白虎隊少年很悲壯
明治政府推翻了德川幕府之後，並沒有取得對整個國家的控制權。
雖然恢復了太政官制度，來自薩摩、長州兩藩的倒幕志士和朝廷中的激進派公卿壟斷了新政府的所有職位，但是這個政府只是控制著原來幕府的領地，而其他的日本國土還控制在兩百多個大名手裡。推翻幕府，只是明治政府邁出的第一步，要想建立統一的日本國家政權，必須從日本地方諸侯手裡把權力奪回來。
鳥羽伏見之戰結束後，當時幕府的死黨、會津藩的藩主松平容保厲兵秣馬，準備和政府軍決一死戰。松平氏本是德川一族，屬於德川家的御一門。會津藩聯合了本州島東北的三十一個藩組成了同盟，發動大規模的武裝叛亂，以圖恢復德川家的統治。同盟各藩雖然聲勢浩大，其實色厲內荏，各懷鬼胎，有些藩的軍隊跟政府軍一接觸就作鳥獸散了。
1868年11月，會津藩主城被薩摩、長州、土佐三藩組成的政府軍圍困，戰事非常慘烈，日本歷史上著名的白虎少年隊就出現在此次戰役之中。當時會津的主城若松城聚集了由會津藩各地趕來抵禦政府軍的義勇軍，義勇軍按年齡編成了白虎隊、玄武隊、朱雀隊、青龍隊，其中白虎隊隊員大多都是十五歲至十七歲的青少年，一共三百四十三人。這些隊員手持步槍，死守若松城，在城池和里巷當中，跟政府軍激戰，同時還負責往前線送飯和搶救傷員的工作。
若松城失陷前夕，政府軍發炮攻城，致使城內大火，火勢不斷蔓延，濃煙沖天。二十位療傷的白虎隊少年，眺望山下的城邑陷入火海之中，悲憤之餘，相繼拔刀自裁。另外，還有多名白虎隊少年隨著若松城失陷而集體自殺。
松平容保被迫開城投降，其他同盟各藩也相繼放下了武器。松平容保雖然被免去死罪，囚禁在江戶，但是作為政府軍的長州藩，把會津藩的戰死者一律判定為賊黨，會津人被稱為「會賊」，他們居住之地被叫作「白河以北一山百文」，意思就是會津人所居之地，一座山才值一百文錢。會津藩戰死上千人，特別是白虎隊少年的悲壯故事，後來被拍成電影，寫成小說，廣為流傳。
會津藩的戰死者，就是這些「賊黨」，朝廷不允許其下葬，屍體長時間放置，風吹日曬，被鳥獸啄食，慘不忍睹。最後一個投降的藩國莊內藩被減封，並且處以三十萬兩現金的懲罰。當時的姬路藩藩主酒井忠邦，面對此情此景，不失時機地上書天皇，請求把政權、領地悉數奉還給朝廷，這就是日本歷史上著名的「版籍奉還」。
終於實現大一統
政府軍的強力手段，讓地方諸侯們嚇破了膽。
其實在此之前，明治三傑中的木戶孝允、大久保利通就聯合伊籐博文宣傳和平實現版籍奉還。但是宣傳了一年，沒有一個藩響應，這一次諸侯們見識了政府軍的手段，表示願意版籍奉還，伊籐博文等人歡欣雀躍。
明治政府先拿跟自己最親近的薩摩、長州、土佐、肥前開刀，要求這些藩國做出表率，西南四強藩隨即宣佈版籍奉還朝廷。明治二年六月，在北海道最終解決了幕府的殘餘勢力之後，平叛大軍班師回京，天皇詔告天下，宣佈奉還版籍，各大名在軍事威脅之下無不從命。各藩藩主被任命為藩知事，從諸侯變成了國家公務員，自主權被徹底剝奪。
到了明治三年（1870年），政府以薩摩、長州、土佐三藩藩兵為中心，組建了直屬中央政府的第一支部隊——一萬多人的御親兵，由西鄉隆盛指揮。然後天皇將藩知事們召集到東京，下令廢藩置縣，成立東京、大阪、京都三府和三百零二個縣，後來逐漸減到四十七個縣。藩知事們的俸祿和貴族地位得以保存，一律安置在東京居住。一方面是高官厚祿，貴族頭銜，另一方面是西鄉隆盛磨刀霍霍，藩主們拿腳指頭都能想清楚選哪個。
新政府兵不血刃，權力集於中央。到此為止，明治政府才實現了中國在秦始皇時期早就實現的大一統，建立起了中央集權的國家。
被西方文明雷到了
明治政府實現了中央集權之後，隨即而來的問題就是，如何讓日本實現富國強兵？說白了，就是明治政府應該怎麼做，才能比德川幕府好呢？
對於這個問題，當時明治政權的新貴，其實也沒有什麼具體的想法。大久保利通說：「我們過去就是考慮怎麼打倒德川幕府，建立天皇政權，這個事業已經完成了，下一步怎麼辦？誰都不知道，跟著感覺走吧。」
1871年，明治政府派右大臣巖倉具視為特命全權大使，木戶孝允、大久保利通、伊籐博文為副使，組建一個由五十名使節組成的龐大使團，率領五十名留學生，從橫濱出發，前往歐美進行考察。
明治政府意圖派遣使團赴歐美修改不平等條約，重定關稅，同時考察西方的文明制度。如此陣容的使節團被認為是日本行政部門全體出動。正副大使分工明確，巖倉負責考察各國的皇室制度，木戶考察憲政，大久保考察產業。當時，日本的太政大臣、五攝家出身的三條實美，在給使團送行的時候說：「內制外交，前途大業成敗與否，在此一舉。」
使團的第一站到了美國。這些人當中只有伊籐博文出過國，會講英語。在舊金山市長舉行的盛大歡迎宴會上，伊籐用英語發表了演說，向全世界展現了日本政府的新形象。他指著日本國旗說：「日本必將與世界各文明國度為伍，猶如不斷向上升起的一輪紅日。」
但是日本要修改不平等條約的行動，遭到了美國的拒絕，這讓日本意識到自己的實力跟歐美各國還相距甚遠，使團及時把自己的工作重點由修改不平等條約改為對西方文明與制度的考察。
巖倉使團本來想出國考察六個月，後來延長到一年零十個月，前後考察了十二個西方主要國家，徹底被西方發達的工業文明雷倒了，用日本人的話講叫「始驚、次醉、終狂」。
大久保利通在英國被漫天黑煙的工業化盛況所震懾，認為日本的經濟應該以英國為師，他還迷上了雪茄煙，邁著笨拙的步子跳交誼舞。
最讓使節團感到不虛此行的是考察了剛剛打贏普法戰爭的德國。日本覺得自己作為一個後起國家，跟德國有酷似之處，研究德國的政治比研究英法更有益。大久保利通出席了德國首相俾斯麥的招待會，向俾斯麥請教小國如何富強。俾斯麥告訴大久保利通，強權即公理，這是鐵血政策。大久保如夢方醒，明白了為什麼日本使團想要修改條約卻處處碰壁，從此他成了俾斯麥的忠實信徒。木戶孝允也認為，日本人知識水平低，制定憲法要靠君主的英斷，決心以德國為藍本，在日本建立中央集權的君主立憲政治。
這次考察，一共花了一百多萬日元，當時的日元是銀幣，跟中國後來的大洋差不多，這筆錢占日本1872年政府總收入的2%。使團出發之前，曾經和留守的西鄉隆盛等人簽訂了一個約定書，規定國內重大的改革方針，要等使團回國之後再定。但是當1873年5月使團成員回國之後，發現西鄉隆盛違約了。
關於改革的方向，留守派和出洋派也有了截然不同的理解，明治三傑最終到了分道揚鑣的時刻。
發小之間鬧矛盾
西鄉隆盛本來在1870年就已辭去了官職，回到鹿兒島。當時為了廢藩置縣，大久保利通把西鄉隆盛請出來坐鎮軍隊，使團出國之前，又把治理國家的重任托付給了他。但是沒有想到，此舉成為明治維新三傑決裂的導火索。
1873年的明治政府，面臨著成立以來最大的危機。當時日本的陸軍卿山縣有朋頒布了徵兵令。按照幕府時代武士階層的等級，山縣的家庭只屬於「中士」，他爹就是一個戰時只能打旗、幫主帥拿兵器的小角色。中士階層很難有陞遷的機會，所以，山縣有朋年輕時候的理想，就是當一名槍術教師。在長州藩尊王攘夷時，山縣組織奇兵隊，在幕府討伐長州藩的四境戰爭和推翻幕府的戊辰內戰中功勳卓著。
山縣認為，全面徵兵才能建立一支近代化的軍隊。山縣賴以起家的奇兵隊就不全是武士，而是由社會各階層的志願者組成。特別是山縣到歐洲考察時，歐洲人告訴他，徵兵能帶動政權背後人民的積極性。山縣回國就任陸軍卿之後，明治政府就發佈了徵兵令，取消武士壟斷軍事的特權，全國人民不分貴賤都有服兵役的權利和義務。政府發佈這個命令的本質就是要求人民向國家交「血稅」。這一點上，山縣有朋和西鄉隆盛高度一致，都有強兵理念。
在此之前，明治政府已經頒布了廢刀令，規定武士不許隨身佩帶刀劍，武士的其他特權也都被剝奪了。倒幕戰爭出力最大的就是中下級武士，甚至可以說是中下級武士對幕府的下克上，自認為建立殊勳的武士本來對自己的特權被廢除就非常不滿，現在山縣又搞了個全民皆兵，等於把武士的鐵飯碗也砸了。日本農民不願意應徵入伍，於是武士就紛紛給政府上書，說勝任士兵的只能是武士，讓這幫泥腿子當兵，這不是開玩笑嗎？
面對武士階層的不滿，西鄉隆盛認為，應該馬上發動對外戰爭，征韓侵台，佔領朝鮮半島和中國的台灣，以此來緩解和釋放武士階層的怨氣，從新的領地取得新的特權和新的資源，從而也可使日本擔任東亞的盟主。西鄉隆盛的治國理念是先強兵，用強兵帶動富國，同時要為日本武士撐腰說話，這種激進的策略跟大久保和木戶的理念產生了極大的矛盾。
木戶雖然也主張征韓，但是從海外歸國之後，他認識到日本缺乏一部根本大法，政府首當其衝的是先要解決立憲問題，認為西鄉的想法很荒誕，把整個國家都牽扯到一場整體戰爭的危機當中去，會使新政府的權威掃地。在政府根基未穩的情況下發動對外戰爭，就是作死，因此他堅決反對征韓論。
大久保是西鄉的發小，對征韓論雖然很理解，但是他十分明白日本的財政無法支持一邊打仗、一邊發展經濟，所以意欲內政優先，先富國再強兵。當然了，大久保跟木戶之間也有矛盾，大久保認為立憲沒用，是虛的，應該來點兒實惠的。而木戶認為大久保搞的殖產興業沒有基礎。
打白條買斷工齡
大久保、西鄉、木戶，明治三傑一人一把號，各吹各的調，幹什麼事兒都是狼上狗不上。富國、強兵、立憲三種堂堂正正的立國理論，圍繞著孰先孰後的爭執，在1873年的日本勢如水火，要求明治政府必須三選一。
在政府內部的高層會議上，征韓派人數佔了優勢，關鍵時刻，太政大臣三條實美稱病，由巖倉具視代理太政大臣，他單獨上奏天皇，使天皇否定了征韓計劃，西鄉隆盛等人憤而辭職，明治政府分裂了。一半政府成員撂挑子，給大久保建立自己的專制提供了絕佳的時機。大久保對政府的機構進行了調整，建立起一個以內務省為中心、高度集中的權力體制，他自己出任內務卿，親信大隈重信出任大藏卿，就是財政大臣，伊籐博文出任工部卿，三人組成了殖產興業的三駕馬車。木戶因為與大久保政見不和，於1874年辭職。
內閣會議吵得凶
對大久保的開明專制非常不滿的人，開始用各種手段起來反抗。首先是江籐新平集合了三千名士族發動叛亂，六天之後，大久保親赴九州現場，不到一個月叛亂被平定，江籐新平被斬首。江籐新平曾經是大久保的戰友，主持司法工作，改革日本的司法，卓有建樹。他被斬首，讓很多人都想不通，幕府將軍都能留得一條活命，松平容保後來都能出任東照宮的宮司，秩封從五位，為什麼一個曾經的戰友要被處死呢？這就是號稱「東洋俾斯麥」的大久保的鐵血手段，誰敢作亂，殺你沒商量。
大久保由於擔心對手太多，把木戶重新請回了政府，強制推行自己的殖產興業政策。殖產興業遇到的最大問題就是沒錢，而明治政府又不願意對外舉債。當時的日本人，還沒有現代意識，其實會做生意的人，借錢做生意，用別人的錢；不會做生意的人，才攢錢做生意。但當時的太政大臣巖倉具視說：「我寧願把九州和四國都賣了，也不願意跟外國借款。」沒錢怎麼辦？大久保把目光投向了武士階層。
在此之前武士的俸祿是各藩分發，廢藩置縣之後，俸祿的出資人就由藩主變成了明治政府，這筆錢的總數，居然佔到了政府開支的三分之一。儘管木戶認為，拋掉武士階層很不道德，巖倉也害怕會激起武士的反抗，但是大久保還是在1876年進行了「秩祿處分」，簡單說就是強制把俸祿的現金支付改為發放公債，三十年還清，日本政府發行了一億七千萬日元的公債。