孔子生在魯國的昌平鄉陬邑。他的祖先是宋國人，叫孔防叔。防叔生了伯夏，伯夏生了叔梁紇。叔梁紇年老時和顏氏少女野合而生下了孔子，是他們到尼丘山向神祈禱後才得的孔子。魯襄公二十二年，孔子出生。他剛出生時頭頂中間下凹四周隆起，所以起名叫丘。字仲尼，姓孔。
孔丘出生不久叔梁紇就去世了，埋葬在防山。防山在魯國的東部，因此孔子無法確知父親的墓在何處，是母親沒有把父親的墓地告訴他。孔子小的時候做遊戲，常常擺設俎豆等祭器，模仿祭祀的禮儀動作。孔子的母親死後，就把靈柩暫時停放在曲阜五父衢的路邊，出於慎重沒有馬上下葬。陬邑人挽父的母親把孔子父親的墳告訴了他，然後他才把母親的靈柩遷到防山和父親合葬。孔子腰上還繫著孝麻時，季氏舉行宴會款待名士，孔子前往赴宴。陽虎阻攔說：「季氏款待的是名士，不敢讓你入席。」孔子因此退出。
孔子十七歲時，魯大夫孟矨子病重，告誡嗣子懿子說：「孔丘，是聖人的後代，先輩在宋國敗落。他的祖先弗父何當初本是嗣子，讓位給弟弟厲公。等到正考父時，先後輔佐戴公、武公、宣公，三次接受使命一次比一次恭敬，所以鼎的銘文說：『第一次受命時鞠躬而受，第二次受命時彎腰而受，第三次受命時俯身而受，走路時靠牆根而行，也沒有人敢侮慢我。我就用這個鼎煮些麵糊稀粥餬口度日。』他就是這樣的恭謹節儉。我聽說聖人的後代，雖然不一定能當國君執政，但必定會有才德顯達的人出現。如今孔子年少而好禮儀，他不就是要顯達的人嗎？我危在旦夕，你一定要拜他為師。」等到矨子死後，懿子和魯人南宮敬叔便到孔子那裡學禮。這一年，季武子去世，季平子繼位。
孔子家境貧窮而且社會地位低賤。到成年後，曾在季氏門下做管理倉庫的小吏，出納錢糧計量公平準確；又曾擔任管理牧場的小吏，牲畜蕃息。因此，升為管理營建的司空。不久，他離開魯國，在齊國受到排斥，到宋國、衛國遭到驅逐，在陳國、蔡國之間被圍困，於是又返回魯國。孔子身高九尺六寸，人們都稱他為「長人」，而覺得他和一般的人不同。由於魯國再次善待他，所以返回魯國。
魯國人南宮敬叔對魯君說：「請讓我和孔子一塊到周去。」魯君給了他一輛車、兩匹馬、一名童僕，到周去學禮，在那裡見到了老子。告別時，老子送行說：「我聽說富貴的人送別時贈送財物，品德高尚的人送別時贈送言辭。我不是富貴的人，只好冒充品德高尚的人，用言辭為你送別，這幾句話是說：『聰明深察的人常常受到死的威脅，因為他好議論別人的緣故；博學善辯見識廣大的人常常遭受厄困危及自身，因為他好揭發別人罪惡的緣故。做人子女的要忘掉自己去一心想父母，做臣子的要忘掉自己去一心想君王。』」孔子從周返回魯國，門生漸漸多起來。這個時候，晉平公淫亂，六卿專擅朝政，不斷出兵攻打東邊的諸侯；楚靈王的軍隊強盛，經常進犯中原各國；齊是大國靠近魯國。魯國弱小，歸附楚國就惹怒晉國；歸附晉國就招致楚國討伐；對齊國侍奉不周，齊軍就進犯魯國。
魯昭公二十年，孔子大約三十歲了。齊景公和晏嬰來到魯國，景公問孔子說：「從前秦穆公國家小，又處在偏僻的地方，他能稱霸是靠什麼呢？」孔子回答說：「秦國雖然小，但它的志向卻很大；所處地區雖然偏僻，而施政卻很得當。他親自推舉用五張羊皮贖回的百里奚，授予他大夫爵位，把他從拘禁中解救出來，和他深談三天，隨後讓他執掌國政。用這種精神治理國家，就是稱王於天下也能做得到，他稱霸還小了點。」景公聽後很高興。
孔子三十五歲時，季平子和紎昭伯因為鬥雞的緣故得罪了魯昭公，昭公率領軍隊攻打季平子，季平子和孟孫氏、叔孫氏三家聯合攻打昭公，昭公的軍隊敗北，逃亡到齊國，齊國把昭公安置在乾侯。其後不久，魯國發生變亂。孔子來到齊國，做了高昭子的家臣，想通過高昭子的關係接觸景公。他和齊國的樂官談論音樂，聽到《韶》樂，就學起來，三個月竟然嘗不出肉味來，齊國人稱讚他這種專心致志的精神。
景公問孔子如何施政，孔子說：「國君要像國君，臣子要像臣子，父親要像父親，兒子要像兒子。」景公說：「好極了！假如國君不像國君，臣子不像臣子，父親不像父親，兒子不像兒子，即使有很多糧食，我怎麼能吃得著呢？」另一天景公又問孔子施政的原則，孔子說：「施政最重要的是控制支出，節省財力。」景公聽了很高興，打算把尼溪的田地封給孔子。晏嬰勸阻說：「儒者能說會道、圓滑，不能用法來約束他們；高傲自以為是，作為臣下很難駕馭；重視喪禮，竭盡哀情，追求厚葬不惜破產，不能讓這種做法形成風氣；四處遊說求取官祿，不能讓這種人治理國家。自從大賢聖相繼謝世後，周室隨著也衰微，禮崩樂壞已有很長的時間了。如今孔子過分講究儀容服飾，詳訂繁瑣的上朝下朝禮儀，刻意於快步行走的規矩，這些繁文縟節，幾代人都研究不完，一年連禮儀都學不會。君王想用這一套改變齊國的風俗，恐怕這不是引導百姓的好辦法。」後來，景公雖然很有禮貌地接見孔子，但不再向他問禮儀了。有一天，景公慰留孔子說：「給你季氏那樣高的待遇，我做不到。」於是就給孔子以上卿季氏、下卿孟孫氏之間的待遇。齊國的大夫有人想謀害孔子，孔子知道了。景公對孔子說：「我老啦，不能任用你了。」孔子就辭行，返回魯國。孔子四十二歲時，魯昭公在乾侯去世，定公繼位。定公繼位的第五年，夏天，季平子去世，桓子繼位為上卿。季桓子挖井時得到個大肚小口的陶器，裡面有一隻像羊的東西，對孔子謊稱「得到一隻狗」。孔子說：「據我所知是羊。我聽說，山林中的怪獸是單足的『夔』和山精『罔閬』；水中的怪物是『龍』和水怪『罔象』；土中的怪物是雌雄不分的『墳羊』。」
吳國討伐越國，摧毀了越都會稽，得到一節骨頭，長度和車相等。吳國派使臣問孔子：「什麼骨頭最大？」孔子說：「大禹召集群神到會稽聚會，防風氏遲到，大禹就把他殺了陳屍示眾，他的骨頭一節就有車那麼長，這就是最大的骨頭了。」吳使問：「那誰是神呢？」孔子說：「山川的神靈能興雲致雨足以造福天下，負責監守山川按時祭祀的就是神，守衛社稷的就是公侯，他們都歸屬於王者。」吳使問：「防風氏是監守什麼的？」孔子說：「汪罔氏的君長負責監守封山和禺山的祭祀，是矨姓。在虞、夏、商三代叫汪罔，在周代叫長翟，現在叫作大人。」吳使問：「人的身高是多少？」孔子說：「僬僥氏身高三尺，是最矮的。高的不過三丈，數得上最高了。」於是吳使說：「了不起呀聖人！」
季桓子有個名叫仲梁懷的寵臣，和陽虎有怨仇。陽虎想驅逐仲梁懷，公山不狃阻止了他。這年秋天，仲梁懷更加驕橫。陽虎就把他拘捕了。季桓子很生氣，陽虎就把他也關押起來，直到季桓子被迫和陽虎訂立盟約才把他釋放出來。陽虎從此更加輕視季氏。季氏本來也越分凌駕於魯君之上，他的家臣就執掌了國家政權，因此魯國自大夫以下都不守本分，背離了正道。所以孔子不再做官，退出政界，專心研究整理《詩》《書》《禮》《樂》典籍。他的學生很多，直到很遠的地方，無不前來虛心受業。
魯定公八年，公山不狃失寵於季氏，就利用陽虎作亂，打算廢掉季氏、孟孫氏、叔孫氏「三桓」的嫡長子，改立平日為陽虎喜歡的庶子，於是逮捕了季桓子。桓子用計騙他，才逃脫出來。定公九年，陽虎作亂失敗，逃奔齊國。這時，孔子五十歲。
公山不狃憑借費城反叛季氏，派人召孔子去幫忙。孔子探索依循的治國之道已經很久了，卻抑鬱無處施展，沒有人任用他，就說：「當初周文王、武王興起於豐、鎬而建立王業，現在費城雖然小，或許差不多吧！」想應召前去。子路不高興，阻止孔子。孔子說：「他們召我去，難道能讓我白跑一趟嗎？如果重用我，我將在東方推行周朝的禮儀制度啊！」然而最終也沒能去成。後來，定公任命孔子為中都的長官，到任一年，四方的官吏都傚法他的治理辦法。孔子便由中都長官提升為司空，又由司空提升為大司寇。
定公十年春天，與齊國和解。夏天，齊國的大夫黎鉏對景公說：「魯國重用孔丘，觀察他的趨勢，必定會危及齊國。」於是派使臣告訴魯定公舉行友好會盟，約定在夾谷相會。魯定公將毫無戒備地乘車前去會盟。孔子以大司寇的身份兼辦理會盟事務，孔子說：「我聽說辦理文事必須有武備，辦理武事必須有文備。古代諸侯出自己的疆界，一定配備齊全文武官隨從。請你安排左右司馬一起去。」定公說：「好。」就帶了左右司馬隨從。定公在夾谷和齊侯相會。在那裡修建了會盟的土台，台上準備好席位，設有三級登台的台階，兩君以簡略的禮節相見，拱手揖讓登台。雙方饋贈儀式過後，齊國的有司快步上前請求說：「請演奏四方各族的舞樂。」景公說：「好。」於是齊國的樂隊以旌旗為先導，頭戴羽冠，身披皮衣，手執矛、戟、劍、楯等兵器，喧鬧著蜂擁而上。孔子快步上前，一步一個台階，還差一個台階時，舉起袖子一揮，說道：「我們兩國國君友好相會，為什麼讓夷狄的舞樂在這裡現醜，請命令有司叫他們下去！」有司讓樂隊退下，他們不走，左右看看晏嬰和景公的眼色。景公心裡慚愧，揮手讓樂隊下去。不一會，齊國有司快步上前說：「請演奏宮中的樂曲。」景公說：「好。」於是齊國的戲謔藝人和矮小的侏儒邊舞邊唱走上台。孔子快步走上前，一步一個台階，還沒有上最後一個台階，就說：「百姓迷惑戲弄諸侯，論罪當斬！請命令有司去執行！」有司依法執行腰斬，這些人當即手足異處。齊景公大為恐懼，深受觸動，知道自己在道義上不如魯國，回國後非常恐慌，告訴他的群臣說：「魯國的大臣用君子的道理輔佐他的國君，而你們卻用夷狄的辦法教我，使我得罪了魯國的國君，這該怎麼辦呢？」有司上前回答說：「君子有過借，就用實際行動向人家道歉認錯；普通人有過錯，就用花言巧語謝罪。君子如果痛心，就用具體行動賠不是。」於是齊景公就把侵佔的鄆、汶陽、龜陰土地歸還給魯國，以此向魯國道歉。
定公十三年夏天，孔子對定公說：「大臣不准收藏武器，大夫的封邑不准營建高一丈長三百丈的城牆。」於是就派仲由去當季氏的管家，打算拆掉季孫、孟孫、叔孫三家封邑的城牆。這時，叔孫氏先把紎邑的城牆拆了。季孫氏將要拆毀費邑的城牆，公山不狃和叔孫輒率領費邑的人襲擊魯國。定公和季孫、孟孫、叔孫三人進入季氏的住宅，登上季孫武子的高台。費邑人進攻他們，沒有打進去，但有人已逼近定公的台側。孔子命令申句須、樂頎下台反擊費人，費人敗退。魯國人乘勝追擊，在姑蔑把他們打敗。公山不狃和叔孫輒逃奔齊國，就把費邑的城牆拆了。接著準備拆毀成城，成城的長官公斂處父對孟孫說：「拆毀了成邑的城牆，齊國人必將進逼我們的北大門。況且成城是孟氏的屏障，沒有成城也就沒有孟氏了。我不打算拆毀它。」十二月，定公率軍圍攻成城，沒有攻下來。
定公十四年，孔子五十六歲，他由大司寇代理丞相職務，臉上流露出喜悅的神色。弟子說：「聽說君子大禍臨頭不恐懼，大福來到不喜形於色。」孔子說：「有這個話。但不是還說『樂在身居高位而禮賢下士』嗎？」於是就把擾亂政治的魯國大夫少正卯殺了。孔子參與國政三個月，販賣豬、羊的商人不敢哄抬物價；男女都分路行走；掉在路上的東西沒有人撿拾；四方的旅客來到魯國的城邑，不必向有司求情送禮，都給予接待和照顧，直到他們滿意而歸。齊國聽到這個消息感到害怕，有人說：「孔子主持政治，魯國一定會稱霸，一旦稱霸，我國離它最近，我們會先被吞併。何不先送給它一些土地呢？」黎鉏說：「請先試著阻止它強大，如果阻止不成，再送給它土地，難道算遲嗎？」於是從齊國挑選了八十名漂亮的少女，都穿上華麗的衣服，並會跳《康樂》舞，還有身帶花紋的馬三十駟，一併送給魯君。齊國先把女樂和紋馬彩車安置在魯城南邊的高門外。季桓子身穿便服再三前去偷看，打算接受，就告訴魯君外出巡遊，以此為名，整天在城南觀賞齊國的美女、紋馬，連國家的政事都懶得管了。子路見此情形，說：「先生，我們可以離開這裡了。」孔子說：「魯國現在就要郊祭，如果能按禮法把祭肉分給大夫，那麼我們還可以留下來。」季桓子終於接受了齊國送的美女，一連三天不過問政務；郊祭結束，又沒有把祭肉分給大夫們。孔子於是離開魯國，在屯地住宿過夜。魯國的師己趕來送行，說：「先生是沒有罪過的。」孔子說：「我唱首歌可以嗎？」於是唱道：「那些婦人的口，可以把大臣趕走；親近那些婦人，可以使人國破身亡。悠閒啊悠閒啊，我只有這樣安度歲月！」師己返回，桓子問：「孔子說了些什麼？」師己照實告訴。桓子長歎一聲說：「先生是怪罪我接受齊國那一群女樂隊的緣故啊！」
孔子於是到了衛國，住在子路大舅子顏濁鄒家裡。衛靈公問孔子說：「在魯國的俸祿是多少？」孔子回答說：「俸粟六萬小鬥。」衛國也給他俸粟六萬小鬥。居住不久，有人對衛靈公誹謗孔子。靈公就派公孫余假帶兵仗監視孔子的出入。孔子害怕無端獲罪，居住了十個月，便離開衛國。將要去陳國，路過匡城，弟子顏刻趕車，他用馬鞭指著城牆的一處說：「從前我來這個城，是由那個缺口進去的。」匡地人聽說，誤以為是魯國的陽虎。陽虎曾經殘害過匡地人，於是匡地人圍困了孔子。孔子的長相頗似陽虎，所以被困了整整五天。顏淵後來趕到，孔子說：「我以為你死了。」顏淵說：「老師還健在，顏回怎麼敢死！」匡地人圍困孔子越來越急，弟子們都很害怕。孔子說：「周文王已經死了，周代的禮樂制度不是在我們這裡嗎？上天如果要毀滅這種制度，就不應該讓後死的人認識和承擔維護它的責任。天意既然沒有要毀滅這種制度，匡地人又能對我怎麼樣？」孔子派隨從向衛國寧武子稱臣，然後才得脫離險境。
離開匡城，孔子來到蒲地，一個多月後，又返回衛國，住在蘧伯玉的家裡。衛靈公有個叫南子的夫人，派人對孔子說：「各國的君子凡是看得起我們國君，想和我們國君建立兄弟情義的，必定來會見我們夫人。夫人願意會見你。」孔子開始推辭，最後不得已才去見她。南子夫人在細葛布帷帳中等待，孔子進門，面北跪拜行禮。夫人在帷帳中兩次回拜答禮，她披戴的環珮玉器首飾撞擊出清脆的丁當聲。事後孔子說：「我本來不願意見她，既然見了，就要按禮節行事。」子路還是不高興。孔子發誓說：「假如我做得不對，上天一定厭棄我！上天一定厭棄我！」在衛國住了一個多月，靈公和夫人同坐一輛車，宦官雍渠陪侍在車右，出宮後，讓孔子乘坐第二輛車跟隨，大搖大擺地從市上走過。孔子說：「我沒有見過喜好德行能像喜好美色那樣的人。」於是對靈公的作為感到厭惡，便離開衛國，到曹國去。這一年，魯定公去世。孔子離開曹國到了宋國，和弟子在大樹下演習禮儀。宋國的司馬桓魋想殺害孔子，就把大樹砍了。孔子只好離去。弟子催促說：「可以快點走了。」孔子說：「上天既然賦予我傳播道德的使命，桓魋能把我怎麼樣！」
孔子到達鄭國，與弟子走散了，孔子一個人站在外城的東門。鄭國有人對子貢說：「東門有個人，他的額頭像堯，他的脖子像皋陶，他的肩膀像子產，然而從腰部以下比禹短三寸，狼狽得像一隻喪家犬。」子貢如實地告訴孔子。孔子高興地說：「他形容我的相貌，這無關緊要。要說我像一隻喪家犬，真是這樣啊！真是這樣啊！」
孔子到達陳國，住在司城貞子的家裡。過了一年多，吳王夫差率軍攻打陳國，奪取了三座城邑才撤軍。趙鞅攻打朝歌。楚軍圍攻蔡國，蔡國遷都到靠近吳的地區。吳王在會稽打敗了越王勾踐。
一天，許多只隼落到陳國宮廷，死在那裡，有眓木做的箭貫穿鳥身，箭頭是石製的，箭長一尺八寸。陳盡公派使臣問孔子。孔子說：「隼是從遙遠的地方飛來的，這箭是肅慎部族的箭。從前周武王滅商後，溝通了和九夷百蠻各少數民族的聯繫，讓他們各自貢獻地方特產，叫他們不要忘記自己的職責和義務。於是肅慎族貢獻眓木桿石箭頭的箭，長一尺八寸。周武王為了顯示他臣服遠方的功德，就把肅慎獻的箭分給長女大姬，大姬嫁給了虞胡公，後來就把胡公分封在陳國。那時把珍寶玉器分贈給同姓諸侯，表示重視親族；把遠方的貢品分贈給異姓諸侯，使他們不忘服從王命。所以把肅慎獻的箭分給了陳國。」陳盡公派人試著到收藏貢物的倉庫查找，果然找到了這種箭。
孔子在陳國住了三年，正巧遇上晉、楚爭霸，兩國輪番討伐陳國，至於吳國也侵犯陳國，陳國時常遭受侵襲。孔子說：「回去吧！回去吧！我家鄉的弟子志向遠大，只是行事疏闊一些，他們有進取心，沒有忘記自己的初衷。」於是孔子離開陳國。
經過蒲地時，剛好遇上公叔氏憑據蒲地反叛，蒲人就扣留了孔子。弟子中有個叫公良孺的，自己帶著五輛車隨孔子周遊各地。他身材高大，有才德，有勇力，對孔子說：「我從前隨先生在匡地遇到危難，現在又在這裡遇到危難，這是命裡注定的吧？我和先生一再遭受災難，寧願搏鬥而死。」拚搏十分激烈。蒲地人害怕，對孔子說：「如果你們不去衛國，我就放你們走。」孔子和蒲地人訂立了盟約，他們放孔子從東門出去。孔子於是到了衛國。子貢說：「盟約可以違背嗎？」孔子說：「受脅迫簽訂的盟約，神靈是不會認可的。」
衛靈公聽說孔子來，非常高興，親自到郊外迎接。靈公問道：「蒲可以討伐嗎？」孔子回答說：「可以。」靈公說：「我的大夫們認為不可以。因為現在的蒲地，是防禦晉、楚的屏障，用衛國的兵討伐它，恐怕不可以吧。」孔子說：「蒲地的男子有誓死效忠衛國的決心，婦女有保衛這塊西河土地的願望。我所說要討伐的，只不過是四五個叛亂的頭目。」靈公說：「好。」然而卻沒有派兵討伐蒲地的叛亂。
靈公年老，自己懶得處理政務，也不用孔子。孔子感慨地歎氣說：「如果有人用我主持國政，一年就可以變樣，三年就會大見成效。」孔子只好離去。
佛筭做中牟邑的長官。趙簡子進攻范氏、中行氏，討伐中牟。佛筭反叛趙簡子，派人召請孔子。孔子想前往。子路說：「我聽先生說過，『親身做壞事的人那裡，君子是不去的』。現在佛筭自己佔據中牟反叛，先生想前去，這是為什麼呢？」孔子說：「是有這樣的話。但我不是也說過堅硬的東西，是磨不薄的；不是也說過潔白的東西，是染不黑的。我難道是中看不中吃的瓠瓜嗎？怎麼只能掛著不給人吃呢？」
孔子敲擊磬，有一個身背草筐的人從門前經過，說：「有心思啊，這個敲磬人！磬敲得丁丁當當直響，既然沒人賞識自己，那就算了吧！」孔子向師襄子學彈琴，一連十天沒學新曲子。師襄子說：「可以學習新曲了。」孔子說：「我已經熟習曲子了，但還沒有掌握彈奏的要領。」過了些時候，師襄子說：「你已經掌握了彈奏的要領，可以換新曲子了。」孔子說：「我還沒有領會到樂曲蘊藏的志向。」過了些時候，師襄子說：「你已經掌握了樂曲的志向，可以換新曲子了。」孔子說：「我還沒有體察出曲作者是什麼樣的人。」過了些時候，孔子肅穆深思，隨後又心曠神怡，顯出視野寬廣、志向高遠的神態，說：「我體察出曲作者是什麼樣的人了，他的皮膚黝黑，身材高大，目光明亮而高瞻遠矚，好像統治四方諸侯的王，除了周文王誰能夠如此呢！」師襄子離開座位向孔子拜了兩拜，說：「我老師原先說過，這首曲子叫《文王操》。」
孔子既然不被衛君重用，打算西去會見趙簡子。到達黃河岸邊，聽到竇鳴犢、舜華被殺的消息，面對黃河歎氣說：「壯美的黃河水，浩浩蕩蕩盛大異常！我所以不能渡過黃河，也是命運吧！」子貢快步上前問：「冒昧地請問，這話是什麼意思？」孔子說：「竇鳴犢、舜華，是晉國有才德的大夫。在趙簡子還沒有得志時，需要依靠這兩個人然後才能掌握政權；等到他得志以後，竟然殺了他們才執掌政權。我聽說過，剖腹取胎、殺害幼獸，麒麟就不會到郊外來；排干池水捉魚，蛟龍就不肯調和陰陽、興雲致雨；傾覆鳥巢毀壞鳥卵，鳳凰就不願來這裡飛翔。為什麼呢？君子忌諱殺害他的同類。鳥獸對於不義的行為尚且知道躲避，更何況我孔丘呢！」於是便回到老家陬鄉休養，創作了《陬操》琴曲以哀悼竇鳴犢、舜華兩位賢大夫。而後又返回衛國，住在蘧伯玉家裡。
有一天，衛靈公詢問打仗列陣的事，孔子說：「祭祀的事曾經聽說過，排兵佈陣的事未曾聽說過。」第二天，靈公和孔子談話時，看見雁群飛翔，就抬頭仰望雁群，神色不在孔子身上。孔子於是離開衛國，又到陳國。這年夏天，衛靈公去世，他的孫子輒繼位，這就是衛出公。六月，趙鞅把流亡在外的衛靈公的太子蒯聵送到戚邑。趙鞅指使陽虎讓太子蒯聵身穿孝服，又讓八個人披麻帶孝，偽裝成從衛國來迎太子回去奔喪的樣子，哭著進入戚邑，因為沒有成功就住在了戚邑。冬天，蔡國遷都到州來。這一年是魯哀公三年，孔子已經六十歲了。齊國幫助衛國攻打戚邑，因為太子蒯聵在這裡的緣故。
同年夏天，魯桓公、矨公的廟失火，南宮敬叔去救火。孔子在陳國，聽到魯廟失火的消息，說：「火災一定在桓公、矨公的廟吧？」不久得到證實，果然如他所說的一樣。
到了秋天，季桓子病重，乘輦車望見魯城，長歎一聲說：「從前這個國家幾乎強盛起來，因為得罪了孔子，所以沒有強盛起來。」回頭對他的繼承人季康子說：「我要是死了，你必然會當魯國的丞相。當丞相後，一定召回仲尼。」幾天後，季桓子去世，季康子繼承了他的職位。辦完喪事，季康子想召仲尼回來。公之魚說：「從前我們先君用他沒有善終，最後招致諸侯恥笑。現在又任用他，如果仍然半途而廢，是會再次被諸侯恥笑的。」康子說：「那麼召誰合適呢？」公之魚說：「一定召冉求。」於是派人去召冉求。冉求準備前往。孔子說：「魯國派人召回冉求，不會小用，將會重用他。」就在這一天，孔子說：「回去吧！回去吧！我家鄉的這些弟子志向高遠而行事疏闊，他們富於文采，我真不知道從何處下手教育他們。」子貢知道孔子思歸，送冉求時，叮囑過「你如果被重用了，設法把孔子招回去」的話。
冉求離去以後，第二年，孔子從陳國移居到蔡國。蔡昭公打算去吳國，是吳國召他去的。以前昭公欺騙大臣遷到州來，這次前往，大夫們害怕再次遷都，公孫翩就在路上把昭公射死了。楚國進犯蔡國。秋天，齊景公去世。
第二年，孔子從蔡國到葉邑。葉公向孔子問政治，孔子說：「為政在於招納遠方的賢人，使近處的人歸服。」有一天，葉公向子路問孔子的情況，子路拒絕回答。孔子知道這件事後，說：「仲由，你為什麼不回答說『他這個人，學習道理從來不知道疲倦，教導別人從來不知道厭煩，發憤學習時忘記吃飯，快樂時忘記憂愁，以致不知道衰老將要到來罷了』。」離開葉邑，返回蔡國。路上遇見長沮、桀溺並肩耕作，孔子認為他們是隱士，就讓子路前去打聽渡口在哪裡。長沮說：「車上那位拉著韁繩的人是誰？」子路說：「是孔丘。」長沮說：「是魯國的孔丘嗎？」子路說：「是啊。」長沮說：「他該知道渡口在哪裡了。」桀溺問子路說：「你是誰？」子路說：「我是仲由。」桀溺說：「那你是孔丘的門徒嗎？」子路說：「是啊。」桀溺說：「天下到處都動盪不安，誰能改變這種局勢呢？況且你跟隨為躲避暴君亂臣的人到處奔波，還不如跟我們為躲避亂世而隱居呢！」說完繼續幹起活來。子路如實告訴孔子，孔子失望地說：「我們不能居住在山林裡和鳥獸同群，要是天下太平，我孔丘也就不用為改變這種局面四處奔波了。」
另一天，子路一人行走，遇見肩負除草器具的老農，說：「你見到我的老師嗎？」老農說：「你們這些人四肢不勞動，五穀辨認不清，誰是老師我怎麼知道！」拄著枴杖拔起草來。子路把事情的經過告訴孔子，孔子說：「他是位隱士。」等子路回去找時，老農已經走了。
孔子遷居到蔡國的第三年，吳國討伐陳國。楚國發兵救陳國，軍隊駐紮在城父。聽說孔子住在陳、蔡邊界上，楚國就派專人去聘請孔子。孔子準備應聘前往答禮，陳、蔡的大夫暗中商議說：「孔子是有才德的賢人，他所譏諷的無不切中諸侯的弊病。如今他久居陳、蔡之間，大夫們的施政方針，都不合仲尼的意思。如今的楚國，是個大國，卻來聘請孔子。如果孔子被楚國重用，那麼陳、蔡掌權的大夫就危險了。」於是兩國派遣服勞役的人把孔子圍困在野外。孔子無法行動，糧食已經斷絕，隨從的弟子餓病了，都無精打彩。但孔子卻照樣不停地給弟子講學、誦詩、唱歌、彈琴。子路面帶怒色地見孔子說：「君子也有困窘的時候嗎？」孔子說：「君子面對困窘仍能堅守節操不動搖，小人遇到困窘那就什麼事都可能幹得出來。」
子貢氣得臉色都變了。孔子說：「賜啊，你認為我是博學強記的人嗎？」子貢說：「是啊。難道不是嗎？」孔子說：「不是的。我是用一種基本原則把全部知識貫穿起來的。」
孔子知道弟子們心懷憤怒，於是叫子路問道：「詩》說『不是犀牛也不是虎，它卻徘徊在曠野上』。難道我們的學說不對嗎？我們為什麼會落到這種田地呢？」子路說：「想必是我們的仁德還不夠吧？所以人家不信任我們；想必是我們的智謀還不夠吧？所以人家不放我們走。」孔子說：「有這樣的道理嗎！仲由，假如有仁德的人必定受人信任，怎麼會有伯夷、叔齊餓死在首陽山呢？假如有智謀的人就能夠暢通無阻，怎麼會有王子比干被剖心呢？」
子路出去，子貢進來相見。孔子說：「賜啊，《詩》說『不是犀牛也不是虎，它卻徘徊在曠野上』。難道我們的學說不對嗎？我們為什麼落到這種田地呢？」子貢說：「先生的學說博大到極點了，所以天下沒有哪個國家能容納先生。先生何不稍微降低點要求呢？」孔子說：「賜，有經驗的農民雖然會種莊稼，但卻不能保證准有收穫；好的工匠雖然手藝精巧，但他製造的器具未必能令人人稱心如意。君子能夠研修自己的學說，就像結網先有綱一樣，然後依序疏理結紮，但不一定為社會所容納。現在你不去研修自己的學說，反而想降低標準求人容納。賜，你缺乏遠大的志向啊！」
子貢出去，顏回進來相見。孔子說：「回，《詩》說『不是犀牛也不是虎，它卻徘徊在曠野上』。難道我們的學說不對嗎？我們為什麼落到這種田地呢？」顏回說：「先生的學說博大到極點了，所以天下沒有哪個國家能容納先生。雖然這樣，先生還要推行自己的學說，不被天下容納又有何妨。不被容納，然後才顯現出君子的本色！學說得不到研修提高，那才是自己的恥辱。至於研修成的學說不被採用，那是國家當權者的恥辱。不被採納有什麼關係呢？不被採納，然後才顯現出君子的本色！」孔子欣慰地笑著說：「是這樣啊，顏家的子弟！假使你成了大富翁，我願意做你的管家。」於是派子貢到楚國。楚昭王派軍隊迎接孔子，這才從窘境中解脫出來。
楚昭王想把有戶籍登記的七百里地封給孔子。楚國的令尹子西說：「大王派往諸侯國的使臣，有像子貢這樣的嗎？」昭王說：「沒有。」子西說：「大王的輔佐丞相，有像顏回這樣的嗎？」昭王說：「沒有。」子西問：「大王的將帥，有像子路這樣的嗎？」昭王說：「沒有。」子西問：「大王的各主事官員，有像宰予這樣的嗎？」昭王說：「沒有。」子西接著說：「況且楚國的始祖從周天子受封時，封號才是子男爵，土地只有五十里。如今孔子講述三皇五帝的治國方法，申明周公、召公輔佐周天子的事業，大王如果任用他，那麼楚國還能保住世世代代統治方圓數千里的土地嗎？當初周文王在豐，周武王在鎬，從統轄百里的君王，最終稱王天下。現在孔丘如果擁有七百里土地，又有眾多的賢能弟子輔佐，這不是楚國的福音。」昭王於是打消了原來的想法。這年秋天，楚昭王死在城父。
楚國裝狂的接輿，一天唱著歌經過孔子的車旁邊，說：「鳳凰啊，鳳凰啊，你的學說和道德為什麼如此不受重視！過去的已經不能挽回，未來的還可以追求。算了吧，算了吧！現在從政的人都很危險啊！」孔子趕快下車，想和他談談，但他卻快步走了，沒能和他交談。於是孔子從楚國返回衛國。這一年，孔子六十三歲，是魯哀公六年。
第二年，吳國和魯國在繒會盟，吳國要求魯國提供百牢祭品。吳太宰嚭召見季康子。季康子派子貢前去交涉，然後吳國才放棄違禮的索求。
孔子說：「魯國、衛國的政治，同兄弟一樣相似。」這時，衛出公輒的父親蒯聵沒能繼位，流亡在外，諸侯對此事屢加指責。而孔子的弟子很多人在衛國做官，衛君輒想讓孔子來執掌政事。子路說：「衛君等待先生前去執政，先生打算先抓什麼呢？」孔子說：「一定要先正名分！」子路說：「有這樣的事嗎，先生太迂闊了，為什麼要正名呢？」孔子說：「魯莽啊，仲由！名分不正說話就不順耳，說話不順耳就辦不成事，辦不成事禮樂就不能興盛，禮樂不興盛刑罰就不會準確適度，刑罰不準確適度百姓就會手足無措。君子辦事必須符合名分，說話必須切實可行。君子對於自己說的話，應該毫不苟且不馬虎才行啊。」
次年，冉有為季氏統率軍隊，和齊國在郎地作戰，打了勝仗。季康子說：「先生的軍事才能，是學來的呢？還是天生的呢？」冉有說：「從孔子那裡學來的。」季康子說：「孔子是什麼樣的人呢？」冉有回答說：「用他必須有正當的名分，讓他把德政傳播給百姓，這樣做即使對質於鬼神也沒有遺憾。如果讓孔子像冉求我一樣去打仗，即使封給他千社，先生也不會幹的。」季康子說：「我想召他回來，可以嗎？」冉有回答說：「如果你想召他回來，只要不讓小人從中阻礙他，就可以了。」這時衛國孔文子想攻打太叔，向仲尼問計策。仲尼推辭不懂軍事，回去他當即命令備車離開衛國，說：「鳥能選擇樹木棲息，樹木怎麼能選擇鳥呢？」孔文子堅決挽留他。正巧季康子使公華、公賓、公林，攜帶厚禮迎接孔子，孔子就回魯國去了。
孔子離開魯國共經歷十四年才返回魯國。
魯哀公向孔子問政事，孔子回答說：「為政最重要的是選擇大臣。」季康子向孔子問政，孔子說：「推舉正直的人，拋棄心術不正的人，這樣心術不正的人也會慢慢變為正直的人。」季康子憂慮盜竊，孔子說：「如果你自己沒有貪慾，就是給予獎賞，也不會去偷盜。」然而魯國最終沒能重用孔子，孔子也不追求官位。
孔子的時代，周室衰微，禮崩樂壞，《詩》《書》殘缺不全。於是孔子追溯夏、商、週三代的禮儀制度，刪釋《書傳》，上起唐堯、虞舜之際，下至秦繆公，依照順序整理編排。他說：「夏代的禮儀制度我還能講述，只是夏代的後繼杞國沒有足夠的文獻證實這些制度。殷代的禮儀制度我還能講述，只是殷代的後繼宋國沒有足夠的文獻證實這些制度。如果杞國、宋國的文獻充足，我就能以充分的依據證實這些制度了。」孔子考察了殷代對夏代禮樂制度的增減後，說：「雖然往後一百代，增減的情形也可以預知，因為一是重視文采，一是重視質樸。周代的禮儀制度是借鑒夏、殷兩代的禮儀制度制定的，多麼豐富多彩呀！我遵從周代的禮儀制度。」所以，《書傳》《禮記》是孔子編定的。
孔子對魯國的樂官太師說：「音樂的演奏規律是可以通曉的。開始演奏時，五音要協調一致，接下去節奏要和諧，聲音要清脆，連續不斷地演奏，這樣，直到整首曲子完成。」又說：「我從衛國返回魯國，然後開始考訂殘缺的詩樂，使《雅》《頌》都能配上原有的曲調。」
古代留傳下來的《詩》有三千多篇，到孔子時把重複的刪掉，選取可以用於禮儀教化的，上采自殷代的始祖契、周代的始祖後稷，中述說殷、周兩代的盛世，直到周幽王、周厲王的政治缺失，而開頭第一篇則是敘述男女夫婦關係和感情的詩，所以說：「關雎》篇作為《風》的開始，《鹿鳴》篇作為《小雅》的開始，《文王》篇作為《大雅》的開始，《清廟》作為《頌》的開始。」三百零五篇詩孔子都配樂歌唱，以求合於《韶》《武》《雅》《頌》樂曲的音調。先王的禮樂制度從此才恢復了舊觀而得以稱述，王道完備了，並完成了《詩》《書》《禮》《樂》《易》《春秋》六藝的編修。
孔子晚年喜歡鑽研《易》，並詳細解釋《彖》《系》《象》《說卦》《文言》等篇。他讀《易》卷不釋手，以致把串聯竹簡的皮繩磨斷了三次。他說：「再讓我多活幾年，要是這樣，我對《易》的文辭和義理就能充分掌握了。」
孔子用《詩》《書》《禮》《樂》作教材，就讀的弟子大約有三千人，其中精通六藝的達七十二人。至於像顏濁鄒那樣的人，多方面受到孔子的教誨而不在七十二人之列的弟子非常多。
孔子教育弟子注重抓四個方面：學問、言行、忠恕、信義。他要弟子嚴格執行四禁：不揣測、不武斷、不固執、不自以為是。他認為應該謹慎處理的是：齋戒、戰爭、疾病。孔子很少談利，如果談利，就和命運、仁德聯繫起來。孔子授課，不到弟子難得發急時，不去啟發開導他；不能舉一反三、觸類旁通，就不再講授新課。
孔子在自己的家鄉，謙恭得像個不善言談的人。他在宗廟祭祀和朝廷議政時，卻言辭明晰通達，滔滔不絕，但很恭謹小心。上朝時，和上大夫交談，態度和氣，中正自然；和下大夫交談，理直氣壯，和樂輕鬆。進入國君的宮門，就保持低頭彎腰的恭敬姿勢；快到國君跟前時小步快行，兩臂後伸，恭敬有禮。國君命他迎接賓客，表情十分莊重認真。國君召見，不等車駕備好，就先出發了。
魚不新鮮，肉已變味，或不按規矩切割，孔子都不吃。席位不正，就不坐。在有喪事的人旁邊吃飯，從來不吃飽。
在一天裡哭泣時，就不唱歌。看見穿喪服的人和盲人，即便是小孩，必定改變面容以示悲慼同情。
孔子說：「三個人同行，其中必有可以做我老師的。」又說：「道德的不修明，學業的不探求，聽到正義的事情不能前往學習，對於缺點錯誤不能馬上改正，這些都使我憂慮。」請人唱歌，如果唱得好，就請人再唱一遍，然後自己也跟著一塊唱。
孔子不談論：怪異、暴力、淫亂、鬼神。
子貢說：「先生在文獻方面成就卓著，我們是知道的。先生講的天道與人生命運的深奧見解，我們就不知道了。」顏淵感慨地說：「對老師的學問越敬慕，越覺得它無比崇高。鑽究越深，越覺得它堅實深厚。看見它在前面，忽然間又在後面了。先生善於循序漸進地誘導人，用典籍文章豐富我的知識，用禮儀道德規範我的言行，使我想停止學業都不可能。已經竭盡了我的才力，好像有所收穫，而老師的學問卻依然高立而不可及。雖然我想追趕上去，卻不可能追得上。」達巷這個地方的黨人對我說：「偉大啊孔子，他博學多才卻不專一名家。」孔子聽到這些話後說：「我要專於什麼呢？是專趕車？還是專於射箭呢？我還是專於趕車吧。」子牢說：「老師曾說『因為沒被世主所用，所以才有閒功夫學了許多技藝』。」
魯哀公十四年春天，在大野地方狩獵。給叔孫氏趕車的8商獵獲了一頭怪獸，他們認為這是不祥的兆頭。孔子看見它，說：「這是麒麟。」於是將它取走了。孔子說：「黃河上再不會看見神龍背著圖出現，洛水再不會看見神龜背著洛書出現，我的命就快完啦！」
顏淵死後，孔子說：「這是天老爺要我死啊！」等到去西邊狩獵見到麒麟，說：「我的主張到頭了！」感慨地說：「沒有人能瞭解我了！」子貢說：「為什麼沒有人知道老師呢？」孔子說：「我不抱怨天，也不怪罪人。下學人事，上通天理，知道我的只有上天啦！」
孔子說：「不降低自己的志向，不使自己的人格受侮辱，只有伯夷、叔齊兩個人吧！」又說：「柳下惠、少連降低了志向，使自己的人格受到侮辱。」又說：「虞仲、夷逸隱居，不言世事，行為合於清高純潔，自我廢棄合於權變。」「我和他們就不同了，既沒有絕對的可以，也沒有絕對的不可以。」
孔子說：「不是嗎！不是嗎！君子最怕的是死後不能流芳百世。我的主張不能實行，我靠什麼貢獻給後人留下好名聲呢？」於是根據魯國的史記作了《春秋》一書，上起魯隱公，下至魯哀公十四年，記載了魯國的十二公。以魯國為中心記述，尊奉周王為正統，借鑒殷代的舊制度，上推繼承三代的法統。文辭簡約而旨意廣博。所以吳、楚國君自稱為王，《春秋》貶稱他們為子爵；踐土會盟，實際是晉君召周王去的，而《春秋》卻避諱說：「周王巡狩來到河陽。」依此類推，《春秋》以此為準繩，褒貶當時的人和事。後代有的國君加以倡導推廣，使《春秋》的義法通行，那樣天下的亂臣奸賊就會感到恐懼了。
孔子任職期間審理訴訟案件，文辭上如有可和別人商議之處，絕不獨自決斷。至於寫《春秋》，該寫就寫，該刪就刪，就連子夏這些長於文字的弟子，一個字都不能增刪。弟子們學習《春秋》，孔子說：「後世人知道我孔丘的因為《春秋》，怪罪我孔丘的也因為《春秋》。」第二年，子路死在衛國。孔子病了，子貢請求探望他。孔子正拄著枴杖在門口悠閒地散步，說：「賜，你為什麼來這麼晚啊？」孔子因而歎息，隨即唱道：「泰山要倒塌了！樑柱要折斷了！哲人要凋謝了！」因而落下了眼淚。對子貢說：「天下失去常道已經很久了，沒有人能遵循我的主張。夏人死了棺木停放在東台階，周人死了棺木停放在西台階，殷人死了棺木停放在廳堂的兩柱中間。昨晚我夢見自己坐在兩柱中間受人祭奠，我原本就是殷人啊。」過了七天，孔子就死了。
孔子享年七十三歲，在魯哀公十六年四月己丑日去世。
魯哀公為他作的悼辭說：「老天爺不仁慈，不肯留下這位老人，使他丟下我一個人在位，我既孤獨又傷痛。啊！多麼悲痛！尼父，我顧不得用禮法約束了！」子貢說：「魯君難道他不能終老於魯國嗎？先生的話說：『禮法喪失就會昏亂，名分喪失就會出現過失。喪失意志就會昏亂，失去所宜就會出現過失。』生前不能重用，死後寫祭文哀悼他，這是不合禮法的。以諸侯自稱『余一人』，是不合名分的。」
孔子埋葬在魯城北的泗水岸邊，弟子們都服喪三年。三年心喪完畢，相互告別而去，大家相對哭泣，各又盡哀；有的又留了下來。只有子貢在墓旁搭了一間小屋，守墓共六年，然後才離去。弟子們與魯國的其他人，前往墓地居住的一百多家，因而把這裡命名叫「孔裡」。魯國世世代代相傳，每年按時到孔子墓地祭拜，而儒生們也在孔子墓地講習禮儀，舉行鄉飲、射箭等活動。孔子的墓地有一頃大。孔子故居的堂屋及弟子們居住的內室，後來就改成廟，收藏孔子用過的衣冠、琴、車、書籍等物，直至漢代二百餘年沒有廢棄。高皇帝劉邦經過魯地，用太牢禮祭祀孔子。諸侯卿相一到任，常常先去拜謁孔子墓，然後才去處理政務。
孔子生了鯉，字伯魚。伯魚享年五十歲，比孔子死得早。
伯魚生了伋，字子思，享年六十二歲。曾受困於宋國。子思作了《中庸》。
子思生了白，字子上，享年四十七歲。子上生了求，字子家，享年四十五歲。子家生了箕，字子京，享年四十六歲。子京生了穿，字子高，享年五十一歲。子高生了子慎，享年五十七歲，曾做過魏國的丞相。
子慎生了鮒，享年五十七歲，做過陳勝王的博士，死在陳縣。
鮒的弟弟子襄，享年五十七歲。曾做過漢孝惠帝的博士，後提升為長沙太守。他身高九尺六寸。
子襄生了忠，享年五十七歲。忠生了武，武生了延年和安國。安國為當今孝武皇帝的博士，官至臨淮太守，短壽早死。安國生了卬，卬生了驩。
太史公說：《詩》裡有這樣的話：「像高山一樣令人瞻仰，像大道一樣使人遵循。」雖然我不能達到這種境界，然而心裡卻嚮往這種境界。我讀了孔子的書，可以想見他的為人。到魯地，參觀仲尼的廟堂、車服、禮器，目睹了儒生們按時在孔子舊宅演習禮儀的情景，我懷著敬仰的心情留戀不願離去。天下的君王直至賢人很多，當他們活著時榮耀顯赫，一旦去世就煙消雲散了。
孔子是布衣平民，他的名聲和學說流傳十幾代，學者仍然尊他為宗師。從天子到侯王，全中國談六藝的人，都把孔子的學說看做是判斷衡量的最高標準，可以說孔子是至高無上的聖人了。