蕭諶字彥孚，是南蘭陵郡蘭陵縣人。祖父蕭道清，官至員外郎。父親蕭仙伯，任桂陽國參軍。
蕭諶一開始任官為州從事，晉熙國侍郎，左常侍。蕭諶是太祖(蕭道成)的絕服族子，元徽末年，世祖(蕭賾)在郢州任職，想知道京城裡的動向，太祖派蕭諶前往世祖那裡傳達計劃和謀略，世祖便留下蕭諶作為自己的心腹。升明年間(477～479)，蕭諶任世祖中軍刑獄參軍，東莞太守。由於勤懇有功被封為安復縣男爵，食邑三百戶。建元初年，任武陵王冠軍，臨川王前軍參軍，除尚書都官郎，建威將軍，臨川王鎮西中兵。世祖做太子時，任命蕭諶領東宮宿衛。太祖殺張景真時，世祖讓蕭諶口頭上啟請求留下景真一條命，太祖很不高興，蕭諶害怕便退了出來。世祖做皇帝後，讓蕭諶出去任大末縣令，他還沒到縣上，又被授為步兵校尉，領射陽縣令，轉帶南濮陽太守，領南齊書御仗主。
永明二年(484)，蕭諶任南蘭陵太守，建威將軍仍舊。又任命他為步兵校尉，太守仍舊。世祖將自己齋內的兵士儀仗的統率權都交給了蕭諶，凡有重大而機密的行動，都讓蕭諶參與主持。後任正員郎，轉任左中郎將，後軍將軍，太守仍舊。世祖臥病延昌殿，指示蕭諶在身邊負責警衛工作。皇上駕崩，遺敕中讓蕭諶仍舊負責殿內保衛工作。鬱林王即位，對蕭諶深加信任，蕭諶一有急事請求夜間外出，皇上(鬱林王)便通宵不能入睡，直到他回來才能安靜。轉任蕭諶為衛軍司馬，兼衛尉，加輔國將軍。母親去世蕭諶回去丁憂，期滿後皇上下敕讓他回來後繼續擔任原來職務，並守衛尉。高宗(蕭鸞)輔政期間，經常有意見和建議，皇上既在後宮不出來，便只派蕭諶和蕭坦之遠遠地轉呈進來，皇上才能聽到。蕭諶回過來依附高宗，勸他施行廢立君主的措施，秘密召集各王的典簽來約定，不許各王和外面人物接觸。蕭諶長期受到皇上親信擔任要職，眾人都畏懼哪敢不從。鬱林王被廢的那天，開始聽說外面情況有變，還親筆密令叫蕭諶來計議，對他信任到如此地步。蕭諶性情險進但無計略，廢除皇帝那天，他領兵先進入後宮，皇上齋內的侍衛平時都歸蕭諶指揮，所以沒一個敢動的。
海陵王(蕭昭文)做皇帝後，蕭諶轉任中領軍，晉封公爵，食邑二千戶。配給武裝儀仗五十人。在殿內擔任保衛工作，每月十日還朝。建武元年(494)，轉任領軍將軍，左將軍，南徐州刺史，並配給助手人員，晉封衡陽郡公，食邑三千戶。高宗當初答應事成之後讓蕭諶主持揚州，現在授他這個職務，蕭諶很有怨言：「現在飯做熟了，竟送給別人去享用。」王晏聽到後說：「那麼誰應該給蕭諶當盆碗筷子呢？」蕭諶自恃功勳重大，干預朝政，許多部門的官員任用，蕭諶都要派議尚書去說這說那。皇上當時才即位不久，經常派身邊要人在外瞭解情況，對蕭諶的言論全都掌握，因而深懷疑阻。
建武二年(495)六月，皇上在華林園，設宴和蕭諶及尚書令王晏等數人盡情歡樂。宴會結束後，把蕭諶留下遲一些出來，走到華林閣時，便讓身邊侍衛把他抓起來送回中央辦公廳，皇上派身邊親信莫智明訓斥蕭諶說：「隆昌之際，沒有你我是沒有今天的。不過如今你一家有二個州官，你兄弟三人受封，朝廷對你的報答，也只能到這個極限了。而你總是說做好了飯竟送給別人享用，我今天便賜你一死。」蕭諶對莫智明說：「天和人的距離也並不遙遠，我替皇上殺了高祖、武帝的許多王子，也都是你來去傳送指示和情況的。我今天死了，回去就會要你的性命。」於是莫智明就在辦公廳裡殺了蕭諶，到了秋天莫智明也死了，人們都說這是蕭諶在作祟。皇上下詔說：「蕭諶本是從普通人中提拔起來的，為人輕險，只是乘著非常機會，較早參與了為朝廷服務的事情。永明後期，便格外受到恩遇。鬱林王昏庸悖慢，在廢立過程中蕭諶還是忠誠有功的。因而給了他優厚的待遇和崇高的職位，內握兵權，外暢蕃威，他兄弟的榮華富貴，震灼朝野。他不僅不感激這些特別的優待，報答萬一，反而自以為功高伊、霍，沒什麼賞賜可以使他滿意；才冠當代，不甘心地位在別人之後。於是矯稱王權，自作主張。毫無緣由地心懷疑懼，製造猜忌。並覬覦宮廷，作非分之想。蒙蔽主下，欺騙群眾，誣蔑君王，不守臣規，這些早已都暴露無遺，遠近睹聞。他還暗中散發金帛，招集不法之徒，並交結禁衛部隊，打算互相支持，又和親友密謀，準備大逆不道。朕考慮到他職務重大，爵位高貴，總是對他寬容大量，予以信任，希望他能被感動，幡然悔改。然而他的豺狼心性，更加猖狂。對不服從領導的人就一定要殺掉他，這是《陽秋》中明白寫著的，何況蕭諶已惡貫禍盈，罪大如此呢。應當把他立即抓起來，交給有關司法機關正法。只懲辦他一個罪魁禍首，其他人一概不予追究。」
蕭諶喜歡些邪門歪道，當初吳興沈文猷給他看相說：「你的面相不亞於高帝(蕭道成)。」蕭諶大喜道：「感謝您的美意，千萬別對旁人說。」後來沈文猷也被誅殺了。