隆慶六年五月庚戌，二十六日。穆宗崩。是日傳遺詔，以馮保為司禮監。初保提督東廠，兼掌御馬監事。時司禮掌印缺，保以次當得之，而閣臣高拱獨薦陳洪，及洪罷，復薦孟沖，保以是怨拱。是時司禮之缺猶懸於閣臣之推薦與否，隆慶時閹權已較重於嘉靖間，然用否繫於首輔之一言，相權固重於閹權也。自張居正欲傾拱而假閹為用，由此閹更鴟張。保以怨拱之故，乃與次輔居正深相結。初拱與居正相友善，並先後人閣。拱方修故輔徐階鄭，嗾言路追論不已，階諸子多坐罪。居正從容為拱言，拱稍心動，而拱客構居正納階子三萬金，拱以誚居正，居正色變，指天誓，詞甚苦，拱謝不審，兩人交遂離。會帝不豫，居正欲引保以為內助。帝疾再作，居正處分十餘事，使小吏投保，拱知而跡之，吏已人，拱恚甚，面詰居正曰：「密封謂何？天下事不以屬我曹而屬之內豎，何也？」居正面發赤，乾笑而已。帝崩於卯刻，忽巳刻斥司禮監孟沖而以保代之。禮科給事中陸樹德言：「先帝甫崩，忽有此詔，果先帝意，何不傳示數日前，乃在彌留後？果陛下意，則哀痛方深，萬幾未御，何暇念中官？」疏人不報。
六月甲子，初十日。太子翊鈞即位，以明年為萬曆元年。詔祀建文朝盡節諸臣於鄉，有苗裔恤錄。又建表忠祠於南京，祀徐輝祖、方孝孺等。庚午，十六日。高拱罷。馮保既掌司禮監，又督東廠，總理內外，勢益張。帝登極時，保升立御座旁不下，舉朝大駭。拱以主上幼沖，中官專政，條奏請絀司禮權，還之內閣。又命給事中雒遵、程文合疏攻保，而己從中擬旨逐之。使人報張居正，居正陽諾之，而私以語保，保訴於太后，謂拱擅權蔑視幼君，太后頷之。至是，召群臣人，宣兩宮及上詔。拱意必逐保也，亟趨人，比宣詔，則數拱罪而逐之。拱伏地不能起，居正掖之出，僦騾車出宣武門。居正乃與高儀請留拱，弗許；請得乘傳，許之。拱既去，於是居正遂為首輔。七月，尊皇后為仁聖皇太后，貴妃李氏為慈聖皇太后。舊制：天子立，尊皇后為皇太后，若有生母稱太后，則加徽號以別之。是時馮保媚帝生母，風居正以並尊，居正不能違。慈聖移居乾清宮，撫視帝，內任保，而大柄悉委居正。萬曆元年正月，妖人王大臣之獄起。大臣者，浙中傭奴，以浮蕩人都，與宮中小豎交暱，竊其牌帽巾服人乾清宮，為守者所執，詔下東廠究問，馮保欲緣此陷故輔高拱，令家人辛儒飲食之，納刃其袖中，俾言拱怨望，與陳洪謀大逆，遂發緹騎馳械高氏奴，圍拱裡第。居正亦請詰主使，舉朝洶洶，謂且逮拱。吏部尚書楊博、左都御史葛守禮詣居正力解，居正憤曰：「二公意我甘心高公邪？」奮人內，取廠中揭帖投博曰：「是何與我？」揭帖有居正竄改四字，曰「歷歷有據」。守禮識居正手跡，密納諸袖，居正覺曰：「彼法理不諳，我為易數字耳。」守禮曰：「回天非相公不能。」居正奏緩其獄。博陰囑錦衣沭大臣吐實，又以拱僕雜稠人中，令大臣識別，茫然莫辨也。會上命守禮偕錦衣都督朱希孝會決，加刑，大臣疾呼曰：「許我富貴，乃撈掠我邪？且我何處識高閣老？馮家僕教我。」希孝不敢鞫而罷。保懼，以生漆酒瘖大臣，移送法司，坐斬。拱獲免。由是舉朝多惡保，而不肖多因之以進。
高拱扼徐階，居正傾高拱，三人皆良相，而恩怨權勢之間相軋如此。惟徐階之傾嚴嵩，則為世所美。而居正得志以後，則明於治國而昧於治身，其受報亦至酷，遂為萬曆初期政局之綱領。
元年二月，從居正請，御經筵。一日講畢，上問：「建文果出亡否？」居正曰：「國史不載，但故老相傳，披緇雲遊，題詩於田州，有『流落江湖四十秋』句。」上太息，命錄詩進。居正因曰：「此亡國事，不足觀，請錄皇陵碑及高祖御制集以上，見創業之艱，聖謨之盛。」先是，隆慶六車，帝登極後，居正於是冬進《帝鑒圖說》，大要言前史所載興亡治亂之跡，如出一轍，大抵以敬天法祖，聽言納諫，節用愛人，親賢臣，遠小人，憂勤惕厲，無不治者；反之則亂。因屬講官馬自強稽古堯舜以來有天下之君，撮其善可為法者八十一事，惡可為戒者三十六事，每事前繪一圖，取唐太宗以古為鑒之意名之。帝命圖冊留覽，宣付史館。至萬曆元年三月，進講《帝鑒圖說》時，至漢文帝勞軍細柳事，因奏曰：「古人言：『天下雖安，忘戰必危。』今承平日久，武備廢弛，文吏箝制卉員，不啻奴隸。夫平日既不能養其鋒銳之氣，臨敵何以責其折衝之勇？嗣後將帥忠勇可任者，宜假以事權，俾得展佈，庶幾臨敵號令嚴整，士卒用命。」於是乃詔內外官各舉將才。
隆、萬間軍事頗振作，高拱、張居正皆善馭將。居正雖傾拱，初不改其所拔之材，若張學顏之受知於拱，《史》有明文，讀之，想見宰相留意人材之美。《學顏傳》：「俺答封順義王，察罕土門汗語其下曰：『俺答，奴也，而封王，吾顧弗如！』挾三衛窺遼，欲以求王。而海、建諸部日強，皆建國稱汗。海西、建州兩種女直，時海西強者為王台，建州強者為王杲。其雲建國稱汗，當是當時事實，然則建州國汗之稱蓋不始自清太祖矣。大將王治道、郎得功戰死，遼人大恐。隆慶五年二月，遼撫李秋免，大學士高拱欲用學顏。或疑之，拱曰：『張生卓犖倜儻，人未之識也，置諸盤錯，利器當見。』侍郎魏學曾後至，拱迎問曰：『遼撫誰可者？』學曾思良久，曰：『張學顏可。』拱喜曰：『得之矣。』遂以其名上。時為荊州道兵備副使。進右僉都御史，巡撫遼東。」學顏在隆慶時興復遼鎮，御破土蠻，入萬曆年，與李成梁築六堡，斥地數百里，誅建州王杲，居正以倚任成大功。綜萬曆初，居正當國之日，薦方逢時總督宣大軍務，申明封貢約信，邊境以安。其所用劉顯、戚繼光、凌雲翼、李成梁、張佳允，皆一時敢戰之將，應變之才盡在物色，而又發縱指示，明矚萬里，《史》稱：「居正當國，究心於軍謀邊瑣，書疏往復，洞矚機要，委任責成，使得展佈，是以各盡其材，事克有濟。」語見譚綸、王崇古、方逢時、吳兌、鄭洛、張學顏、張佳胤、殷正茂、凌雲翼傳贊。
張居正以一身成萬曆初政，其相業為明一代所僅有，而功罪之不相掩，亦為政局反覆之由。讀《居正傳》可以盡萬曆初期之政，特詳錄之。其逐高拱而代為首輔，事已見前。為首輔之後，具見一時相業，即萬曆初之所以強盛也。
「帝虛已委居正，其實帝方幼沖，由太后主政。居正亦慨然以天下為已任，中外想望風采。居正勸帝遵守祖宗舊制，不必紛更，至講學親賢，愛民節用，皆急務，帝稱善。大計廷臣，斥諸不職及附麗拱者。復具詔，召群臣廷飭之，百僚皆惕息。兩宮既並尊，慈聖徙乾清宮撫視帝，大柄悉委居正。居正為政，以尊主權、課吏職、信賞罰、一號令為主，雖萬里外，朝下而夕奉行。黔國公沐朝弼數犯法當逮，朝議難之，居正擢用其子，馳使縛之，不敢動。既至，請貸其死，錮之南京。漕河通，居正以歲賦逾春，發水橫溢，非決則涸，乃采漕臣議，督艘卒以孟冬月兌運，及歲初畢發，少罹水患，行之久，太倉粟可支十年。互市饒馬，乃減太僕種馬，而令民以價納，太僕金亦積四百餘萬。又為考成法，以責吏治。初部院覆奏，行撫按勘者，嘗稽不報，居正令以大小緩急為限，誤者抵罪，自是一切不敢飾非，政體為肅。南京小閹醉辱紿事中，言者請究治，居正謫其尤激者趙參魯於外以悅保，而徐說保裁抑其黨，毋與六部事。其奉使者，時令緹騎陰詗之，其黨以是怨居正，而心不附保。」「居正喜建豎，能以智數馭下，人多樂為之盡。俺答款塞，久不為害，獨小王子部眾十餘萬，東北直遼左，以不獲通互市，數入寇。居正用李成梁鎮遼，戚繼光鎮薊門，成梁力戰卻敵，功多至封伯，而繼光守備甚設，居正皆右之，邊境晏然。兩廣督撫殷正茂、凌雲翼等亦數破賊有功。浙江兵民再作亂，用張佳胤往撫即定。故世稱居正知人。然持法嚴，核驛遞，省冗官，清庠序，多所澄汰，公卿群吏不得乘傳，與商旅無別；郎署以缺少，需次者輒不得補；大邑士子額隘，艱於進取，亦多怨之者。時承平久，群盜蝟起，至入城市，劫府庫，有司恆諱之，居正嚴其禁，匿弗舉者，雖循吏必黜。得盜即斬決，有司莫敢飾情。盜邊海錢米盈數，例皆斬，然往往長系或瘐死，居正獨亟斬之，而追捕其家屬，盜賊為衰止。而奉行不便者，相率為怨言，居正不恤也。」「帝漸備六宮，太倉銀錢多所宣進，居正乃因戶部進御覽數目陳之，謂：『每歲入額不敵所出，請帝置坐隅，時省覽，量入為出，罷節浮費。』疏上留中。帝復令工部鑄錢紿用，居正以利不勝費止之。言官請停蘇、松織造，不聽，居正為面請，得損大半。復請停修武英殿工及裁外戚遷官恩數，帝多曲從之。帝御文華殿，居正侍講讀畢，以紿事中所上災傷疏聞，因請振，復言：『上愛民如子，而在外諸司營私背公，剝民罔上，宜痛鉗以法，而皇上加意撙節於宮中，一切用度服御，賞賚佈施，裁省禁止。』帝首肯之。有所蠲貸，居正以江南貴豪怙勢，及諸奸猾吏民善逋賦，選大吏精悍者嚴行督責，賦以時輸，國藏日益充，而豪猾率怨居正」。「帝初即位，馮保朝夕視起居，擁護提抱有力，小扞格，即以聞慈聖，慈聖訓帝嚴，每切責之，且曰：『使張先生聞，奈何？』於是帝甚憚居正。及帝漸長，心厭之。乾清小璫孫海、客用等導上遊戲，皆愛幸。慈聖使保捕海、用，杖而逐之。居正復條其黨罪惡，請斥逐，而令司禮及諸內侍自陳，上裁去留，因勸帝戒游宴以重起居，專精神以廣聖嗣，節賞賚以省浮費，卻珍玩以端好尚，親萬幾以明庶政，勤講學以資治理。帝迫於太后，不得已，皆報可，而心頗嗛保、居正矣。帝初政，居正嘗纂古治亂事百餘條，繪圖，以俗語解之，使帝易曉。至是，復屬儒臣紀太祖列聖《寶訓》、《實錄》，分類成書，凡四十：曰創業艱難，曰勵精圖治，曰勤學，曰敬天，曰法祖，曰保民，曰謹祭祀，曰崇孝敬，曰端好尚，曰慎起居，曰戒游佚，曰正宮闈，曰教儲貳，曰睦宗藩，曰親賢臣，曰去奸邪，曰納諫，曰理財，曰守法，曰儆戒，曰務實，曰正紀綱，曰審官，曰久任，曰重守令，曰馭近習，曰待外戚，曰重農桑，曰興教化，曰明賞罰，曰信詔令，曰謹名分，曰裁貢獻，曰慎賞賚，曰敦節儉，曰慎刑獄，曰褒功德，曰屏異端，曰飭武備，曰御戎狄。其辭多警切，請以經筵之暇進講。又請立起居注，紀帝言動與朝內外事，日用翰林官四員入直應制詩文及備顧問，帝皆優詔報許。」
《居正傳》中敘其相業如此。而《傳》文與居正之怙權得禍相雜，當明末議論，於居正之有功國家，非士大夫切已之事，省記而持公議者較少，惟升沉進退之際，挾舊怨以圖報復者為數較多。故紀萬曆初事，可功可罪。以史傳論，《明史稿》早成，其《居正傳》即多挾詆毀成見。如戚繼光之治兵，居正之任將，古今豈可多得？而當時繼光之倚居正，自不得不加密，因而有饋遺以為好，亦出恆情。繼光，名將，散財養士，土之依繼光者極盛，其不能以避嫌而獨遠首相，與居正之不能法古名賢操守，居相位而不以纖芥累人以自累，此皆以聖賢望人，求全責備之意。《史本傳》於張、戚之間，削去譏謗之語，已見公道之久而益明。當作《史稿》時，猶多采當時毀張之說。其敘邊功云：「俺答款塞，久不為害，獨小王子部眾十餘萬，東北直遼左，以不獲通互市，數入寇，然其人少弱，非久即退。而總兵李成梁悍勇善戰，數拒卻之，又數掩殺泰寧、福余諸屬國以為功。居正張大其捷，帝數褒美，加恩輔臣，成梁至封伯。兩廣督撫殷正茂、凌雲翼蜚亦以破賊功，爵賞亞遼左。戚繼光鎮薊門，多挾南兵從，北人嫉之，繼光懼，因兵部尚書譚綸購美姬進居正，他所摹畫亦多得居正指，以是畀之事權，諸督撫大臣，唯繼光所擇，欲不利繼光者即為徙去之。而成梁、正茂等亦皆媚居正。然數人故善用兵，功多，帝謂居正運籌力，而世亦稱居正知人。」此段文筆甚佳，褒貶互用，其實所褒皆成貶矣，文士筆鋒，古雲可畏。試取《稿》與《正史》兩相比對，可以瞭然。
居正綜核名實，不避嫌怨，於其為國而不顧身家，只應尊敬，不當與怙權而得怨之說混而為一。茲分別言之。
居正以御史在外往往凌撫臣，痛欲折之，一事不合，詬責隨下；又敕其長加考察。給事中余懋學請行寬大之政，居正以為風己，削其職。御史傅應楨繼言之尤切，下詔獄杖戍。給事中徐貞明等群擁人獄視，具橐
，亦逮謫外。御史劉台按遼東，誤奏捷，居正方引故事繩督之，台抗章論居正專恣不法，居正怒甚，帝為下台詔獄，命杖百遠戍，居正陽具疏救之，僅奪其職，已卒戍台。由是諸給事御史益畏居正，而心不平。當是時，太后以帝沖年，尊禮居正甚至，同列呂調陽莫敢異同，及吏部左侍郎張四維人，恂恂若屬吏，不敢以僚自處。慈聖將還慈寧宮，諭居正，謂：「我不能視皇帝朝夕，恐不若前者之向學勤政，有累先帝付託。先生有師保之責，與諸臣異，其為我朝夕納誨，以輔台德，用終先帝憑幾之誼。」因賜坐蟒白金彩幣。未幾丁父憂，帝遣司禮中官慰問，視粥藥，止哭，絡釋道路，三宮賻贈甚厚。戶部侍郎李幼孜欲媚居正，倡奪情議，居正惑之，馮保亦固留居正。諸翰林王錫爵、張位、趙志皋、吳中行、趙用賢、習孔教、沈懋學輩皆以為不可，弗聽。吏部尚書張瀚以持慰留旨，被逐去。御史曾士楚、給事中陳三謨等遂交章請留。中行、用賢及員外郎艾穆、主事沈思孝、進士鄒元標互繼爭之，皆坐廷杖謫斥有差。時彗星從東南方起，長亙天，人情洶洶，指目居正，至懸謗書通衢。帝詔諭群臣：「再及者誅無赦。」謗乃已。於是使居正子編修嗣修與司禮太監魏朝馳傳往，代司喪，禮部主事曹誥治祭，工部主事徐應聘治喪。居正請無造朝，以青衣素服角帶人閣治政，侍經筵講讀，又請辭歲俸，帝許之。及帝舉大婚禮，居正吉服從事，給事中李淶言其非禮，居正怒，出為金事。時帝顧居正益重，常賜居正札，稱「元輔張少師先生」，待以師禮。居正乞歸葬父，帝使尚寶少卿鄭欽、錦衣指揮史繼書護歸，期三月，葬畢即上道。仍命撫按諸臣先期馳賜璽書敦諭。范「帝賚忠良」銀印以賜之，如楊士奇、張孚敬例，得密封言事。戒次輔呂調陽等，有大事毋得專決，馳驛之江陵，聽張先生處分。居正請廣內閣員，詔即令居正推，居正因推禮部尚書馬自強、吏部右侍郎申時行人閣。自強素迕居正，不自意得之，頗德居正。而時行與四維皆自暱於居正，居正乃安意去。帝及兩宮賜賚慰諭有加禮，遣司禮太監張宏供張，餞郊外，百僚班送。所過地，有司飭廚傳，治道路。遼東奏大捷，帝復歸功居正，使使馳諭，俾定爵賞，居正為條列以聞。調陽益內慚，堅臥，累疏乞休不出。居正言：「母老不能冒炎暑，請俟清涼上道。」於是內閣、兩都部院、寺卿、給事、御史俱上章，請趣居正還朝。帝遣錦衣指揮翟汝敬馳傳往迎，計日以俟，而令中官護太夫人以秋日由水道行。居正所過，守臣率長跪，撫按大吏越界迎送，身為前驅。道經襄陽，襄王出候，要居正宴。故事：雖公侯謁王，執臣禮，居正具賓主而出。過南陽，唐王亦如之。抵郊外，詔遣司禮太監何進宴勞，兩宮又各遣大鐺李琦、李用宣諭，賜八寶金釘川扇，御膳餅果醪醴。百僚復班迎。人朝，帝慰勞懇篤，予假十日而後人閣，仍賜白金彩幣寶鈔羊酒，因引見兩宮。及秋，魏朝奉居正母行，儀從煊赫，觀者如堵。比至，帝與兩宮復賜賚加等，慰諭居正母子，幾用家人禮。居正自奪情後，益偏恣，其所黜陟，多由愛憎，左右用事之人多通賄賂。馮保客徐爵擢用至錦衣衛指揮同知，署南鎮撫。居正三子皆登上第，蒼頭游七人貲為官，勳戚文武之臣多與往還，通姻好，七具衣冠報謁，列於士大夫，世以此益惡之。無何居正病，帝頻頒敕諭問疾，大出金帛為醫藥資，四閱月不愈，百官並齋醮為祈禱，南都、秦、晉、楚、豫諸大吏無不建醮。帝令四維等理閣中細務，大事即家令居正平章。居正始自力，後憊甚不能遍閱，然尚不使四維等參之。及病革乞歸，上復優詔慰留，稱「太師張太岳先生」。居正度不起，薦前禮部尚書潘晟及尚書梁夢龍、侍郎余有丁、許國、陳經邦，已復薦尚書徐學謨、曾省吾、張學顏、侍郎王篆等可大用。帝為黏御屏。晟，馮保所受書者也，強居正薦之，時居正已昏甚不能自主矣。及卒，帝為輟朝，諭祭九壇，視國公兼師傅者。居正先以六載滿，加特進，中極殿大學士；以九載滿，加賜坐蟒衣，進左柱國，蔭一子尚寶丞；以大婚加歲祿百石，錄子錦衣千戶為指揮金事；以十二載滿，加太傅；以遼東大捷，進太師，益歲祿二百石，子由指揮金事進同知；至是贈上柱國，謚文忠，命四品京卿、錦衣堂上官、司禮太監護喪歸葬。於是四維始為政，而與居正所薦引王篆、曾省吾等交惡。初帝所幸中官張誠見惡馮保，斥於外，帝使密詗保及居正。至是誠復人，悉以兩人交結恣橫狀聞，且謂其寶藏逾天府。帝心動，左右亦浸言保過惡，而四維門人御史李植極論徐爵與保挾詐通姦諸罪。帝執保禁中，逮爵詔獄，謫保奉御居南京，盡籍其家，金銀珠寶巨萬計。帝疑居正多畜，心益艷之。言官劾篆、省吾，並劾居正，篆、省吾俱得罪，新進者益務攻居正，詔奪上柱國、太師，再奪謚，居正諸所引用者，斥削殆盡。召還中行、用賢等，遷官有差。劉台贈官還其產。御史羊可立復追論居正罪，指居正構遼庶人憲
獄，庶人妃因上疏辨冤，且曰：「庶人金寶萬計，悉人居正。」帝命司禮張誠及侍郎邱蕣偕錦衣指揮、給事中籍居正家。
神宗天性好貨，嗣此遂以聚斂造成亡國之釁。當時構居正及馮保之罪，惟言其多藏為最動帝聽，此即知其失人君之度矣。憲
事在隆慶三年，時尚以在嘉靖中奉道被寵，賜真人號，有淫虐僭擬諸罪狀，憲烯樹白纛曰訟冤之纛，副使施篤臣遂以建纛為王反，居正亦憾憲 
，主篤臣說以重憲
罪，遂錮之高牆，後雖訟冤，遼國亦未復也。
誠等將至荊州，守令先期錄人口，錮其門，子女多遁避空室中，比門啟，餓死者十餘輩。誠等盡發其諸子兄弟藏，得黃金萬兩，白金十餘萬兩。其長子禮部主事敬修，不勝刑，自誣服寄三十萬金於省吾、篆及傅作舟等，尋自縊死。事聞，時行等與六卿大臣合疏請少緩之，刑部尚書潘季馴疏尤激楚，詔留空宅一所，田十頃，贍其母。而御史丁此呂復追論科場事，謂高啟愚以舜、禹命題啟愚典南畿鄉試，以「舜亦以命禹」命題。為居正策禪受。尚書楊巍等與相駁，此呂出外，啟愚削籍。《明史稿》本傳有云：「士大夫初諛以伊命五臣，其後擬之舜、禹，居正不為怪。則竟以舜、禹命題為罪狀。」後言者復攻居正不已，詔盡削居正官秩，奪前所賜璽書、四代誥命，以罪狀示天下，謂：「當剖棺戮屍，而姑免之。」其弟都指揮居易、子編修嗣修俱發戍煙瘴地。終萬曆世，無敢白居正者。天、崇間國事日棘，任事無人，乃追思居正，累復官蔭贈謚。至敬修孫同敞死節於南明，與瞿式耜同烈，第五子允修亦死張獻忠之難。
綜萬曆初之政皆出於居正之手，最犯清議者乃奪情一事，不恤與言路為仇，而高不知危，滿不知溢，所謂明於治國而昧於治身，此之謂也。居正之卒在萬曆十年，明年追奪官階，又明年籍其家，子孫慘死狼藉。其時代明之清室，清太祖已於萬曆十一年弄兵於塞外，蠶食坐大，遂移國祚。經過三十餘年，中朝始竟不知有此事，後漸聞其強而羈縻之。至萬曆四十餘年稍稍傳說，已立國僭號，亦不以為意，直至人犯遼、沈，然後舉國震驚。廟堂若有留心邊事如居正其人，何至憒憒若此？故居正沒而遂人醉夢期間矣。