臣用，毋緩臣期，毋中格以沮臣氣，毋旁撓以掣臣肘，毋獨遺臣以艱危，以致誤臣誤遼兼誤國也。」疏人，悉報允，且賜尚方劍以重其權。廷弼甫出山海關，聞鐵嶺陷，兼程進，遇逃者，諭令歸，斬逃將劉遇節、王捷、王文鼎以祭死節士，誅貪將陳倫，劾如楨十不堪，罷之，以李懷信代；督軍士造戰車，治火器，浚濠繕城，為守禦計。八月癸亥，十三日。逮楊鎬下錦衣獄，論死。
遼左餉絕，廷臣數請發努。不報。會廣東進金花銀，戶部主事鹿善繼言於尚書李汝華曰：「與其請不發之努，何如留未進之金。」汝華然之。帝怒，奪善繼俸一年，趣補進，善繼持不可，以死爭，乃奪汝華俸一月，降善繼一級調外。汝華懼，卒補銀進。九月戊子，吏部尚書趙煥帥廷臣伏文華門，固請帝臨朝議政。方從哲叩首仁德門，跪俟俞旨。抵暮，帝遣中官諭之退，從哲復請帝出御文華殿，召見群臣，面商戰守方略。煥《疏》云：「他日薊門蹂躪，敵人叩閽，陛下能高枕深宮稱疾謝卻之乎？」帝終不報。自鐵嶺陷後，宰賽始以兵來戰，為建州所擒，建州移兵攻北關，滅之。明所恃為「以夷制夷」之計者於是盡矣。
熊廷弼令嚴法行，守備大固，乃上方略：「請集兵十八萬，分佈靉陽、清河、撫順、柴河、三岔幾、鎮江諸要口，首尾相應，小警自為堵御，大敵互為應援，更挑精悍者為游徼，乘間掠零騎，擾耕牧，更番迭出，使敵疲於奔命，然後相機進剿。」從之。初廷弼抵遼，令金事韓原善往撫瀋陽，憚不肯行，繼命金事閻鳴泰，至虎皮驛，痛哭而返。廷弼乃躬自巡歷，自虎皮驛抵瀋陽，復乘雪夜赴撫順，總兵官賀世賢以近敵沮之，廷弼曰：「冰雪滿地，敵不料吾來。」鼓吹人，時兵燹後，數百里無人跡，廷弼祭諸死事者而哭之，遂耀兵奉集，相度形勢而還。所至招流移，繕守具，由是人心復固。會帝從方從哲言，遣姚宗文閱視遼東軍馬，遂以意氣相失，回京與言路數人相結傾廷弼。
是年十二月，再加天下田賦，畝三厘五毫，是為萬曆間二次加派。內庫之積如山，帝不肯稍出，而責貢輸不已。明年四十八年三月，再議增賦，復畝增二厘，三歲三增，遂為歲額。御史張銓疏言：「軍興以來，所司創議加賦，畝增銀三厘五毫，未幾至七厘，又未幾至九厘。譬之一身，遼東肩背，天下腹心也，肩背有患，猶借腹心之血脈滋灌，若腹心先漬，危亡可立待。竭天下以救遼，遼未必安，而天下已危。今宜聯人心以固根本，豈可朘削無已，驅之使亂？且陛下內廷積金如山，以有用之物置無用之地，與瓦礫糞土何異，乃發努則叫閽不應，加派則朝奏夕可，臣殊不得其解。」不省。
四十八年五月，建州兵略地花嶺，六月，略王大人屯，失亡將士四五百人，諸將賀世賢等亦有斬獲，是為姚宗文等傾熊廷弼之口實。帝自四月癸丑皇后王氏崩，亦有疾，七月甲午大漸，召大臣人見宏德殿。丙申，二十一日。帝崩。諸臣出遺詔，有云：「比緣多病，靜攝有年，郊廟弗親，朝講稀御，封章多滯，寮寀半空，加以礦稅煩興，徵調四出，民生日蹙，邊釁漸開，夙夜思惟，不勝追悔。方圖改轍，與天下更新，而遘疾彌留，殆不可起，蓋愆補過，允賴後人。皇太子常洛可嗣皇帝位。」又云：「內閣輔臣，亟為簡任。閣臣只方從哲一人，已逾三年。卿貳大僚，盡行推補。兩咨考選，並散館科道官俱令授職。建言廢棄及礦稅窪誤諸臣，酌量起用。一切榷稅並新增織造燒造，悉停止。各衙門見監人犯，俱起送法司查審，應釋者釋放。東師缺餉，多發內努以助軍需，陣亡將士速加恤錄。」次日丁酉，皇太子即遵遺詔發努金百萬犒邊，盡罷天下礦稅，起建言得罪諸臣，下前後考選之命。後二日己亥，再發努金百萬充邊賞。