居正既沒，言官攻擊不已，吳中行、趙用賢等以論奪情被杖，清議予之。至是號召群言，適中帝之積忌，而謗傷太過，適成順旨希榮之快捷方式。閣臣許國憤而求去，疏言：「昔之專恣在權貴，今乃在下僚；昔顛倒是非在小人，今乃在君子。意氣感激，偶成一二事，遂自負不世之節，號召浮薄喜事之人，黨同伐異，罔上行私，其風漸不可長。」自是言官與政府日相水火。
十四年二月，冊鄭氏為皇貴妃。妃有殊寵，先於十年八月，王恭妃生皇子常洛，至是鄭妃生常洵，進封貴妃，而王妃不益封，中外謂帝將廢長而立愛矣。給事中姜應麟請立元嗣為東宮，帝怒，謫應麟廣昌典史。吏部員外郎沈璟請立儲，謫行人司司正。大學士申時行率同列再請建儲，不聽。時以旱霾求直言，郎官劉復初、李懋檜等顯侵貴妃。時行請帝下詔，令諸曹建言止及所司職掌，聽其長擇而獻之，不得專達。帝甚悅之。於是言者蜂起，皆指斥宮闈，攻擊執政，帝概置不問，門戶之禍大起。
萬曆間言官封奏，抗直之聲滿天下。實則不達御前，矯激以取名者，於執政列卿詆毀無所不至，而並不得禍，徒騰佈於聽聞之間，使被論者愧憤求去，而無真是非可言，此醉夢之局所由成也。申時行當國，承張居正後，逆揣帝意，為此以濟其怠荒，養成止有朋黨而無政府之狀，政事軍事，一切不可為，其端實啟於此，庸主濟以庸臣，所以合而釀亡國之禍也。但亦間有因言事而受處分者，無非好逸惡勞，好奢惡儉，好聚斂惡用財而致然耳。
是年十月，禮部主事盧洪春上言：「陛下連日以疾免朝，享廟遣官恭代。若真疾耶，則當以宗社為重，毋務為逸豫以基禍；若非疾也，則當以詔旨為重，毋務為矯飾以起疑。」疏人，帝大怒，傳諭內閣數百言，極明謹疾遣官之故，責洪春悖妄，命擬旨治罪，閣臣擬奪官，不從，廷杖六十斥為民，給事御史先後申救，奪俸有差。
十六年十二月，杖給事中李沂於廷，斥為民。中官張鯨掌東廠，橫肆無憚，御史何出光劾鯨專擅威福，並及其黨錦衣都督劉守有、序班邢尚智，尚智論死，守有除名，鯨被切讓，而任職如故。御史馬象乾復劾鯨，詆執政甚力，帝下象乾詔獄。申時行等力救，且封還御批，不報。許國、王錫爵復各申救，乃寢前命，而鯨竟不罪。外議謂鯨以金寶獻帝獲免。沂拜官甫一月，上疏曰：「陛下往年罪馮保，近日逐宋坤，鯨惡百保而萬坤，奈何獨濡忍不去？若謂其侍奉多年，則壞法亦多年；謂痛加省改，猶足供事，則未聞可馴虎狼使守門戶也。流傳鯨廣獻金寶，多方請乞，陛下猶豫未忍斷決。中外臣民，初未肯信，以為陛下富有四海，豈愛金寶？威如雷霆，豈徇請乞？及見明旨，許鯨策勵供事，外議借借，遂謂為真，虧損聖德，夫豈淺鮮？且鯨奸謀既遂，而國家之禍將從此始，臣所大懼也。」是日，給事中唐堯欽亦具疏諫，帝獨手沂疏震怒，謂：「沂欲為馮保、張居正報仇。」立下詔獄嚴鞫。時行乞宥，不從。讞上，詔廷杖六十斥為民。御批至內閣，時行等欲留御批，中使不可，持去。帝特遣司禮張誠出監杖。時行等上疏，俱詣會極門候進止，帝言沂置貪吏不問，而獨謂朕貪，謗誣君父，罪不可宥。太常卿李尚智、給事中薛三才等抗章論救，俱不報。國、錫爵以言不見用，引罪乞歸，錫爵言：「廷杖非正刑，祖宗雖間一行之，亦未有詔獄廷杖並加於一人者。故事：惟盜賊大逆，則有打問之旨，今豈可加之言官？」帝優詔慰錫爵，卒不聽其言。初馮保獲罪，實鯨為之，故帝云然。
帝以好貨流聞，至謂受閹人金寶而不能問其罪，言官直見之章疏，尚復成何君道？觀後來帝之舉措，惟利是圖，此流言固有征也。
十七年正月己酉朔日食，免元旦朝賀。嗣後每元旦皆不視朝。三月，免升授官面謝，自是臨御遂簡。四月，召王家屏復人閣，家屏於十二年十二月入閣，十四年九月丁憂去。抵任三月未得見。家屏以為言，帝遣中官慰家屏，獎以忠愛。家屏疏謝，請帝視朝。居數日，帝為一御門延見，自是益深居不出。是年冬，大理評事雒於仁疏上酒色財氣四箴，直攻帝失，疏言：「臣備官歲余，僅朝見陛下者三；此外惟聞聖體違和，一切傳免，郊祀廟享，遣官代行，政事不親，講筵久輟。臣知陛下之疾所以致此者有由也。臣聞嗜酒則腐腸，戀色則伐性，貪財則喪志，尚氣則戕生。陛下八珍在御，觴酌是耽，卜晝不足，繼以長夜，此其病在嗜酒也。寵十俊以啟幸門，《於仁本傳》，十俊，蓋十小鬮也。溺鄭妃靡言不聽，忠謀擯斥，儲位久虛，此其病在戀色也。傳索努金，括取幣帛，甚且掠問宦官，有獻則已，無則譴怒，李沂之瘡痍未平，而張鯨之貲賄復人，此其病在貪財也。今日榜宮女，明日杖中官，罪狀未明，立斃杖下；又宿怨藏怒於直臣，如范俊、姜應麟、孫如法輩，皆一絀不申，賜環無日，此其病在尚氣也。四者之病，膠繞身心，豈藥石所可治？陛下溺此四者，不曰操生殺之權，人畏之而不敢言；則曰居邃密之地，人莫知而不能言。不知鼓鍾於宮，聲聞於外，幽獨之中，指視所集。且保祿全軀之士，可以威權懼之；若懷忠守義者，即鼎鋸何避焉？臣今敢以四箴獻。若陛下肯用臣言，即立誅臣身，臣雖死猶生也，惟陛下垂察。」疏人，帝震怒，會歲暮，留其疏十日，十八年元旦，召見閣臣申時行等於毓德宮，手於仁疏授之，帝自辯甚悉，將置之重典。時行等委曲慰解，見帝意不可回，乃曰：「此疏不可發外，恐外人信以為真。願陛下曲賜優容，臣等即傳諭寺卿，令於仁去位可也。」帝乃頷之。居數日，於仁引疾，遂斥為民。自此章奏留中，遂成故事。二月，罷日講。帝每遇講期，多傳免，申時行請免講日仍進講章，以備觀覽。自後講筵遂永罷。三十一年三月，大學士沈一貫請發群臣章琉言：「各衙門本章例應三日即下，自有留中之事，有奏而不發票者，有票上而不發行者，政務壅滯，且借手作奸。」不報。
由雒於仁疏可見帝之昏惰。申時行遇事遷就，以成其過。留中之例開，言路無所施其匡救，於是廟堂爭議，與君國不生效力，惟在臣僚間自為恩怨，朋黨分歧，言論厖雜，任事者無所措手。其始公卿仰台諫之鼻息，其後清室日強，邊氛日棘，而封疆之將帥亦顛躓於黨論之交轟，其習慣皆此時所釀成也。時行、錫爵諸人，及身不見覆敗，坐享太平宰相之榮，此皆祖宗所貽之澤。而萬曆一朝之遺殃，則雖有賢子孫且不易振刷，況重以至愚極不肖來承其後，猶必數十年而後亡，則明初之綱紀，毀壞亦正不易也。當時政局，莫善於宋熏之論，《明史·熏傳》：「石星代熏為戶部，事在萬曆十八年三月。語熏曰：『某郡有羨餘可濟國用。』熏曰：『朝廷錢谷，寧積久不用，勿使搜括無餘，主上知物力充羨，則侈心生矣。』星憮然。有郎言漕糧宜改折。熏曰：『寧紅朽，不可匱絀，一旦不繼，何所措手？』中外陳奏，帝多不省，或直言指斥，輒曰：『此沽名耳。』不罪。於慎行稱帝寬大，熏愀然曰：『言官極論得失，要使人主動心，縱罪及言官，上意猶有所儆省，概置勿問，則如痿痺不可療矣。』後果如其言。」
帝既不視朝，不御講筵，不親郊廟，不批答章疏，中外缺官亦不補。二十四年七月，吏部尚書孫丕揚言：「數月以來。廷推擱矣，行取停矣，年例廢矣。諸臣中或以功高優敘，或以資深量遷，或服闋而除補，或覆題而注授，其生平素履原不在擯棄之列者，乞體因政設官之意，念國步多事之時，將近日推補官員章疏簡發，間有注擬未當，亦乞明示別推酌補。」疏人不報。是時外官亦多缺不補，御史王以時奏言：「地方缺官之害，藩司、臬司等官，職掌各有攸司，每遇員缺，則撫按必擇近便者一人使之攝理，職錢谷而攝軍屯，職兵戎而攝鹽馬，夙昔未能嫻習，旦夕豈能旁通？顛末未暇究心，晷刻難於判發。聰明少有未遍，寧免乖違；才力稍有不同，輒形愆謬。舞文者乘此弄其機械，玩法者藉以恣其侵漁。文移之往來，獄訟之聽斷，近者數十里，遠者數百里，又遠者千有餘裡，道路奔走，歲月牽纏，費用不支，勞苦勿恤。或鬻賣其妻子，而事尚未完；或轉死於溝洫，而冤莫可訴。司道缺官，廢事病民，其為害既如此。至於郡縣守令，最為親民，民之倚命於守令，不啻赤子於其乳母，使郡縣而可缺官，則是赤子而可斷乳也；使守令而可使常署攝，則是赤子而可終歲寄養也。蓋專官如柙櫝之典守，故任勞怨而不辭；攝職若傳捨之經過，誰肯竭心力以從事？乞行推補。」亦不報。
萬曆間官缺不補之事，略類敘之，則如三十年十二月，大學士沈一貫奏御史巡差缺員。時天下御史巡行諸差務凡十有三處，至是缺其九。一貫等奏請遣御史分往受事，庶監察有所責成，而綱紀可振。不報。明年正月，復營乾清、坤寧兩宮，二十四年三月兩宮災。輔臣人視工程，乃得見帝，因亟言巡漕巡倉二差，及河南、陝西巡撫缺應補授差遣。三月，吏部奏天下郡守缺員。不報。時郡守缺者幾十之五。是時兩北六卿正貳亦多缺不補。三十二年二月壬寅，閣臣請補司道郡守及遣巡方御史。不報。沈一貫擬各御史敕以上。不省。四月，一貫等上疏催補科道，行取考選吳道行等四員，熊嗚夏等三員，散館題授王元翰等八員。不報。三十四年二月，大學士沈鯉、朱賡請補六部大僚，言：「臣昨同文武百官齊赴文華門候駕，見二品班內，止戶部尚書趙世卿一員，其餘尚書、左右侍郎，員缺甚多，官聯廢闕，一至於此，政務叢脞，誰為修明？理亂所關，良非細故。乞於前後會推人數內，亟賜點用，以慰中外之望。」不省。四十五年二月，大學士方從哲、吳道南言：「今早人朝，有百餘人，群聚長安門外，環跪號訴，詢為鎮撫司監犯家屬，言：『本司理刑缺官，無人問斷，監禁日久，死亡相繼。』是有罪者不得速正厥法，無辜者不得早雪其冤。乞即簡補問官，以便審錄。」不省。
官缺不補，而求去宦者亦無得請之路。三十五年正月，給事中翁憲祥言：「撫按官解任宜俟命，不宜聽其自去。」不報。據《憲祥本傳》：「江西巡撫許弘綱以父憂徑歸，廣西巡撫楊芳亦以憂乞免代。憲祥極言非制，弘綱貶官，芳亦被責。」據《傳》以證《紀》之言不報，亦非終不報，不候代者斯時尚有處分也。三十七年《本紀》書：「九月癸卯，左都御史詹沂封印自去。」三十九年又書：「十月丁卯，戶部尚書趙世卿拜疏自去。」四十年又書：「二月癸未，吏部尚書孫丕揚拜疏自去。九月庚戌，大學士李廷機拜疏自去。」四十一年又書：「七月甲子，兵部尚書掌都察院事孫瑋拜疏自去。九月庚辰，吏部尚書趙煥拜疏自去。」四十二年又書：「八月甲午，禮部右侍郎孫慎行拜疏自去。」然則其先猶以巡撫不俟代而貶與乞免代而被責，其繼則閣部大臣相率拜疏自去矣。未去之先，章必數十上而不報，遂以拜疏自去了之。
帝既置朝事不問矣，謂即朝無一事乎？則又非也。行政之事可無，斂財之事則無奇不有。帝之斂錢，皆用內監，而帝實非溺內監者。《明史·宦官·陳矩傳》：「自馮保、張誠、張鯨相繼獲罪，其黨有所懲不敢大肆。帝亦惡其黨盛，有缺多不補，迨晚年，用事者寥寥，東廠獄中至生青草。帝常膳，舊以司禮輪供，後司禮無人，乾清管事牌子常雲獨辦，以故偵卒稀簡，中外相安。惟四方采榷者，帝實縱之，故貪殘肆虐，民心憤怨，尋致禍亂。」觀此知神宗之於內官，其員缺不補，亦與外廷之臣無異。外廷闕官為失政，內官缺額則為美德矣。而帝則用采榷之監，毒遍天下。此則惟知好貨，其內外缺官實為惜俸給，其采榷必遣內監，利其非士大夫，不知法紀，而可以盡搜括之能事。帝王之奇貪，從古無若帝者。
采榷之禍，詳於宦官《陳增》、《梁永》兩《傳》，茲略舉之。《陳增傳》：礦稅遣官，自二十四年始。其後言礦者爭走闕下，帝即命中官與其人偕往，天下在在有之。其最橫者增及陳奉、高淮。是為礦監。《梁永傳》：二十七年二月，命往陝西徵收名馬貨物稅。嗣有楊榮，皆為窮凶極惡，通都大邑，無不遍設。是為稅監。又有兩淮鹽監，廣東珠監，或專遣，或兼攝，大鐺小監，縱橫繹騷，吸髓飲血，以供進奉，人公努不及什一，而天下生靈塗炭。撮舉其最可駭異者言之：增在山東，劾福山知縣韋國賢，即逮問削職。益都知縣吳宗堯幾死詔獄。兼征山東店稅，與臨清稅監馬堂相爭，帝為和解，使堂稅臨清，增稅東昌。增益肆，其黨內閣中書程守訓、中軍官仝治等自江南北至浙江，稱奉密旨搜金寶，募人告密，誣大商巨室藏違禁物，所破滅什伯家，殺人莫敢問。巡撫劉曰梧以狀聞，鹽務少監魯保亦奏守訓阻塞鹽課。俱弗省。三十三年增死，肆惡山東已十年。陳奉以二十七年命征荊州店稅，兼采興國州礦洞丹砂，及錢廠鼓鑄事。奉兼領數使，每托巡歷，鞭笞官吏，剽劫行旅，商民恨刺骨。侍奉自武昌抵荊州，聚數千人噪於途，競擲瓦石擊之，奉走免，遂誣襄陽、黃州、荊州、荊門州數州府官煽亂，帝立為逮謫有差。興國州奸人漆有光，訐居民徐鼎等掘唐相李林甫妻楊氏墓，得黃金巨萬，騰驤衛百戶仇世亨奏之，帝命奉括進內庫，奉因毒拷責償，且悉發境內諸墓。巡按御使王立賢言：「所掘墓乃元呂文德妻，非林甫妻。奸人訐奏，語多不讎，請罷不治，而停他處開掘。」不報。二十八年十二月，武昌民變，南京吏部主事吳中明奏言：「奉嚇詐官民，僭稱千歲，其黨直人民家，姦淫婦女，或掠人稅監署中。王生之女、沈生之妻，皆被逼辱。士民公憤，萬餘人甘與同死。撫按三司護之數日，僅而得全，巡撫支可大曲為蒙蔽。」大學士沈一貫亦言：「陳奉人楚，始而武昌，繼之漢口、黃州、襄陽、寶慶、德安、湘潭等處，變經十起，幾成大亂，立乞撤回。」帝皆置不問。奉復開谷城礦不獲，脅其庫金，為縣民所逐。金事馮應京劾奉，降應京雜職。奉又開棗陽礦，知縣王之翰以顯陵近，執不可。奉劾之翰及襄陽通判邸宅、推官何棟如，緹騎逮訊，並追逮應京。應京有惠政，民號哭送之。奉列應京罪狀於通衢，民切齒復聚圍奉署，奉逃匿楚王府，眾投奉黨耿文登等十六人於江，以巡撫可大護奉，焚其轅門。事聞，內閣及言官請撤奉。不報。而內監李道方督理湖口船稅，亦奏：「奉水沮商舟，陸截販賈，征三解一，病國剝民。」帝始召奉歸。奉去，挾金寶財物巨萬計，可大懼為民所掠，多與徙衛，導之出疆。以一貫請，始革可大職。而言官陳維春、郭如星極言奉罪，帝不怪，降二人雜職。三十二年，始釋應京歸，之翰卒瘐死。馬堂者，天津稅監兼轄臨清，始至，諸亡命從者數百人，白晝手鋃鐺奪人產，抗者以違禁罪之，僮告主者畀以十之三，中人之家，破者大半，遠近罷市。民萬餘人縱火焚堂署，斃其黨三十七人，皆黥臂諸偷也。事聞，詔捕首惡，株連甚眾。有王朝佐者素仗義，慨然出曰：「首難者我。」臨刑神色不變。知府李士登恤其母妻，民立祠以祀。廷臣自大學士而下，諫者不下百餘疏，悉寢不報。諸監有所糾劾，朝上夕下，輒加重譴，而以高淮及梁永為尤甚。淮採礦徵稅遼東，所委官激民變，淮誣系諸生數十人，巡按楊宏科疏救，不報。參隨楊永恩婪賄事發，奉旨會勘，卒不問。又惡總兵馬林不為己下，劾罷之。給事中侯先春疏救，遂戍林而謫先春雜職。巡按何爾健與淮互訐奏，淮遣人邀於路，錮其奏事人於獄，匿疏不以聞。三十一年夏，淮率家丁三百餘，張飛虎幟，金鼓震天，聲言人內謁帝，潛住廣渠門外。吏部尚書李戴、刑部尚書蕭大亨皆劾淮擅離信地，挾兵潛住京師，數百年未有之事。御史給事中連疏劾淮。皆不報。巡撫趙楫劾淮罪惡萬端，且無故打死指揮張汝立。亦不報。淮因上疏自稱「鎮守關務」。兵部奏其妄，帝護淮，謬曰：「朕固命之。」淮益募死士時時出塞射獵，發黃票龍旗，走朝鮮索冠珠貂馬，數與邊將爭功，山海關內外鹹被其毒。時清太祖日強，逼近遼東，淮為民驅除，大有力於清之發展。又以短抑參價為清口實。三十六年四月，前屯衛軍以淮奪餉，甲而噪，誓食淮肉。六月錦州、松山軍復變，淮懼，內奔，誣同知王邦才、參將李孟陽孟陽《實錄》作獲陽。《華鈺傳》亦作獲陽。逐殺欽使，劫奪御用錢糧。二人皆逮問。邊民益嘩。總督蹇達再疏暴淮罪。乃召歸，仍以通灣稅監張曄兼領其事。孟陽竟死獄中，邦才至四十一年乃釋。
梁永為陝西稅監，本不典兵，而畜馬五百匹，招致亡命，用千戶樂綱出人邊塞。富平知縣王正志發其奸，並劾礦監趙欽。詔逮正志，瘐死詔獄中。渭南知縣徐鬥牛，廉吏也，永責賂，棰死縣吏卒，鬥牛憤恨自縊死。巡撫賈待問奏之，帝使永會勘，永反劾西安同知宋賢，並劾待問有私，請皆勘。帝從之，而宥待問。永又請兼鎮守職銜，又請率兵巡花馬池、慶陽諸鹽池，征其課。緣是帥諸亡命，具旌蓋鼓吹，巡行陝地，盡發歷代陵寢，搜摸金玉，旁行劫掠，所至邑令皆逃，杖死縣丞鄭思顏、指揮劉應聘、諸生李洪遠等，縱樂綱等肆為淫掠，私宮良家子數十人，稅額外增耗數倍。復用奸人胡奉言，索咸陽冰片五十斤，羊毛一萬斤，麝香二十斤。知縣宋時際怒勿予。咸寧人道行遇盜，跡之，稅使役也，知縣滿朝薦捕得之。永誣時際、朝薦劫稅銀。帝命逮時際，而以朝薦到官未久，鐫秩一級。巡撫顧其志盡發其奸，言秦民萬眾共圖殺永。大學士沈鯉、朱賡請械永歸以安眾心，帝悉不報，而亦釋時際、朝薦。御史余懋衡方按陝西，永懼，使綱酰懋衡幾死。訟於朝，言官攻永者數十疏，永部下諸亡命乃稍稍散。其渠魁王九功、石君章等繼重寶，輜車並盈路，詐為上供物，持劍戟弓弩，結陣以行。而永所遣解馬匹者已乘郵傳先發，九功等急馳，欲追及與同出關。朝薦疑其盜，九功等後至又無驗，邏兵與格鬥，殺數人盡奪其裝，御史懋衡以捕盜殺傷聞。永懼，使系書發中，人都訟朝薦劫上供物，殺數人投屍河中。帝震怒，曰：「御史酖無恙，而朝薦代為報復。」立遣使逮朝薦，時三十五年七月也。既至下詔獄撈掠，遂長系。中外自大學士以下論救百十疏，最後四十一年秋萬壽節，用大學士葉向高請，乃與王邦才、卞孔時並釋歸。而先一年三十四年，楊榮為雲南人所殺。初，榮妄奏阿瓦猛密諸番願內屬，其地有寶井可歲益數十萬，願賜敕領其事。帝許之。既而榮所進不得什一，乃誣知府熊鐸侵匿，下法司。又請詔麗江土知府木增獻地聽開採。巡按御史宋興祖言：「太祖令木氏世守茲土，限石門以絕西域，守鐵橋以斷土蕃，奈何自撤藩蔽，生遠人心？」不報。榮愈怙寵，誣劾各府州官下獄，提問纍纍，百姓恨人骨，燔稅廠，殺委官張安民。榮恣行威虐，杖斃數千人，至是撈掠指揮使樊高明，絕其筋，枷以示眾。又以求馬不獲，系指揮賀瑞鳳，且言將盡捕六衛官。於是指揮賀世勳等率冤民萬人，焚榮第殺之，投火中，並殺其黨二百餘人。事聞，帝為不食者數日。欲逮問守土官，沈鯉揭爭，且密屬太監陳矩剖示，乃止誅世勳等。當是時，帝所遣中官，無不播虐逞兇者，史傳所詳，不能盡載也。
帝以溺鄭貴妃故，礦稅諸監率結鄭氏，以妃為內主。既生常洵，外廷疑妃有立己子謀，眾臣爭言立儲事，姜應麟等疏請被謫，李太后聞之弗善。一日帝人侍，太后問故，帝曰：「彼都人子也。」太后怒曰：「爾亦都人子。」帝惶恐伏地不敢起。內廷呼宮人為都人，太后亦由宮人進，故雲。皇長子由是不敢輕動。而請立儲之疏累數千百，皆指斥宮闈，攻擊執政，謂不能力定國本。帝以太后前語，概置不問。由是門戶之禍大起。二十年，禮科都給事中李獻可偕六科諸臣疏請豫教，言：「元子年十一矣，豫教之典，當首春舉行。」帝大怒，摘疏中誤字，責以違旨侮君，貶官奪俸有差。科道諸臣各具疏救，俱譴責。給事中孟養浩語尤切，略言：「一字之誤，本屬無心，遽蒙顯斥，臣愚以為有五不可：元子天下本，豫教之請，為宗社計，不惟不聽，且從而罰之，是坐忍元子失學而敝帚宗社也。不可者一。長幼定序，明旨森嚴，天下臣民，既曉然諒陛下之無他矣，上年廷臣爭請建儲，得旨於二十年春舉行。至九月，工部主事張有德預以儀注請，帝又怒奪其俸。閣臣中申時行在告，許國、王家屏慮事有變，引前旨爭，首列時行名。時行聞帝怒，密疏言實不與知。言官力詆時行，時行遂乞罷。國與家屏又請立儲，遂罷國。然豫教冊立，本非兩事，今日既遲回於豫教，安知來歲不游移於冊立，是重啟天下之疑。不可者二。父子之恩，根於天性，豫教有益元子，陛下罪之，非所以示慈愛。不可者三。古者引裾魏文時辛毗事。折檻漢成時朱雲事。之事，中主能容之。陛下量侔天地，言及宗社大計，反震怒而摧折之。天下萬世，謂陛下何如主？不可者四。獻可等所論，實天下臣民之公言，加罪獻可，是所罪者一人，而實失天下人之心。不可者五。」帝愈怒，謂養浩欺君惑眾，命錦衣衛杖之百，削籍為民。是時斥諫官十一人，朝士莫不駭歎。未幾，大學士王家屏亦以救李獻可罷。
神宗以有所私於鄭貴妃，遂以請豫教元子為罪，以致元子長而失學。
二十一年正月，帝手詔王錫爵，欲待嫡子，令元子與兩弟且並封為王。錫爵奉詔擬旨，舉朝大嘩，事得寢，而錫爵名大損。二十二年二月。皇長子始出閣講學。二十八年十月，給事中王德完復以請立儲，廷杖除名。至二十九年，皇長子年二十，冊立冠婚並行，臨時復令改期。閣臣封還諭旨力爭，以十月己卯立皇長子常洛為皇太子。而封鄭貴妃子常洵為福王，婚費邸第，十倍常制。嗣是福王不之國，而奪嫡之疑時起。三十一年，有妖書之獄。
先是刑部侍郎呂坤撰《閨範圖說》，太監陳矩購人禁中，帝賜鄭貴妃，妃重刻之。二十六年秋，或撰《閨範圖說跋》，名曰《憂危站議》。其文托朱東吉為問答，東吉者，東朝也，以呂坤曾有憂危一疏，因藉以諷。言坤書首載明德馬後，由宮人進位中宮，意以重妃。而妃之刊刻，實借為奪嫡地。妃兄國泰，以給事中戴士衡嘗糾坤，全椒知縣樊玉衡並糾貴妃，疑出二人手，言於帝。帝重謫二人，事遂寢。至三十一年冬十一月，復出《續憂危站議》，朱賡於寓門外獲之，其詞假鄭福成為問答，謂鄭氏子福王當成也。略言帝立東宮，出於不得已，他日必當更易。其用朱賡為內閣者，賡更同音，寓更易之意。詞極詭妄，時謂妖書。帝敕有司大索奸人，沈一貫與郭正域、沈鯉相嫌，欲因是陷之，遂興大獄。東廠又捕獲妖人皦生光。其它告訐紛起，鋃鐺旁午，都城人人自危。一貫與其黨欲自所獲諸人引正域以及鯉，卒不能得。而太子亦有言，謂：「何為欲殺我好講官？」正域為太子出閣時講官。諸人懼，乃歸獄皦生光，磔之。
嗣是又十年，福王仍不之國，洛陽邸第以二十八萬造成。廷臣請王之國者數十百奏，不報。四十一年春，復交章請，葉向高、孫慎行爭尤力。帝始以明春為期，已復傳旨莊田非四萬頃不可。向高因言：「《會典》載親王祿米萬石，養贍名目已是添設。各直省田土，大郡方有四萬頃，少者止一二萬。祖宗以來，封國不少，使親王各割一大郡，天下田土已盡，非但百姓無田，朝廷亦無田矣。況聖子神孫源源未已乎？列聖遵守家法，豈無愛子？祖制不敢逾越，必如是而後萬世可常行耳。福王所陳，不過引景府潞府事例，潞府就封時廢府田地尚多，未嘗括及民間。今田地已盡，而租銀之人已過潞府，何更求多？至景府久不之國，皇考在裕邸常懷危疑，其後皇祖斷然遣之，人心始安。景府屢請楚地，幾至激變，當時皆譏皇祖過寵，非以愛之。景王封四年而薨，無子國除。亦前事之鑒也。」
景恭王載圳，世宗第四子。潞筒王翊鏐，穆宗第四子，即帝同母弟。初居京邸，王店王莊遍畿內，比之藩，悉以還官，遂以內臣司之，皇店皇莊，自此益侈。嘉靖以後，天子與民爭利，皆亡國之象。《潞王傳》：「明初親王歲祿外，量紿草場牧地，間有以廢壤河灘請者，多不及千頃。部臣得執奏，不盡從也。景王就藩時，楚地曠，多閒田，詔悉予之。景藩除，潞得景故籍田，多至四萬頃。部臣無以難。至福王之國，版籍更定，民力益絀，尺寸皆奪之民間，海內騷然。論者推原事始，頗以翊鏐為口實。」凡此即葉向高之所云也。祖宗時之閒田，本留以贍軍，實亦無所謂閒，但不直接奪之民耳。閒田既盡，乃復奪民，益思明祖創製之宏大，子孫日失其本意，猶久而後不支。國之興亡，要以民之有無生計為斷，此萬世所可鑒也。
向高等又言：「福王莊田必足四萬頃，則之國無日。王疏以祖制為言，臣不知所引祖制何指，惟景府以寵愛逾分致壞祖制，奈何尤而效之？今河南、山東撫按官搜括已盡，恐奸徙以投獻為名，挾仇報怨，中州、齊、楚間，稍有土地者不安其生，天下從此多事矣。」又言：「東宮輟講八年，且不奉天顏者久；而福王一日兩見，以故不能無疑。」會錦衣百戶王曰乾與人相告訐，人皇城放炮上疏，訐鄭貴妃內侍姜嚴山等用厭勝術，詛皇太后、皇太子，欲擁立福王。帝震怒。向高請別治奸人罪，而速定福王之國期。帝納其言。貴妃又請留福王慶太后壽，太后曰：「吾潞王亦可來祝壽乎？」妃乃不敢言。四十二年二月，福王之國，歷年稅使礦使所進珍羨，悉以資之，押運劉孝，自虞城至洛陽，到處挾索，橫逞殺人，撫按以聞，悉置不問。莊田則群臣請減，帝諭以王意奏辭，減半給二萬頃，中州腴土不足，以山東、湖廣田益之。王復乞故大學士張居正所沒產，及江都至太平沿江荻洲雜稅，並四川鹽井榷茶銀以自益。伴讀承奉等官，假履畝為名，乘傳出河南北、齊、楚間，所至騷動。山東、河南、湖廣撫按臣各疏言：「王府賜地，照《會典》應令地方官每畝征銀三分，王府遣人關領，不便自行勘丈管業。」並言中使諸人不法狀。俱不報。後湖廣田不足，又減一千頃，實給一萬九千頃。王又請淮鹽千三百引，設店洛陽，與民市。中使至淮揚支鹽，乾沒要求輒數倍。中州舊食河東鹽，以改食淮揚鹽故，非王肆所出不得鬻，河東引遏不行，邊餉由此絀。葉向高言以藩國之尊，下侵商賈之事，差官支取，滋夾帶之奸；定價貿易，無兩平之理。由是河東虧課，豫民食貴，公私交困，廷臣先後請停丈田、開市二事。俱不報。
《福王傳》：「帝深居久，群臣章奏率不省，獨福藩使通籍中左門，一日數請，朝上夕報可。四方奸人亡命，探風旨走利如騖，如是者終萬曆之世。常洵日閉閣飲醇酒，所好惟婦女倡樂。秦中流賊起，河南大旱蝗，人相食。民間藉藉，謂先帝耗天下以肥王，洛陽富於大內。援兵過洛者，喧言：『王府金錢百萬，而令吾蜚枵腹死賊手。』南京兵部尚書呂維祺方家居，聞之懼，以利害告，常洵不為意。」《李自成傳》：「十四年崇禎正月，攻河南，有營卒勾賊，城遂陷，常洵遇害。自成兵溝王血，雜鹿醢嘗之，名福祿酒。」多藏厚亡，蘊利生孽，此之謂也。
福王既之國，而太子較定矣，未幾又有梃擊之案，是為明代後三案之一。後三案之反覆，為邪正朋爭報復慘殺之樞紐，明於是以亡。事歷天、崇兩朝，延及南渡以後，而在萬曆間，則先有此一案，亦鄭貴妃所啟奪嫡之嫌疑也。太子居慈慶宮，四十三年五月，有不知姓名男子持棗木梃人宮門，擊傷守門內侍李鑒，至殿前簷下被執。皇太子奏聞，帝命法司案問，巡視皇城御史劉廷元鞫奏：「犯民張差，薊州井兒峪人。按其跡若涉風癲，稽其貌實系黠猾。請下法司嚴訊。」時東宮雖久定，帝待之薄，中外方疑貴妃與兄國泰謀危太子。及差被執，舉朝驚駭。廷元既以風癲奏，刑部郎中胡士相等復訊，一如廷元指。按律當斬，加等立決。奏定未上，提牢主事王之寀私詰差，言由內侍引導，得口詞甚悉。之寀備揭其語，因侍郎張問達以聞。疏人未下，廷臣連章趣之，而郎中陸大受疏有「奸戚」字，帝惡之，與之寀疏俱不報。御史過庭訓言：「禍生肘腋，宜即翦除。」大學士方從哲、吳道南斥之寀言謬，請詳審。於是庭訓遂移文薊州蹤跡之，知州戚延齡具言致癲始末，符原勘，遂以風癲為定案。越數日，問達以員外郎陸夢龍言，令十三司會鞫，眾鹹囁嚅，夢龍獨詳訊之，謂系龐保、劉成主使。刑部乃行薊州道，提差所供馬三道等，差供詳《王之寀》、《陸夢龍》兩《傳》。疏請法司提龐保、劉成對質。保、成皆貴妃內侍，中外藉藉，語侵鄭國泰。國泰懼，出揭自白。給事中何士晉直攻國泰，且侵貴妃。疏人，上大怒，然不能無心動，蓋其初王日乾上變言巫蠱事，辭連劉成，至是復涉成也。乃諭貴妃善為計。妃窘，乞哀皇太子，自明無他。帝令太子白之廷臣，太子亦以事連貴妃，大懼，請帝速具獄，毋株連。帝乃於慈寧宮召大學士方從哲、吳道南及文武諸臣人見，因執太子手，謂諸臣曰：「此兒極孝，朕極愛，使朕有別意，何不早更置？外臣何意，輒以浮言間朕父子耶？」因命內侍引三皇孫至石級上，令諸臣熟視曰：「朕諸孫俱已長成，更何說？」顧問太子：「有何語？與諸臣悉言無隱。」太子具言：「瘋癲之人，宜速決。」並責諸臣，言：「我父子何等親愛，而外廷議論紛如，爾等為無君之臣，使我為不孝之子。」帝復謂諸臣曰：「爾等聽皇太子語否？」申諭再三，諸臣始叩首出，帝不見群臣已二十五年矣。帝尋諭三法司：「張差以瘋癲奸徙闖人東宮，持梃傷人，罪在不赦。」因命決差於市。內官龐保、劉成，帝以涉鄭氏，付外廷，議益滋，潛斃之於內，言皆以創重身死。馬三道等五人，命予輕比，坐流配。時帝意在調護貴妃太子，念事似有跡，故於諸言者亦不遽罪。未幾，何士晉調外，王之寀削籍，陸大受奪官，而陸夢龍以張問達力，獨免。
四十四年正月，清太祖建元天命，稱建州國汗，自承為金後，亦稱後金，而明廷未深知也，憒憒如故。是年八月，太子復出閣講學。輟講已十二年，群臣諫疏凡數百上，始命舉行，中外大悅，然一講而輟，後不復更舉矣。