門戶之禍，起自萬曆。人主心厭言官，一切不理；言官知譏切政府必不掇禍，而可聳外間之聽，以示威於政府，政府亦無制裁言官之術，則視其聲勢最盛者而依倚之。於是言官各立門戶以相角，門戶中取得勝勢，而政權即隨之，此朋黨所由熾也。在萬曆間不過把持朝局，排除異己而汲引同黨，至邊事既起，各立門戶之言官，以封疆為逞志之具，將帥之功罪賢不肖悉淆混於黨論，而任事者無所措手足矣。建州坐大，清太祖逐成王業，其乘機於明廷門戶之爭者固不小也。
泰昌元年十月丁未，初四日。罷遼東經略熊廷弼，以金都御史袁應泰代之。廷弼有膽略，知兵，善守邊，然性剛，好謾罵，物情不甚附。為御史時，與姚宗文、劉國縉同在言路，並以排東林攻異己為事。及廷弼經略遼東，二人意望廷弼，不如願，逐相失，二人比而傾廷弼。本年八月，建州兵略蒲河，邊民有亡失，諸將亦有斬獲，蓋與五六月間，花嶺、王大人屯兩役，皆守邊遇強敵所不能免之事。宗文還朝，疏陳遼土日蹙，詆廷弼廢群策，雄獨智，軍馬不訓練，將領不部署，人心不親附，復鼓其同類攻擊。於是御史顧慥首劾廷弼出關逾年，漫無定畫，蒲河失守，匿不上聞，荷戈之士，徙供挑浚，尚方之劍，逞志作威。御史馮三元劾廷弼無謀者八，欺君者三。下廷議。廷弼憤甚，抗疏極辨，且求罷。而御史張修德、給事中魏應嘉復劾之。廷弼再疏自明，繳尚方劍，力求罷斥，朝議允廷弼去。是時應泰方代周永春巡撫遼東，逐擢經略。廷弼乃上疏求勘，言：「遼師覆沒，臣始驅羸卒數千，踉蹌出關，至杏山而鐵嶺又失。廷臣鹹謂遼必亡，而今且地方安堵，舉朝帖席，此非不操練、不部署者所能致也。若謂擁兵十萬，不能搴旗決勝，誠臣之罪，然求此於今日，亦豈易言？令箭催而張帥殞命；馬上催而三路喪師，臣何敢復蹈前軌？」三元、應嘉、修德等復連章極論，廷弼即請三人往勘，從之。御史吳應奇、給事中楊漣等力言不可，乃改命兵科給事中朱童蒙往。廷弼復上疏曰：「今廟堂議論，全不知兵，冬春之際，敵以冰霜稍緩，哄然言師老財匱，馬上促戰，及軍敗始愀然不敢復言；比臣收拾甫定，而愀然者又復哄然責戰矣。自有遼難以來，用武臣，用文吏，何非台省所建白，何嘗有一效？疆場事當聽疆場吏自為之，何用拾帖括語徙亂人意，一不從輒怫然怒哉？」及童蒙還奏，備陳廷弼功狀，末言：「臣人遼時，士民垂泣而道，謂數十萬生靈皆廷弼一人所留，其罪何可輕議？獨是廷弼受知最深，蒲河之役，敵攻瀋陽，策馬趨救，何其壯也！及見官兵駑弱，遽爾乞骸以歸，將置君恩何地？廷弼功在存遼，微勞雖有可紀；罪在負君，大義實無可逃，此則罪浮於功者矣。」疏人，朝廷方知廷弼足用，而時袁應泰已受代矣。
應泰歷官，精敏強毅，用兵非其所長。既受事，刑白馬祀神，誓以身委遼，疏言：「臣願與遼相終始，更願文武諸臣與臣相終始。」優詔褒答，賜尚方劍，戮貪將何光先，汰大將李光榮以下十餘人，遂謀進取撫順，議用兵十八萬人，廷弼交代疏中，有方略之交代，以取撫順為先務，用兵十八萬，亦廷弼原議，應泰蓋遵其說而不知運用也。大將十人，上陳方略。初廷弼持法嚴，部伍整肅，應泰以寬矯之，多所更易。而是時蒙古諸部大饑，多人塞乞食，應泰下令招降，歸者日眾，處之遼、沈二城，優其月廩，與民雜居，於是敵間充塞，無守備可言矣。將領參佐皆以為言，應泰不聽。天啟元年三月，建州人犯。應泰方議三路出師復清河、撫順，未行而建州兵已薄瀋陽。總兵賀世賢出城逆戰，不利，退欲人城，降丁斷吊橋以叛，世賢戰死，總兵尤世功援世賢亦死，城外兵七萬人皆潰，建州遂拔瀋陽，圍攻僅二日耳。建州兵又敗來援之兵，大將以下死者甚眾，乘勝攻遼陽，五日而至，應泰方撤奉集、威寧諸軍，併力守禦。第一日戰城外而敗，應泰宿營中不人城。次日再戰又敗，應泰人城，與巡按御史張銓等分陴固守，諸監司高出、牛維曜、胡嘉棟及督餉郎中傅國並逾城遁。又明日戰又敗，薄暮醮樓火，城陷，降人導民家啟扉張炬以待。不及一旬，遼沈皆陷，應泰自縊死，張銓被執，不屈，死最烈。銓以前論遼事必用熊廷弼，並言加派之害，既按遼，力言納降之非，皆不見聽。文武死者甚眾。遼東之三河等五十寨及河東大小七十餘城皆望風降，距廷弼之罷未半年也。
遼東既陷，沿海遼民皆航海走山東，不能達者棲止各島間。援遼都司毛文龍率師至皮島。島在登萊大海，謂之東江，地廣衍，有險可恃。文龍乃招集逃民為兵，分佈哨船，聯接登州為犄角計，朝議是之，授文龍參將，是為東江之師。其能聯絡朝鮮以牽制建州者為時甚久。應泰敗死，以巡撫薛國用代經略，而升參議王化貞代巡撫。化貞以能得西部心，為時所倚重，蓋始終挾以西制東為取巧之計，又信叛將李永芳之誘，謂在建州軍中為內應，已可以不慮兵事，而坐致奇功者也。
熊廷弼既罷，人乃知其守遼功。瀋陽破，廷臣復思用廷弼，給事中郭鞏力詆之。及遼陽繼失，河西軍民盡奔，自塔山至閭陽二百餘里，煙火斷絕，京師大震。輔臣劉一燝曰：「使廷弼在遼，當不至此。」御史江秉謙追言廷弼守遼功，且以排擠勞臣為鞏罪。帝乃治前劾廷弼者，貶馮三元、張修德、魏應嘉、郭鞏等秩，除姚宗文名。御史劉廷宣救之，亦被斥，乃詔起廷弼於家。六月，廷弼人朝，首請免言官貶謫，帝不可。乃建三方佈置策：廣寧用馬步兵，列壘三岔河上；天津、登、萊各置舟師，設登萊巡撫如天津；而山海特設經略，節制三方，以一事權。遂命廷弼以兵部尚書兼右副都御史，駐山海關，經略遼東軍務。廷弼因請尚方劍，請調兵二十餘萬，以兵馬芻糗器械之屬責成戶、兵、工三部；請復監軍道高出、胡嘉棟、督餉郎中傅國等官；又議用遼人故贊畫主事劉國縉為登萊招練副使，夔州同知佟卜年為登萊監軍金事，故臨洮推官洪敷教為職方主事、軍前贊畫，三人皆遼人，以收拾遼人心。並報允。七月，廷弼行，特賜麒麟服一、彩幣四，宴之郊外，令文武大臣陪餞，異數也。先是薛國用代應泰，病不任事，化貞自部署諸將，沿河設六營，營置參將一，守備二，分守諸要害，各設戍防。議既上，廷弼疏言：「河窄難恃，堡小難容。今日但宜固守廣寧，若駐兵河上，兵分則力弱，倘輕騎潛渡，直攻一營，力必不支，一營潰則諸營俱潰，西平諸戍亦不能守。河上止宜置游徼兵，更番出人，示以不測，不宜屯聚一處，為人所乘。自河抵廣寧止宜多置烽堠，西平諸處止宜稍置戍兵，為傳烽哨探之用。而大兵悉聚廣寧，於城外河角立營，深壘高柵以俟。遼陽去廣寧三百六十里，非飛騎一日所能到，有聲息我必預知，斷不宜分兵防河，先為自弱之計。」會御史方震孺亦言防河不足恃，化貞之議乃寢。化貞慍甚，盡委軍事於廷弼。廷弼請申諭化貞，不得借口節制坐失事機。先是四方援遼之師，化貞悉改為平遼，遼人多不悅。廷弼言遼人未叛，乞改平遼名以安其心。自是化貞與廷弼有隙而經撫不和。而中朝固有之門戶，乃用袒經袒撫為標幟，本兵及兵部用事之職方司則皆袒撫，蓋廷弼為經略，同時以張鶴鳴為本兵，兵部職方司郎中耿如杞、主事鹿善繼皆惡廷弼。自經撫兩歧之後，廷弼所請遂無一得行者矣。
鶴鳴與廷弼論事多不合，因獨喜化貞。化貞庸才好大言，鶴鳴主之，令無受廷弼節制。中外皆知經撫不和必誤封疆，而鶴鳴信化貞愈篤。先是廷弼奏：「三方建置，須聯絡朝鮮，請遣使往勞，俾發兵連營鴨綠江上，助我聲勢。再詔恤遼人之避難朝鮮者，招集團練，別為一軍，與朝鮮軍合勢。使臣即權駐義州控制聯絡，與登萊聲息相通。更發銀六萬兩分犒朝鮮及遼人，乞給空名劄付百道，東山礦徙能結聚千人者即署都司，五百人者署守備，一二萬勁兵可立致。」因薦監軍副使梁之垣充命使。帝從之。方與所司議兵餉，而毛文龍適以島兵襲取鎮江。鎮江，今之安東。時建州盡佔遼東，以陳良策為鎮江守將，良策潛通文龍，故文龍引兵取其城。化貞遽以大捷奏，舉朝皆喜，化貞遂請授文龍總兵官，設軍鎮皮島。廷議亟發天津、登萊水師二萬援文龍，化貞督廣寧軍四萬進據河上，合諸蒙古軍乘機進取。鶴鳴奏言：「時不可失，促進師。」廷弼言：「三方兵力未集，文龍發之太早，亂三方並進之謀，誤屬國聯絡之計。」時朝士方以鎮江為奇捷，聞其言多不服。廷弼又顯詆鶴鳴，謂：「臣任經略，四方援兵，宜聽臣調遣，鶴鳴竟自發戍，不令臣知，臣咨部問調軍之數，亦不答，臣有經略名而無其實，遼左事，聽樞臣撫臣共為之。」鶴鳴益恨。化貞又言西部兵四十萬且至，請速濟師。廷弼言：「撫臣恃西部，欲以不戰為戰計，臣未敢以為可。臣初三方佈置，必兵馬器械舟車芻茭無一不備，剋期齊舉，進足戰，退亦足守。今臨事中亂，樞臣主謀於中，撫臣決策於外，臣猶有萬一不必然之慮，而化貞則務為大言以罔中朝，謂仲秋之月可高枕而聽捷音。」及期西兵不至，化貞雖渡河，亦不敢進而返。
化貞大言既一次不售，及冬河冰合，廣寧人謂建州兵必渡河，競謀竄逸。鶴鳴亦以廣寧可慮，請敕廷弼出關策應。廷弼上言：「樞臣第知經略一出，足鎮人心，不知徙手之經略一出，其搖動人心更甚。且臣駐廣寧，化貞駐何地？鶴鳴責經撫協心同力，而樞臣與經臣獨不當協心同力乎？為今日計，惟樞臣俯同於臣，臣始得為陛下任東方事也。」於是廷弼復出關至右屯。蓋八月間化貞渡河，廷弼已一至右屯，即馳奏海州取易守難，不宜輕舉。及是出關部署扼守甫定，化貞又信諜者言，遽發兵襲海州，旋又引還。自此十日間，化貞三出師，三引還，李永芳不應，西兵不至。廷弼乞敕化貞慎重舉止，疏言：「撫臣之進，及今而五，八九月間屢進屢止，猶未有疏請也。十月二十五日之役，拜疏輒行，臣疾趨出關而撫臣歸矣，西平之會，相與協心議守，犄角設營，而進兵之書又以晦日至矣。此即欲襲海州之役。撫臣以十一月二日赴鎮武，臣即以次日赴杜家屯，比至中途而軍馬又遣還矣。初五日，撫臣又欲以輕兵襲牛莊，奪馬圈守之，為明年進兵門戶計。夫馬圈無一敵兵，即得牛莊，我不能守，敵何損？我何益？牛莊仍即海州，隔在河東，敵反攻即難守。會將吏力持不可，撫臣亦怏怏回矣。兵屢進屢退，敵已窺盡伎倆，而臣之虛名亦以輕出而損。願陛下明諭撫臣，慎重舉止，毋為敵人所笑。」化貞上言：「願請兵六萬。一舉蕩平。」因請便宜行事。時葉向高當國，化貞座主也，頗右之。廷臣惟太僕少卿何喬遠、御史江秉謙、周宗建等與廷弼合，余皆右化貞，令毋受廷弼節制。廷弼抗疏言：「臣以東西南北所欲殺之人，適遘事機難處之會，諸臣能為封疆容則容之，不能為門戶容則去之，何必內借閣部，外借撫道以相困？」又言：「經撫不和，恃有言官；言官交攻，恃有樞部；樞部佐鬥，恃有閣臣，今無望矣。」帝令群臣議兩人去留，張鶴鳴請撤廷弼，專任化貞，議上未發，時已人二年正月。是月丁巳，二十一日。建州兵已渡河，取西平堡，羅一貫死之。化貞遣所信游擊孫得功及參將祖大壽，令總兵祁秉忠赴援。廷弼亦檄總兵劉渠會師前進。得功，化貞所恃以約李永芳為內應，得功實與永芳暱，早與永芳約俱叛，得化貞倚為腹心，欲生縛化貞以為功者也。會戰，得功輒呼敗矣，與參將鮑承先奔，永芳、得功、承先，皆為清開國功臣。後入《貳臣傳》。遂大敗，諸將盡沒，大壽獨走覺華島。建州兵頓沙嶺未進。得功奔還，揚言兵已薄城，居民驚竄，參政高邦佐禁之不能止。化貞方闔署理軍書，不知也，參將江朝棟排闥人，大呼曰：「事急矣，速去。」化貞莫知所為，朝棟掖之出上馬，僕二人徙步從，遂棄廣寧，踉蹌西走。得功糾諸將甘叛國者出降，遠近四十餘城守禦官皆降。廷弼離右屯次閭陽驛，聞敗，參議邢慎言請馳救，為金事韓初命所阻，遂退還。化貞棄城走，廷弼遇之大凌河，化貞哭，廷弼微笑曰：「六萬眾一舉蕩平竟何如？」化貞慚，議守寧遠及前屯，廷弼曰：「嘻！已晚，惟護難民人關可耳。」高邦佐馳見廷弼，報廣寧空城，敵未敢人，勸急馳人守，不則假以數千人用經略命自往守。廷弼不從。乃以己所將五千人授化貞為殿，盡焚積聚，與副使高出、胡嘉棟等先後人關，獨邦佐至杏山驛自經死。鶴鳴懼罪，務歸罪廷弼，惟恐人尚欲用其才，又假廷弼所用遼人佟卜年為叛投建州佟養性、養貞之同族，欲以通敵陷之，獄株累甚久，至魏忠賢當道，卒斬廷弼，傳首九邊，時化貞尚未伏誅也。
廷弼再出為經略，實處處失策。三方佈置，已駐山海，而使廣寧前敵，委之馬矣妄之王化貞，登萊、天津之師何嘗一用，而禦敵進止之權反由化貞為主。明代最重死節，反與化貞同以逃潰為名。邢慎言請馳救被沮，高邦佐請還守不從，視生命太重，將無慾留其身以有待耶？抑亦明於料敵而黯於謀身矣。
建州陷廣寧，未敢深人，經撫偕逃，關外地盡為西部韃靼侵佔，拾取官軍所遺餉械，與關上明軍為市。久之以兵部侍郎王在晉為經略。在晉議關外八里築重關，余盡委西部，恃以御建州。寧前兵備金事袁崇煥以為非策，白之葉向高。向高不能決，孫承宗以熹宗舊講官人閣，請身往定之，乃絀在晉議，自任經略，而調在晉為南京兵部尚書。承宗乃漸收河西地；建州亦退回河東，棄廣寧不守。承宗以帝舊學，時魏忠賢尚未大肆，帝心任承宗，在晉輩百端齒奇齕，未能遽動也。而關外之守，暫無破裂者數年。朝廷所為門戶之反覆者，則以三案為亟。
泰昌元年九月庚辰，初六日。熹宗即位。戊戌，二十四日。御史賈繼春信諸閹蜚語，言選侍投繯、皇八妹人井，因言：「新君御極之初，不當導以違忤先帝，逼逐庶母。」先是楊漣已言，選侍既移宮，當有以安之，帝亦侍養甚備。繼春有此疏，左光斗上言，乞宣召閣部九卿科道面諭以當日避宮何故，今日調御何方，不得憑中使傳旨，帝是之。辛丑，二十七日。傳諭內閣：「朕幼沖時，選侍氣凌聖母，成疾崩逝，使朕抱終天之恨。皇考病篤，選侍威挾朕躬，要封皇后。朕暫居慈慶，復遣李進忠、劉遜等命每日章奏，先奏選侍，方與朕覽。朕今奉養選侍於噦鸞宮，仰遵皇考遺愛，無不體悉。其田詔等盜庫首犯，事幹憲典，原非株連，可傳示遵行。」蜚語由宮奴田詔、劉朝於移宮時盜內府秘藏，過乾清門，金寶墜地，帝怒下法司而起。輔臣方從哲具揭封進，言皇上既仰體先帝遺愛，不宜暴其過惡，傳之外廷，帝不允。南京御史王允成陳保治十事，中言：「張差闖宮，說者謂瘋癲，青宮豈發瘋之地？龐保、劉成豈並瘋之人？今鄭氏四十年之恩威猶在，卵翼心腹，實繁有徙，陛下當思所以防之。比者聖諭多從中出，當則開煬灶之端，不當而臣下爭執，必成反汗之勢。孰若事無大小，盡歸內閣。至元輔方從哲屢劾不去，陛下於選侍移宮後，發一敕諭，不過如常人表明心跡耳，從哲輒封還。夫封後之命，不聞封還，是司馬昭之心，路人知之矣。」十月丁卯，二十四日。噦鸞宮災。先是帝以賈繼春誤聽疏傳諭廷臣，於是給事中周朝瑞以繼春前揭為生事，繼春再揭復有人井雉經等語。楊漣恐繼春說遂滋，亦上疏具陳移宮始末，帝優詔褒漣，復申諭言：「選侍前因毆崩聖母，自度有罪，每使宮人竊伺，不令朕與聖母舊侍言，有輒捕去。朕之苦衷，外廷豈能盡悉？因責繼春妄生謗議，今停選侍封號，以慰聖母在天之靈，厚養選侍及皇八妹，以遵皇考之意。爾諸臣可以仰體朕心矣。」帝將嚴譴繼春，劉一燝力救乃止。十二月，楊漣給假歸里。時繼春之黨，以帝褒漣志安社稷，益忌之，詆漣結王安圖封拜，漣不勝憤，抗疏乞歸。天啟元年正月，削賈繼春籍。二年二月，王之寀上復仇疏，以三案為說。四月，禮部尚書孫慎行追論紅丸事，劾方從哲庇李可灼，並論移宮時從哲意在濡遲。下廷臣集議。都御史鄒元標以下百一十餘人，紛紛俱罪從哲，獨刑部尚書黃克纘及給事中汪慶百等數人右之，希內廷意也。慎行復疏折克纘之謬。會王紀代克纘掌部事，復偕侍郎楊東明署議，言：「不逮可灼，無以服天下；不逮崔文升，無以服可灼；不削奪從哲官階祿蔭，無以洩天地神人之憤。」光祿少卿高攀龍亦乞亟正文升典刑，並劾戚畹鄭養性。於是大學士韓爌述進藥始末，與尚書張問達等合奏：「先帝服藥就寢，臣等所共見聞，弒逆二字何忍言？但可灼非醫官，且非知醫脈者，以藥嘗試，龍馭即上升。從哲與臣等未能止之，均為有罪。乃從哲反賚及可灼，及御史王安舜有言，先止罰俸，繼令養疾，失之太輕，何以慰皇考，服中外？宜削從哲官階，為法任咎，然可灼罪不容誅，而崔文升當皇考哀感時，妄進大黃涼藥，罪又在可灼上，法皆宜顯戮，以洩公憤。」議上，可灼遣戍，文升放南京，而從哲置不問，以近習為之地也。
是時外廷之門戶漸移其柄於內廷，魏進忠忠賢未改名時名進忠。忌王安有功於帝登極之始，既已殺之，於王安所贊助之移宮一案，在所必翻。帝一再諭選侍毆崩聖母之罪，並褒楊漣之功在社稷，後俱反之，何論梃擊、紅丸兩案。蓋自客、魏擅權，以前之門戶，又不以舊日之黨派為異同，惟有挾閹以求勝者皆變為閹黨；而為閹所屠戮者，則以東林黨人為多。凡終不媚閹而戮辱不悔者，自是講求正學之效。但東林之講學，以干預時政為宗旨，其盛時絕有勢力於政局，即奔走東林者，不能無奔競之徙，此為晚明講學之風之一變。蓋以後不足復言門戶，但述魏閹之肆惡，足以概天啟一朝之失道矣。