把功臣給得罪光了
鐮倉幕府滅亡之後，後醍醐天皇得意揚揚，回到了京都，開始了天皇的親政。
後醍醐天皇元弘四年（1334年），也就是鐮倉幕府滅亡的第二年，天皇把年號改成了建武，開始了日本歷史上著名的建武新政。為什麼取這麼個年號呢？因為這是中國東漢光武帝劉秀的年號。當時王莽篡漢，天下大亂，劉秀以遠支皇族身份，起於微末，縱橫八荒，終於推翻新莽，再延漢祚兩百年。後醍醐天皇以中國東漢光武帝的年號為自己的年號，表示要傚法光武帝，光復先代天皇的遺業，也就是由天皇自己掌握政權。
後醍醐天皇首先立自己的兒子為皇太子，引起了其他皇族的不滿。然後廢除了存在幾百年的攝政關白制度，由天皇親政，把公卿階層也得罪了。由於推翻鐮倉幕府的過程中，公卿也沒出多大力，出力的多是武士，所以很多武士被封官。公卿看到原來出身低賤的人現在居然跟自己平起平坐，心裡很不平衡。
按道理講，這個時候天皇主要依靠的力量應該是武士了，可沒想到天皇得罪最深的就是武士。武士打仗為的就是保護或者更大地擴充土地財產，而天皇下令，原來的土地所有權一概不算數，要把全國的土地收回來，重新分配。等於所有的武士白忙活了一場，武士階層對天皇恨得牙根兒癢癢。其中對天皇最不滿意的是兩個人，一個是足利高氏，一個是新田義貞。
天皇在取得政權之後，認為足利高氏功勳第一，冊封他為三國守護、鎮守府將軍、正三位參議。後醍醐天皇的名字叫尊治，天皇把自己名諱中的「尊」字賜給了他，改他的名字為足利尊氏。
按道理講，足利尊氏應該沒有什麼不滿意的，可是足利尊氏是源氏後裔，他的先人源義家曾經留下一封誓文，誓文裡面說：自我以後七代子孫必取天下。到了足利尊氏祖父的時候，這封誓文被翻了出來，足利尊氏的爺爺一瞅，源義家之後七代正是自己，老爺子就覺得該輪到自己取天下了。可巧了，老爺子當時跟別人打官司爭奪土地所有權，被幕府判了敗訴，非常生氣。於是又在八幡大菩薩面前寫了一段誓文，說自我以後三代子孫必取天下。到了足利尊氏，正好是三代了。
足利尊氏覺得幕府被推翻並不是幕府制度不好，而是北條家的幕府不好，而自己是源氏嫡流，應該由自己來建立幕府。足利尊氏非常想出任征夷大將軍，但是天皇卻想建立一個天皇專制的政權，絕不允許再有幕府出現。天皇任命自己的兒子護良親王做征夷大將軍，征夷大將軍不再是天下武士的頭領，而只是朝廷的一個最高武職，歸兵部卿管理。這就斷絕了足利尊氏建立幕府的希望，足利尊氏對天皇很是失望。
另外一個對天皇不滿的是新田義貞。新田義貞在消滅幕府的過程中，功勞應該不亞於足利尊氏。實際上直接導致鐮倉幕府滅亡的是新田義貞起兵，半個月就滅了鐮倉幕府。但是新田義貞得到的賞賜，只是一個從四位上左馬助，大概在天皇家眼中，武士只配當弼馬溫吧。新田義貞跟足利尊氏同樣屬於源氏後人，也希望建立一個源氏的幕府。因此武士階層以足利尊氏和新田義貞為首對後醍醐天皇都非常不滿。
這樣一來，等於天皇家皇族被得罪了，公卿被得罪了，武士也被得罪了。
兩邊都是官軍
後醍醐天皇對當時日本國的形勢完全不瞭解，只有楠木正成看得清楚，這個國家在當時就是一個武士社會，國家掌權的人必須是武士，整個國家依靠武士來推動。
所以，當時最好的統治方式就是武士掌握實權，天皇臨朝不理政，就像以前鐮倉幕府時代、籐原氏攝關政治時代一樣。後醍醐天皇卻看不明白，在最不應該得罪人的時候，把能得罪的人都得罪了，恰恰跟清朝末年清政府干的蠢事一樣。
武士們在幕府被消滅之後，群龍無首，恩賞沒能實現，土地所有權又不被天皇承認。建武新政實行了僅僅一年，鐮倉幕府的餘黨就發動了叛亂，席捲關東各州。足利尊氏和他的弟弟足利直義，不待天皇旨意，私自以平叛為名殺回關東，很快平定了北條氏的餘黨，然後以鐮倉為根據地，不經天皇同意，事實上建立了日本歷史上的第二個幕府——室町幕府。
室町幕府建立之後，足利尊氏自封為征夷大將軍，管理東國，公開跟天皇叫板了。天皇也無計可施，只能靜觀待變。而新田義貞除了對天皇不滿，更不滿的是足利尊氏。他覺得足利尊氏沒有他的功勞大，反而比他位置高，對足利尊氏羨慕嫉妒恨。看到足利尊氏公開反叛朝廷，他向天皇表示願意出兵討伐足利尊氏。
天皇非常高興，任用新田義貞為御前近臣。不料新田義貞色膽包天，竟然去勾引天皇宮中的女侍。天皇發現後，並未加罪，還把這個女侍做了個順水人情，賞給了新田義貞。女人如衣衫，兄弟如手足，這個時候需要的是大將，不能因為女人傷了和氣，新田義貞對天皇更加感恩戴德。
天皇任命新田義貞為主將率兵征討鐮倉地區的足利尊氏，被足利尊氏打得大敗。足利尊氏為了取得合法地位，找到了被後醍醐天皇廢掉的光嚴上皇，要求光嚴上皇下達討伐新田義貞的院宣。光嚴上皇樂得如此，下了院宣。這樣一來，足利尊氏就不再是朝敵了，而變成了官軍。
兩邊都是官軍，互相宣佈開除對方朝籍，互相宣佈對方是叛匪。
楠木正成以死報國
足利尊氏率領大軍直抵京都，後醍醐天皇只好逃到比叡山裡投奔僧兵去了。好在後醍醐天皇逃離京都是輕車熟路，這事兒他幹了不止一回兩回。這是建武三年（1336年），天皇新政搞了不到三年，就被手下大將打到山裡去了。
後來新田義貞和楠木正成合兵，總算是打敗了足利尊氏，把足利尊氏逐出了京都。後醍醐天皇又回宮了，雙方展開了拉鋸戰。
在拉鋸過程中，楠木正成跟天皇講：「足利尊氏新募兵將，連連得勝，其鋒甚銳。我方如果以疲憊之師去格鬥，沒有勝算。所以不如請陛下退到比叡山中，讓賊眾佔據京都，我到河內國去斷絕賊兵糧道。這樣的話，賊兵日散，我兵日聚，可以夾攻敵人，一舉破敵。」楠木正成畢竟是百戰名將，提出的主張非常可行。可惜後醍醐天皇不懂軍事，聽了一個酸腐公卿的話，認為王師有天助，要求跟敵人堂堂正正展開決戰，命令楠木正成去援助新田義貞跟足利尊氏決戰。
楠木正成萬般無奈，拜別天皇之後，跟他十一歲的兒子楠木正行講：「你現在已經超過十歲了，你要記住我的話，這次戰役系天下之安危。恐怕我再也看不到你了，倘若我戰死，那一定就是足利氏的天下，你千萬不要降敵。咱們族中只要還有一個男子，你就帶著他們到金剛山去反叛足利氏，以身殉國，有死無他。」
楠木正成解下天皇御賜的寶刀，交給自己十一歲的兒子。兒子要跟他同去，被他拒絕了。楠木正成到了前線，跟新田義貞匯合，倆人知道己方兵微將寡，與足利尊氏正面對抗，乃是求死之道，所以倆人喝了一夜的訣別酒。
第二天，新田義貞率三萬人馬抵抗足利水軍。正成更可憐，手裡只有七百人馬，卻要面對足利號稱五十萬的陸軍，很快被敵軍包圍。正成勇武絕倫，跟常山趙子龍一樣，渾身是膽，在敵軍中七進七出，幾次衝到足利尊氏的弟弟足利直義馬前，但是都被敵兵打散。
正成兄弟只剩下七十三騎，本來可以突圍逃走，但是正成決心以死報國，報效天皇，根本不想走。兄弟倆走入民宅，解開身上的甲冑。正成問弟弟正季：「你死後有什麼打算？」正季回答：「我願意七生人間，以殺國賊。」
楠木正成殉國
兄弟倆訣別之後，取出利刃對刺而死。
一天二帝南北京
楠木正成一死，新田義貞大敗。後醍醐天皇眼見大勢已去，詐降了足利尊氏，足利尊氏扶持光嚴上皇復位。可是光嚴上皇厭倦了人世的紛爭，讓位給自己的弟弟光明天皇。
後醍醐天皇還是拒絕交出三件神器，利用自己最熟練的逃跑技巧，暗地裡又逃出京都，到了京都南部的吉野重建朝廷。從而形成了京都一個朝廷、吉野一個朝廷的局面，史稱一天二帝南北京。日本正式開始進入南北朝時代，天皇家第一次公開地分裂了。
楠木正成死後，他的兒子楠木正行聞訊之後痛哭流涕，拔出父親留下的寶刀就要自刎。不愧為楠木正成之後，年僅十一歲就這麼剛烈。但他媽媽看見之後奪下寶刀，跟他講：「你怎麼這麼糊塗，怎麼可以如此輕率地殉葬？你應該繼承父親的遺志，討國賊，報父仇。」
楠木正行聽罷，恍然大悟，立刻斷了自殺的念想，更加堅定了報仇的信念。他聽說後醍醐天皇到了吉野，就趕去迎接。天皇大喜，一看忠臣之子來了，不顧正行年幼，現在來看還是小學沒畢業的一個兒童，封他為檢非違使、左衛門尉，兼四國守護。後醍醐天皇在吉野建立了據點之後，勢力越來越大，把自己所有的皇子都封為大將軍，讓大家到處發動武裝力量，討伐足利尊氏。新田義貞也是野火燒不盡、春風吹又生，經過一番休整之後，重新投入了討伐足利尊氏的事業之中。
可惜足利尊氏兵強馬壯，勢力太大了，幾戰下來，北朝連連得手，南朝不斷戰敗。新田義貞也在戰場上被流箭所傷，自殺身死。接二連三的敗報打擊之下，後醍醐天皇心灰意冷，把皇位讓給自己的兒子，不久便龍馭賓天。
後醍醐天皇是一位悲劇人物，小姐的身子丫鬟的命，一心想要恢復祖業，無奈志大才疏，不但自己一生壯志難酬，還連累了部下很多忠貞之士。