在人類發明史上，尤其是在數字時代，專利無可避免地成為爭端之源。創新者的成果往往建立在協作和對他人工作的借鑒之上，因此，要想精確劃定創意或知識產權的歸屬並非易事。我們偶爾會看到一群創新者欣然投身於開源項目，允許將自己的創新成果公之於眾，他們偉大的無私分享精神讓專利變得無足輕重。但在更多的情況下，創新者會希望獲得認可。有時候，這是出於自我意識方面的原因，比如肖克利想方設法要把自己的名字列入晶體管專利中。還有一些時候是出於經濟原因，尤其是在牽涉仙童半導體和德州儀器等公司的時候，這些公司需要回饋投資者，以獲得繼續展開新發明所需的運營資本。
1959年1月，德州儀器的律師和高管開始匆忙為基爾比的集成電路設想申請專利——倒不是因為他們獲悉諾伊斯也正在筆記本中記錄類似思想，而是因為有傳聞稱美國無線電公司也有相同的構想。於是他們決定弄一份寬泛的專利申請。這種策略存在一個風險，因為這樣一來，他們的主張可能就會變得經不起推敲，就像莫奇利和埃克特在計算機專利中所提的空泛主張一樣。但如果能通過審批，這項專利就能作為有力的進攻性武器，向任何想做類似產品的人開火。專利申請宣稱，基爾比的發明是「一個前所未有的全新小型化概念」。儘管專利申請只描述了基爾比設計的兩種電路，但它聲稱：「用這種方法製作的電路在複雜性和構造方面都沒有任何限制。」
但在匆忙之中，德州儀器沒有時間繪製圖片，說明在公司所述的微芯片上連接元件的各種可行方法。唯一能用的就是基爾比那個纏繞著一團細金線，像蜘蛛網一樣的演示模型。德州儀器的小組決定就用這張後來被他們戲稱為「飛線圖」的圖片。基爾比當時已經想到可以採用印刷金屬連接這種比較簡單的方法，因此他在最後一刻讓律師在申請書中增加了一段，對這一概念也提出權利主張。申請書指出：「除用金線來實現電連接之外，連接還有可能通過其他方式實現。比方說……可以把氧化硅蒸發到半導體電路板上……然後將金等材料置於絕緣材料上，以實現必要的電連接。」德州儀器於1959年2月提交了這份專利申請。11
當德州儀器次月公佈這一消息時，諾伊斯和他仙童半導體的小組也加快了專利申請的步伐。仙童半導體要設法抵禦德州儀器的寬泛主張，因此，該公司的律師有意把重點放在諾伊斯版本的特殊性上。他們強調，平面工藝（仙童半導體已經為此申請了專利）能讓一種「在半導體不同區域之間建立電連接」的印刷電路法成為可能，並能「讓統一的電路結構更緊湊，更容易製造」。仙童半導體在申請中稱，諾伊斯的方法不同於「必須通過接線來建立電連接」的電路，它意味著「連線和連接本身可以同時、以相同方式配置」。儘管德州儀器在單個芯片上整合多個元件的創新理應獲得專利，但仙童半導體希望能夠憑借該公司通過印刷金屬線而非布線方式實現電連接的發明獲得專利。仙童半導體知道，這種方法能使微芯片的大規模生產成為可能，因此，他們能在專利保護方面爭取到一些與德州儀器平起平坐的權利，迫使德州儀器簽署交叉許可協議。仙童半導體於1959年7月提交了申請。12
與圍繞計算機的專利權爭端一樣，司法系統也用了多年時間來處理集成電路專利權的歸屬問題，而這個問題也從來也沒能得到徹底解決。德州儀器和仙童半導體的專利申請被分到兩個不同的審查人手中，他們似乎對對方的工作都不知情。諾伊斯的專利申請是後提交的，卻先得到批准，這項專利於1961年4月授予諾伊斯。於是諾伊斯被宣佈為微芯片的發明人。
德州儀器的律師們申請啟動「牴觸審查程序」（priority contest），他們指出，基爾比才是第一個想出點子的人。這就引發了所謂的「基爾比——諾伊斯案」，該案由專利上訴與爭議委員會經辦。案件調查的部分內容是審查雙方的筆記和其他證據，看究竟是誰先形成了基本概念。人們普遍認同（連諾伊斯也不例外），基爾比的想法要比諾伊斯早幾個月。但在基爾比的專利申請是否真的包括在氧化層表面印刷金屬線這一關鍵技術工藝（而不是用許多細絲來製作微芯片）這個問題上，人們則抱有一些爭議。其中，基爾比在專利申請結尾插入的那句話引發了許多異議。基爾比稱，「隨後可以將金等材料置於」氧化層上。這究竟是他發現的特殊工藝，還是說僅僅是個偶然的猜想？13
1964年6月，專利局批准了基爾比最初的申請——將專利權授予基爾比，在這場曠日持久的糾紛仍在延續之際，這項裁定讓問題變得更加複雜。牴觸審查程序因此變得極為重要。直到1967年2月，牴觸審查程序的判決才最終做出，該判決對基爾比有利。這個時候距基爾比提交專利申請已經過去了8年，現在，他和德州儀器被宣稱為微芯片的發明者。不過事情仍然沒有就此結束。仙童半導體提起了上訴，美國關稅和專利上訴法院在聽取了所有論據和證詞後，於1969年11月做出了結論相反的判決。上訴法院宣佈：「基爾比沒能證明『置於』一詞當時具有……或者之後取得了符合電子或半導體工藝定義的含義。」14 基爾比的律師試圖向美國最高法院提起上訴，但最高法院拒絕受理此案。
在經歷了長達10年的糾葛，花費數百萬美元法律費用之後，諾伊斯取得了勝利，但這場勝利其實並沒有多大意義。當時，《電子業新聞》（Electronic News ）刊登了一篇副標題為《專利權易手不會改變什麼》的短文。到這個時候，官司已經沒什麼好打的了。迅速膨脹的微芯片市場讓仙童半導體和德州儀器的務實派們意識到，官司再打下去，代價就太大了。於是，1966年夏季，在距最終判決還有三年的時候，諾伊斯和仙童半導體的律師們與德州儀器的總裁及法律顧問進行了會晤，並達成了和解協議。兩家公司均認可對方擁有微芯片的部分知識產權，他們還同意對自己掌握的所有知識產權進行交叉授權。其他公司必須同時與這兩家公司簽署許可協議，通常需要支付總計相當於利潤4%左右的專利權使用費。15
那麼，微芯片究竟是誰發明的呢？和計算機是誰發明的這個問題一樣，答案並不能簡簡單單地訴諸法律判決。基爾比和諾伊斯是幾乎同時取得這一成就的，這說明在當時，這項發明的誕生已是萬事俱備，只欠東風了。確實如此，在美國乃至全球，很多人早些時候已經提出了集成電路的設想，其中包括德國西門子的沃納·雅各比（Werner Jacobi）以及英國皇家雷達研究所的傑弗裡·杜默（Geoffrey Dummer）。諾伊斯和基爾比與他們所在公司的研究小組共同努力的方向是找到生產這類設備的可行方法。儘管基爾比較諾伊斯提前幾個月找出了在芯片上集成元件的方法，但諾伊斯比基爾比走得更遠：他設計出了連接這些元件的正確方式。他的設計能夠實現大規模高效生產，而且成為未來微芯片的通用模型。
基爾比和諾伊斯個人對微芯片發明人這一問題的處理方式頗有借鑒意義。兩人都是翩翩君子；他們都來自中西部人與人關係密切的小社區，都很有教養。他們不像肖克利那樣為紊亂的多重人格和不安全感所折磨。只要談到微芯片發明歸功於誰這個問題，兩人都會慷慨地讚揚對方所做的貢獻。社會上很快就形成一種共識，即對兩人的貢獻均予以肯定，將他們視為共同發明人。早先流傳著這樣一種說法，據說基爾比曾輕微抱怨：「這和我理解的共同發明可不一樣，可大家都已經接受了。」16 但基爾比最終也接受了這種看法，這之後他一直保持著尊重態度。多年以後，當《電子工程時代》（Electronic Engineering Times ）雜誌的克雷格·松本（Craig Matsumoto）請他談當年的糾葛時，「基爾比對諾伊斯滿是溢美之詞，並稱半導體革命歸功於數千人的工作，而不是來自一紙專利」。17
當基爾比2000年得知自己榮獲諾貝爾獎時（當時諾伊斯去世已有10年）[1] ，他最先做的就是讚揚諾伊斯。他對記者們表示：「我為諾伊斯去世感到遺憾，如果他還在世的話，我估計我們會分享諾貝爾獎。」當一名瑞典物理學家在頒獎典禮上介紹基爾比，說他的發明開創了全球數字革命時，基爾比展現出他質樸無華的本性。他回答道：「我聽到這種話的時候，會想起河狸和兔子站在胡佛水壩底下時，河狸對兔子說的話：『不，這不是我自己建的，水壩只是建在我的一個想法之上。』」18