孫士毅倒霉透頂了。
1784年4月，4名意大利人從澳門偷渡到了廣州，帝國頓時風起雲湧。
羅馬傳信部一直希望打開中國教區，可是在雍正年間，天主教被列入邪教行列。到了1751年，發生了西洋幼主朱洪錦謀反案，乾隆皇帝再次將天主教列入邪教行列。30年過去了，乾隆皇帝對天主教的禁令有所緩和，甚至允許懂醫學的傳教士，在政府許可的情況下到北京效力。羅馬傳信部錯誤地理解了乾隆皇帝的意思，以為大清帝國開了教禁，於是就在1784年派出4人秘密到中國傳教。
羅馬傳信部在廣州有個中國教務代理人，這位代理人也是羅馬人，名字叫哆羅，從1781年開始，經皇帝批准在廣州居住。哆羅的主要責任就是傳遞京城傳教士的信件。所以哆羅住所「哆羅夷館」就跟中國的驛站差不多，只是這個驛站是中國跟羅馬之間的驛站。4名偷渡的羅馬傳教士到了廣州就悄悄住進了哆羅夷館。
傳教士的恐怖在於他們的信息傳遞非常隱秘快速，4名意大利人到廣州沒幾天，陝西的天主教徒焦振綱、秦祿就到了廣州，這兩人是專門來請意大利人到陝西傳教的。4名意大利人在中國教徒的幫助下，從廣東北上湘潭，走樊城穿襄陽，由於路上為了躲避帝國軍隊的檢查，他們是晝伏夜行。3個月後終於到了襄陽，就在這時，意大利傳教士被軍隊巡邏發現，被當場抓獲。
意大利人迅速被押到了武昌，湖廣總督特成額一看高鼻樑藍眼睛的洋鬼子，心裡暗吃一驚，這4個人怎麼就一路毫無阻攔到了襄陽呢？特成額是原兩廣總督、大清名將策楞的兒子。將門虎子，這位特成額也是從部隊裡成長起來的一方大員，深知乾隆皇帝對傳教士的忌憚。特成額馬上挽起袖子提筆給乾隆皇帝寫匯報奏章。特成額萬萬沒有想到，自己的一份情況匯報，在大清帝國掀起了一場驚天教會大案。
特成額的情況匯報其實非常簡單平實：「盤獲西洋四人，起出書信一封，系廣東羅馬當家所發，往陝傳教，令蔡伯多祿送至湖南湘潭暫住，另著人送樊城，直走西安，札托李姓送往。」特成額所說的羅馬當家就是指哆羅夷館。沒想到乾隆皇帝看到這份再也平常不過的奏章後勃然大怒，政府早已頒布禁教令，哆羅並未稟知督撫，輒遣人私至內地，送信傳教，是嚴重的違法行為，必須嚴肅處理。
剛剛上任廣東巡撫的孫士毅壓根兒就不知道特成額的情況匯報，更對4名意大利傳教士毫不知情。乾隆皇帝卻不管孫士毅怎麼想，下令孫士毅一定嚴查。早在當年4月15日，也就是意大利傳教士偷渡到廣州的時候，伊斯蘭教哲赫林耶派創始人馬明心的弟子田五，深恨清政府殺害馬明心，領導回民在甘肅固原州鹽茶廳起義，攻破西安州營土堡。南巡途中的乾隆皇帝，不得不在一個星期後返回京城，迅速調集大軍鎮壓回民起義。乾隆皇帝接到特成額的匯報，馬上就聯繫到了田五領導的回民起義，甚至潛意識裡懷疑意大利傳教士就是去甘肅聯絡起義的回民。
乾隆皇帝對孫士毅不滿到了極點。因為外國人進入大清帝國只有粵海關一個口岸，西洋人跟中國人相貌差別很大，哆羅居然能夠秘密派4名意大利人如過無人之境到內地傳教。難道孫士毅就一點沒有覺察？一路上途經千里，就沒有關卡盤查？乾隆皇帝不由得擔心起帝國軍備之鬆弛，紀律之渙散，這樣的軍隊連幾個洋人都看不住，如何維護天朝上國的絕對安全？
孫士毅很快就得到了乾隆皇帝的旨意：西洋人與回人向屬一教，恐其得有逆回滋事之信，故遣人赴陝，潛通消息，亦未可定。乾隆皇帝同時將旨意傳遍全國，凡是接送過傳教士、為傳教士送信、留傳教士住宿的中國教民一律逮捕究辦。乾隆皇帝更想知道，哆羅派往陝西傳教者，究竟要傳與何人？他們傳教的背後是否還有更大的陰謀？
大清帝國掀起了一場全民抓教徒的運動。在湖南、湖北、陝西、四川、廣東、福建、江西、甘肅、山西、山東、直隸、安徽、貴州等省，凡是有信奉天主教的人，以及傳授天主教的西洋人，統統抓起來送到北京受審。隨著一份份情況匯報送到京城，乾隆皇帝震驚了。原來在帝國多個省份的角落，都有隱藏的西洋鬼子在傳教，這遠遠超過自己當初的估計，現在看來絕不止4人，這些人可都是未經允許竄到內地的。憤怒的乾隆皇帝更加對廣東官員失望，馬上下令全國各地秘密嚴查。
全國行動起來了，一些怪異的教徒也浮出水面，乾隆皇帝的寵臣、陝甘總督福康安抓的嫌疑犯一下子增加到72人，這些天主教徒主要集中在甘肅、涼州二府，有些中國居民信奉了天主教後，甚至將父母所起的名字都給改了，其中有一位非常崇拜傳教士多明我，也就是那位想方設法把澳門變成葡萄牙人的多明我，這位中國教民改名劉多明我。漢奸當到這份兒上也算鐵桿兒了，連祖宗都能夠背棄，乾隆皇帝能不害怕嗎？
孫士毅接到乾隆皇帝旨意後，早已膽戰心驚，意大利人就是從自己管轄的地盤上出發的，可以說是帝國教案的風暴源頭。孫士毅毫不手軟，將哆羅以及接送過意大利人的相關中國傳教士一干人馬全部抓獲。這一抓又讓乾隆皇帝大吃一驚，在廣東竟有上百人信奉天主教，可是特成額情況匯報中的關鍵人物蔡伯多祿卻神秘失蹤了。
蔡伯多祿本來是福建人，真名叫住蔡鳴阜，信奉天主教後就改名了，這位爺一直在廣東當江湖郎中，也屬於崇洋媚外的漢奸，4名意大利傳教士偷渡到廣州，就是這位改掉父母所賜姓名的鐵桿兒漢奸運作的。孫士毅的巡查部隊先抄了蔡伯多祿的家，他只有逃到另外一位信徒家裡。1784年9月26日晚上，孫士毅帶著軍隊抄了蔡伯多祿躲藏的教徒家。這位漢奸跳窗逃走，連夜乘船逃到了澳門。
孫士毅的噩運來了。
乾隆皇帝怒氣衝天，一定要將蔡伯多祿抓捕歸案。孫士毅掌握了蔡伯多祿的情報後，便派了兩名官員到澳門要人。當時澳門的葡萄牙人根本不知道蔡伯多祿已經逃到澳門，對孫士毅派來的人說蔡伯多祿不在澳門。孫士毅不信邪，很快就找到了運送蔡伯多祿逃亡澳門的船夫，船夫稱看到蔡伯多祿進了澳門方濟各修道院。10月3日，孫士毅再派人到澳門索人，可是蔡伯多祿已經喬裝打扮，藏到了奧古斯丁修道院。
孫士毅很快意識到，從正常的渠道要想抓住蔡伯多祿基本不可能，葡萄牙人一定會想方設法阻撓。要想讓葡萄牙人乖乖就範，那就要斷了葡萄牙人的生路。孫士毅非常清楚，澳門的食物都是依靠廣州供應，只要封鎖澳門，葡萄牙人就會乖乖地交出蔡伯多祿以及其他的天主教徒。孫士毅立即又派官員到澳門，非常強硬地警告葡萄牙人，如果不交出蔡伯多祿一干人馬，廣東就封鎖澳門。
澳門的葡萄牙人之前一直搪塞孫士毅，主要是葡萄牙駐澳門總督華利亞到果阿出差去了。孫士毅的通牒下達後不久，華利亞就從果阿回到了澳門。華利亞對孫士毅的脾氣秉性不瞭解，所以態度非常地強硬，就是堅決不交蔡伯多祿，甚至還提出一個侮辱大清帝國的理由：澳門當局不對中國逃亡者負責任，澳門是向所有人開放的，無法阻止逃亡者的入境。
華利亞的強硬激怒了孫士毅，孫士毅立即下令封鎖澳門。
封鎖澳門後，1784年10月26日，孫士毅給乾隆皇帝寫了一份情況匯報。乾隆皇帝拿到匯報後，一看也就是一份簡單的搜捕匯報。這份匯報的末尾，孫士毅寫道：竊思，西洋人來廣貿易，寓居商人十三行內，該商分應稽查、約束，豈容內地奸民與之交接。乃蔡伯多祿擅行出入招引，該商等置之不見不聞，一任改裝越境，咎實難辭。
孫士毅為了推卸責任，將蔡伯多祿秘密幫助意大利傳教士偷渡的責任，以及後來流竄到內地的責任，統統推到了行商身上，乾隆皇帝還沒有老眼昏花，特地在蔡伯多祿的名字後面朱批：「此人何尚未獲？」通覽孫士毅寫給乾隆皇帝的匯報，除了匯報材料末尾有乾隆皇帝朱批的三個字「知道了」之外，就是對蔡伯多祿的批示了，可以想像乾隆皇帝對傳教士可能勾結起義回民是多麼地警惕，抓住蔡伯多祿是乾隆皇帝的心願。
封鎖還在繼續，澳門的食品很快就嚴重短缺。
華利亞這個時候依然拒不交出蔡伯多祿，甚至還假模假樣地在整個澳門搜索蔡伯多祿的下落，目的是希望孫士毅能夠解除對澳門的封鎖。孫士毅看穿了華利亞的花招，下令繼續封鎖澳門。華利亞的強盜嘴臉一下子露出來了，為了解決糧食危及，公然下令駐紮在澳門的葡萄牙軍隊進行武裝搶劫。
葡萄牙人的海盜習性很快就取得了成果。一艘正要離港的載有大米的中國船隻成了他們的目標，葡萄牙軍隊迅速包圍了船隻，關押了船上的中國船員，明目張膽地將船上的大米運到了總督府的倉庫。一艘船的大米無法滿足危機，華利亞下令繼續搶劫，凡是發現運載糧食的船隻，只要經過澳門就無條件開火。
華利亞的海盜搶劫行徑頓時將澳門周邊海域推向了恐怖境地，往來廣州黃埔港的歐美商人陷入了恐慌，當地的中國老百姓也陷入恐慌，葡萄牙軍隊甚至衝到老百姓家裡搶劫。孫士毅畢竟是文人出身，之前也沒有在部隊待過，根本沒有什麼打仗的經驗，本來蔡伯多祿逃跑已經讓乾隆皇帝很生氣，現在因為封鎖澳門引發衝突，那樣自己肯定掉腦袋。10月28日，孫士毅下令解除封鎖。
孫士毅窩囊之極，乾隆皇帝再次下令全國通緝蔡伯多祿，這讓孫士毅如芒在背。萬般無奈之下，孫士毅只有繼續跟華利亞交涉，甚至將葡萄牙駐紮澳門的所有官員都召集到修道院開現場辦公會議。孫士毅的代表腦子不好使，現場就要華利亞交出蔡伯多祿，甚至當著所有澳門官員的面交給華利亞一封強硬的諭令，如果澳門當局再不交出逃犯，帝國的軍隊已經枕戈待旦，朝發夕至，踏平澳門。
華利亞是澳門歷史上有名的死硬分子，孫士毅來硬的，這位爺偏不信邪，就是不交蔡伯多祿。這個時候，澳門的商人坐不住了，一旦商人關門停業了，華利亞的稅收什麼的就收不了啦。華利亞意識到問題的嚴重性，但是又不想交出蔡伯多祿，華利亞秘密將蔡伯多祿送到一條葡萄牙船上。10月30日夜晚，蔡伯多祿等乾隆皇帝下令通緝的要犯，在澳門碼頭秘密登船，天還沒有亮，葡萄牙人就急匆匆開船離港，直奔亞洲老巢果阿。
跑了朝廷欽犯，孫士毅只能抓住哆羅的擔保人潘振承打板子。順勢給乾隆皇帝寫信：臣欽奉諭旨，遵即傳喚商人帶領哆羅即羅馬當家同至臣署，曉以天朝法令，復宣揚皇上恩德，該哆羅觳觫跪聆，叩頭認罪，商人潘文巖等在旁目擊，亦十分惶悚，自稱防範不嚴，願求一體議罪，以冀稍贖前愆。
孫士毅提出以銀子認罪的法子，源於當時乾隆皇帝的寵臣和珅提出的議罪銀，只要犯罪分子交出銀子，就可以免罪。潘振承這一次是出了大血，孫士毅再給乾隆皇帝匯報的時候，潘振承還不得不裝孫子認罪：洋商潘文巖稟稱，哆羅羅馬當家住宿行中，失於防範，任由蔡伯多祿來往勾通，致有攬送洋人越境之事，非尋常玩忽可比，情願罰銀十二萬兩，著照所請，准其認罰。
潘振承交了議罪銀，按照當時的規定，只要交納兩萬到十四萬兩銀子，什麼罪過都可以免，當然造反是不行的。孫士毅將所有責任都推卸到了潘振承身上，甚至包括蔡伯多祿的逃跑。當然潘振承也交納了快接近議罪銀上線的銀子才得以平安。可是孫士毅卻對華利亞耿耿於懷，秘密地集結部隊，準備好好地教訓一番葡萄牙人。
孫士毅萬萬沒有想到，就在葡萄牙囂張跋扈跟帝國唱反調的時候，英格蘭人的大炮在黃埔港打死了中國居民。就算自己理解為那是誤傷，可是乾隆皇帝絕對不會相信英格蘭人的行為是無意的，洋鬼子炮擊命案會不會是他們跟葡萄牙人勾結的一個陰謀，尤其是現在歐美鬼子們將武裝力量集結到了黃埔港，這是不是葡萄牙人在背後的詭計，將帝國軍隊拖入兩線作戰的困境，然後瓦解帝國軍隊對澳門的攻擊呢？