明末的朋黨，除了東林黨之外，還形成了專門與東林黨作對的浙黨，以及與浙黨聯合的齊、楚、宣、昆諸黨。這兩大勢力互相傾軋，一般總是借「京察」做文章。所謂「京察」，就是對京官的政績，進行六年一次的定期考核。按規定，凡是在京察中考核不合格而被罷官的，一律不許重新任用。所以，為了利用京察的機會來削弱對手，這兩大勢力圍繞著那些負責京察的職位，展開了激烈的角逐，使黨爭變得越來越勢不兩立，越來越險惡，也越來越白熱化。
萬曆「梃擊案」
除了京察之外，東林黨人還以皇位繼承問題為抓手，試圖搶佔政治高地，戰勝對手，以達到最終控制朝政的目的。
首先是「爭國本」。萬曆皇帝不喜歡王恭妃為他生的長子常洛，而要立鄭貴妃為他生的常洵為太子。於是，朝中那些東林大臣便以祖宗之法為根據，紛紛上書，要求盡快立常洛為太子。他們言辭激烈，不依不饒，表面上是激於對祖宗法制的忠誠，其實卻是想趁機造成聲勢，控制輿論，在政治上擴大自己的勢力，為有朝一日控制朝政而撈取政治資本。這場爭論，前後延續十餘年，直到常洛被立為太子才告結束。
為了維護常洛的太子地位，東林黨人又不斷發動攻勢，迫使福王常洵離開京城，回到自己的封地。為此，他們不遺餘力地對萬曆皇帝所寵愛的鄭貴妃及其勢力進行攻擊，而且總是要牽扯到其他政敵。在東林黨人看來，一切圍繞「爭國本」的鬥爭，都能使他們在輿論上佔有優勢，所以最容易克敵制勝。然而，他們的這種做法，也會迫使對手採取更為激烈的手段進行反擊。當常洵被迫回到自己的封地之後，萬曆四十三年，竟有人將一名無賴帶進皇宮，並引導他直闖太子宮，先是用棗木棍擊傷守門太監，然後直趨太子殿前。但是，這無賴很快就被守備制服。
這件案子，被稱為「梃擊案」。以浙黨為首的非東林黨人，顯然不希望東林黨人通過此案的審理獲益，從一開始就企圖草草結案。而東林黨人，則希望通過此案的審理，擴大事態，打倒對手。萬曆皇帝對東林黨人熱衷此案的目的，是心存疑慮的。他下令迅速結案，並警告東林黨人，不許再挑唆他和太子之間的關係。在萬曆皇帝看來，今後最大的威脅，一定就是朋黨。
東林黨人的得勢
萬曆年間，東林黨人與非東林黨人的爭鬥，總體上是以東林黨人的失敗而告終的。但是，在這一過程中，浙黨、齊黨和楚黨也反目成仇。這與一個叫汪文言的人，有很大關係。
汪文言本為胥吏，後來結交了東林人士，於是進京活動，並出錢為自己買了個監生(太學生)。汪是個很有心計的人，眼觀六路，耳聽八方，對當時各黨人之間的利害關係十分熟悉。在他看來，浙黨、齊黨和楚黨雖為同盟，但他們各自的黨魁都不過是在互相利用;一旦功成，就會為了各自的利益，相互爭鬥。於是，他通過各種各樣的辦法去離間他們，使齊、浙、楚三黨的黨魁們相互排擠、攻訐，相互削弱，而至於分崩離析。這三黨人士的分裂，無形中增強了東林黨人的力量。
汪文言還是一個很懂得投機的人。他看準了太子常洛的伴讀太監王安將來是可以「濟國事」的，遂傾心相交，希望有朝一日可以通過他來影響皇帝。王安是個頗識得大體的人物。「梃擊案」發生後，東林黨人欲窮追猛打，王安卻建議太子常洛盡快結案。對此，萬曆皇帝非常滿意。
萬曆皇帝去世，常洛繼位，是為光宗。反對勢力既已分裂，東林黨人因有擁戴之功，而深得光宗皇帝的好感。在這樣的形勢下，那些原來被罷斥的東林人物，因為已任司禮監秉筆太監的王安的建議，又重新回到朝廷。這一切，都與汪文言的暗中活動分不開。據說，當時朝廷起用東林諸人，都是汪文言向王安推薦的。汪文言總是對王安說東林某某人是「清流」，這些人即被委以重任。汪文言那時是王安的中書舍人，負責傳遞朝廷的各項命令，職位雖低，卻是一個很重要的角色。
光宗在位只一個月，就去世了。據說，光宗的死，與他過度縱慾，又誤服了臣下進奉的「紅丸」有關。這本是一件講不清楚的事情，卻又成為當時朋黨爭鬥的一個大題目。
光宗臨終前，遺囑由他的長子朱由校繼位。朱由校那年虛歲16，生母已死，與光宗寵愛的李選侍一起住在乾清宮。為了不使李選侍干政，東林黨人聯合王安，先將朱由校接出乾清宮，到文華殿登基，之後即迫使李選侍搬出乾清宮。這就是「移宮案」。
因扶立熹宗朱由校有功，東林黨人受到了更多的重用。一時之間，內閣、都察院、吏部、兵部等關鍵部門，都常握在東林黨人手中。但是，東林黨人並沒有借此機會，真正在治國安民上有所建樹。他們只是一味地忙於起用過去那些遭到貶斥的黨人，再就是打擊業已分崩離析的浙、齊、楚諸黨。這使朱由校對東林黨人很快就失去了興趣，只一味地寵幸自己的乳母客氏和司禮監秉筆太監魏宗賢。
車馬「填溢戶外」
王安為人，《明史》上說他「剛直而疏」。所謂「疏」，就是心思不周密。《明史》上還說他「善病」。顯然，他身體也很不好。心思不周密，則不善於爭權。身體不好，則難以獨掌司禮監事務。這就給了魏宗賢以可乘之機。
魏宗賢曾經為熹宗的母親王才人「腆膳」。後來，他到司禮監，在魏朝手下做事。魏朝是王安的親信，頗得王安的信任。魏朝總是在王安面前讚譽魏忠賢能力強，王安因此也很看重魏宗賢。但到了後來，魏朝跟魏宗賢爭相討好客氏，兩人又變得互不相容。王安為此對魏朝很有看法，就把他調離司禮監。這樣一來，魏忠賢和客氏就越來越得志了。
熹宗繼位後不久，命王安繼續執掌司禮監事務，王安則按照慣例上章請辭。然而，想不到在客氏的勸說下，熹宗竟接受了王安的辭呈。王安一離任，客氏與魏宗賢就偽造詔命，殺害了王安。他們製造王安案的主要目的，一是不讓他東山再起;二是藉機清除王安在司禮監的人馬。
王安被殺，汪文言即被革除了監生身份，逐出京城。而他一離開京城，即遭逮捕，但隨後又鬼使神差地被寬大釋放。之後，汪文言居住京城，與公卿大臣們頻繁往來，與東林著名人物更是過從甚密。據說他家院子裡，總是停滿了車馬。有時客人太多，車馬甚至「填溢戶外」。可見，直到此時，東林黨人仍視汪文言為香饃饃。東林黨人葉向高入主內閣後，汪文言又擔任了內閣中書舍人。
王安死後的第三年，魏宗賢為清除東林黨人，又唆使人狀告汪文言，說東林黨人就是因為汪文言的關係，才能與王安內外勾結的。魏宗賢顯然是老謀深算。他要打擊東林黨人，必須抓到東林與王安內外勾結的罪證，以證明東林就是「朋黨」。而拘捕汪文言，正是關鍵的一著。
當時，負責汪文言一案的，是鎮撫司的劉僑。據說，在審理汪文言案時，東林黨人御史黃尊素曾囑咐劉僑，說一個汪文言不足惜，重要的是不要因此引起迫害東林人士的「衣冠之禍」。而內閣首輔葉向高，也對劉僑講了相同的意思。顯然，東林黨人一方面棄卒保帥，一方面又想保全汪文言。所以，汪文言雖然被打入錦衣衛大牢，但只是受了梃杖。他的問題未被深究，也沒有牽連他人，最後以削職為民了事。
對於汪文言案的草草了事，魏宗賢是不甘心的。不久，他就指使人重翻舊案，再度把汪文言投入獄中。這一次，負責審理汪案的，是鎮撫司的許顯純。此人對汪文言動用酷刑，「五毒備至」，並偽造口供，誣陷汪文言曾經行賄楊漣等人。在刑訊中，汪文言曾仰天大呼：「世上豈有貪贓的楊大洪！」大洪是楊漣的字。汪文言即便是在備受酷刑之際，對楊漣還是稱字，可見他對楊漣的敬重。汪文言還對許顯純大叫道，要他不要偽造口供，到時候是要與他當面對質的！當天，汪文言即被許顯純拷打至死。
楊漣本為朝廷副都御史，因上書言魏忠賢二十四罪，已被削職為民。根據許顯純偽造的汪文言口供，楊漣等東林黨人，竟收受賄賂白銀共17萬兩。於是，楊漣等人又被逮捕入獄。在獄中，許顯純根據這份偽造的口供，對楊漣等人嚴刑逼供。酷刑之下，這些東林書生們個個都承認受賄。他們都天真地以為，到面對法司審判時，自己還有申辯的機會。他們哪裡想得到，此時魏宗賢已偽造了聖旨，不必再把他們送交法司審判了。每隔幾日，魏宗賢就對他們嚴刑逼供一次，一直到把他們拷打至死為止。
東林黨人的失敗
從汪文言的行事來看，此人雖屬策士一流人物，卻具有強烈的正義感和堅定的人格，以致「五毒備至」的酷刑都不能瓦解他的意志。對於這樣的一個人物，為什麼當他遭到魏忠賢誣陷和迫害時，東林黨人首先想到的就是跟他劃清界限，以免受他的牽連呢？這與明朝歧視胥吏和講究「資格」，恐怕有極大的關係。
自從隋唐實行科舉選官以來，讀書人做官，具體的事情卻要由胥吏來做，就成為官場的一種普遍現象。久而久之，「胥吏專政」就成為唐宋以來國家政治的一種特色。明朝，胥吏專政是非常嚴重的。明朝的胥吏，通常是父子相傳。他們對法律很熟悉;對哪些事，習慣上是怎麼辦的，也很熟悉。讀書人做官，胥吏做事，是官場通則。但是，明朝也有一條帶有歧視性的規矩，就是胥吏不許考進士。
另一方面，明朝的官場，還非常重「資格」。洪武以後，選官重進士。開始時，做大官的一定要用進士。久而久之，凡州、縣以上的官，都只用進士。舉人、監生(國子監學生)，都不能做大官。到了後來，上等州縣官缺員，也一定要用進士。中等州、縣官缺員，任命舉人來擔任。只有下等州、縣官缺員，才任命監生去擔任。舉人、監生若要做知州、知縣，一定是在邊遠的地區。因為講究「資格」，那些進士出生的人，只要看見有舉人、監生身居要職，就會群起而攻之。顧炎武曾經說到，難得有一兩個舉人、監生受到皇帝的欣賞，被提拔做了大官，那些進士出生的人，一定會竭盡全力來攻擊他們，想方設法捏造罪名，要皇帝把他們逐出朝廷，甚至非要置他們於死罪才心甘。
汪文言出生胥吏，後來出資捐了一個監生。他的這兩種身份，在當時的士大夫中，都是受歧視的。東林黨人雖然與汪文言關係密切，卻也難免為這種歧視胥吏、監生的觀念所影響。儘管汪文言在朝廷重新起用東林黨人的問題上，起了極大的作用，但東林黨人內心是瞧不起像他這種身份的人的。他們對於汪文言，僅僅是利用而已。所以，在他們看來，東林人士既已佔據朝廷要津，要緊的是不要受汪的牽連，因小失大。可以肯定的是，東林黨人與汪文言之間，絕不存在行賄受賄的關係，犧牲汪文言對他們不會有任何危險。正因為如此，他們所迫切想要證明的，就是他們與汪文言並無瓜葛，很清白，也不存在結為朋黨的問題;他們的所作所為，都是出於對朝廷的忠誠，而沒有任何私利可言。留得青山在，不怕沒柴燒。倒掉一個汪文言，又何足惜哉！
一切權力交給了魏忠賢
按照魏忠賢的邏輯，王安既然有罪，只要證明東林人士與王安勾結，那東林人士也就有罪;只要抓了汪文言，這個案子就已是鐵定的了。至於汪文言有沒有口供，並無關緊要。口供是可以製造的，「證據確鑿」絕對不是問題。犧牲掉汪文言，對於東林黨人來說，可謂是唇亡齒寒。當時就有人說：「東林諸賢被朝廷起用，都是由於汪文言的推薦，又怎麼可能不受汪文言的牽連呢！」
魏忠賢的專權，是在明末朋黨之爭趨於白熱化的背景下開始的。魏忠賢消滅了王安，掌握了司禮監。從那時起，明廷中凡是遭東林黨排斥打擊的官員，大多投靠了魏忠賢，形成了非常龐大的「閹黨」勢力，而東林黨人的力量則遭到嚴重的削弱。那時，明廷的內閣、六部官員，以致封疆大吏，幾乎都由效忠魏忠賢的「閹黨」擔任，一片烏煙瘴氣。正是在這種情況下，東林黨人才意識到，必須與「閹黨」進行鬥爭。但是，在這場鬥爭的一開始，東林黨人由於對魏忠賢追查汪文言一案的退讓，已使自己陷於極大的被動。在很大程度上，魏宗賢正是借助汪文言案，打倒了東林黨人，並且終於使明朝的宦官專權達到登峰造極的地步。
明朝，自朱元璋廢除宰相之後，逐漸形成了皇帝通過內閣和司禮監，直接掌控朝廷六部的權力約束。在這種權力約束之中，官員的奏章必須經過司禮監審查，並由司禮監秉筆太監向皇帝報告。另一方面，官員奏章除非「留中」(皇帝不予答覆)，否則必須下發內閣，由內閣大學士根據皇帝的批示，另紙擬定具體處理辦法，叫作「票擬」。「票擬」制度，使內閣在皇帝的批示範圍內，掌握了一定的建議權。而內閣「票擬」之後，還須由皇帝用紅筆批復，才能生效，叫作「批紅」。由於皇帝經常把「批紅」的事情交給司禮監秉筆太監去做，內閣的建議權實際上又受到司禮監的限制。但無論是「票擬」和「批紅」，最終還是受到皇帝控制的。正是在這樣的權力約束中，皇權直接控制了政府。然而，當魏忠賢清洗了東林黨人之後，明朝的內閣和六部，已全部由魏忠賢控制。而熹宗皇帝喜歡騎馬、看戲，又著迷於做木工，把一切權力都交給了魏忠賢。那時，大臣上書一概秉承魏忠賢旨意;魏忠賢甚至可以不經過內閣票擬，就直接以皇帝的名義發佈「中旨」，實際上已經是在代行皇帝之職了。宦官可以這樣毫無約束地行事，這在明史上是沒有先例的。仔細想來，如果不是萬曆以來激烈的黨爭，是決不可能形成這樣強大的閹黨勢力的。而面對強大的閹黨勢力，東林黨人竟幻想以犧牲一個汪文言來求得皇帝的信任，他們的自私與不智也已到了無以復加的地步了。